Changes

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
   2
   3
   4 NEW FEATURES
   5
   6     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
   7       'pairwise.deletion'.
   8
   9
  10 BUG FIXES
  11
  12     o prop.part() failed with a single tree with the default option
  13      'check.labels = TRUE'.
  14
  15
  16
  17                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
  18
  19
  20 NEW FEATURES
  21
  22     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
  23       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
  24       truncate and/or make them unique, substituting some
  25       characters, and so on.
  26
  27     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
  28       set of DNA sequences.
  29
  30     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
  31
  32
  33 BUG FIXES
  34
  35     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
  36       already the specified root.
  37
  38     o Several bugs were fixed in mlphylo().
  39
  40     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
  41       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
  42
  43     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
  44       trees.
  45
  46     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
  47       translation of tip labels.
  48
  49     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
  50       a single tree with no edge lengths.
  51
  52     o A bug was fixed in sh.test().
  53
  54
  55 OTHER CHANGES
  56
  57     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
  58       Minin.
  59
  60     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
  61       TRUE by default.
  62
  63     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
  64       the Phylip formats.
  65
  66
  67
  68                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
  69
  70
  71 NEW FEATURES
  72
  73     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
  74       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
  75       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
  76       (without plotting).
  77
  78     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
  79       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
  80
  81     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
  82       help page for details.
  83
  84     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
  85       bootstraped trees (the default is FALSE).
  86
  87     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
  88       situations.
  89
  90
  91 BUG FIXES
  92
  93     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
  94       first sequence.
  95
  96     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
  97       circular tree (type = "r" or "f").
  98
  99     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 100       trees.
 101
 102     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 103       (thanks to Yan Wong for the fix).
 104
 105     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 106
 107     o seg.sites() failed with a list.
 108
 109     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 110       as well and is faster.
 111
 112
 113
 114                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 115
 116
 117 BUG FIXES
 118
 119     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 120
 121     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 122       states by generalized least squares in ace().
 123
 124     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 125
 126     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 127       "cladewise".
 128
 129
 130
 131                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 132
 133
 134 NEW FEATURES
 135
 136     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 137       and [[.
 138
 139     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 140       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 141
 142     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 143       than in plot.default().
 144
 145
 146 BUG FIXES
 147
 148     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 149       list of trees.
 150
 151     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 152       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 153       worked already for thermometers).
 154
 155     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 156
 157
 158 OTHER CHANGES
 159
 160     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 161       as well as a character string.
 162
 163     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 164       'tree.names = NULL'.
 165
 166     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 167       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 168       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 169       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 170       correctly when extracting trees.
 171
 172
 173
 174                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 175
 176
 177 NEW FEATURES
 178
 179     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 180
 181     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 182       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 183
 184
 185 BUG FIXES
 186
 187     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 188       pairwise.deletion = FALSE.
 189
 190
 191 OTHER CHANGES
 192
 193     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 194       have been improved so that they are stabler and faster.
 195
 196     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 197       are loaded only when needed.
 198
 199
 200
 201                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 202
 203
 204 NEW FEATURES
 205
 206     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 207       tree using the mouse.
 208
 209     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 210       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 211
 212     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 213       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 214       an object of class "DNAbin".
 215
 216     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 217       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 218
 219     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 220       as its main argument.
 221
 222     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 223       improved, and gain several options (see the help page for
 224       details). A legend is now plotted by default.
 225
 226
 227 BUG FIXES
 228
 229     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 230       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 231       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 232       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 233
 234     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 235       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 236       single line).
 237
 238     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 239       edges (see OTHER CHANGES).
 240
 241
 242 OTHER CHANGES
 243
 244     o The code of mlphylo() has almost entirely rewritten, and should
 245       be much stabler. The options have been also greatly simplified
 246       (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 247
 248     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 249
 250     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 251       been cleaned-up.
 252
 253     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 254       improved.
 255
 256     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 257       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 258       correction applied in previous version did not work in all
 259       situations.
 260
 261     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 262       "multiPhylo".
 263
 264
 265 DOCUMENTATION
 266
 267     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
 268
 269
 270 DEPRECATED & DEFUNCT
 271
 272     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
 273       lengths.
 274
 275     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
 276
 277
 278
 279                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
 280
 281
 282 NEW FEATURES
 283
 284     o The new function matexpo computes the exponential of a square
 285       matrix.
 286
 287     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
 288       a list.
 289
 290     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
 291       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
 292
 293
 294 BUG FIXES
 295
 296     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
 297       looked for.
 298
 299     o In diversi.time(), the values returned for model C were
 300       incorrect.
 301
 302     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
 303       likelihood in the presence of ties in the branching times.
 304
 305     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
 306       calculations of the transition probabilities for models HKY and
 307       GTR in mlphylo().
 308
 309     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
 310       Bullard).
 311
 312     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
 313       limited number of labelled topologies could be generated.
 314
 315
 316
 317                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
 318
 319
 320 NEW FEATURES
 321
 322     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
 323       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
 324       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
 325       previous programs done by Vincent Lefort.
 326
 327     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
 328       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
 329       Evol. 24: 58).
 330
 331     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
 332       two clades connected to the same node. It works also with
 333       multichotomous nodes.
 334
 335     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
 336       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
 337       keeping the names and the class.
 338
 339
 340 BUG FIXES
 341
 342     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
 343       an error message is now returned.
 344
 345     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
 346       to remove.
 347
 348
 349
 350                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
 351
 352
 353 NEW FEATURES
 354
 355     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
 356       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
 357
 358     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
 359       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
 360       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
 361       should be much faster.
 362
 363
 364 BUG FIXES
 365
 366     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
 367       from ape 1.10: this is fixed in this version
 368
 369     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
 370       object is now returned unchanged.
 371
 372
 373
 374                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
 375
 376
 377 NEW FEATURES
 378
 379     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
 380       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
 381
 382
 383 BUG FIXES
 384
 385     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
 386       object when reading multiple trees.
 387
 388     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
 389       "phylo").
 390
 391     o unroot() did not work correctly in most cases.
 392
 393     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
 394
 395     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
 396
 397     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
 398       correctly positioned if the option `cex' was used.
 399
 400
 401
 402                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
 403
 404
 405 NEW FEATURES
 406
 407     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
 408       DNA sequences in binary format (see below).
 409
 410     o Three new functions have been introduced to convert between the
 411       new binary and the character formats.
 412
 413     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
 414       single characters into the class "alignment" used by the package
 415       seqinr.
 416
 417     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
 418       controlling whether the sequences are returned in binary format
 419       or as character.
 420
 421
 422 BUG FIXES
 423
 424     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
 425
 426     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
 427       the default setting: this is fixed.
 428
 429     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
 430       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
 431
 432
 433 OTHER CHANGES
 434
 435     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
 436       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
 437       details. Most functions analyzing DNA functions have been
 438       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
 439       ca. 60 times faster).
 440
 441
 442
 443                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
 444
 445
 446 BUG FIXES
 447
 448     o A bug was fixed in edgelabels().
 449
 450     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
 451       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
 452       now its tip labels set to "1", "2", ...
 453
 454     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
 455       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
 456
 457     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
 458       initial tree were greater than one: an error message is now
 459       issued.
 460
 461     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
 462       invariants: this is fixed.
 463
 464
 465
 466                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
 467
 468
 469 NEW FEATURES
 470
 471     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
 472       in the same way than nodelabels or tiplabels.
 473
 474
 475 BUG FIXES
 476
 477     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
 478       default option `random = TRUE': this is now fixed.
 479
 480     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
 481
 482     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
 483       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
 484       prop.clades, and boot.phylo.
 485
 486     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
 487       dist.topo was wrong: this has been fixed.
 488
 489
 490
 491                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
 492
 493
 494 NEW FEATURES
 495
 496     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
 497       a tree to plot them left- or right-ladderized.
 498
 499     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
 500       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
 501       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
 502
 503
 504 BUG FIXES
 505
 506     o A bug was fixed in old2new.phylo().
 507
 508     o Some bugs were fixed in chronopl().
 509
 510     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
 511       (thank you to Li-San Wang for the fix).
 512
 513     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
 514       fixed.
 515
 516
 517 OTHER CHANGES
 518
 519     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
 520       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
 521       format are still returned in a list.
 522
 523     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
 524       it could not be used from the generic.
 525
 526
 527 DEPRECATED & DEFUNCT
 528
 529     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
 530       since ape 1.9.
 531
 532
 533
 534                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
 535
 536
 537 BUG FIXES
 538
 539     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
 540       element `Nnode' was not set: this is fixed.
 541
 542     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
 543       unrooted tree in most cases.
 544
 545     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
 546       particularly of the BX-series.
 547
 548     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
 549       fixed
 550
 551
 552
 553                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
 554
 555
 556 NEW FEATURES
 557
 558     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
 559       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
 560       displayed in a compact and informative way.
 561
 562     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
 563       for converting between the old and new coding of the class
 564       "phylo".
 565
 566     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
 567       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
 568
 569     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
 570       available to compute branch lengths.
 571
 572     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
 573
 574
 575 BUG FIXES
 576
 577     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
 578       multichotomous trees: this is fixed.
 579
 580     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
 581       returned unchanged.
 582
 583     o ace() did not return the correct index matrix with custom
 584       models: this is fixed.
 585
 586     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
 587       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
 588       of clades was randomized: this is fixed. This function now
 589       accepts trees with no branch lengths.
 590
 591     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
 592       user distribution was specified. This has been corrected, and
 593       the help page of this function has been expanded.
 594
 595
 596 OTHER CHANGES
 597
 598     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
 599       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
 600       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
 601       functions has been improved.
 602
 603     o Several functions have been improved by replacing some R codes
 604       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
 605
 606     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
 607
 608     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
 609       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
 610
 611     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
 612       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
 613       labels.
 614
 615     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
 616
 617     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
 618       been removed.
 619
 620     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
 621
 622     o The use of node.depth() has been simplified.
 623
 624
 625
 626                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
 627
 628
 629 NEW FEATURES
 630
 631     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
 632       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
 633       sequences in NEXUS files.
 634
 635     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
 636       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
 637       reorder(tr).
 638
 639     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
 640       edge.
 641
 642     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
 643       in NEXUS format.
 644
 645
 646 BUG FIXES
 647
 648     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
 649       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
 650
 651     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
 652       to remove or substitute any characters that are illegal in the
 653       Newick format (parentheses, etc.)
 654
 655     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
 656       now fixed.
 657
 658
 659
 660                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
 661
 662
 663 NEW FEATURES
 664
 665     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
 666       Hasegawa test.
 667
 668     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
 669       single descendant from a tree.
 670
 671     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
 672       colours of the tips.
 673
 674     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
 675       the progress of the analysis (the default is FALSE).
 676
 677
 678 BUG FIXES
 679
 680     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
 681       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
 682
 683     o ace() returned a list with no class so that the generic
 684       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
 685       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
 686
 687     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
 688       of freedom: this is fixed.
 689
 690     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
 691       a data frame: this is fixed.
 692
 693     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
 694       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
 695
 696
 697 OTHER CHANGES
 698
 699     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
 700       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
 701       respectively.
 702
 703
 704
 705                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
 706
 707
 708 NEW FEATURES
 709
 710     o There are four new `method' functions to be used with the
 711       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
 712
 713     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
 714       change the title, and `col' to control the colour of the
 715       segments showing the AIC values.
 716
 717     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
 718       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
 719       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
 720       of the estimated rates when analysing discrete characters.
 721
 722     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
 723       represent proportions, with any number of categories, as
 724       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
 725       there is now no limitation on the number of categories.
 726
 727
 728 BUG FIXES
 729
 730     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
 731       fixed.
 732
 733     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
 734       in the tree: this is fixed.
 735
 736     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
 737       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
 738
 739     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
 740       correctly output, and the estimation failed in some cases.
 741
 742     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
 743       is fixed and a message error is now returned.
 744
 745     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
 746       the calculation of P-values.
 747
 748     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
 749       and in the variables were different: this is fixed.
 750
 751
 752
 753                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
 754
 755
 756 NEW FEATURES
 757
 758     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
 759       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
 760       is used to define the substitution model which may include
 761       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
 762       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
 763       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
 764       functionality is limited to estimating the substitution and
 765       associated parameters and computing the likelihood.
 766
 767     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
 768       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
 769       warning message is printed if there is not enough degrees of
 770       freedom.
 771
 772
 773 BUG FIXES
 774
 775     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
 776       though with no consequence.
 777
 778
 779
 780                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
 781
 782
 783 NEW FEATURES
 784
 785     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
 786       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
 787       documented on the same help page.
 788
 789
 790 BUG FIXES
 791
 792     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
 793       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
 794       boot.phylo, or consensus.
 795
 796     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
 797       more than one element: this is fixed.
 798
 799     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
 800       has been corrected.
 801
 802     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
 803       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
 804       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
 805
 806
 807 OTHER CHANGES
 808
 809     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
 810       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
 811       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
 812
 813
 814
 815                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
 816
 817
 818 NEW FEATURES
 819
 820     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
 821       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
 822
 823     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
 824       list of trees.
 825
 826     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
 827       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
 828
 829     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
 830       tree together with ancestral values, as returned by the above
 831       function.
 832
 833     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
 834       set of nested taxonomic variables given as a formula.
 835
 836     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
 837
 838     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
 839       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
 840
 841     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
 842
 843     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
 844       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
 845
 846     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
 847       there are print (to display a partition in a more friendly way)
 848       and summary (to extract the numbers) methods.
 849
 850     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
 851       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
 852
 853     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
 854       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
 855       respectively.
 856
 857     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
 858
 859
 860 BUG FIXES
 861
 862     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
 863       handled corretly, and node labels are now output normally.
 864
 865     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
 866       in some cases.
 867
 868     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
 869       ancestral states of discrete characters failed, custom models
 870       did not work, and the function failed with a null gradient (a
 871       warning message is now returned; this latter bug was also
 872       present in yule.cov() as well and is now fixed).
 873
 874     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
 875       is now returned.
 876
 877     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
 878       was not always correctly dispatched.
 879
 880     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
 881       was plotted rightwards: this works now for all directions.
 882
 883
 884 OTHER CHANGES
 885
 886     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
 887
 888     o Various error and warning messages have been improved.
 889
 890
 891
 892                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
 893 NEW FEATURES
 894
 895     o The new function ace() estimates ancestral character states for
 896       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
 897       discrete characters (with ML only) for any number of states.
 898
 899     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
 900       of directional evolution for continuous characters. The user
 901       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
 902       changes.
 903
 904     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
 905       "phylo") is rooted.
 906
 907     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
 908       the possibility to specify the function that generates the
 909       inter-nodes distances.
 910
 911     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
 912       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
 913
 914     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
 915       to three classes) on the nodes of a tree.
 916
 917     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
 918       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
 919       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
 920       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
 921       3) are now handled correctly.
 922
 923     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
 924       for Penny and Henny's method (already available before and now
 925       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
 926       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
 927
 928     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
 929       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
 930       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
 931       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
 932
 933     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
 934       DNA sequences by specifying model = "raw".
 935
 936     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
 937       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
 938       `full = FALSE'.
 939
 940
 941 BUG FIXES
 942
 943     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
 944
 945     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
 946       they are now considered as missing data.
 947
 948     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
 949       fixed.
 950
 951     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
 952       and the function has been improved and is now faster.
 953
 954     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
 955       incorrect.
 956
 957     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
 958       this is fixed.
 959
 960     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
 961       rooted and unrooted trees.
 962
 963     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
 964       fixed.
 965
 966     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
 967
 968
 969
 970                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
 971
 972
 973 NEW FEATURES
 974
 975     o The new function dist.topo() computes the topological distances
 976       between two trees.
 977
 978     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
 979       phylogeny estimation.
 980
 981     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
 982       bipartitions from a series of trees.
 983
 984
 985 OTHER CHANGES
 986
 987     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
 988       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
 989       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
 990
 991
 992 BUG FIXES
 993
 994     o Several bugs were fixed in read.dna().
 995
 996     o Several bugs were fixed in diversi.time().
 997
 998     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
 999       lengths: this is fixed.
1000
1001     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1002       tree: this is fixed.
1003
1004
1005
1006                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1007
1008
1009 NEW FEATURES
1010
1011     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1012       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1013       latter implements the representation of binary trees introduced by
1014       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1015       as.matching() has been introduced as well.
1016
1017     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1018       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1019
1020     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1021       from a sample a DNA sequences.
1022
1023     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1024       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1025       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1026       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1027       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1028       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1029       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1030       `GCcontent' has been removed.
1031
1032     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1033       whether to return the species names of the organisms in addition
1034       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1035       behaviour).
1036
1037     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1038
1039     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1040       new root edge if internal branches are trimmed.
1041
1042
1043 BUG FIXES
1044
1045     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1046       is fixed.
1047
1048     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1049       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1050       different representations (a report was printed previously).
1051
1052     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1053       this is fixed.
1054
1055
1056 OTHER CHANGES
1057
1058     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1059       which there is a print method.
1060
1061
1062
1063                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1064
1065
1066 NEW FEATURES
1067
1068     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1069       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1070       Evol., 4:406).
1071
1072     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1073       that belong to a group specified as a set of tips.
1074
1075     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1076       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1077       "phylo".
1078
1079     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1080       phylogeny plot.
1081
1082     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1083       in different cases and giving a number of tips.
1084
1085     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1086       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1087       line.
1088
1089     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1090       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1091       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1092       marked with the option `subtree' (see below).
1093
1094     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1095       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1096       deleted and where.
1097
1098     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1099       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1100       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1101
1102     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1103       edge lengths into account.
1104
1105     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1106       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1107       they are propagated to the vertical line that link them.
1108
1109
1110 BUG FIXES
1111
1112     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1113       crashing. This is fixed.
1114
1115     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1116       now properly recycled; their default values are now "black" and
1117       1, respectively.
1118
1119     o A bug has been fixed in write.nexus().
1120
1121
1122 OTHER CHANGES
1123
1124     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1125       replaced by a C code.
1126
1127
1128
1129                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1130
1131
1132 NEW FEATURES
1133
1134     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1135       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1136
1137     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1138       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1139       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1140       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1141       limit (as before).
1142
1143
1144
1145                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1146
1147
1148 NEW FEATURES
1149
1150     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1151       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1152       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1153       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1154       display graphically the AIC values of each model.
1155
1156     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1157       a model where the speciation rate is affected by several species
1158       traits through a generalized linear model. The parameters are
1159       estimated by maximum likelihood.
1160
1161     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1162       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1163       species given a phylogeny under different models of evolution.
1164       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1165       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1166       Initialize.corPhyl() function associated.
1167
1168     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1169       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1170
1171     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1172       a plot method.
1173
1174     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1175       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1176       correlograms.
1177
1178     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1179       of a subtree defined by a particular node.
1180
1181     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1182       given parent node.
1183
1184     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1185       a tree according to a specified method.
1186
1187     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1188       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1189       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1190       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1191       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1192
1193
1194 BUG FIXES
1195
1196     o Some functions which try to match tip labels and names of
1197       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1198       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1199       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1200       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1201       have been clarified on this point.
1202
1203
1204
1205                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1206
1207
1208 NEW FEATURES
1209
1210     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1211       to a specified outgroup.
1212
1213     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1214
1215     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1216       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1217       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1218       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1219       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1220       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1221       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1222
1223     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1224
1225
1226 BUG FIXES
1227
1228     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1229       lengths: this is fixed.
1230
1231     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1232       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1233
1234
1235
1236                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1237
1238
1239 NEW FEATURES
1240
1241     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1242       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1243       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1244
1245     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1246       has been included.
1247
1248
1249 BUG FIXES
1250
1251     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1252
1253
1254 OTHER CHANGES
1255
1256     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1257       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1258
1259
1260
1261                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
1262
1263
1264 NEW FEATURES
1265
1266     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
1267       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
1268       speciation and extinction rates.
1269
1270
1271 OTHER CHANGES
1272
1273     o The package gee is no more required by ape but only suggested
1274       since only the function compar.gee() calls gee.
1275
1276
1277
1278                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
1279
1280
1281 NEW FEATURES
1282
1283     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
1284       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
1285       demographic history from genealogies using a reversible jump
1286       MCMC have been introduced.
1287
1288     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
1289       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
1290
1291
1292
1293                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
1294
1295
1296 NEW FEATURES
1297
1298     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
1299       without branch lengths.
1300
1301     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
1302       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
1303       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
1304       arguments (see `?ltt.plot' for details).
1305
1306
1307 BUG FIXES
1308
1309     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
1310       this is fixed.
1311
1312     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
1313       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
1314
1315
1316 OTHER CHANGES
1317
1318     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
1319       algorithm: it is now about four times faster.
1320
1321     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
1322       twice faster.
1323
1324
1325
1326                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
1327
1328
1329 NEW FEATURES
1330
1331     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
1332       sample of DNA sequences.
1333
1334
1335 BUG FIXES
1336
1337     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
1338       1.2-1 was fixed.
1339
1340     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
1341       help pages.
1342
1343
1344
1345                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
1346
1347
1348 NEW FEATURES
1349
1350     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
1351       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
1352
1353
1354 BUG FIXES
1355
1356     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
1357       comment blocks were not read correctly.
1358
1359     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
1360       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
1361       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
1362       are now correctly represented in the object of class "phylo";
1363       a warning message is now issued.
1364
1365
1366
1367                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
1368
1369
1370 NEW FEATURES
1371
1372     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
1373       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
1374       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
1375       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
1376       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
1377       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
1378       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
1379       and two new functions (potentially useful for developpers) are
1380       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
1381       see the respective help pages for details.
1382
1383     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
1384       focusing on a small portion of it.
1385
1386     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
1387       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
1388
1389     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
1390       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
1391       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
1392       The function has been completely re-written, fixing some bugs
1393       (see below); the default behaviour is no more to display the
1394       sequences on the standard output. Several options have been
1395       introduced to control the sequence printing in a flexible
1396       way. The help page has been extended.
1397
1398     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
1399
1400
1401 BUG FIXES
1402
1403     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
1404       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
1405
1406     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
1407
1408     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
1409       function did not work with `format = "interleaved"'.
1410
1411     o Various errors were corrected in the help pages.
1412
1413
1414 OTHER CHANGES
1415
1416     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
1417       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
1418       the corresponding generic function.
1419
1420     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
1421       since gamma() is a generic function.
1422
1423
1424
1425                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
1426
1427
1428 BUG FIXES
1429
1430     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
1431       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
1432       returned if one base was absent). This is now fixed (a
1433       vector of length 4 is always returned).
1434
1435     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
1436       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
1437       command in the NEXUS file, and that the commands were
1438       case-sensitive.
1439
1440
1441
1442                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
1443
1444
1445 NEW FEATURES
1446
1447     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
1448       in dist.dna(): five models are now available in this function.
1449
1450     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
1451       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
1452       sylvaticus).
1453
1454
1455 BUG FIXES
1456
1457     o A bug in read.nexus() was fixed.
1458
1459     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
1460       The function has been completely re-written and its help page
1461       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
1462       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
1463       spaces (this behaviour was undocumented).
1464
1465     o A bug was fixed in write.dna().
1466
1467
1468
1469                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
1470
1471
1472 BUG FIXES
1473
1474     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
1475
1476     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
1477       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
1478
1479
1480
1481                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
1482
1483
1484 NEW FEATURES
1485
1486     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
1487       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
1488       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
1489       the function klastorin()).
1490
1491     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
1492       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
1493       as.phylo for details).
1494
1495     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
1496       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
1497       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
1498       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
1499       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
1500
1501     o A summary method is now provided printing a summary information on a
1502       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
1503
1504     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
1505       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
1506       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
1507       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
1508       (this behaviour was undocumented).
1509
1510     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
1511       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
1512       the plot as such or replaced with spaces (the default).
1513
1514     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
1515       the estimated parameters using profile likelihood.
1516
1517     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
1518       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
1519       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
1520
1521
1522 BUG FIXES
1523
1524     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
1525
1526     o A bug in plot.mst() was fixed.
1527
1528     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
1529       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
1530
1531
1532
1533                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
1534
1535
1536 NEW FEATURES
1537
1538     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
1539       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
1540
1541     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
1542       in a NEXUS file.
1543
1544     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
1545       possibly handling root edges to give internal branches.
1546
1547     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
1548       and trims (or not) the corresponding internal branches.
1549
1550     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
1551
1552     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
1553       branches with different colours and/or different widths, showing the
1554       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
1555       the labels, and controling the space around the plot.
1556
1557     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
1558       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
1559       objects of class "phylo" is now optional.
1560
1561     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
1562       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
1563       mode character containing the tree in Newick format is returned which
1564       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
1565
1566     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
1567       to read the tree in a variable of mode character.
1568
1569     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
1570       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
1571
1572
1573
1574                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
1575
1576
1577 BUG FIXES
1578
1579     o Several bugs were fixed in the help pages.
1580
1581
1582
1583                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
1584
1585
1586 NEW FEATURES
1587
1588     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
1589       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
1590
1591     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
1592       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
1593       extinction rates.
1594
1595     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
1596       tree.
1597
1598     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
1599
1600     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
1601       as well as some methods are introduced.
1602
1603     o Several functions, including some generics and methods, for computing
1604       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
1605       population size through time are introduced and replace the function
1606       skyline.plot() in version 0.1.
1607
1608     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
1609       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
1610       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
1611       Democratic Republic of Congo.
1612
1613
1614 DEPRECATED & DEFUNCT
1615
1616     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
1617       replaced by more elaborate functions (see above).
1618
1619
1620 BUG FIXES
1621
1622     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
1623       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
1624       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
1625       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
1626
1627     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
1628       AICs and LRTs.
1629
1630     o Various errors were corrected in the help pages.