Changes

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
   7       'pairwise.deletion'.
   8
   9
  10 BUG FIXES
  11
  12     o prop.part() failed with a single tree with the default option
  13      'check.labels = TRUE'.
  14
  15
  16 OTHER CHANGES
  17
  18     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
  19       Newick strings; e.g., the command data(bird.orders) calls
  20       read.tree().
  21
  22
  23
  24                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
  25
  26
  27 NEW FEATURES
  28
  29     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
  30       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
  31       truncate and/or make them unique, substituting some
  32       characters, and so on.
  33
  34     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
  35       set of DNA sequences.
  36
  37     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
  38
  39
  40 BUG FIXES
  41
  42     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
  43       already the specified root.
  44
  45     o Several bugs were fixed in mlphylo().
  46
  47     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
  48       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
  49
  50     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
  51       trees.
  52
  53     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
  54       translation of tip labels.
  55
  56     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
  57       a single tree with no edge lengths.
  58
  59     o A bug was fixed in sh.test().
  60
  61
  62 OTHER CHANGES
  63
  64     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
  65       Minin.
  66
  67     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
  68       TRUE by default.
  69
  70     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
  71       the Phylip formats.
  72
  73
  74
  75                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
  76
  77
  78 NEW FEATURES
  79
  80     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
  81       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
  82       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
  83       (without plotting).
  84
  85     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
  86       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
  87
  88     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
  89       help page for details.
  90
  91     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
  92       bootstraped trees (the default is FALSE).
  93
  94     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
  95       situations.
  96
  97
  98 BUG FIXES
  99
 100     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 101       first sequence.
 102
 103     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 104       circular tree (type = "r" or "f").
 105
 106     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 107       trees.
 108
 109     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 110       (thanks to Yan Wong for the fix).
 111
 112     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 113
 114     o seg.sites() failed with a list.
 115
 116     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 117       as well and is faster.
 118
 119
 120
 121                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 122
 123
 124 BUG FIXES
 125
 126     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 127
 128     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 129       states by generalized least squares in ace().
 130
 131     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 132
 133     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 134       "cladewise".
 135
 136
 137
 138                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 139
 140
 141 NEW FEATURES
 142
 143     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 144       and [[.
 145
 146     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 147       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 148
 149     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 150       than in plot.default().
 151
 152
 153 BUG FIXES
 154
 155     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 156       list of trees.
 157
 158     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 159       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 160       worked already for thermometers).
 161
 162     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 163
 164
 165 OTHER CHANGES
 166
 167     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 168       as well as a character string.
 169
 170     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 171       'tree.names = NULL'.
 172
 173     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 174       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 175       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 176       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 177       correctly when extracting trees.
 178
 179
 180
 181                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 182
 183
 184 NEW FEATURES
 185
 186     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 187
 188     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 189       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 190
 191
 192 BUG FIXES
 193
 194     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 195       pairwise.deletion = FALSE.
 196
 197
 198 OTHER CHANGES
 199
 200     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 201       have been improved so that they are stabler and faster.
 202
 203     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 204       are loaded only when needed.
 205
 206
 207
 208                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 209
 210
 211 NEW FEATURES
 212
 213     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 214       tree using the mouse.
 215
 216     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 217       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 218
 219     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 220       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 221       an object of class "DNAbin".
 222
 223     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 224       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 225
 226     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 227       as its main argument.
 228
 229     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 230       improved, and gain several options (see the help page for
 231       details). A legend is now plotted by default.
 232
 233
 234 BUG FIXES
 235
 236     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 237       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 238       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 239       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 240
 241     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 242       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 243       single line).
 244
 245     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 246       edges (see OTHER CHANGES).
 247
 248
 249 OTHER CHANGES
 250
 251     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
 252       should be much stabler. The options have been also greatly
 253       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 254
 255     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 256
 257     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 258       been cleaned-up.
 259
 260     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 261       improved.
 262
 263     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 264       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 265       correction applied in previous version did not work in all
 266       situations.
 267
 268     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 269       "multiPhylo".
 270
 271
 272 DOCUMENTATION
 273
 274     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
 275
 276
 277 DEPRECATED & DEFUNCT
 278
 279     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
 280       lengths.
 281
 282     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
 283
 284
 285
 286                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
 287
 288
 289 NEW FEATURES
 290
 291     o The new function matexpo computes the exponential of a square
 292       matrix.
 293
 294     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
 295       a list.
 296
 297     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
 298       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
 299
 300
 301 BUG FIXES
 302
 303     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
 304       looked for.
 305
 306     o In diversi.time(), the values returned for model C were
 307       incorrect.
 308
 309     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
 310       likelihood in the presence of ties in the branching times.
 311
 312     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
 313       calculations of the transition probabilities for models HKY and
 314       GTR in mlphylo().
 315
 316     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
 317       Bullard).
 318
 319     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
 320       limited number of labelled topologies could be generated.
 321
 322
 323
 324                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
 325
 326
 327 NEW FEATURES
 328
 329     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
 330       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
 331       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
 332       previous programs done by Vincent Lefort.
 333
 334     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
 335       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
 336       Evol. 24: 58).
 337
 338     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
 339       two clades connected to the same node. It works also with
 340       multichotomous nodes.
 341
 342     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
 343       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
 344       keeping the names and the class.
 345
 346
 347 BUG FIXES
 348
 349     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
 350       an error message is now returned.
 351
 352     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
 353       to remove.
 354
 355
 356
 357                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
 358
 359
 360 NEW FEATURES
 361
 362     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
 363       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
 364
 365     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
 366       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
 367       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
 368       should be much faster.
 369
 370
 371 BUG FIXES
 372
 373     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
 374       from ape 1.10: this is fixed in this version
 375
 376     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
 377       object is now returned unchanged.
 378
 379
 380
 381                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
 382
 383
 384 NEW FEATURES
 385
 386     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
 387       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
 388
 389
 390 BUG FIXES
 391
 392     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
 393       object when reading multiple trees.
 394
 395     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
 396       "phylo").
 397
 398     o unroot() did not work correctly in most cases.
 399
 400     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
 401
 402     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
 403
 404     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
 405       correctly positioned if the option `cex' was used.
 406
 407
 408
 409                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
 410
 411
 412 NEW FEATURES
 413
 414     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
 415       DNA sequences in binary format (see below).
 416
 417     o Three new functions have been introduced to convert between the
 418       new binary and the character formats.
 419
 420     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
 421       single characters into the class "alignment" used by the package
 422       seqinr.
 423
 424     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
 425       controlling whether the sequences are returned in binary format
 426       or as character.
 427
 428
 429 BUG FIXES
 430
 431     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
 432
 433     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
 434       the default setting: this is fixed.
 435
 436     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
 437       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
 438
 439
 440 OTHER CHANGES
 441
 442     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
 443       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
 444       details. Most functions analyzing DNA functions have been
 445       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
 446       ca. 60 times faster).
 447
 448
 449
 450                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
 451
 452
 453 BUG FIXES
 454
 455     o A bug was fixed in edgelabels().
 456
 457     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
 458       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
 459       now its tip labels set to "1", "2", ...
 460
 461     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
 462       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
 463
 464     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
 465       initial tree were greater than one: an error message is now
 466       issued.
 467
 468     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
 469       invariants: this is fixed.
 470
 471
 472
 473                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
 474
 475
 476 NEW FEATURES
 477
 478     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
 479       in the same way than nodelabels or tiplabels.
 480
 481
 482 BUG FIXES
 483
 484     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
 485       default option `random = TRUE': this is now fixed.
 486
 487     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
 488
 489     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
 490       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
 491       prop.clades, and boot.phylo.
 492
 493     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
 494       dist.topo was wrong: this has been fixed.
 495
 496
 497
 498                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
 499
 500
 501 NEW FEATURES
 502
 503     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
 504       a tree to plot them left- or right-ladderized.
 505
 506     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
 507       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
 508       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
 509
 510
 511 BUG FIXES
 512
 513     o A bug was fixed in old2new.phylo().
 514
 515     o Some bugs were fixed in chronopl().
 516
 517     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
 518       (thank you to Li-San Wang for the fix).
 519
 520     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
 521       fixed.
 522
 523
 524 OTHER CHANGES
 525
 526     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
 527       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
 528       format are still returned in a list.
 529
 530     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
 531       it could not be used from the generic.
 532
 533
 534 DEPRECATED & DEFUNCT
 535
 536     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
 537       since ape 1.9.
 538
 539
 540
 541                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
 542
 543
 544 BUG FIXES
 545
 546     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
 547       element `Nnode' was not set: this is fixed.
 548
 549     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
 550       unrooted tree in most cases.
 551
 552     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
 553       particularly of the BX-series.
 554
 555     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
 556       fixed
 557
 558
 559
 560                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
 561
 562
 563 NEW FEATURES
 564
 565     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
 566       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
 567       displayed in a compact and informative way.
 568
 569     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
 570       for converting between the old and new coding of the class
 571       "phylo".
 572
 573     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
 574       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
 575
 576     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
 577       available to compute branch lengths.
 578
 579     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
 580
 581
 582 BUG FIXES
 583
 584     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
 585       multichotomous trees: this is fixed.
 586
 587     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
 588       returned unchanged.
 589
 590     o ace() did not return the correct index matrix with custom
 591       models: this is fixed.
 592
 593     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
 594       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
 595       of clades was randomized: this is fixed. This function now
 596       accepts trees with no branch lengths.
 597
 598     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
 599       user distribution was specified. This has been corrected, and
 600       the help page of this function has been expanded.
 601
 602
 603 OTHER CHANGES
 604
 605     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
 606       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
 607       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
 608       functions has been improved.
 609
 610     o Several functions have been improved by replacing some R codes
 611       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
 612
 613     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
 614
 615     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
 616       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
 617
 618     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
 619       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
 620       labels.
 621
 622     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
 623
 624     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
 625       been removed.
 626
 627     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
 628
 629     o The use of node.depth() has been simplified.
 630
 631
 632
 633                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
 634
 635
 636 NEW FEATURES
 637
 638     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
 639       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
 640       sequences in NEXUS files.
 641
 642     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
 643       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
 644       reorder(tr).
 645
 646     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
 647       edge.
 648
 649     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
 650       in NEXUS format.
 651
 652
 653 BUG FIXES
 654
 655     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
 656       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
 657
 658     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
 659       to remove or substitute any characters that are illegal in the
 660       Newick format (parentheses, etc.)
 661
 662     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
 663       now fixed.
 664
 665
 666
 667                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
 668
 669
 670 NEW FEATURES
 671
 672     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
 673       Hasegawa test.
 674
 675     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
 676       single descendant from a tree.
 677
 678     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
 679       colours of the tips.
 680
 681     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
 682       the progress of the analysis (the default is FALSE).
 683
 684
 685 BUG FIXES
 686
 687     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
 688       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
 689
 690     o ace() returned a list with no class so that the generic
 691       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
 692       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
 693
 694     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
 695       of freedom: this is fixed.
 696
 697     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
 698       a data frame: this is fixed.
 699
 700     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
 701       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
 702
 703
 704 OTHER CHANGES
 705
 706     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
 707       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
 708       respectively.
 709
 710
 711
 712                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
 713
 714
 715 NEW FEATURES
 716
 717     o There are four new `method' functions to be used with the
 718       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
 719
 720     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
 721       change the title, and `col' to control the colour of the
 722       segments showing the AIC values.
 723
 724     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
 725       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
 726       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
 727       of the estimated rates when analysing discrete characters.
 728
 729     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
 730       represent proportions, with any number of categories, as
 731       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
 732       there is now no limitation on the number of categories.
 733
 734
 735 BUG FIXES
 736
 737     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
 738       fixed.
 739
 740     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
 741       in the tree: this is fixed.
 742
 743     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
 744       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
 745
 746     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
 747       correctly output, and the estimation failed in some cases.
 748
 749     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
 750       is fixed and a message error is now returned.
 751
 752     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
 753       the calculation of P-values.
 754
 755     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
 756       and in the variables were different: this is fixed.
 757
 758
 759
 760                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
 761
 762
 763 NEW FEATURES
 764
 765     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
 766       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
 767       is used to define the substitution model which may include
 768       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
 769       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
 770       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
 771       functionality is limited to estimating the substitution and
 772       associated parameters and computing the likelihood.
 773
 774     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
 775       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
 776       warning message is printed if there is not enough degrees of
 777       freedom.
 778
 779
 780 BUG FIXES
 781
 782     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
 783       though with no consequence.
 784
 785
 786
 787                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
 788
 789
 790 NEW FEATURES
 791
 792     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
 793       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
 794       documented on the same help page.
 795
 796
 797 BUG FIXES
 798
 799     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
 800       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
 801       boot.phylo, or consensus.
 802
 803     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
 804       more than one element: this is fixed.
 805
 806     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
 807       has been corrected.
 808
 809     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
 810       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
 811       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
 812
 813
 814 OTHER CHANGES
 815
 816     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
 817       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
 818       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
 819
 820
 821
 822                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
 823
 824
 825 NEW FEATURES
 826
 827     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
 828       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
 829
 830     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
 831       list of trees.
 832
 833     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
 834       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
 835
 836     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
 837       tree together with ancestral values, as returned by the above
 838       function.
 839
 840     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
 841       set of nested taxonomic variables given as a formula.
 842
 843     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
 844
 845     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
 846       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
 847
 848     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
 849
 850     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
 851       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
 852
 853     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
 854       there are print (to display a partition in a more friendly way)
 855       and summary (to extract the numbers) methods.
 856
 857     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
 858       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
 859
 860     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
 861       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
 862       respectively.
 863
 864     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
 865
 866
 867 BUG FIXES
 868
 869     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
 870       handled corretly, and node labels are now output normally.
 871
 872     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
 873       in some cases.
 874
 875     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
 876       ancestral states of discrete characters failed, custom models
 877       did not work, and the function failed with a null gradient (a
 878       warning message is now returned; this latter bug was also
 879       present in yule.cov() as well and is now fixed).
 880
 881     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
 882       is now returned.
 883
 884     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
 885       was not always correctly dispatched.
 886
 887     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
 888       was plotted rightwards: this works now for all directions.
 889
 890
 891 OTHER CHANGES
 892
 893     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
 894
 895     o Various error and warning messages have been improved.
 896
 897
 898
 899                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
 900 NEW FEATURES
 901
 902     o The new function ace() estimates ancestral character states for
 903       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
 904       discrete characters (with ML only) for any number of states.
 905
 906     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
 907       of directional evolution for continuous characters. The user
 908       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
 909       changes.
 910
 911     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
 912       "phylo") is rooted.
 913
 914     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
 915       the possibility to specify the function that generates the
 916       inter-nodes distances.
 917
 918     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
 919       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
 920
 921     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
 922       to three classes) on the nodes of a tree.
 923
 924     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
 925       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
 926       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
 927       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
 928       3) are now handled correctly.
 929
 930     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
 931       for Penny and Henny's method (already available before and now
 932       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
 933       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
 934
 935     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
 936       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
 937       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
 938       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
 939
 940     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
 941       DNA sequences by specifying model = "raw".
 942
 943     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
 944       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
 945       `full = FALSE'.
 946
 947
 948 BUG FIXES
 949
 950     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
 951
 952     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
 953       they are now considered as missing data.
 954
 955     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
 956       fixed.
 957
 958     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
 959       and the function has been improved and is now faster.
 960
 961     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
 962       incorrect.
 963
 964     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
 965       this is fixed.
 966
 967     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
 968       rooted and unrooted trees.
 969
 970     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
 971       fixed.
 972
 973     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
 974
 975
 976
 977                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
 978
 979
 980 NEW FEATURES
 981
 982     o The new function dist.topo() computes the topological distances
 983       between two trees.
 984
 985     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
 986       phylogeny estimation.
 987
 988     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
 989       bipartitions from a series of trees.
 990
 991
 992 OTHER CHANGES
 993
 994     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
 995       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
 996       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
 997
 998
 999 BUG FIXES
1000
1001     o Several bugs were fixed in read.dna().
1002
1003     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1004
1005     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1006       lengths: this is fixed.
1007
1008     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1009       tree: this is fixed.
1010
1011
1012
1013                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1014
1015
1016 NEW FEATURES
1017
1018     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1019       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1020       latter implements the representation of binary trees introduced by
1021       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1022       as.matching() has been introduced as well.
1023
1024     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1025       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1026
1027     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1028       from a sample a DNA sequences.
1029
1030     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1031       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1032       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1033       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1034       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1035       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1036       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1037       `GCcontent' has been removed.
1038
1039     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1040       whether to return the species names of the organisms in addition
1041       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1042       behaviour).
1043
1044     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1045
1046     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1047       new root edge if internal branches are trimmed.
1048
1049
1050 BUG FIXES
1051
1052     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1053       is fixed.
1054
1055     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1056       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1057       different representations (a report was printed previously).
1058
1059     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1060       this is fixed.
1061
1062
1063 OTHER CHANGES
1064
1065     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1066       which there is a print method.
1067
1068
1069
1070                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1071
1072
1073 NEW FEATURES
1074
1075     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1076       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1077       Evol., 4:406).
1078
1079     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1080       that belong to a group specified as a set of tips.
1081
1082     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1083       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1084       "phylo".
1085
1086     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1087       phylogeny plot.
1088
1089     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1090       in different cases and giving a number of tips.
1091
1092     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1093       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1094       line.
1095
1096     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1097       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1098       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1099       marked with the option `subtree' (see below).
1100
1101     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1102       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1103       deleted and where.
1104
1105     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1106       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1107       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1108
1109     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1110       edge lengths into account.
1111
1112     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1113       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1114       they are propagated to the vertical line that link them.
1115
1116
1117 BUG FIXES
1118
1119     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1120       crashing. This is fixed.
1121
1122     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1123       now properly recycled; their default values are now "black" and
1124       1, respectively.
1125
1126     o A bug has been fixed in write.nexus().
1127
1128
1129 OTHER CHANGES
1130
1131     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1132       replaced by a C code.
1133
1134
1135
1136                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1137
1138
1139 NEW FEATURES
1140
1141     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1142       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1143
1144     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1145       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1146       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1147       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1148       limit (as before).
1149
1150
1151
1152                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1153
1154
1155 NEW FEATURES
1156
1157     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1158       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1159       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1160       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1161       display graphically the AIC values of each model.
1162
1163     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1164       a model where the speciation rate is affected by several species
1165       traits through a generalized linear model. The parameters are
1166       estimated by maximum likelihood.
1167
1168     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1169       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1170       species given a phylogeny under different models of evolution.
1171       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1172       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1173       Initialize.corPhyl() function associated.
1174
1175     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1176       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1177
1178     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1179       a plot method.
1180
1181     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1182       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1183       correlograms.
1184
1185     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1186       of a subtree defined by a particular node.
1187
1188     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1189       given parent node.
1190
1191     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1192       a tree according to a specified method.
1193
1194     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1195       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1196       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1197       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1198       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1199
1200
1201 BUG FIXES
1202
1203     o Some functions which try to match tip labels and names of
1204       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1205       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1206       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1207       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1208       have been clarified on this point.
1209
1210
1211
1212                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1213
1214
1215 NEW FEATURES
1216
1217     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1218       to a specified outgroup.
1219
1220     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1221
1222     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1223       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1224       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1225       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1226       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1227       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1228       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1229
1230     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1231
1232
1233 BUG FIXES
1234
1235     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1236       lengths: this is fixed.
1237
1238     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1239       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1240
1241
1242
1243                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1244
1245
1246 NEW FEATURES
1247
1248     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1249       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1250       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1251
1252     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1253       has been included.
1254
1255
1256 BUG FIXES
1257
1258     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1259
1260
1261 OTHER CHANGES
1262
1263     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1264       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1265
1266
1267
1268                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
1269
1270
1271 NEW FEATURES
1272
1273     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
1274       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
1275       speciation and extinction rates.
1276
1277
1278 OTHER CHANGES
1279
1280     o The package gee is no more required by ape but only suggested
1281       since only the function compar.gee() calls gee.
1282
1283
1284
1285                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
1286
1287
1288 NEW FEATURES
1289
1290     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
1291       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
1292       demographic history from genealogies using a reversible jump
1293       MCMC have been introduced.
1294
1295     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
1296       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
1297
1298
1299
1300                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
1301
1302
1303 NEW FEATURES
1304
1305     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
1306       without branch lengths.
1307
1308     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
1309       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
1310       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
1311       arguments (see `?ltt.plot' for details).
1312
1313
1314 BUG FIXES
1315
1316     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
1317       this is fixed.
1318
1319     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
1320       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
1321
1322
1323 OTHER CHANGES
1324
1325     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
1326       algorithm: it is now about four times faster.
1327
1328     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
1329       twice faster.
1330
1331
1332
1333                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
1334
1335
1336 NEW FEATURES
1337
1338     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
1339       sample of DNA sequences.
1340
1341
1342 BUG FIXES
1343
1344     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
1345       1.2-1 was fixed.
1346
1347     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
1348       help pages.
1349
1350
1351
1352                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
1353
1354
1355 NEW FEATURES
1356
1357     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
1358       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
1359
1360
1361 BUG FIXES
1362
1363     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
1364       comment blocks were not read correctly.
1365
1366     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
1367       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
1368       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
1369       are now correctly represented in the object of class "phylo";
1370       a warning message is now issued.
1371
1372
1373
1374                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
1375
1376
1377 NEW FEATURES
1378
1379     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
1380       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
1381       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
1382       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
1383       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
1384       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
1385       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
1386       and two new functions (potentially useful for developpers) are
1387       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
1388       see the respective help pages for details.
1389
1390     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
1391       focusing on a small portion of it.
1392
1393     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
1394       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
1395
1396     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
1397       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
1398       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
1399       The function has been completely re-written, fixing some bugs
1400       (see below); the default behaviour is no more to display the
1401       sequences on the standard output. Several options have been
1402       introduced to control the sequence printing in a flexible
1403       way. The help page has been extended.
1404
1405     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
1406
1407
1408 BUG FIXES
1409
1410     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
1411       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
1412
1413     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
1414
1415     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
1416       function did not work with `format = "interleaved"'.
1417
1418     o Various errors were corrected in the help pages.
1419
1420
1421 OTHER CHANGES
1422
1423     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
1424       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
1425       the corresponding generic function.
1426
1427     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
1428       since gamma() is a generic function.
1429
1430
1431
1432                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
1433
1434
1435 BUG FIXES
1436
1437     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
1438       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
1439       returned if one base was absent). This is now fixed (a
1440       vector of length 4 is always returned).
1441
1442     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
1443       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
1444       command in the NEXUS file, and that the commands were
1445       case-sensitive.
1446
1447
1448
1449                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
1450
1451
1452 NEW FEATURES
1453
1454     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
1455       in dist.dna(): five models are now available in this function.
1456
1457     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
1458       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
1459       sylvaticus).
1460
1461
1462 BUG FIXES
1463
1464     o A bug in read.nexus() was fixed.
1465
1466     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
1467       The function has been completely re-written and its help page
1468       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
1469       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
1470       spaces (this behaviour was undocumented).
1471
1472     o A bug was fixed in write.dna().
1473
1474
1475
1476                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
1477
1478
1479 BUG FIXES
1480
1481     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
1482
1483     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
1484       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
1485
1486
1487
1488                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
1489
1490
1491 NEW FEATURES
1492
1493     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
1494       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
1495       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
1496       the function klastorin()).
1497
1498     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
1499       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
1500       as.phylo for details).
1501
1502     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
1503       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
1504       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
1505       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
1506       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
1507
1508     o A summary method is now provided printing a summary information on a
1509       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
1510
1511     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
1512       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
1513       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
1514       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
1515       (this behaviour was undocumented).
1516
1517     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
1518       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
1519       the plot as such or replaced with spaces (the default).
1520
1521     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
1522       the estimated parameters using profile likelihood.
1523
1524     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
1525       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
1526       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
1527
1528
1529 BUG FIXES
1530
1531     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
1532
1533     o A bug in plot.mst() was fixed.
1534
1535     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
1536       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
1537
1538
1539
1540                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
1541
1542
1543 NEW FEATURES
1544
1545     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
1546       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
1547
1548     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
1549       in a NEXUS file.
1550
1551     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
1552       possibly handling root edges to give internal branches.
1553
1554     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
1555       and trims (or not) the corresponding internal branches.
1556
1557     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
1558
1559     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
1560       branches with different colours and/or different widths, showing the
1561       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
1562       the labels, and controling the space around the plot.
1563
1564     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
1565       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
1566       objects of class "phylo" is now optional.
1567
1568     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
1569       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
1570       mode character containing the tree in Newick format is returned which
1571       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
1572
1573     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
1574       to read the tree in a variable of mode character.
1575
1576     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
1577       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
1578
1579
1580
1581                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
1582
1583
1584 BUG FIXES
1585
1586     o Several bugs were fixed in the help pages.
1587
1588
1589
1590                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
1591
1592
1593 NEW FEATURES
1594
1595     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
1596       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
1597
1598     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
1599       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
1600       extinction rates.
1601
1602     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
1603       tree.
1604
1605     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
1606
1607     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
1608       as well as some methods are introduced.
1609
1610     o Several functions, including some generics and methods, for computing
1611       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
1612       population size through time are introduced and replace the function
1613       skyline.plot() in version 0.1.
1614
1615     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
1616       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
1617       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
1618       Democratic Republic of Congo.
1619
1620
1621 DEPRECATED & DEFUNCT
1622
1623     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
1624       replaced by more elaborate functions (see above).
1625
1626
1627 BUG FIXES
1628
1629     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
1630       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
1631       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
1632       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
1633
1634     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
1635       AICs and LRTs.
1636
1637     o Various errors were corrected in the help pages.