bamtools_convert.cpp

   1 // ***************************************************************************
   2 // bamtools_convert.cpp (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 2 June 2010
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Converts between BAM and a number of other formats
   9 // ***************************************************************************
  10
  11 #include <iostream>
  12 #include <string>
  13 #include <vector>
  14
  15 #include "bamtools_convert.h"
  16 #include "bamtools_format.h"
  17 #include "bamtools_options.h"
  18 #include "BamReader.h"
  19 #include "BamMultiReader.h"
  20
  21 using namespace std;
  22 using namespace BamTools;
  23
  24 // ---------------------------------------------
  25 // ConvertSettings implementation
  26
  27 struct ConvertTool::ConvertSettings {
  28
  29     // flags
  30     bool HasInputBamFilename;
  31     bool HasOutputBamFilename;
  32     bool HasFormat;
  33
  34     // filenames
  35     string InputFilename;
  36     string OutputFilename;
  37     string Format;
  38
  39     // constructor
  40     ConvertSettings(void)
  41         : HasInputBamFilename(false)
  42         , HasOutputBamFilename(false)
  43         , InputFilename(Options::StandardIn())
  44         , OutputFilename(Options::StandardOut())
  45     { }
  46 };
  47
  48 // ---------------------------------------------
  49 // ConvertTool implementation
  50
  51 ConvertTool::ConvertTool(void)
  52     : AbstractTool()
  53     , m_settings(new ConvertSettings)
  54 {
  55     // set program details
  56     Options::SetProgramInfo("bamtools convert", "converts between BAM and a number of other formats", "-in <filename> -out <filename> -format <FORMAT>");
  57
  58     // set up options
  59     OptionGroup* IO_Opts = Options::CreateOptionGroup("Input & Output");
  60     Options::AddValueOption("-in",     "BAM filename", "the input BAM file(s)", "", m_settings->HasInputBamFilename,  m_settings->InputFilename,  IO_Opts, Options::StandardIn());
  61     Options::AddValueOption("-out",    "BAM filename", "the output BAM file",   "", m_settings->HasOutputBamFilename, m_settings->OutputFilename, IO_Opts, Options::StandardOut());
  62     Options::AddValueOption("-format", "FORMAT", "the output file format - see README for recognized formats", "", m_settings->HasFormat, m_settings->Format, IO_Opts);
  63 }
  64
  65 ConvertTool::~ConvertTool(void) {
  66     delete m_settings;
  67     m_settings = 0;
  68 }
  69
  70 int ConvertTool::Help(void) {
  71     Options::DisplayHelp();
  72     return 0;
  73 }
  74
  75 int ConvertTool::Run(int argc, char* argv[]) {
  76
  77     // parse command line arguments
  78     Options::Parse(argc, argv, 1);
  79
  80     // open files
  81     BamReader reader;
  82     reader.Open(m_settings->InputFilename);
  83
  84     // do conversion
  85
  86
  87
  88
  89     // clean up & exit
  90     reader.Close();
  91     return 0;
  92 }