3 CFLAGS= -g -Wall #-O2 -m64 #-arch ppc
5 DFLAGS= -D_IOLIB=2 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 #-D_NO_RAZF #-D_NO_CURSES
6 OBJS= bam.o bam_import.o bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_sort.o bam_index.o \
7 razf.o bgzf.o faidx.o bam_tview.o bam_maqcns.o bam_aux.o bam_plcmd.o \
8 bam_mate.o bam_rmdup.o glf.o bam_stat.o kstring.o bam_md.o sam.o sam_view.o \
10 PROG= razip bgzip samtools
18 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
20 all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
21 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
23 list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
25 $(MAKE) -f Makefile.generic CC="$(CC)" CXX="$(CXX)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
26 INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBS="$(LIBS)" $$target || exit 1; \
38 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bamtk.o $(LIBS) -L. -lbam -lcurses
41 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(LIBS)
44 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(LIBS)
47 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
49 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
50 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
51 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
52 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
53 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
54 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
55 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
56 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
57 bam_md.o:bam.h faidx.h
61 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
62 faidx_main.o:faidx.h razf.h
65 rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a
67 clean:cleanlocal-recur