R/DNA.R

   1 ## DNA.R (2008-06-08)
   2
   3 ##   Manipulations and Comparisons of DNA Sequences
   4
   5 ## Copyright 2002-2008 Emmanuel Paradis
   6
   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
   9
  10 del.gaps <- function(x)
  11 {
  12     deleteGaps <- function(x) {
  13         i <- which(x == 4)
  14         x[-i]
  15     }
  16
  17     if (class(x) != "DNAbin") x <- as.DNAbin(x)
  18     if (is.matrix(x)) {
  19         n <- dim(x)[1]
  20         y <- vector("list", n)
  21         for (i in 1:n) y[[i]] <- x[i, ]
  22         x <- y
  23         rm(y)
  24     }
  25     if (!is.list(x)) return(deleteGaps(x))
  26     x <- lapply(x, deleteGaps)
  27     class(x) <- "DNAbin"
  28     x
  29 }
  30
  31 as.alignment <- function(x)
  32 {
  33     if (is.list(x)) n <- length(x)
  34     if (is.matrix(x)) n <- dim(x)[1]
  35     seq <- character(n)
  36     if (is.list(x)) {
  37         nam <- names(x)
  38         for (i in 1:n)
  39           seq[i] <- paste(x[[i]], collapse = "")
  40     }
  41     if (is.matrix(x)) {
  42         nam <- dimnames(x)[[1]]
  43         for (i in 1:n)
  44           seq[i] <- paste(x[i, ], collapse = "")
  45     }
  46     obj <- list(nb = n, seq = seq, nam = nam, com = NA)
  47     class(obj) <- "alignment"
  48     obj
  49 }
  50
  51 "[.DNAbin" <- function(x, i, j, drop = TRUE)
  52 {
  53     class(x) <- NULL
  54     if (is.matrix(x)) {
  55         if (nargs() == 2 && !missing(i)) ans <- x[i]
  56         else {
  57             nd <- dim(x)
  58             if (missing(i)) i <- 1:nd[1]
  59             if (missing(j)) j <- 1:nd[2]
  60             ans <- x[i, j, drop = drop]
  61         }
  62     } else {
  63         if (missing(i)) i <- 1:length(x)
  64         ans <- x[i]
  65     }
  66     structure(ans, class = "DNAbin")
  67 }
  68
  69 as.matrix.DNAbin <- function(x, ...)
  70 {
  71     if (is.matrix(x)) return(x)
  72     if (is.list(x)) {
  73         if (length(unique(unlist(lapply(x, length)))) != 1)
  74           stop("DNA sequences in list not of the same length.")
  75         nms <- names(x)
  76         n <- length(x)
  77         s <- length(x[[1]])
  78         x <- matrix(unlist(x), n, s, byrow = TRUE)
  79         rownames(x) <- nms
  80         class(x) <- "DNAbin"
  81     }
  82     x
  83 }
  84
  85 rbind.DNAbin <- function(...)
  86 ### works only with matrices for the moment
  87 {
  88     obj <- list(...)
  89     nobj <- length(obj)
  90     if (nobj == 1) stop("only one matrix to bind.")
  91     NC <- ncol(obj[[1]])
  92     for (i in 2:nobj)
  93       if(ncol(obj[[i]]) != NC)
  94         stop("matrices do not have the same number of columns.")
  95     for (i in 1:nobj) class(obj[[i]]) <- NULL
  96     ans <- obj[[1]]
  97     for (i in 2:nobj) ans <- rbind(ans, obj[[i]])
  98     structure(ans, class = "DNAbin")
  99 }
 100
 101 cbind.DNAbin <- function(..., check.names = TRUE)
 102 ### works only with matrices for the moment
 103 {
 104     obj <- list(...)
 105     nobj <- length(obj)
 106     if (nobj == 1) stop("only one matrix to bind.")
 107     NR <- nrow(obj[[1]])
 108     for (i in 2:nobj)
 109       if(nrow(obj[[i]]) != NR)
 110         stop("matrices do not have the same number of rows.")
 111     for (i in 1:nobj) class(obj[[i]]) <- NULL
 112     nms <- rownames(obj[[1]])
 113     if (check.names) {
 114         for (i in 2:nobj)
 115           if (all(rownames(obj[[i]]) %in% nms))
 116             obj[[i]] <- obj[[i]][nms, ]
 117         else stop("rownames do not match among matrices.")
 118     }
 119     ans <- matrix(unlist(obj), NR)
 120     rownames(ans) <- nms
 121     structure(ans, class = "DNAbin")
 122 }
 123
 124 print.DNAbin <- function(x, ...)
 125 {
 126     n <- 1 # <- if is.vector(x)
 127     if (is.list(x)) n <- length(x)
 128     else if (is.matrix(x)) n <- dim(x)[1]
 129     if (n > 1) cat(n, "DNA sequences in binary format.\n")
 130     else cat("1 DNA sequence in binary format.\n")
 131 }
 132
 133 summary.DNAbin <- function(object, printlen = 6, digits = 3, ...)
 134 {
 135     if (is.list(object)) {
 136         n <- length(object)
 137         nms <- names(object)
 138         if (n == 1) {
 139             cat("1 DNA sequence in binary format stored in a list.\n\n")
 140             cat("Sequence length:", length(object[[1]]), "\n\n")
 141             cat("Label:", nms, "\n\n")
 142         } else {
 143             cat(n, "DNA sequences in binary format stored in a list.\n\n")
 144             cat("Summary of sequence lengths:\n")
 145             print(summary(unlist(lapply(object, length))))
 146             TAIL <- "\n\n"
 147             if (printlen < n) {
 148                 nms <- nms[1:printlen]
 149                 TAIL <- "...\n\n"
 150             }
 151             cat("\nLabels:", paste(nms, collapse = " "), TAIL)
 152         }
 153     } else if (is.matrix(object)) {
 154         nd <- dim(object)
 155         nms <- rownames(object)
 156         cat(nd[1], "DNA sequences in binary format stored in a matrix.\n\n")
 157         cat("All sequences of same length:", nd[2], "\n")
 158         TAIL <- "\n\n"
 159         if (printlen < nd[1]) {
 160             nms <- nms[1:printlen]
 161             TAIL <- "...\n\n"
 162         }
 163         cat("\nLabels:", paste(nms, collapse = " "), TAIL)
 164     } else {
 165         cat("1 DNA sequence in binary format stored in a vector.\n\n")
 166         cat("Sequence length:", length(object), "\n\n")
 167     }
 168     cat("Base composition:\n")
 169     print(round(base.freq(object), digits))
 170 }
 171
 172 as.DNAbin <- function(x, ...) UseMethod("as.DNAbin")
 173
 174 ._cs_<- letters[c(1, 7, 3, 20, 18, 13, 23, 19, 11, 25, 22, 8, 4, 2, 14)]
 175
 176 ._bs_<- c(136, 72, 40, 24, 192, 160, 144, 96, 80, 48, 224, 176, 208, 112, 240)
 177
 178 as.DNAbin.character <- function(x, ...)
 179 {
 180     n <- length(x)
 181     ans <- raw(n)
 182     for (i in 1:15)
 183       ans[which(x == ._cs_[i])] <- as.raw(._bs_[i])
 184     ans[which(x == "-")] <- as.raw(4)
 185     ans[which(x == "?")] <- as.raw(2)
 186     if (is.matrix(x)) {
 187         dim(ans) <- dim(x)
 188         dimnames(ans) <- dimnames(x)
 189     }
 190     class(ans) <- "DNAbin"
 191     ans
 192 }
 193
 194 as.DNAbin.alignment <- function(x, ...)
 195 {
 196     n <- x$nb
 197     x$seq <- tolower(x$seq)
 198     ans <- matrix("", n, nchar(x$seq[1]))
 199     for (i in 1:n)
 200         ans[i, ] <- strsplit(x$seq[i], "")[[1]]
 201     rownames(ans) <- gsub(" +$", "", gsub("^ +", "", x$nam))
 202     as.DNAbin.character(ans)
 203 }
 204
 205 as.DNAbin.list <- function(x, ...)
 206 {
 207     obj <- lapply(x, as.DNAbin)
 208     class(obj) <- "DNAbin"
 209     obj
 210 }
 211
 212 as.character.DNAbin <- function(x, ...)
 213 {
 214     f <- function(xx) {
 215         ans <- character(length(xx))
 216         for (i in 1:15)
 217           ans[which(xx == ._bs_[i])] <- ._cs_[i]
 218         ans[which(xx == 4)] <- "-"
 219         ans[which(xx == 2)] <- "?"
 220         if (is.matrix(xx)) {
 221             dim(ans) <- dim(xx)
 222             dimnames(ans) <- dimnames(xx)
 223         }
 224         ans
 225     }
 226     if (is.list(x)) lapply(x, f) else f(x)
 227 }
 228
 229 base.freq <- function(x)
 230 {
 231     if (is.list(x)) x <- unlist(x)
 232     n <- length(x)
 233     BF <- .C("BaseProportion", x, n, double(4),
 234              DUP = FALSE, NAOK = TRUE, PACKAGE = "ape")[[3]]
 235     names(BF) <- letters[c(1, 3, 7, 20)]
 236     BF
 237 }
 238
 239 GC.content <- function(x) sum(base.freq(x)[2:3])
 240
 241 seg.sites <- function(x)
 242 {
 243     if (is.list(x)) x <- as.matrix(x)
 244     n <- dim(x)
 245     s <- n[2]
 246     n <- n[1]
 247     ans <- .C("SegSites", x, n, s, integer(s),
 248               DUP = FALSE, NAOK = TRUE, PACKAGE = "ape")
 249     which(as.logical(ans[[4]]))
 250 }
 251
 252 nuc.div <- function(x, variance = FALSE, pairwise.deletion = FALSE)
 253 {
 254     if (pairwise.deletion && variance)
 255       warning("cannot compute the variance of nucleotidic diversity\nwith pairwise deletion: try 'pairwise.deletion = FALSE' instead.")
 256     if (is.list(x)) x <- as.matrix(x)
 257     n <- dim(x)[1]
 258     ans <- sum(dist.dna(x, "raw", pairwise.deletion = pairwise.deletion))/
 259         (n*(n - 1)/2)
 260     if (variance) {
 261         var <- (n + 1)*ans/(3*(n + 1)*dim(x)[2]) + 2*(n^2 + n + 3)*ans/(9*n*(n - 1))
 262         ans <- c(ans, var)
 263     }
 264     ans
 265 }
 266
 267 dist.dna <- function(x, model = "K80", variance = FALSE, gamma = FALSE,
 268                      pairwise.deletion = FALSE, base.freq = NULL,
 269                      as.matrix = FALSE)
 270 {
 271     MODELS <- c("RAW", "JC69", "K80", "F81", "K81", "F84", "T92", "TN93",
 272                 "GG95", "LOGDET", "BH87", "PARALIN")
 273     imod <- which(MODELS == toupper(model))
 274     if (imod == 11 && variance) {
 275         warning("computing variance temporarily not available for model BH87.")
 276         variance <- FALSE
 277     }
 278     if (gamma && imod %in% c(1, 5:7, 9:12)) {
 279         warning(paste("gamma-correction not available for model", model))
 280         gamma <- FALSE
 281     }
 282     if (is.list(x)) x <- as.matrix(x)
 283     nms <- dimnames(x)[[1]]
 284     n <- dim(x)
 285     s <- n[2]
 286     n <- n[1]
 287     BF <- if (is.null(base.freq)) base.freq(x) else base.freq
 288     if (!pairwise.deletion) {
 289         keep <- .C("GlobalDeletionDNA", x, n, s,
 290                    rep(1L, s), PACKAGE = "ape")[[4]]
 291         x <- x[,  as.logical(keep)]
 292         s <- dim(x)[2]
 293     }
 294     Ndist <- if (imod == 11) n*n else n*(n - 1)/2
 295     var <- if (variance) double(Ndist) else 0
 296     if (!gamma) gamma <- alpha <- 0
 297     else alpha <- gamma <- 1
 298     d <- .C("dist_dna", x, n, s, imod, double(Ndist), BF,
 299             as.integer(pairwise.deletion), as.integer(variance),
 300             var, as.integer(gamma), alpha, DUP = FALSE, NAOK = TRUE,
 301             PACKAGE = "ape")
 302     if (variance) var <- d[[9]]
 303     d <- d[[5]]
 304     if (imod == 11) {
 305         dim(d) <- c(n, n)
 306         dimnames(d) <- list(nms, nms)
 307     } else {
 308         attr(d, "Size") <- n
 309         attr(d, "Labels") <- nms
 310         attr(d, "Diag") <- attr(d, "Upper") <- FALSE
 311         attr(d, "call") <- match.call()
 312         attr(d, "method") <- model
 313         class(d) <- "dist"
 314         if (as.matrix) d <- as.matrix(d)
 315     }
 316     if (variance) attr(d, "variance") <- var
 317     d
 318 }