Changes

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
   7       graphical exploration of large trees (plot.cophylo, subtrees,
   8       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
   9       (without plotting).
  10
  11     o The new function corPagel() implements the Pagel's "lambda"
  12       correlation structure.
  13
  14
  15 BUG FIXES
  16
  17     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
  18       first sequence.
  19
  20     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
  21       circular tree (type = "r" or "f").
  22
  23     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
  24       trees.
  25
  26     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
  27       (thanks to Yan Wong for the fix).
  28
  29     o drop.tip() failed with some trees  (fixed by Yan Wong).
  30
  31     o seg.sites() failed with a list.
  32
  33
  34 OTHER CHANGES
  35
  36     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
  37       help page for details.
  38
  39
  40
  41                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
  42
  43
  44 BUG FIXES
  45
  46     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
  47
  48     o An error was fixed in the computation of ancestral character
  49       states by generalized least squares in ace().
  50
  51     o di2multi() did not modify node labels correctly.
  52
  53     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
  54       "cladewise".
  55
  56
  57
  58                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
  59
  60
  61 NEW FEATURES
  62
  63     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
  64       and [[.
  65
  66     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
  67       (FALSE by default) as well as its code being improved.
  68
  69     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
  70       than in plot.default().
  71
  72
  73 BUG FIXES
  74
  75     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
  76       list of trees.
  77
  78     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
  79       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
  80       worked already for thermometers).
  81
  82     o read.nexus() generally failed to read very big files.
  83
  84
  85 OTHER CHANGES
  86
  87     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
  88       as well as a character string.
  89
  90     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
  91       'tree.names = NULL'.
  92
  93     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
  94       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
  95       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
  96       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
  97       correctly when extracting trees.
  98
  99
 100
 101                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 102
 103
 104 NEW FEATURES
 105
 106     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 107
 108     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 109       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 110
 111
 112 BUG FIXES
 113
 114     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 115       pairwise.deletion = FALSE.
 116
 117
 118 OTHER CHANGES
 119
 120     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 121       have been improved so that they are stabler and faster.
 122
 123     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 124       are loaded only when needed.
 125
 126
 127
 128                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 129
 130
 131 NEW FEATURES
 132
 133     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 134       tree using the mouse.
 135
 136     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 137       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 138
 139     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 140       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 141       an object of class "DNAbin".
 142
 143     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 144       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 145
 146     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 147       as its main argument.
 148
 149     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 150       improved, and gain several options (see the help page for
 151       details). A legend is now plotted by default.
 152
 153
 154 BUG FIXES
 155
 156     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 157       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 158       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 159       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 160
 161     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 162       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 163       single line).
 164
 165     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 166       edges (see OTHER CHANGES).
 167
 168
 169 OTHER CHANGES
 170
 171     o The code of mlphylo() has almost entirely rewritten, and should
 172       be much stabler. The options have been also greatly simplified
 173       (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 174
 175     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 176
 177     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 178       been cleaned-up.
 179
 180     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 181       improved.
 182
 183     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 184       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 185       correction applied in previous version did not work in all
 186       situations.
 187
 188     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 189       "multiPhylo".
 190
 191
 192 DOCUMENTATION
 193
 194     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
 195
 196
 197 DEPRECATED & DEFUNCT
 198
 199     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
 200       lengths.
 201
 202     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
 203
 204
 205
 206                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
 207
 208
 209 NEW FEATURES
 210
 211     o The new function matexpo computes the exponential of a square
 212       matrix.
 213
 214     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
 215       a list.
 216
 217     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
 218       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
 219
 220
 221 BUG FIXES
 222
 223     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
 224       looked for.
 225
 226     o In diversi.time(), the values returned for model C were
 227       incorrect.
 228
 229     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
 230       likelihood in the presence of ties in the branching times.
 231
 232     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
 233       calculations of the transition probabilities for models HKY and
 234       GTR in mlphylo().
 235
 236     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
 237       Bullard).
 238
 239     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
 240       limited number of labelled topologies could be generated.
 241
 242
 243
 244                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
 245
 246
 247 NEW FEATURES
 248
 249     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
 250       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
 251       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
 252       previous programs done by Vincent Lefort.
 253
 254     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
 255       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
 256       Evol. 24: 58).
 257
 258     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
 259       two clades connected to the same node. It works also with
 260       multichotomous nodes.
 261
 262     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
 263       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
 264       keeping the names and the class.
 265
 266
 267 BUG FIXES
 268
 269     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
 270       an error message is now returned.
 271
 272     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
 273       to remove.
 274
 275
 276
 277                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
 278
 279
 280 NEW FEATURES
 281
 282     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
 283       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
 284
 285     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
 286       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
 287       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
 288       should be much faster.
 289
 290
 291 BUG FIXES
 292
 293     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
 294       from ape 1.10: this is fixed in this version
 295
 296     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
 297       object is now returned unchanged.
 298
 299
 300
 301                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
 302
 303
 304 NEW FEATURES
 305
 306     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
 307       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
 308
 309
 310 BUG FIXES
 311
 312     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
 313       object when reading multiple trees.
 314
 315     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
 316       "phylo").
 317
 318     o unroot() did not work correctly in most cases.
 319
 320     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
 321
 322     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
 323
 324     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
 325       correctly positioned if the option `cex' was used.
 326
 327
 328
 329                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
 330
 331
 332 NEW FEATURES
 333
 334     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
 335       DNA sequences in binary format (see below).
 336
 337     o Three new functions have been introduced to convert between the
 338       new binary and the character formats.
 339
 340     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
 341       single characters into the class "alignment" used by the package
 342       seqinr.
 343
 344     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
 345       controlling whether the sequences are returned in binary format
 346       or as character.
 347
 348
 349 BUG FIXES
 350
 351     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
 352
 353     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
 354       the default setting: this is fixed.
 355
 356     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
 357       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
 358
 359
 360 OTHER CHANGES
 361
 362     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
 363       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
 364       details. Most functions analyzing DNA functions have been
 365       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
 366       ca. 60 times faster).
 367
 368
 369
 370                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
 371
 372
 373 BUG FIXES
 374
 375     o A bug was fixed in edgelabels().
 376
 377     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
 378       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
 379       now its tip labels set to "1", "2", ...
 380
 381     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
 382       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
 383
 384     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
 385       initial tree were greater than one: an error message is now
 386       issued.
 387
 388     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
 389       invariants: this is fixed.
 390
 391
 392
 393                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
 394
 395
 396 NEW FEATURES
 397
 398     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
 399       in the same way than nodelabels or tiplabels.
 400
 401
 402 BUG FIXES
 403
 404     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
 405       default option `random = TRUE': this is now fixed.
 406
 407     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
 408
 409     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
 410       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
 411       prop.clades, and boot.phylo.
 412
 413     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
 414       dist.topo was wrong: this has been fixed.
 415
 416
 417
 418                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
 419
 420
 421 NEW FEATURES
 422
 423     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
 424       a tree to plot them left- or right-ladderized.
 425
 426     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
 427       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
 428       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
 429
 430
 431 BUG FIXES
 432
 433     o A bug was fixed in old2new.phylo().
 434
 435     o Some bugs were fixed in chronopl().
 436
 437     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
 438       (thank you to Li-San Wang for the fix).
 439
 440     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
 441       fixed.
 442
 443
 444 OTHER CHANGES
 445
 446     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
 447       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
 448       format are still returned in a list.
 449
 450     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
 451       it could not be used from the generic.
 452
 453
 454 DEPRECATED & DEFUNCT
 455
 456     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
 457       since ape 1.9.
 458
 459
 460
 461                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
 462
 463
 464 BUG FIXES
 465
 466     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
 467       element `Nnode' was not set: this is fixed.
 468
 469     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
 470       unrooted tree in most cases.
 471
 472     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
 473       particularly of the BX-series.
 474
 475     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
 476       fixed
 477
 478
 479
 480                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
 481
 482
 483 NEW FEATURES
 484
 485     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
 486       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
 487       displayed in a compact and informative way.
 488
 489     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
 490       for converting between the old and new coding of the class
 491       "phylo".
 492
 493     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
 494       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
 495
 496     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
 497       available to compute branch lengths.
 498
 499     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
 500
 501
 502 BUG FIXES
 503
 504     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
 505       multichotomous trees: this is fixed.
 506
 507     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
 508       returned unchanged.
 509
 510     o ace() did not return the correct index matrix with custom
 511       models: this is fixed.
 512
 513     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
 514       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
 515       of clades was randomized: this is fixed. This function now
 516       accepts trees with no branch lengths.
 517
 518     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
 519       user distribution was specified. This has been corrected, and
 520       the help page of this function has been expanded.
 521
 522
 523 OTHER CHANGES
 524
 525     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
 526       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
 527       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
 528       functions has been improved.
 529
 530     o Several functions have been improved by replacing some R codes
 531       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
 532
 533     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
 534
 535     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
 536       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
 537
 538     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
 539       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
 540       labels.
 541
 542     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
 543
 544     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
 545       been removed.
 546
 547     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
 548
 549     o The use of node.depth() has been simplified.
 550
 551
 552
 553                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
 554
 555
 556 NEW FEATURES
 557
 558     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
 559       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
 560       sequences in NEXUS files.
 561
 562     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
 563       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
 564       reorder(tr).
 565
 566     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
 567       edge.
 568
 569     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
 570       in NEXUS format.
 571
 572
 573 BUG FIXES
 574
 575     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
 576       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
 577
 578     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
 579       to remove or substitute any characters that are illegal in the
 580       Newick format (parentheses, etc.)
 581
 582     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
 583       now fixed.
 584
 585
 586
 587                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
 588
 589
 590 NEW FEATURES
 591
 592     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
 593       Hasegawa test.
 594
 595     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
 596       single descendant from a tree.
 597
 598     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
 599       colours of the tips.
 600
 601     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
 602       the progress of the analysis (the default is FALSE).
 603
 604
 605 BUG FIXES
 606
 607     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
 608       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
 609
 610     o ace() returned a list with no class so that the generic
 611       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
 612       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
 613
 614     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
 615       of freedom: this is fixed.
 616
 617     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
 618       a data frame: this is fixed.
 619
 620     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
 621       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
 622
 623
 624 OTHER CHANGES
 625
 626     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
 627       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
 628       respectively.
 629
 630
 631
 632                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
 633
 634
 635 NEW FEATURES
 636
 637     o There are four new `method' functions to be used with the
 638       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
 639
 640     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
 641       change the title, and `col' to control the colour of the
 642       segments showing the AIC values.
 643
 644     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
 645       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
 646       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
 647       of the estimated rates when analysing discrete characters.
 648
 649     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
 650       represent proportions, with any number of categories, as
 651       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
 652       there is now no limitation on the number of categories.
 653
 654
 655 BUG FIXES
 656
 657     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
 658       fixed.
 659
 660     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
 661       in the tree: this is fixed.
 662
 663     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
 664       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
 665
 666     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
 667       correctly output, and the estimation failed in some cases.
 668
 669     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
 670       is fixed and a message error is now returned.
 671
 672     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
 673       the calculation of P-values.
 674
 675     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
 676       and in the variables were different: this is fixed.
 677
 678
 679
 680                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
 681
 682
 683 NEW FEATURES
 684
 685     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
 686       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
 687       is used to define the substitution model which may include
 688       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
 689       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
 690       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
 691       functionality is limited to estimating the substitution and
 692       associated parameters and computing the likelihood.
 693
 694     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
 695       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
 696       warning message is printed if there is not enough degrees of
 697       freedom.
 698
 699
 700 BUG FIXES
 701
 702     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
 703       though with no consequence.
 704
 705
 706
 707                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
 708
 709
 710 NEW FEATURES
 711
 712     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
 713       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
 714       documented on the same help page.
 715
 716
 717 BUG FIXES
 718
 719     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
 720       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
 721       boot.phylo, or consensus.
 722
 723     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
 724       more than one element: this is fixed.
 725
 726     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
 727       has been corrected.
 728
 729     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
 730       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
 731       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
 732
 733
 734 OTHER CHANGES
 735
 736     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
 737       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
 738       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
 739
 740
 741
 742                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
 743
 744
 745 NEW FEATURES
 746
 747     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
 748       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
 749
 750     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
 751       list of trees.
 752
 753     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
 754       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
 755
 756     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
 757       tree together with ancestral values, as returned by the above
 758       function.
 759
 760     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
 761       set of nested taxonomic variables given as a formula.
 762
 763     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
 764
 765     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
 766       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
 767
 768     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
 769
 770     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
 771       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
 772
 773     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
 774       there are print (to display a partition in a more friendly way)
 775       and summary (to extract the numbers) methods.
 776
 777     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
 778       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
 779
 780     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
 781       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
 782       respectively.
 783
 784     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
 785
 786
 787 BUG FIXES
 788
 789     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
 790       handled corretly, and node labels are now output normally.
 791
 792     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
 793       in some cases.
 794
 795     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
 796       ancestral states of discrete characters failed, custom models
 797       did not work, and the function failed with a null gradient (a
 798       warning message is now returned; this latter bug was also
 799       present in yule.cov() as well and is now fixed).
 800
 801     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
 802       is now returned.
 803
 804     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
 805       was not always correctly dispatched.
 806
 807     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
 808       was plotted rightwards: this works now for all directions.
 809
 810
 811 OTHER CHANGES
 812
 813     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
 814
 815     o Various error and warning messages have been improved.
 816
 817
 818
 819                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
 820 NEW FEATURES
 821
 822     o The new function ace() estimates ancestral character states for
 823       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
 824       discrete characters (with ML only) for any number of states.
 825
 826     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
 827       of directional evolution for continuous characters. The user
 828       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
 829       changes.
 830
 831     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
 832       "phylo") is rooted.
 833
 834     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
 835       the possibility to specify the function that generates the
 836       inter-nodes distances.
 837
 838     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
 839       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
 840
 841     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
 842       to three classes) on the nodes of a tree.
 843
 844     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
 845       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
 846       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
 847       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
 848       3) are now handled correctly.
 849
 850     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
 851       for Penny and Henny's method (already available before and now
 852       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
 853       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
 854
 855     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
 856       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
 857       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
 858       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
 859
 860     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
 861       DNA sequences by specifying model = "raw".
 862
 863     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
 864       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
 865       `full = FALSE'.
 866
 867
 868 BUG FIXES
 869
 870     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
 871
 872     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
 873       they are now considered as missing data.
 874
 875     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
 876       fixed.
 877
 878     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
 879       and the function has been improved and is now faster.
 880
 881     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
 882       incorrect.
 883
 884     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
 885       this is fixed.
 886
 887     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
 888       rooted and unrooted trees.
 889
 890     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
 891       fixed.
 892
 893     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
 894
 895
 896
 897                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
 898
 899
 900 NEW FEATURES
 901
 902     o The new function dist.topo() computes the topological distances
 903       between two trees.
 904
 905     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
 906       phylogeny estimation.
 907
 908     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
 909       bipartitions from a series of trees.
 910
 911
 912 OTHER CHANGES
 913
 914     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
 915       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
 916       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
 917
 918
 919 BUG FIXES
 920
 921     o Several bugs were fixed in read.dna().
 922
 923     o Several bugs were fixed in diversi.time().
 924
 925     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
 926       lengths: this is fixed.
 927
 928     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
 929       tree: this is fixed.
 930
 931
 932
 933                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
 934
 935
 936 NEW FEATURES
 937
 938     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
 939       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
 940       latter implements the representation of binary trees introduced by
 941       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
 942       as.matching() has been introduced as well.
 943
 944     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
 945       and collapse multichotomies with branches of length zero.
 946
 947     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
 948       from a sample a DNA sequences.
 949
 950     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
 951       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
 952       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
 953       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
 954       is available for all models. A gamma-correction is possible for
 955       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
 956       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
 957       `GCcontent' has been removed.
 958
 959     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
 960       whether to return the species names of the organisms in addition
 961       to the accession numbers of the sequences (this is the default
 962       behaviour).
 963
 964     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
 965
 966     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
 967       new root edge if internal branches are trimmed.
 968
 969
 970 BUG FIXES
 971
 972     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
 973       is fixed.
 974
 975     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
 976       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
 977       different representations (a report was printed previously).
 978
 979     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
 980       this is fixed.
 981
 982
 983 OTHER CHANGES
 984
 985     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
 986       which there is a print method.
 987
 988
 989
 990                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
 991
 992
 993 NEW FEATURES
 994
 995     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
 996       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
 997       Evol., 4:406).
 998
 999     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1000       that belong to a group specified as a set of tips.
1001
1002     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1003       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1004       "phylo".
1005
1006     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1007       phylogeny plot.
1008
1009     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1010       in different cases and giving a number of tips.
1011
1012     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1013       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1014       line.
1015
1016     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1017       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1018       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1019       marked with the option `subtree' (see below).
1020
1021     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1022       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1023       deleted and where.
1024
1025     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1026       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1027       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1028
1029     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1030       edge lengths into account.
1031
1032     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1033       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1034       they are propagated to the vertical line that link them.
1035
1036
1037 BUG FIXES
1038
1039     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1040       crashing. This is fixed.
1041
1042     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1043       now properly recycled; their default values are now "black" and
1044       1, respectively.
1045
1046     o A bug has been fixed in write.nexus().
1047
1048
1049 OTHER CHANGES
1050
1051     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1052       replaced by a C code.
1053
1054
1055
1056                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1057
1058
1059 NEW FEATURES
1060
1061     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1062       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1063
1064     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1065       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1066       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1067       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1068       limit (as before).
1069
1070
1071
1072                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1073
1074
1075 NEW FEATURES
1076
1077     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1078       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1079       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1080       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1081       display graphically the AIC values of each model.
1082
1083     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1084       a model where the speciation rate is affected by several species
1085       traits through a generalized linear model. The parameters are
1086       estimated by maximum likelihood.
1087
1088     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1089       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1090       species given a phylogeny under different models of evolution.
1091       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1092       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1093       Initialize.corPhyl() function associated.
1094
1095     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1096       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1097
1098     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1099       a plot method.
1100
1101     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1102       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1103       correlograms.
1104
1105     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1106       of a subtree defined by a particular node.
1107
1108     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1109       given parent node.
1110
1111     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1112       a tree according to a specified method.
1113
1114     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1115       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1116       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1117       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1118       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1119
1120
1121 BUG FIXES
1122
1123     o Some functions which try to match tip labels and names of
1124       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1125       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1126       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1127       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1128       have been clarified on this point.
1129
1130
1131
1132                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1133
1134
1135 NEW FEATURES
1136
1137     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1138       to a specified outgroup.
1139
1140     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1141
1142     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1143       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1144       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1145       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1146       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1147       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1148       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1149
1150     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1151
1152
1153 BUG FIXES
1154
1155     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1156       lengths: this is fixed.
1157
1158     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1159       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1160
1161
1162
1163                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1164
1165
1166 NEW FEATURES
1167
1168     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1169       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1170       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1171
1172     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1173       has been included.
1174
1175
1176 BUG FIXES
1177
1178     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1179
1180
1181 OTHER CHANGES
1182
1183     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1184       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1185
1186
1187
1188                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
1189
1190
1191 NEW FEATURES
1192
1193     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
1194       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
1195       speciation and extinction rates.
1196
1197
1198 OTHER CHANGES
1199
1200     o The package gee is no more required by ape but only suggested
1201       since only the function compar.gee() calls gee.
1202
1203
1204
1205                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
1206
1207
1208 NEW FEATURES
1209
1210     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
1211       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
1212       demographic history from genealogies using a reversible jump
1213       MCMC have been introduced.
1214
1215     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
1216       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
1217
1218
1219
1220                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
1221
1222
1223 NEW FEATURES
1224
1225     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
1226       without branch lengths.
1227
1228     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
1229       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
1230       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
1231       arguments (see `?ltt.plot' for details).
1232
1233
1234 BUG FIXES
1235
1236     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
1237       this is fixed.
1238
1239     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
1240       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
1241
1242
1243 OTHER CHANGES
1244
1245     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
1246       algorithm: it is now about four times faster.
1247
1248     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
1249       twice faster.
1250
1251
1252
1253                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
1254
1255
1256 NEW FEATURES
1257
1258     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
1259       sample of DNA sequences.
1260
1261
1262 BUG FIXES
1263
1264     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
1265       1.2-1 was fixed.
1266
1267     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
1268       help pages.
1269
1270
1271
1272                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
1273
1274
1275 NEW FEATURES
1276
1277     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
1278       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
1279
1280
1281 BUG FIXES
1282
1283     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
1284       comment blocks were not read correctly.
1285
1286     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
1287       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
1288       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
1289       are now correctly represented in the object of class "phylo";
1290       a warning message is now issued.
1291
1292
1293
1294                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
1295
1296
1297 NEW FEATURES
1298
1299     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
1300       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
1301       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
1302       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
1303       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
1304       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
1305       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
1306       and two new functions (potentially useful for developpers) are
1307       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
1308       see the respective help pages for details.
1309
1310     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
1311       focusing on a small portion of it.
1312
1313     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
1314       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
1315
1316     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
1317       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
1318       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
1319       The function has been completely re-written, fixing some bugs
1320       (see below); the default behaviour is no more to display the
1321       sequences on the standard output. Several options have been
1322       introduced to control the sequence printing in a flexible
1323       way. The help page has been extended.
1324
1325     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
1326
1327
1328 BUG FIXES
1329
1330     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
1331       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
1332
1333     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
1334
1335     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
1336       function did not work with `format = "interleaved"'.
1337
1338     o Various errors were corrected in the help pages.
1339
1340
1341 OTHER CHANGES
1342
1343     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
1344       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
1345       the corresponding generic function.
1346
1347     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
1348       since gamma() is a generic function.
1349
1350
1351
1352                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
1353
1354
1355 BUG FIXES
1356
1357     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
1358       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
1359       returned if one base was absent). This is now fixed (a
1360       vector of length 4 is always returned).
1361
1362     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
1363       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
1364       command in the NEXUS file, and that the commands were
1365       case-sensitive.
1366
1367
1368
1369                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
1370
1371
1372 NEW FEATURES
1373
1374     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
1375       in dist.dna(): five models are now available in this function.
1376
1377     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
1378       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
1379       sylvaticus).
1380
1381
1382 BUG FIXES
1383
1384     o A bug in read.nexus() was fixed.
1385
1386     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
1387       The function has been completely re-written and its help page
1388       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
1389       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
1390       spaces (this behaviour was undocumented).
1391
1392     o A bug was fixed in write.dna().
1393
1394
1395
1396                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
1397
1398
1399 BUG FIXES
1400
1401     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
1402
1403     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
1404       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
1405
1406
1407
1408                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
1409
1410
1411 NEW FEATURES
1412
1413     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
1414       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
1415       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
1416       the function klastorin()).
1417
1418     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
1419       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
1420       as.phylo for details).
1421
1422     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
1423       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
1424       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
1425       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
1426       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
1427
1428     o A summary method is now provided printing a summary information on a
1429       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
1430
1431     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
1432       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
1433       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
1434       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
1435       (this behaviour was undocumented).
1436
1437     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
1438       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
1439       the plot as such or replaced with spaces (the default).
1440
1441     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
1442       the estimated parameters using profile likelihood.
1443
1444     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
1445       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
1446       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
1447
1448
1449 BUG FIXES
1450
1451     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
1452
1453     o A bug in plot.mst() was fixed.
1454
1455     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
1456       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
1457
1458
1459
1460                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
1461
1462
1463 NEW FEATURES
1464
1465     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
1466       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
1467
1468     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
1469       in a NEXUS file.
1470
1471     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
1472       possibly handling root edges to give internal branches.
1473
1474     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
1475       and trims (or not) the corresponding internal branches.
1476
1477     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
1478
1479     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
1480       branches with different colours and/or different widths, showing the
1481       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
1482       the labels, and controling the space around the plot.
1483
1484     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
1485       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
1486       objects of class "phylo" is now optional.
1487
1488     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
1489       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
1490       mode character containing the tree in Newick format is returned which
1491       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
1492
1493     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
1494       to read the tree in a variable of mode character.
1495
1496     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
1497       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
1498
1499
1500
1501                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
1502
1503
1504 BUG FIXES
1505
1506     o Several bugs were fixed in the help pages.
1507
1508
1509
1510                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
1511
1512
1513 NEW FEATURES
1514
1515     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
1516       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
1517
1518     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
1519       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
1520       extinction rates.
1521
1522     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
1523       tree.
1524
1525     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
1526
1527     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
1528       as well as some methods are introduced.
1529
1530     o Several functions, including some generics and methods, for computing
1531       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
1532       population size through time are introduced and replace the function
1533       skyline.plot() in version 0.1.
1534
1535     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
1536       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
1537       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
1538       Democratic Republic of Congo.
1539
1540
1541 DEPRECATED & DEFUNCT
1542
1543     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
1544       replaced by more elaborate functions (see above).
1545
1546
1547 BUG FIXES
1548
1549     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
1550       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
1551       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
1552       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
1553
1554     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
1555       AICs and LRTs.
1556
1557     o Various errors were corrected in the help pages.