Changes

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
   7       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
   8       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
   9       (without plotting).
  10
  11     o The new function corPagel() implements the Pagel's "lambda"
  12       correlation structure.
  13
  14     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
  15       help page for details.
  16
  17
  18 BUG FIXES
  19
  20     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
  21       first sequence.
  22
  23     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
  24       circular tree (type = "r" or "f").
  25
  26     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
  27       trees.
  28
  29     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
  30       (thanks to Yan Wong for the fix).
  31
  32     o drop.tip() failed with some trees  (fixed by Yan Wong).
  33
  34     o seg.sites() failed with a list.
  35
  36
  37
  38                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
  39
  40
  41 BUG FIXES
  42
  43     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
  44
  45     o An error was fixed in the computation of ancestral character
  46       states by generalized least squares in ace().
  47
  48     o di2multi() did not modify node labels correctly.
  49
  50     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
  51       "cladewise".
  52
  53
  54
  55                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
  56
  57
  58 NEW FEATURES
  59
  60     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
  61       and [[.
  62
  63     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
  64       (FALSE by default) as well as its code being improved.
  65
  66     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
  67       than in plot.default().
  68
  69
  70 BUG FIXES
  71
  72     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
  73       list of trees.
  74
  75     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
  76       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
  77       worked already for thermometers).
  78
  79     o read.nexus() generally failed to read very big files.
  80
  81
  82 OTHER CHANGES
  83
  84     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
  85       as well as a character string.
  86
  87     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
  88       'tree.names = NULL'.
  89
  90     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
  91       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
  92       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
  93       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
  94       correctly when extracting trees.
  95
  96
  97
  98                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
  99
 100
 101 NEW FEATURES
 102
 103     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 104
 105     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 106       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 107
 108
 109 BUG FIXES
 110
 111     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 112       pairwise.deletion = FALSE.
 113
 114
 115 OTHER CHANGES
 116
 117     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 118       have been improved so that they are stabler and faster.
 119
 120     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 121       are loaded only when needed.
 122
 123
 124
 125                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 126
 127
 128 NEW FEATURES
 129
 130     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 131       tree using the mouse.
 132
 133     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 134       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 135
 136     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 137       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 138       an object of class "DNAbin".
 139
 140     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 141       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 142
 143     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 144       as its main argument.
 145
 146     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 147       improved, and gain several options (see the help page for
 148       details). A legend is now plotted by default.
 149
 150
 151 BUG FIXES
 152
 153     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 154       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 155       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 156       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 157
 158     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 159       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 160       single line).
 161
 162     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 163       edges (see OTHER CHANGES).
 164
 165
 166 OTHER CHANGES
 167
 168     o The code of mlphylo() has almost entirely rewritten, and should
 169       be much stabler. The options have been also greatly simplified
 170       (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 171
 172     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 173
 174     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 175       been cleaned-up.
 176
 177     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 178       improved.
 179
 180     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 181       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 182       correction applied in previous version did not work in all
 183       situations.
 184
 185     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 186       "multiPhylo".
 187
 188
 189 DOCUMENTATION
 190
 191     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
 192
 193
 194 DEPRECATED & DEFUNCT
 195
 196     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
 197       lengths.
 198
 199     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
 200
 201
 202
 203                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
 204
 205
 206 NEW FEATURES
 207
 208     o The new function matexpo computes the exponential of a square
 209       matrix.
 210
 211     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
 212       a list.
 213
 214     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
 215       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
 216
 217
 218 BUG FIXES
 219
 220     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
 221       looked for.
 222
 223     o In diversi.time(), the values returned for model C were
 224       incorrect.
 225
 226     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
 227       likelihood in the presence of ties in the branching times.
 228
 229     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
 230       calculations of the transition probabilities for models HKY and
 231       GTR in mlphylo().
 232
 233     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
 234       Bullard).
 235
 236     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
 237       limited number of labelled topologies could be generated.
 238
 239
 240
 241                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
 242
 243
 244 NEW FEATURES
 245
 246     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
 247       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
 248       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
 249       previous programs done by Vincent Lefort.
 250
 251     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
 252       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
 253       Evol. 24: 58).
 254
 255     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
 256       two clades connected to the same node. It works also with
 257       multichotomous nodes.
 258
 259     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
 260       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
 261       keeping the names and the class.
 262
 263
 264 BUG FIXES
 265
 266     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
 267       an error message is now returned.
 268
 269     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
 270       to remove.
 271
 272
 273
 274                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
 275
 276
 277 NEW FEATURES
 278
 279     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
 280       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
 281
 282     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
 283       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
 284       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
 285       should be much faster.
 286
 287
 288 BUG FIXES
 289
 290     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
 291       from ape 1.10: this is fixed in this version
 292
 293     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
 294       object is now returned unchanged.
 295
 296
 297
 298                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
 299
 300
 301 NEW FEATURES
 302
 303     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
 304       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
 305
 306
 307 BUG FIXES
 308
 309     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
 310       object when reading multiple trees.
 311
 312     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
 313       "phylo").
 314
 315     o unroot() did not work correctly in most cases.
 316
 317     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
 318
 319     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
 320
 321     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
 322       correctly positioned if the option `cex' was used.
 323
 324
 325
 326                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
 327
 328
 329 NEW FEATURES
 330
 331     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
 332       DNA sequences in binary format (see below).
 333
 334     o Three new functions have been introduced to convert between the
 335       new binary and the character formats.
 336
 337     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
 338       single characters into the class "alignment" used by the package
 339       seqinr.
 340
 341     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
 342       controlling whether the sequences are returned in binary format
 343       or as character.
 344
 345
 346 BUG FIXES
 347
 348     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
 349
 350     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
 351       the default setting: this is fixed.
 352
 353     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
 354       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
 355
 356
 357 OTHER CHANGES
 358
 359     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
 360       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
 361       details. Most functions analyzing DNA functions have been
 362       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
 363       ca. 60 times faster).
 364
 365
 366
 367                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
 368
 369
 370 BUG FIXES
 371
 372     o A bug was fixed in edgelabels().
 373
 374     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
 375       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
 376       now its tip labels set to "1", "2", ...
 377
 378     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
 379       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
 380
 381     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
 382       initial tree were greater than one: an error message is now
 383       issued.
 384
 385     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
 386       invariants: this is fixed.
 387
 388
 389
 390                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
 391
 392
 393 NEW FEATURES
 394
 395     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
 396       in the same way than nodelabels or tiplabels.
 397
 398
 399 BUG FIXES
 400
 401     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
 402       default option `random = TRUE': this is now fixed.
 403
 404     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
 405
 406     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
 407       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
 408       prop.clades, and boot.phylo.
 409
 410     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
 411       dist.topo was wrong: this has been fixed.
 412
 413
 414
 415                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
 416
 417
 418 NEW FEATURES
 419
 420     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
 421       a tree to plot them left- or right-ladderized.
 422
 423     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
 424       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
 425       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
 426
 427
 428 BUG FIXES
 429
 430     o A bug was fixed in old2new.phylo().
 431
 432     o Some bugs were fixed in chronopl().
 433
 434     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
 435       (thank you to Li-San Wang for the fix).
 436
 437     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
 438       fixed.
 439
 440
 441 OTHER CHANGES
 442
 443     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
 444       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
 445       format are still returned in a list.
 446
 447     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
 448       it could not be used from the generic.
 449
 450
 451 DEPRECATED & DEFUNCT
 452
 453     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
 454       since ape 1.9.
 455
 456
 457
 458                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
 459
 460
 461 BUG FIXES
 462
 463     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
 464       element `Nnode' was not set: this is fixed.
 465
 466     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
 467       unrooted tree in most cases.
 468
 469     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
 470       particularly of the BX-series.
 471
 472     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
 473       fixed
 474
 475
 476
 477                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
 478
 479
 480 NEW FEATURES
 481
 482     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
 483       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
 484       displayed in a compact and informative way.
 485
 486     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
 487       for converting between the old and new coding of the class
 488       "phylo".
 489
 490     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
 491       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
 492
 493     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
 494       available to compute branch lengths.
 495
 496     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
 497
 498
 499 BUG FIXES
 500
 501     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
 502       multichotomous trees: this is fixed.
 503
 504     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
 505       returned unchanged.
 506
 507     o ace() did not return the correct index matrix with custom
 508       models: this is fixed.
 509
 510     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
 511       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
 512       of clades was randomized: this is fixed. This function now
 513       accepts trees with no branch lengths.
 514
 515     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
 516       user distribution was specified. This has been corrected, and
 517       the help page of this function has been expanded.
 518
 519
 520 OTHER CHANGES
 521
 522     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
 523       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
 524       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
 525       functions has been improved.
 526
 527     o Several functions have been improved by replacing some R codes
 528       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
 529
 530     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
 531
 532     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
 533       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
 534
 535     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
 536       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
 537       labels.
 538
 539     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
 540
 541     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
 542       been removed.
 543
 544     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
 545
 546     o The use of node.depth() has been simplified.
 547
 548
 549
 550                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
 551
 552
 553 NEW FEATURES
 554
 555     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
 556       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
 557       sequences in NEXUS files.
 558
 559     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
 560       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
 561       reorder(tr).
 562
 563     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
 564       edge.
 565
 566     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
 567       in NEXUS format.
 568
 569
 570 BUG FIXES
 571
 572     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
 573       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
 574
 575     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
 576       to remove or substitute any characters that are illegal in the
 577       Newick format (parentheses, etc.)
 578
 579     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
 580       now fixed.
 581
 582
 583
 584                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
 585
 586
 587 NEW FEATURES
 588
 589     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
 590       Hasegawa test.
 591
 592     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
 593       single descendant from a tree.
 594
 595     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
 596       colours of the tips.
 597
 598     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
 599       the progress of the analysis (the default is FALSE).
 600
 601
 602 BUG FIXES
 603
 604     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
 605       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
 606
 607     o ace() returned a list with no class so that the generic
 608       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
 609       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
 610
 611     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
 612       of freedom: this is fixed.
 613
 614     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
 615       a data frame: this is fixed.
 616
 617     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
 618       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
 619
 620
 621 OTHER CHANGES
 622
 623     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
 624       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
 625       respectively.
 626
 627
 628
 629                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
 630
 631
 632 NEW FEATURES
 633
 634     o There are four new `method' functions to be used with the
 635       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
 636
 637     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
 638       change the title, and `col' to control the colour of the
 639       segments showing the AIC values.
 640
 641     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
 642       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
 643       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
 644       of the estimated rates when analysing discrete characters.
 645
 646     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
 647       represent proportions, with any number of categories, as
 648       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
 649       there is now no limitation on the number of categories.
 650
 651
 652 BUG FIXES
 653
 654     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
 655       fixed.
 656
 657     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
 658       in the tree: this is fixed.
 659
 660     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
 661       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
 662
 663     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
 664       correctly output, and the estimation failed in some cases.
 665
 666     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
 667       is fixed and a message error is now returned.
 668
 669     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
 670       the calculation of P-values.
 671
 672     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
 673       and in the variables were different: this is fixed.
 674
 675
 676
 677                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
 678
 679
 680 NEW FEATURES
 681
 682     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
 683       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
 684       is used to define the substitution model which may include
 685       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
 686       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
 687       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
 688       functionality is limited to estimating the substitution and
 689       associated parameters and computing the likelihood.
 690
 691     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
 692       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
 693       warning message is printed if there is not enough degrees of
 694       freedom.
 695
 696
 697 BUG FIXES
 698
 699     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
 700       though with no consequence.
 701
 702
 703
 704                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
 705
 706
 707 NEW FEATURES
 708
 709     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
 710       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
 711       documented on the same help page.
 712
 713
 714 BUG FIXES
 715
 716     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
 717       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
 718       boot.phylo, or consensus.
 719
 720     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
 721       more than one element: this is fixed.
 722
 723     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
 724       has been corrected.
 725
 726     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
 727       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
 728       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
 729
 730
 731 OTHER CHANGES
 732
 733     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
 734       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
 735       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
 736
 737
 738
 739                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
 740
 741
 742 NEW FEATURES
 743
 744     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
 745       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
 746
 747     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
 748       list of trees.
 749
 750     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
 751       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
 752
 753     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
 754       tree together with ancestral values, as returned by the above
 755       function.
 756
 757     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
 758       set of nested taxonomic variables given as a formula.
 759
 760     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
 761
 762     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
 763       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
 764
 765     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
 766
 767     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
 768       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
 769
 770     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
 771       there are print (to display a partition in a more friendly way)
 772       and summary (to extract the numbers) methods.
 773
 774     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
 775       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
 776
 777     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
 778       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
 779       respectively.
 780
 781     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
 782
 783
 784 BUG FIXES
 785
 786     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
 787       handled corretly, and node labels are now output normally.
 788
 789     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
 790       in some cases.
 791
 792     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
 793       ancestral states of discrete characters failed, custom models
 794       did not work, and the function failed with a null gradient (a
 795       warning message is now returned; this latter bug was also
 796       present in yule.cov() as well and is now fixed).
 797
 798     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
 799       is now returned.
 800
 801     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
 802       was not always correctly dispatched.
 803
 804     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
 805       was plotted rightwards: this works now for all directions.
 806
 807
 808 OTHER CHANGES
 809
 810     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
 811
 812     o Various error and warning messages have been improved.
 813
 814
 815
 816                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
 817 NEW FEATURES
 818
 819     o The new function ace() estimates ancestral character states for
 820       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
 821       discrete characters (with ML only) for any number of states.
 822
 823     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
 824       of directional evolution for continuous characters. The user
 825       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
 826       changes.
 827
 828     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
 829       "phylo") is rooted.
 830
 831     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
 832       the possibility to specify the function that generates the
 833       inter-nodes distances.
 834
 835     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
 836       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
 837
 838     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
 839       to three classes) on the nodes of a tree.
 840
 841     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
 842       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
 843       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
 844       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
 845       3) are now handled correctly.
 846
 847     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
 848       for Penny and Henny's method (already available before and now
 849       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
 850       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
 851
 852     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
 853       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
 854       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
 855       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
 856
 857     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
 858       DNA sequences by specifying model = "raw".
 859
 860     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
 861       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
 862       `full = FALSE'.
 863
 864
 865 BUG FIXES
 866
 867     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
 868
 869     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
 870       they are now considered as missing data.
 871
 872     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
 873       fixed.
 874
 875     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
 876       and the function has been improved and is now faster.
 877
 878     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
 879       incorrect.
 880
 881     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
 882       this is fixed.
 883
 884     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
 885       rooted and unrooted trees.
 886
 887     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
 888       fixed.
 889
 890     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
 891
 892
 893
 894                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
 895
 896
 897 NEW FEATURES
 898
 899     o The new function dist.topo() computes the topological distances
 900       between two trees.
 901
 902     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
 903       phylogeny estimation.
 904
 905     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
 906       bipartitions from a series of trees.
 907
 908
 909 OTHER CHANGES
 910
 911     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
 912       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
 913       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
 914
 915
 916 BUG FIXES
 917
 918     o Several bugs were fixed in read.dna().
 919
 920     o Several bugs were fixed in diversi.time().
 921
 922     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
 923       lengths: this is fixed.
 924
 925     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
 926       tree: this is fixed.
 927
 928
 929
 930                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
 931
 932
 933 NEW FEATURES
 934
 935     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
 936       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
 937       latter implements the representation of binary trees introduced by
 938       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
 939       as.matching() has been introduced as well.
 940
 941     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
 942       and collapse multichotomies with branches of length zero.
 943
 944     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
 945       from a sample a DNA sequences.
 946
 947     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
 948       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
 949       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
 950       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
 951       is available for all models. A gamma-correction is possible for
 952       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
 953       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
 954       `GCcontent' has been removed.
 955
 956     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
 957       whether to return the species names of the organisms in addition
 958       to the accession numbers of the sequences (this is the default
 959       behaviour).
 960
 961     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
 962
 963     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
 964       new root edge if internal branches are trimmed.
 965
 966
 967 BUG FIXES
 968
 969     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
 970       is fixed.
 971
 972     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
 973       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
 974       different representations (a report was printed previously).
 975
 976     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
 977       this is fixed.
 978
 979
 980 OTHER CHANGES
 981
 982     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
 983       which there is a print method.
 984
 985
 986
 987                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
 988
 989
 990 NEW FEATURES
 991
 992     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
 993       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
 994       Evol., 4:406).
 995
 996     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
 997       that belong to a group specified as a set of tips.
 998
 999     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1000       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1001       "phylo".
1002
1003     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1004       phylogeny plot.
1005
1006     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1007       in different cases and giving a number of tips.
1008
1009     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1010       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1011       line.
1012
1013     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1014       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1015       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1016       marked with the option `subtree' (see below).
1017
1018     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1019       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1020       deleted and where.
1021
1022     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1023       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1024       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1025
1026     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1027       edge lengths into account.
1028
1029     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1030       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1031       they are propagated to the vertical line that link them.
1032
1033
1034 BUG FIXES
1035
1036     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1037       crashing. This is fixed.
1038
1039     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1040       now properly recycled; their default values are now "black" and
1041       1, respectively.
1042
1043     o A bug has been fixed in write.nexus().
1044
1045
1046 OTHER CHANGES
1047
1048     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1049       replaced by a C code.
1050
1051
1052
1053                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1054
1055
1056 NEW FEATURES
1057
1058     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1059       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1060
1061     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1062       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1063       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1064       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1065       limit (as before).
1066
1067
1068
1069                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1070
1071
1072 NEW FEATURES
1073
1074     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1075       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1076       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1077       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1078       display graphically the AIC values of each model.
1079
1080     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1081       a model where the speciation rate is affected by several species
1082       traits through a generalized linear model. The parameters are
1083       estimated by maximum likelihood.
1084
1085     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1086       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1087       species given a phylogeny under different models of evolution.
1088       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1089       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1090       Initialize.corPhyl() function associated.
1091
1092     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1093       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1094
1095     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1096       a plot method.
1097
1098     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1099       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1100       correlograms.
1101
1102     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1103       of a subtree defined by a particular node.
1104
1105     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1106       given parent node.
1107
1108     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1109       a tree according to a specified method.
1110
1111     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1112       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1113       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1114       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1115       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1116
1117
1118 BUG FIXES
1119
1120     o Some functions which try to match tip labels and names of
1121       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1122       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1123       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1124       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1125       have been clarified on this point.
1126
1127
1128
1129                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1130
1131
1132 NEW FEATURES
1133
1134     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1135       to a specified outgroup.
1136
1137     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1138
1139     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1140       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1141       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1142       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1143       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1144       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1145       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1146
1147     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1148
1149
1150 BUG FIXES
1151
1152     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1153       lengths: this is fixed.
1154
1155     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1156       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1157
1158
1159
1160                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1161
1162
1163 NEW FEATURES
1164
1165     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1166       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1167       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1168
1169     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1170       has been included.
1171
1172
1173 BUG FIXES
1174
1175     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1176
1177
1178 OTHER CHANGES
1179
1180     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1181       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1182
1183
1184
1185                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
1186
1187
1188 NEW FEATURES
1189
1190     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
1191       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
1192       speciation and extinction rates.
1193
1194
1195 OTHER CHANGES
1196
1197     o The package gee is no more required by ape but only suggested
1198       since only the function compar.gee() calls gee.
1199
1200
1201
1202                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
1203
1204
1205 NEW FEATURES
1206
1207     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
1208       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
1209       demographic history from genealogies using a reversible jump
1210       MCMC have been introduced.
1211
1212     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
1213       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
1214
1215
1216
1217                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
1218
1219
1220 NEW FEATURES
1221
1222     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
1223       without branch lengths.
1224
1225     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
1226       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
1227       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
1228       arguments (see `?ltt.plot' for details).
1229
1230
1231 BUG FIXES
1232
1233     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
1234       this is fixed.
1235
1236     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
1237       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
1238
1239
1240 OTHER CHANGES
1241
1242     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
1243       algorithm: it is now about four times faster.
1244
1245     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
1246       twice faster.
1247
1248
1249
1250                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
1251
1252
1253 NEW FEATURES
1254
1255     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
1256       sample of DNA sequences.
1257
1258
1259 BUG FIXES
1260
1261     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
1262       1.2-1 was fixed.
1263
1264     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
1265       help pages.
1266
1267
1268
1269                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
1270
1271
1272 NEW FEATURES
1273
1274     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
1275       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
1276
1277
1278 BUG FIXES
1279
1280     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
1281       comment blocks were not read correctly.
1282
1283     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
1284       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
1285       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
1286       are now correctly represented in the object of class "phylo";
1287       a warning message is now issued.
1288
1289
1290
1291                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
1292
1293
1294 NEW FEATURES
1295
1296     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
1297       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
1298       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
1299       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
1300       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
1301       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
1302       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
1303       and two new functions (potentially useful for developpers) are
1304       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
1305       see the respective help pages for details.
1306
1307     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
1308       focusing on a small portion of it.
1309
1310     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
1311       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
1312
1313     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
1314       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
1315       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
1316       The function has been completely re-written, fixing some bugs
1317       (see below); the default behaviour is no more to display the
1318       sequences on the standard output. Several options have been
1319       introduced to control the sequence printing in a flexible
1320       way. The help page has been extended.
1321
1322     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
1323
1324
1325 BUG FIXES
1326
1327     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
1328       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
1329
1330     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
1331
1332     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
1333       function did not work with `format = "interleaved"'.
1334
1335     o Various errors were corrected in the help pages.
1336
1337
1338 OTHER CHANGES
1339
1340     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
1341       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
1342       the corresponding generic function.
1343
1344     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
1345       since gamma() is a generic function.
1346
1347
1348
1349                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
1350
1351
1352 BUG FIXES
1353
1354     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
1355       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
1356       returned if one base was absent). This is now fixed (a
1357       vector of length 4 is always returned).
1358
1359     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
1360       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
1361       command in the NEXUS file, and that the commands were
1362       case-sensitive.
1363
1364
1365
1366                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
1367
1368
1369 NEW FEATURES
1370
1371     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
1372       in dist.dna(): five models are now available in this function.
1373
1374     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
1375       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
1376       sylvaticus).
1377
1378
1379 BUG FIXES
1380
1381     o A bug in read.nexus() was fixed.
1382
1383     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
1384       The function has been completely re-written and its help page
1385       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
1386       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
1387       spaces (this behaviour was undocumented).
1388
1389     o A bug was fixed in write.dna().
1390
1391
1392
1393                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
1394
1395
1396 BUG FIXES
1397
1398     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
1399
1400     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
1401       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
1402
1403
1404
1405                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
1406
1407
1408 NEW FEATURES
1409
1410     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
1411       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
1412       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
1413       the function klastorin()).
1414
1415     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
1416       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
1417       as.phylo for details).
1418
1419     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
1420       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
1421       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
1422       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
1423       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
1424
1425     o A summary method is now provided printing a summary information on a
1426       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
1427
1428     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
1429       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
1430       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
1431       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
1432       (this behaviour was undocumented).
1433
1434     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
1435       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
1436       the plot as such or replaced with spaces (the default).
1437
1438     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
1439       the estimated parameters using profile likelihood.
1440
1441     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
1442       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
1443       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
1444
1445
1446 BUG FIXES
1447
1448     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
1449
1450     o A bug in plot.mst() was fixed.
1451
1452     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
1453       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
1454
1455
1456
1457                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
1458
1459
1460 NEW FEATURES
1461
1462     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
1463       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
1464
1465     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
1466       in a NEXUS file.
1467
1468     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
1469       possibly handling root edges to give internal branches.
1470
1471     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
1472       and trims (or not) the corresponding internal branches.
1473
1474     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
1475
1476     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
1477       branches with different colours and/or different widths, showing the
1478       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
1479       the labels, and controling the space around the plot.
1480
1481     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
1482       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
1483       objects of class "phylo" is now optional.
1484
1485     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
1486       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
1487       mode character containing the tree in Newick format is returned which
1488       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
1489
1490     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
1491       to read the tree in a variable of mode character.
1492
1493     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
1494       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
1495
1496
1497
1498                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
1499
1500
1501 BUG FIXES
1502
1503     o Several bugs were fixed in the help pages.
1504
1505
1506
1507                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
1508
1509
1510 NEW FEATURES
1511
1512     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
1513       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
1514
1515     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
1516       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
1517       extinction rates.
1518
1519     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
1520       tree.
1521
1522     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
1523
1524     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
1525       as well as some methods are introduced.
1526
1527     o Several functions, including some generics and methods, for computing
1528       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
1529       population size through time are introduced and replace the function
1530       skyline.plot() in version 0.1.
1531
1532     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
1533       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
1534       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
1535       Democratic Republic of Congo.
1536
1537
1538 DEPRECATED & DEFUNCT
1539
1540     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
1541       replaced by more elaborate functions (see above).
1542
1543
1544 BUG FIXES
1545
1546     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
1547       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
1548       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
1549       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
1550
1551     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
1552       AICs and LRTs.
1553
1554     o Various errors were corrected in the help pages.