ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/Makefile
   5    A /trunk/samtools/bam_stat.c
   6    M /trunk/samtools/bamtk.c
   7
   8  * samtools-0.1.2-1
   9  * added flagstat command
  10
  11 ------------------------------------------------------------------------
  12 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
  13 Changed paths:
  14    M /trunk/samtools/ChangeLog
  15    M /trunk/samtools/NEWS
  16    M /trunk/samtools/bamtk.c
  17    M /trunk/samtools/samtools.1
  18
  19 Release SAMtools-0.1.2
  20
  21 ------------------------------------------------------------------------
  22 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
  23 Changed paths:
  24    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
  25
  26 Script for filtering indel results
  27
  28 ------------------------------------------------------------------------
  29 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
  30 Changed paths:
  31    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
  32
  33 convert ZOOM to SAM
  34
  35 ------------------------------------------------------------------------
  36 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
  37 Changed paths:
  38    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
  39
  40 add a script to convert novo alignment to SAM
  41
  42 ------------------------------------------------------------------------
  43 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
  44 Changed paths:
  45    M /trunk/samtools/ChangeLog
  46    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
  47    M /trunk/samtools/samtools.1
  48
  49 update documentation and ChangeLog
  50
  51 ------------------------------------------------------------------------
  52 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
  53 Changed paths:
  54    M /trunk/samtools/bam_sort.c
  55    M /trunk/samtools/bamtk.c
  56
  57  * samtools-0.1.1-19
  58  * fixed a bug in "merge" command line
  59
  60 ------------------------------------------------------------------------
  61 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
  62 Changed paths:
  63    M /trunk/samtools/misc/Makefile
  64    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
  65    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
  66    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
  67    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
  68    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
  69
  70  * merge from branches/dev/
  71  * all future development will happen here
  72
  73 ------------------------------------------------------------------------
  74 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
  75 Changed paths:
  76    M /trunk/samtools/COPYING
  77    M /trunk/samtools/ChangeLog
  78    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
  79    M /trunk/samtools/Makefile
  80    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
  81    M /trunk/samtools/bam.c
  82    M /trunk/samtools/bam.h
  83    M /trunk/samtools/bam_import.c
  84    M /trunk/samtools/bam_index.c
  85    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
  86    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
  87    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
  88    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
  89    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  90    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  91    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
  92    M /trunk/samtools/bam_sort.c
  93    M /trunk/samtools/bamtk.c
  94    M /trunk/samtools/bgzf.h
  95    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
  96    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
  97    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
  98    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
  99    M /trunk/samtools/faidx.c
 100    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
 101    M /trunk/samtools/glf.h
 102    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 103    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 104    M /trunk/samtools/razf.c
 105    M /trunk/samtools/source.dot
 106
 107  * Merge from branches/dev/
 108  * all future development will happen here at trunk/
 109
 110 ------------------------------------------------------------------------
 111 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
 112 Changed paths:
 113    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 114    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 115
 116 Fix problem with compiling without curses.
 117
 118 ------------------------------------------------------------------------
 119 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 120 Changed paths:
 121    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
 122
 123 Create trunk copy
 124
 125 ------------------------------------------------------------------------
 126 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 127 Changed paths:
 128    A /branches/dev/samtools/NEWS
 129    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 130    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 131
 132 Release samtools-0.1.1
 133
 134 ------------------------------------------------------------------------
 135 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
 136 Changed paths:
 137    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 138    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 139    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 140    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 141    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 142    M /branches/dev/samtools/razf.c
 143    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 144
 145  * samtools-0.1.0-66
 146  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
 147  * fixed a memory leak in parsing a region
 148  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
 149  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
 150  * fixed a bug in indexing for small alignment
 151  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
 152  * updated documentation
 153  * prepare to release 0.1.1
 154
 155 ------------------------------------------------------------------------
 156 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 157 Changed paths:
 158    A /branches/dev/samtools/examples
 159    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 160    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
 161    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 162    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 163
 164 example
 165
 166 ------------------------------------------------------------------------
 167 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 168 Changed paths:
 169    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 170
 171 update ChangeLog
 172
 173 ------------------------------------------------------------------------
 174 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
 175 Changed paths:
 176    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 177
 178  * added comments
 179  * fixed several bugs
 180
 181 ------------------------------------------------------------------------
 182 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
 183 Changed paths:
 184    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 185
 186 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
 187
 188 ------------------------------------------------------------------------
 189 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
 190 Changed paths:
 191    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 192    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 193    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 194    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 195    A /branches/dev/samtools/source.dot
 196
 197  * samtools-0.1.0-65
 198  * pileup: generate maq-like simple output
 199  * pileup: allow to output pileup at required sites
 200  * source.dot: source file relationship graph
 201  * tview: fixed a minor bug
 202
 203 ------------------------------------------------------------------------
 204 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
 205 Changed paths:
 206    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 207
 208 remove all2sam.pl
 209
 210 ------------------------------------------------------------------------
 211 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
 212 Changed paths:
 213    A /branches/dev/samtools/COPYING
 214    M /branches/dev/samtools/bam.h
 215    M /branches/dev/samtools/faidx.h
 216    M /branches/dev/samtools/khash.h
 217    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 218    M /branches/dev/samtools/ksort.h
 219    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 220
 221 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
 222
 223 ------------------------------------------------------------------------
 224 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 225 Changed paths:
 226    M /branches/dev/samtools/bam.c
 227    M /branches/dev/samtools/bam.h
 228    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 229    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 230    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 231
 232  * samtools-0.1.0-64
 233  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
 234
 235 ------------------------------------------------------------------------
 236 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 237 Changed paths:
 238    M /branches/dev/samtools/bam.c
 239    M /branches/dev/samtools/bam.h
 240    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 241    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 242    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 243
 244  * samtools-0.1.0-63
 245  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
 246
 247 ------------------------------------------------------------------------
 248 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
 249 Changed paths:
 250    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 251    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 252    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 253
 254  * samtools-0.1.0-62
 255  * fixed a memory leak
 256
 257 ------------------------------------------------------------------------
 258 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
 259 Changed paths:
 260    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 261    M /branches/dev/samtools/bam.h
 262    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 263
 264 update documentation, ChangeLog and a comment
 265
 266 ------------------------------------------------------------------------
 267 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
 268 Changed paths:
 269    M /branches/dev/samtools/Makefile
 270    M /branches/dev/samtools/bam.h
 271    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 272    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 273    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 274    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 275    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 276    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 277
 278  * samtools-0.1.0-61
 279  * moved pileup command to a separate source file
 280  * added indel caller
 281  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
 282  * updated documentation
 283
 284 ------------------------------------------------------------------------
 285 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
 286 Changed paths:
 287    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 288    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 289
 290  * samtools-0.1.0-60
 291  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
 292
 293 ------------------------------------------------------------------------
 294 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
 295 Changed paths:
 296    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 297    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 298    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 299
 300  * samtools-0.1.0-59
 301  * pileup: outputing consensus is now optional
 302  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
 303    I am not quite sure why the previous version may have problem.
 304
 305 ------------------------------------------------------------------------
 306 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
 307 Changed paths:
 308    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 309    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 310
 311  * samtools-0.1.0-58
 312  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
 313    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
 314    and imposing it would make it harder to generate for other language
 315    bindings.
 316
 317 ------------------------------------------------------------------------
 318 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 319 Changed paths:
 320    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 321
 322 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
 323
 324 ------------------------------------------------------------------------
 325 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 326 Changed paths:
 327    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 328
 329 update manual
 330
 331 ------------------------------------------------------------------------
 332 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
 333 Changed paths:
 334    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 335    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 336
 337  * samtools-0.1.0-57
 338  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
 339  * made the parser a bit more robust
 340
 341 ------------------------------------------------------------------------
 342 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 343 Changed paths:
 344    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 345    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 346    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 347
 348  * samtools-0.1.0-56
 349  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
 350  * fixed a typo in bam_index.c
 351  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
 352
 353 ------------------------------------------------------------------------
 354 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
 355 Changed paths:
 356    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 357
 358 update manual
 359
 360 ------------------------------------------------------------------------
 361 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 362 Changed paths:
 363    M /branches/dev/samtools/bam.h
 364    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 365    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 366
 367  * samtools-0.1.0-55
 368  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
 369  * removed -v from pileup
 370  * made pileup take the reference sequence
 371
 372 ------------------------------------------------------------------------
 373 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
 374 Changed paths:
 375    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 376    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 377    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 378
 379  * samtools-0.1.0-54
 380  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
 381  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
 382
 383 ------------------------------------------------------------------------
 384 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 385 Changed paths:
 386    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 387
 388 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
 389
 390 ------------------------------------------------------------------------
 391 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 392 Changed paths:
 393    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 394
 395 also calculate unordered md5sum check
 396
 397 ------------------------------------------------------------------------
 398 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 399 Changed paths:
 400    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 401
 402 fixed a minor bug when there are space in the sequence
 403
 404 ------------------------------------------------------------------------
 405 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 406 Changed paths:
 407    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 408
 409 fixed a potential memory leak
 410
 411 ------------------------------------------------------------------------
 412 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 413 Changed paths:
 414    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 415    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 416    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 417
 418  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
 419
 420 ------------------------------------------------------------------------
 421 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 422 Changed paths:
 423    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 424
 425 nothing, really
 426
 427 ------------------------------------------------------------------------
 428 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 429 Changed paths:
 430    M /branches/dev/samtools/Makefile
 431    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 432    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 433    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
 434    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
 435    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 436
 437  * fixed two warnings in kseq.h
 438  * added md5sum utilities
 439
 440 ------------------------------------------------------------------------
 441 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
 442 Changed paths:
 443    M /branches/dev/samtools/Makefile
 444    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 445    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 446    A /branches/dev/samtools/kseq.h
 447    D /branches/dev/samtools/kstream.h
 448
 449  * samtools-0.1.0-52
 450  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
 451    extra functions in kseq.h.
 452  * also compile stand-alone faidx
 453
 454 ------------------------------------------------------------------------
 455 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 456 Changed paths:
 457    M /branches/dev/samtools/bam.h
 458    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 459    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 460
 461  * samtools-0.1.0-51
 462  * sorting by read names is available
 463
 464 ------------------------------------------------------------------------
 465 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 466 Changed paths:
 467    M /branches/dev/samtools/bam.c
 468    M /branches/dev/samtools/bam.h
 469    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 470    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 471    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 472    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 473    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 474    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 475    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 476
 477  * samtools-0.1.0-50
 478  * format change to meet the latest specification
 479
 480 ------------------------------------------------------------------------
 481 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
 482 Changed paths:
 483    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 484    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 485
 486  * minor change in maqcns: special care when n==0
 487  * change maq2sam to meet the latest specification
 488
 489 ------------------------------------------------------------------------
 490 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 491 Changed paths:
 492    M /branches/dev/samtools/razf.c
 493    M /branches/dev/samtools/razf.h
 494
 495 considerable code clean up in razf
 496
 497 ------------------------------------------------------------------------
 498 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 499 Changed paths:
 500    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 501    M /branches/dev/samtools/Makefile
 502    M /branches/dev/samtools/faidx.c
 503
 504 make RAZF optional in faidx.c
 505
 506 ------------------------------------------------------------------------
 507 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
 508 Changed paths:
 509    M /branches/dev/samtools/Makefile
 510    M /branches/dev/samtools/bam.h
 511    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 512    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 513    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 514
 515  * samtools-0.1.0-49
 516  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
 517
 518 ------------------------------------------------------------------------
 519 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
 520 Changed paths:
 521    M /branches/dev/samtools/bam.c
 522    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 523    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 524    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 525    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 526    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 527
 528  * samtools-0.1.0-48
 529  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
 530  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
 531  * supporting hex strings
 532
 533 ------------------------------------------------------------------------
 534 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 535 Changed paths:
 536    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 537    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 538
 539  * samtools-0.1.0-47
 540  * fixed the bug in maqcns
 541
 542 ------------------------------------------------------------------------
 543 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 544 Changed paths:
 545    M /branches/dev/samtools/Makefile
 546    M /branches/dev/samtools/bam.h
 547    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 548    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 549    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 550    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 551    A /branches/dev/samtools/glf.h
 552
 553  * samtools-0.1.0-46
 554  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
 555
 556 ------------------------------------------------------------------------
 557 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
 558 Changed paths:
 559    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 560    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 561    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 562
 563  * samtools-0.1.0-45
 564  * tview: display padded alignment (but not P operation)
 565  * better coordinates and reference sequence
 566
 567 ------------------------------------------------------------------------
 568 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
 569 Changed paths:
 570    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 571
 572 new ChangeLog
 573
 574 ------------------------------------------------------------------------
 575 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 576 Changed paths:
 577    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
 578    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
 579
 580 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
 581 the log of my personal SVN repository.
 582
 583 ------------------------------------------------------------------------
 584 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
 585 Changed paths:
 586    M /branches/dev/samtools/Makefile
 587    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 588    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 589
 590  * samtools-0.1.0-44
 591  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
 592    missing these declarations will make bgzf buggy
 593  * get rid of some harmless warings
 594  * use BGZF by default, now
 595
 596 ------------------------------------------------------------------------
 597 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 598 Changed paths:
 599    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 600    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 601    M /branches/dev/samtools/razf.c
 602
 603  * samtools-0.1.0-43
 604  * fixed a bug in razf_read()
 605  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
 606
 607 ------------------------------------------------------------------------
 608 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 609 Changed paths:
 610    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 611
 612 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
 613
 614 ------------------------------------------------------------------------
 615 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 616 Changed paths:
 617    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 618
 619  * samtools-0.1.0-42
 620  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
 621    also update the version number anyway to avoid confusion
 622
 623 ------------------------------------------------------------------------
 624 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 625 Changed paths:
 626    M /branches/dev/samtools/razf.c
 627
 628 a change from Jue, but I think it should not matter
 629
 630 ------------------------------------------------------------------------
 631 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
 632 Changed paths:
 633    M /branches/dev/samtools/razf.c
 634
 635 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
 636 rarely happens, very rarely.
 637
 638 ------------------------------------------------------------------------
 639 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 640 Changed paths:
 641    M /branches/dev/samtools/razf.c
 642
 643 fixed a bug in razf, with the help of Jue
 644
 645 ------------------------------------------------------------------------
 646 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 647 Changed paths:
 648    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 649
 650 remove a comment
 651
 652 ------------------------------------------------------------------------
 653 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 654 Changed paths:
 655    M /branches/dev/samtools/Makefile
 656    M /branches/dev/samtools/bam.h
 657    M /branches/dev/samtools/razf.c
 658    M /branches/dev/samtools/razf.h
 659
 660  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
 661
 662 ------------------------------------------------------------------------
 663 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 664 Changed paths:
 665    A /branches/dev/samtools/samtools.1
 666
 667 the manual page
 668
 669 ------------------------------------------------------------------------
 670 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
 671 Changed paths:
 672    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 673    A /branches/dev/samtools/Makefile
 674    A /branches/dev/samtools/bam.c
 675    A /branches/dev/samtools/bam.h
 676    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 677    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
 678    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
 679    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
 680    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
 681    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 682    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 683    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 684    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
 685    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
 686    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
 687    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
 688    A /branches/dev/samtools/faidx.c
 689    A /branches/dev/samtools/faidx.h
 690    A /branches/dev/samtools/khash.h
 691    A /branches/dev/samtools/ksort.h
 692    A /branches/dev/samtools/kstream.h
 693    A /branches/dev/samtools/misc
 694    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 695    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 696    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 697    A /branches/dev/samtools/razf.c
 698    A /branches/dev/samtools/razf.h
 699    A /branches/dev/samtools/razip.c
 700    A /branches/dev/samtools/zutil.h
 701
 702 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
 703 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
 704
 705 ------------------------------------------------------------------------
 706 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 707 Changed paths:
 708    A /branches/dev/samtools
 709
 710 samtools (C version)
 711
 712 ------------------------------------------------------------------------