Changes

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
   7       set of DNA sequences.
   8
   9
  10 BUG FIXES
  11
  12     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
  13       already the specified root.
  14
  15     o Several bugs were fixed in mlphylo().
  16
  17     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
  18       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
  19
  20     o read.nexus failed to remove correctly the comments within trees.
  21
  22
  23 OTHER CHANGES
  24
  25     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
  26       Minin.
  27
  28     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
  29       TRUE.
  30
  31
  32
  33                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
  34
  35
  36 NEW FEATURES
  37
  38     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
  39       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
  40       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
  41       (without plotting).
  42
  43     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
  44       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
  45
  46     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
  47       help page for details.
  48
  49     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
  50       bootstraped trees (the default is FALSE).
  51
  52     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
  53       situations.
  54
  55
  56 BUG FIXES
  57
  58     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
  59       first sequence.
  60
  61     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
  62       circular tree (type = "r" or "f").
  63
  64     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
  65       trees.
  66
  67     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
  68       (thanks to Yan Wong for the fix).
  69
  70     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
  71
  72     o seg.sites() failed with a list.
  73
  74     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
  75       as well and is faster.
  76
  77
  78
  79                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
  80
  81
  82 BUG FIXES
  83
  84     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
  85
  86     o An error was fixed in the computation of ancestral character
  87       states by generalized least squares in ace().
  88
  89     o di2multi() did not modify node labels correctly.
  90
  91     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
  92       "cladewise".
  93
  94
  95
  96                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
  97
  98
  99 NEW FEATURES
 100
 101     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 102       and [[.
 103
 104     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 105       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 106
 107     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 108       than in plot.default().
 109
 110
 111 BUG FIXES
 112
 113     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 114       list of trees.
 115
 116     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 117       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 118       worked already for thermometers).
 119
 120     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 121
 122
 123 OTHER CHANGES
 124
 125     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 126       as well as a character string.
 127
 128     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 129       'tree.names = NULL'.
 130
 131     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 132       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 133       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 134       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 135       correctly when extracting trees.
 136
 137
 138
 139                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 140
 141
 142 NEW FEATURES
 143
 144     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 145
 146     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 147       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 148
 149
 150 BUG FIXES
 151
 152     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 153       pairwise.deletion = FALSE.
 154
 155
 156 OTHER CHANGES
 157
 158     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 159       have been improved so that they are stabler and faster.
 160
 161     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 162       are loaded only when needed.
 163
 164
 165
 166                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 167
 168
 169 NEW FEATURES
 170
 171     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 172       tree using the mouse.
 173
 174     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 175       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 176
 177     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 178       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 179       an object of class "DNAbin".
 180
 181     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 182       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 183
 184     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 185       as its main argument.
 186
 187     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 188       improved, and gain several options (see the help page for
 189       details). A legend is now plotted by default.
 190
 191
 192 BUG FIXES
 193
 194     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 195       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 196       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 197       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 198
 199     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 200       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 201       single line).
 202
 203     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 204       edges (see OTHER CHANGES).
 205
 206
 207 OTHER CHANGES
 208
 209     o The code of mlphylo() has almost entirely rewritten, and should
 210       be much stabler. The options have been also greatly simplified
 211       (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 212
 213     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 214
 215     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 216       been cleaned-up.
 217
 218     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 219       improved.
 220
 221     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 222       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 223       correction applied in previous version did not work in all
 224       situations.
 225
 226     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 227       "multiPhylo".
 228
 229
 230 DOCUMENTATION
 231
 232     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
 233
 234
 235 DEPRECATED & DEFUNCT
 236
 237     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
 238       lengths.
 239
 240     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
 241
 242
 243
 244                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
 245
 246
 247 NEW FEATURES
 248
 249     o The new function matexpo computes the exponential of a square
 250       matrix.
 251
 252     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
 253       a list.
 254
 255     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
 256       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
 257
 258
 259 BUG FIXES
 260
 261     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
 262       looked for.
 263
 264     o In diversi.time(), the values returned for model C were
 265       incorrect.
 266
 267     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
 268       likelihood in the presence of ties in the branching times.
 269
 270     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
 271       calculations of the transition probabilities for models HKY and
 272       GTR in mlphylo().
 273
 274     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
 275       Bullard).
 276
 277     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
 278       limited number of labelled topologies could be generated.
 279
 280
 281
 282                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
 283
 284
 285 NEW FEATURES
 286
 287     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
 288       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
 289       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
 290       previous programs done by Vincent Lefort.
 291
 292     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
 293       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
 294       Evol. 24: 58).
 295
 296     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
 297       two clades connected to the same node. It works also with
 298       multichotomous nodes.
 299
 300     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
 301       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
 302       keeping the names and the class.
 303
 304
 305 BUG FIXES
 306
 307     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
 308       an error message is now returned.
 309
 310     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
 311       to remove.
 312
 313
 314
 315                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
 316
 317
 318 NEW FEATURES
 319
 320     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
 321       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
 322
 323     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
 324       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
 325       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
 326       should be much faster.
 327
 328
 329 BUG FIXES
 330
 331     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
 332       from ape 1.10: this is fixed in this version
 333
 334     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
 335       object is now returned unchanged.
 336
 337
 338
 339                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
 340
 341
 342 NEW FEATURES
 343
 344     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
 345       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
 346
 347
 348 BUG FIXES
 349
 350     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
 351       object when reading multiple trees.
 352
 353     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
 354       "phylo").
 355
 356     o unroot() did not work correctly in most cases.
 357
 358     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
 359
 360     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
 361
 362     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
 363       correctly positioned if the option `cex' was used.
 364
 365
 366
 367                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
 368
 369
 370 NEW FEATURES
 371
 372     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
 373       DNA sequences in binary format (see below).
 374
 375     o Three new functions have been introduced to convert between the
 376       new binary and the character formats.
 377
 378     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
 379       single characters into the class "alignment" used by the package
 380       seqinr.
 381
 382     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
 383       controlling whether the sequences are returned in binary format
 384       or as character.
 385
 386
 387 BUG FIXES
 388
 389     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
 390
 391     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
 392       the default setting: this is fixed.
 393
 394     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
 395       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
 396
 397
 398 OTHER CHANGES
 399
 400     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
 401       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
 402       details. Most functions analyzing DNA functions have been
 403       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
 404       ca. 60 times faster).
 405
 406
 407
 408                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
 409
 410
 411 BUG FIXES
 412
 413     o A bug was fixed in edgelabels().
 414
 415     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
 416       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
 417       now its tip labels set to "1", "2", ...
 418
 419     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
 420       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
 421
 422     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
 423       initial tree were greater than one: an error message is now
 424       issued.
 425
 426     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
 427       invariants: this is fixed.
 428
 429
 430
 431                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
 432
 433
 434 NEW FEATURES
 435
 436     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
 437       in the same way than nodelabels or tiplabels.
 438
 439
 440 BUG FIXES
 441
 442     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
 443       default option `random = TRUE': this is now fixed.
 444
 445     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
 446
 447     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
 448       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
 449       prop.clades, and boot.phylo.
 450
 451     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
 452       dist.topo was wrong: this has been fixed.
 453
 454
 455
 456                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
 457
 458
 459 NEW FEATURES
 460
 461     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
 462       a tree to plot them left- or right-ladderized.
 463
 464     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
 465       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
 466       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
 467
 468
 469 BUG FIXES
 470
 471     o A bug was fixed in old2new.phylo().
 472
 473     o Some bugs were fixed in chronopl().
 474
 475     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
 476       (thank you to Li-San Wang for the fix).
 477
 478     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
 479       fixed.
 480
 481
 482 OTHER CHANGES
 483
 484     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
 485       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
 486       format are still returned in a list.
 487
 488     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
 489       it could not be used from the generic.
 490
 491
 492 DEPRECATED & DEFUNCT
 493
 494     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
 495       since ape 1.9.
 496
 497
 498
 499                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
 500
 501
 502 BUG FIXES
 503
 504     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
 505       element `Nnode' was not set: this is fixed.
 506
 507     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
 508       unrooted tree in most cases.
 509
 510     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
 511       particularly of the BX-series.
 512
 513     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
 514       fixed
 515
 516
 517
 518                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
 519
 520
 521 NEW FEATURES
 522
 523     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
 524       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
 525       displayed in a compact and informative way.
 526
 527     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
 528       for converting between the old and new coding of the class
 529       "phylo".
 530
 531     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
 532       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
 533
 534     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
 535       available to compute branch lengths.
 536
 537     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
 538
 539
 540 BUG FIXES
 541
 542     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
 543       multichotomous trees: this is fixed.
 544
 545     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
 546       returned unchanged.
 547
 548     o ace() did not return the correct index matrix with custom
 549       models: this is fixed.
 550
 551     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
 552       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
 553       of clades was randomized: this is fixed. This function now
 554       accepts trees with no branch lengths.
 555
 556     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
 557       user distribution was specified. This has been corrected, and
 558       the help page of this function has been expanded.
 559
 560
 561 OTHER CHANGES
 562
 563     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
 564       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
 565       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
 566       functions has been improved.
 567
 568     o Several functions have been improved by replacing some R codes
 569       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
 570
 571     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
 572
 573     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
 574       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
 575
 576     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
 577       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
 578       labels.
 579
 580     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
 581
 582     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
 583       been removed.
 584
 585     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
 586
 587     o The use of node.depth() has been simplified.
 588
 589
 590
 591                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
 592
 593
 594 NEW FEATURES
 595
 596     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
 597       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
 598       sequences in NEXUS files.
 599
 600     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
 601       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
 602       reorder(tr).
 603
 604     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
 605       edge.
 606
 607     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
 608       in NEXUS format.
 609
 610
 611 BUG FIXES
 612
 613     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
 614       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
 615
 616     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
 617       to remove or substitute any characters that are illegal in the
 618       Newick format (parentheses, etc.)
 619
 620     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
 621       now fixed.
 622
 623
 624
 625                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
 626
 627
 628 NEW FEATURES
 629
 630     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
 631       Hasegawa test.
 632
 633     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
 634       single descendant from a tree.
 635
 636     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
 637       colours of the tips.
 638
 639     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
 640       the progress of the analysis (the default is FALSE).
 641
 642
 643 BUG FIXES
 644
 645     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
 646       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
 647
 648     o ace() returned a list with no class so that the generic
 649       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
 650       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
 651
 652     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
 653       of freedom: this is fixed.
 654
 655     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
 656       a data frame: this is fixed.
 657
 658     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
 659       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
 660
 661
 662 OTHER CHANGES
 663
 664     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
 665       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
 666       respectively.
 667
 668
 669
 670                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
 671
 672
 673 NEW FEATURES
 674
 675     o There are four new `method' functions to be used with the
 676       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
 677
 678     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
 679       change the title, and `col' to control the colour of the
 680       segments showing the AIC values.
 681
 682     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
 683       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
 684       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
 685       of the estimated rates when analysing discrete characters.
 686
 687     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
 688       represent proportions, with any number of categories, as
 689       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
 690       there is now no limitation on the number of categories.
 691
 692
 693 BUG FIXES
 694
 695     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
 696       fixed.
 697
 698     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
 699       in the tree: this is fixed.
 700
 701     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
 702       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
 703
 704     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
 705       correctly output, and the estimation failed in some cases.
 706
 707     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
 708       is fixed and a message error is now returned.
 709
 710     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
 711       the calculation of P-values.
 712
 713     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
 714       and in the variables were different: this is fixed.
 715
 716
 717
 718                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
 719
 720
 721 NEW FEATURES
 722
 723     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
 724       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
 725       is used to define the substitution model which may include
 726       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
 727       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
 728       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
 729       functionality is limited to estimating the substitution and
 730       associated parameters and computing the likelihood.
 731
 732     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
 733       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
 734       warning message is printed if there is not enough degrees of
 735       freedom.
 736
 737
 738 BUG FIXES
 739
 740     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
 741       though with no consequence.
 742
 743
 744
 745                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
 746
 747
 748 NEW FEATURES
 749
 750     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
 751       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
 752       documented on the same help page.
 753
 754
 755 BUG FIXES
 756
 757     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
 758       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
 759       boot.phylo, or consensus.
 760
 761     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
 762       more than one element: this is fixed.
 763
 764     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
 765       has been corrected.
 766
 767     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
 768       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
 769       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
 770
 771
 772 OTHER CHANGES
 773
 774     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
 775       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
 776       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
 777
 778
 779
 780                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
 781
 782
 783 NEW FEATURES
 784
 785     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
 786       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
 787
 788     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
 789       list of trees.
 790
 791     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
 792       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
 793
 794     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
 795       tree together with ancestral values, as returned by the above
 796       function.
 797
 798     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
 799       set of nested taxonomic variables given as a formula.
 800
 801     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
 802
 803     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
 804       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
 805
 806     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
 807
 808     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
 809       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
 810
 811     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
 812       there are print (to display a partition in a more friendly way)
 813       and summary (to extract the numbers) methods.
 814
 815     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
 816       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
 817
 818     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
 819       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
 820       respectively.
 821
 822     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
 823
 824
 825 BUG FIXES
 826
 827     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
 828       handled corretly, and node labels are now output normally.
 829
 830     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
 831       in some cases.
 832
 833     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
 834       ancestral states of discrete characters failed, custom models
 835       did not work, and the function failed with a null gradient (a
 836       warning message is now returned; this latter bug was also
 837       present in yule.cov() as well and is now fixed).
 838
 839     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
 840       is now returned.
 841
 842     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
 843       was not always correctly dispatched.
 844
 845     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
 846       was plotted rightwards: this works now for all directions.
 847
 848
 849 OTHER CHANGES
 850
 851     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
 852
 853     o Various error and warning messages have been improved.
 854
 855
 856
 857                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
 858 NEW FEATURES
 859
 860     o The new function ace() estimates ancestral character states for
 861       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
 862       discrete characters (with ML only) for any number of states.
 863
 864     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
 865       of directional evolution for continuous characters. The user
 866       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
 867       changes.
 868
 869     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
 870       "phylo") is rooted.
 871
 872     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
 873       the possibility to specify the function that generates the
 874       inter-nodes distances.
 875
 876     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
 877       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
 878
 879     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
 880       to three classes) on the nodes of a tree.
 881
 882     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
 883       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
 884       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
 885       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
 886       3) are now handled correctly.
 887
 888     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
 889       for Penny and Henny's method (already available before and now
 890       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
 891       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
 892
 893     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
 894       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
 895       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
 896       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
 897
 898     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
 899       DNA sequences by specifying model = "raw".
 900
 901     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
 902       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
 903       `full = FALSE'.
 904
 905
 906 BUG FIXES
 907
 908     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
 909
 910     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
 911       they are now considered as missing data.
 912
 913     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
 914       fixed.
 915
 916     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
 917       and the function has been improved and is now faster.
 918
 919     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
 920       incorrect.
 921
 922     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
 923       this is fixed.
 924
 925     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
 926       rooted and unrooted trees.
 927
 928     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
 929       fixed.
 930
 931     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
 932
 933
 934
 935                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
 936
 937
 938 NEW FEATURES
 939
 940     o The new function dist.topo() computes the topological distances
 941       between two trees.
 942
 943     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
 944       phylogeny estimation.
 945
 946     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
 947       bipartitions from a series of trees.
 948
 949
 950 OTHER CHANGES
 951
 952     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
 953       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
 954       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
 955
 956
 957 BUG FIXES
 958
 959     o Several bugs were fixed in read.dna().
 960
 961     o Several bugs were fixed in diversi.time().
 962
 963     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
 964       lengths: this is fixed.
 965
 966     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
 967       tree: this is fixed.
 968
 969
 970
 971                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
 972
 973
 974 NEW FEATURES
 975
 976     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
 977       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
 978       latter implements the representation of binary trees introduced by
 979       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
 980       as.matching() has been introduced as well.
 981
 982     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
 983       and collapse multichotomies with branches of length zero.
 984
 985     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
 986       from a sample a DNA sequences.
 987
 988     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
 989       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
 990       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
 991       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
 992       is available for all models. A gamma-correction is possible for
 993       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
 994       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
 995       `GCcontent' has been removed.
 996
 997     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
 998       whether to return the species names of the organisms in addition
 999       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1000       behaviour).
1001
1002     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1003
1004     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1005       new root edge if internal branches are trimmed.
1006
1007
1008 BUG FIXES
1009
1010     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1011       is fixed.
1012
1013     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1014       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1015       different representations (a report was printed previously).
1016
1017     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1018       this is fixed.
1019
1020
1021 OTHER CHANGES
1022
1023     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1024       which there is a print method.
1025
1026
1027
1028                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1029
1030
1031 NEW FEATURES
1032
1033     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1034       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1035       Evol., 4:406).
1036
1037     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1038       that belong to a group specified as a set of tips.
1039
1040     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1041       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1042       "phylo".
1043
1044     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1045       phylogeny plot.
1046
1047     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1048       in different cases and giving a number of tips.
1049
1050     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1051       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1052       line.
1053
1054     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1055       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1056       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1057       marked with the option `subtree' (see below).
1058
1059     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1060       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1061       deleted and where.
1062
1063     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1064       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1065       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1066
1067     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1068       edge lengths into account.
1069
1070     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1071       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1072       they are propagated to the vertical line that link them.
1073
1074
1075 BUG FIXES
1076
1077     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1078       crashing. This is fixed.
1079
1080     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1081       now properly recycled; their default values are now "black" and
1082       1, respectively.
1083
1084     o A bug has been fixed in write.nexus().
1085
1086
1087 OTHER CHANGES
1088
1089     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1090       replaced by a C code.
1091
1092
1093
1094                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1095
1096
1097 NEW FEATURES
1098
1099     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1100       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1101
1102     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1103       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1104       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1105       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1106       limit (as before).
1107
1108
1109
1110                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1111
1112
1113 NEW FEATURES
1114
1115     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1116       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1117       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1118       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1119       display graphically the AIC values of each model.
1120
1121     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1122       a model where the speciation rate is affected by several species
1123       traits through a generalized linear model. The parameters are
1124       estimated by maximum likelihood.
1125
1126     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1127       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1128       species given a phylogeny under different models of evolution.
1129       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1130       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1131       Initialize.corPhyl() function associated.
1132
1133     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1134       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1135
1136     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1137       a plot method.
1138
1139     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1140       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1141       correlograms.
1142
1143     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1144       of a subtree defined by a particular node.
1145
1146     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1147       given parent node.
1148
1149     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1150       a tree according to a specified method.
1151
1152     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1153       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1154       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1155       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1156       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1157
1158
1159 BUG FIXES
1160
1161     o Some functions which try to match tip labels and names of
1162       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1163       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1164       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1165       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1166       have been clarified on this point.
1167
1168
1169
1170                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1171
1172
1173 NEW FEATURES
1174
1175     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1176       to a specified outgroup.
1177
1178     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1179
1180     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1181       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1182       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1183       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1184       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1185       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1186       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1187
1188     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1189
1190
1191 BUG FIXES
1192
1193     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1194       lengths: this is fixed.
1195
1196     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1197       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1198
1199
1200
1201                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1202
1203
1204 NEW FEATURES
1205
1206     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1207       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1208       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1209
1210     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1211       has been included.
1212
1213
1214 BUG FIXES
1215
1216     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1217
1218
1219 OTHER CHANGES
1220
1221     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1222       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1223
1224
1225
1226                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
1227
1228
1229 NEW FEATURES
1230
1231     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
1232       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
1233       speciation and extinction rates.
1234
1235
1236 OTHER CHANGES
1237
1238     o The package gee is no more required by ape but only suggested
1239       since only the function compar.gee() calls gee.
1240
1241
1242
1243                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
1244
1245
1246 NEW FEATURES
1247
1248     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
1249       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
1250       demographic history from genealogies using a reversible jump
1251       MCMC have been introduced.
1252
1253     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
1254       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
1255
1256
1257
1258                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
1259
1260
1261 NEW FEATURES
1262
1263     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
1264       without branch lengths.
1265
1266     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
1267       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
1268       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
1269       arguments (see `?ltt.plot' for details).
1270
1271
1272 BUG FIXES
1273
1274     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
1275       this is fixed.
1276
1277     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
1278       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
1279
1280
1281 OTHER CHANGES
1282
1283     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
1284       algorithm: it is now about four times faster.
1285
1286     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
1287       twice faster.
1288
1289
1290
1291                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
1292
1293
1294 NEW FEATURES
1295
1296     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
1297       sample of DNA sequences.
1298
1299
1300 BUG FIXES
1301
1302     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
1303       1.2-1 was fixed.
1304
1305     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
1306       help pages.
1307
1308
1309
1310                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
1311
1312
1313 NEW FEATURES
1314
1315     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
1316       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
1317
1318
1319 BUG FIXES
1320
1321     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
1322       comment blocks were not read correctly.
1323
1324     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
1325       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
1326       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
1327       are now correctly represented in the object of class "phylo";
1328       a warning message is now issued.
1329
1330
1331
1332                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
1333
1334
1335 NEW FEATURES
1336
1337     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
1338       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
1339       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
1340       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
1341       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
1342       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
1343       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
1344       and two new functions (potentially useful for developpers) are
1345       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
1346       see the respective help pages for details.
1347
1348     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
1349       focusing on a small portion of it.
1350
1351     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
1352       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
1353
1354     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
1355       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
1356       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
1357       The function has been completely re-written, fixing some bugs
1358       (see below); the default behaviour is no more to display the
1359       sequences on the standard output. Several options have been
1360       introduced to control the sequence printing in a flexible
1361       way. The help page has been extended.
1362
1363     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
1364
1365
1366 BUG FIXES
1367
1368     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
1369       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
1370
1371     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
1372
1373     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
1374       function did not work with `format = "interleaved"'.
1375
1376     o Various errors were corrected in the help pages.
1377
1378
1379 OTHER CHANGES
1380
1381     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
1382       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
1383       the corresponding generic function.
1384
1385     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
1386       since gamma() is a generic function.
1387
1388
1389
1390                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
1391
1392
1393 BUG FIXES
1394
1395     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
1396       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
1397       returned if one base was absent). This is now fixed (a
1398       vector of length 4 is always returned).
1399
1400     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
1401       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
1402       command in the NEXUS file, and that the commands were
1403       case-sensitive.
1404
1405
1406
1407                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
1408
1409
1410 NEW FEATURES
1411
1412     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
1413       in dist.dna(): five models are now available in this function.
1414
1415     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
1416       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
1417       sylvaticus).
1418
1419
1420 BUG FIXES
1421
1422     o A bug in read.nexus() was fixed.
1423
1424     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
1425       The function has been completely re-written and its help page
1426       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
1427       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
1428       spaces (this behaviour was undocumented).
1429
1430     o A bug was fixed in write.dna().
1431
1432
1433
1434                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
1435
1436
1437 BUG FIXES
1438
1439     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
1440
1441     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
1442       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
1443
1444
1445
1446                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
1447
1448
1449 NEW FEATURES
1450
1451     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
1452       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
1453       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
1454       the function klastorin()).
1455
1456     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
1457       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
1458       as.phylo for details).
1459
1460     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
1461       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
1462       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
1463       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
1464       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
1465
1466     o A summary method is now provided printing a summary information on a
1467       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
1468
1469     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
1470       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
1471       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
1472       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
1473       (this behaviour was undocumented).
1474
1475     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
1476       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
1477       the plot as such or replaced with spaces (the default).
1478
1479     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
1480       the estimated parameters using profile likelihood.
1481
1482     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
1483       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
1484       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
1485
1486
1487 BUG FIXES
1488
1489     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
1490
1491     o A bug in plot.mst() was fixed.
1492
1493     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
1494       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
1495
1496
1497
1498                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
1499
1500
1501 NEW FEATURES
1502
1503     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
1504       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
1505
1506     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
1507       in a NEXUS file.
1508
1509     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
1510       possibly handling root edges to give internal branches.
1511
1512     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
1513       and trims (or not) the corresponding internal branches.
1514
1515     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
1516
1517     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
1518       branches with different colours and/or different widths, showing the
1519       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
1520       the labels, and controling the space around the plot.
1521
1522     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
1523       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
1524       objects of class "phylo" is now optional.
1525
1526     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
1527       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
1528       mode character containing the tree in Newick format is returned which
1529       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
1530
1531     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
1532       to read the tree in a variable of mode character.
1533
1534     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
1535       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
1536
1537
1538
1539                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
1540
1541
1542 BUG FIXES
1543
1544     o Several bugs were fixed in the help pages.
1545
1546
1547
1548                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
1549
1550
1551 NEW FEATURES
1552
1553     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
1554       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
1555
1556     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
1557       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
1558       extinction rates.
1559
1560     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
1561       tree.
1562
1563     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
1564
1565     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
1566       as well as some methods are introduced.
1567
1568     o Several functions, including some generics and methods, for computing
1569       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
1570       population size through time are introduced and replace the function
1571       skyline.plot() in version 0.1.
1572
1573     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
1574       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
1575       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
1576       Democratic Republic of Congo.
1577
1578
1579 DEPRECATED & DEFUNCT
1580
1581     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
1582       replaced by more elaborate functions (see above).
1583
1584
1585 BUG FIXES
1586
1587     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
1588       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
1589       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
1590       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
1591
1592     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
1593       AICs and LRTs.
1594
1595     o Various errors were corrected in the help pages.