ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r595 | lh3lh3 | 2010-06-13 18:54:26 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam_index.c
   5    M /trunk/samtools/bamtk.c
   6
   7  * samtools-0.1.7-16 (r595)
   8  * write additional information to bam index
   9
  10 ------------------------------------------------------------------------
  11 r594 | lh3lh3 | 2010-06-13 17:29:52 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
  12 Changed paths:
  13    M /trunk/samtools/bam_index.c
  14
  15 fixed a bug for unmapped sequences in indexing
  16
  17 ------------------------------------------------------------------------
  18 r593 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:11:32 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 2 lines
  19 Changed paths:
  20    M /trunk/samtools/bam.h
  21    M /trunk/samtools/bam_index.c
  22    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  23    M /trunk/samtools/samtools.1
  24
  25 rename iterf as iter
  26
  27 ------------------------------------------------------------------------
  28 r592 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:02:38 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 4 lines
  29 Changed paths:
  30    M /trunk/samtools/ChangeLog
  31    M /trunk/samtools/bam_aux.c
  32    M /trunk/samtools/bam_index.c
  33    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  34    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  35    M /trunk/samtools/bamtk.c
  36
  37  * samtools-0.1.7-15 (r592)
  38  * fixed a few minor memory leaks in the new pileup code
  39  * improved the functionality of mpileup
  40
  41 ------------------------------------------------------------------------
  42 r591 | lh3lh3 | 2010-06-12 14:09:22 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
  43 Changed paths:
  44    M /trunk/samtools/bam.h
  45    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  46    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  47    M /trunk/samtools/bamtk.c
  48
  49  * samtools-0.1.7-14 (r591)
  50  * elementary multi-way pileup. More testing and more functionality to be done.
  51
  52 ------------------------------------------------------------------------
  53 r590 | lh3lh3 | 2010-06-12 01:00:24 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
  54 Changed paths:
  55    M /trunk/samtools/bam.h
  56    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  57    M /trunk/samtools/bamtk.c
  58
  59  * samtools-0.1.7-13 (r590)
  60  * added mpileup APIs. No compiling errors, but not tested at all. It is late.
  61
  62 ------------------------------------------------------------------------
  63 r589 | lh3lh3 | 2010-06-11 22:37:09 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
  64 Changed paths:
  65    M /trunk/samtools/bam.h
  66    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  67    M /trunk/samtools/bamtk.c
  68
  69  * samtools-0.1.7-12 (r589)
  70  * added iterator-like APIs for pileup
  71
  72 ------------------------------------------------------------------------
  73 r588 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:41:13 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
  74 Changed paths:
  75    M /trunk/samtools/bam_index.c
  76    M /trunk/samtools/bamtk.c
  77
  78  * samtools-0.1.7-11 (r588)
  79  * ported a few improvements from tabix back to samtools
  80
  81 ------------------------------------------------------------------------
  82 r587 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:33:16 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
  83 Changed paths:
  84    M /trunk/samtools/bam.h
  85    M /trunk/samtools/bam_index.c
  86    M /trunk/samtools/bamtk.c
  87
  88  * samtools-0.1.7-10 (r587)
  89  * added iterator interface for bam_fetch (ported back from tabix)
  90
  91 ------------------------------------------------------------------------
  92 r586 | lh3lh3 | 2010-06-11 13:23:53 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
  93 Changed paths:
  94    M /trunk/samtools/Makefile
  95    A /trunk/samtools/bam_reheader.c
  96    M /trunk/samtools/bamtk.c
  97    M /trunk/samtools/bgzf.c
  98
  99  * samtools-0.1.7-9 (r586)
 100  * added "reheader" to replace the BAM header
 101
 102 ------------------------------------------------------------------------
 103 r585 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:22:06 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
 104 Changed paths:
 105    M /trunk/samtools/bam.c
 106    M /trunk/samtools/bamtk.c
 107    M /trunk/samtools/kstring.h
 108
 109  * samtools-0.1.7-8 (r585)
 110  * speed up "view"
 111
 112 ------------------------------------------------------------------------
 113 r584 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:00:41 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 4 lines
 114 Changed paths:
 115    M /trunk/samtools/bam.c
 116    M /trunk/samtools/bamtk.c
 117    M /trunk/samtools/bgzf.c
 118    M /trunk/samtools/bgzf.h
 119    M /trunk/samtools/kstring.h
 120    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 121
 122  * samtools-0.1.7-7 (r584)
 123  * ported tabix BGZF to samtools
 124  * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries
 125
 126 ------------------------------------------------------------------------
 127 r583 | petulda | 2010-06-11 11:58:20 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 1 line
 128 Changed paths:
 129    A /trunk/samtools/misc/varfilter.py
 130
 131 Initial release on behalf of Aylwyn Scally
 132 ------------------------------------------------------------------------
 133 r561 | petulda | 2010-05-07 08:41:56 -0400 (Fri, 07 May 2010) | 1 line
 134 Changed paths:
 135    M /trunk/samtools/samtools.1
 136
 137 Added a note about the indels coordinates
 138 ------------------------------------------------------------------------
 139 r551 | petulda | 2010-04-23 09:42:13 -0400 (Fri, 23 Apr 2010) | 1 line
 140 Changed paths:
 141    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 142
 143 Added the possibility to print or not to print the reference allele
 144 ------------------------------------------------------------------------
 145 r546 | petulda | 2010-04-15 04:33:55 -0400 (Thu, 15 Apr 2010) | 1 line
 146 Changed paths:
 147    M /trunk/samtools/sam_header.c
 148
 149 More descriptive message for space separated tags
 150 ------------------------------------------------------------------------
 151 r545 | petulda | 2010-04-14 11:44:50 -0400 (Wed, 14 Apr 2010) | 1 line
 152 Changed paths:
 153    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 154
 155 Speedup with -i, no need to query the reference all the time
 156 ------------------------------------------------------------------------
 157 r541 | petulda | 2010-03-15 10:03:51 -0400 (Mon, 15 Mar 2010) | 1 line
 158 Changed paths:
 159    M /trunk/samtools/sam_header.c
 160
 161 Fixed the order of sequences in the header
 162 ------------------------------------------------------------------------
 163 r540 | petulda | 2010-03-04 06:28:35 -0500 (Thu, 04 Mar 2010) | 1 line
 164 Changed paths:
 165    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 166
 167 Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.
 168 ------------------------------------------------------------------------
 169 r539 | jmarshall | 2010-02-27 06:48:17 -0500 (Sat, 27 Feb 2010) | 4 lines
 170 Changed paths:
 171    M /trunk/samtools/bam.c
 172
 173 Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
 174 when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
 175 user error case when a SAM file has accidentally been supplied.
 176
 177 ------------------------------------------------------------------------
 178 r538 | petulda | 2010-02-26 10:51:40 -0500 (Fri, 26 Feb 2010) | 1 line
 179 Changed paths:
 180    M /trunk/samtools/AUTHORS
 181    M /trunk/samtools/bam.h
 182    M /trunk/samtools/bam_import.c
 183    M /trunk/samtools/sam_header.c
 184
 185 Improved efficiency of header parsing
 186 ------------------------------------------------------------------------
 187 r537 | lh3lh3 | 2010-02-23 21:08:48 -0500 (Tue, 23 Feb 2010) | 3 lines
 188 Changed paths:
 189    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 190
 191 Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.
 192
 193
 194 ------------------------------------------------------------------------
 195 r536 | petulda | 2010-02-17 08:32:53 -0500 (Wed, 17 Feb 2010) | 1 line
 196 Changed paths:
 197    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 198
 199 Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.
 200 ------------------------------------------------------------------------
 201 r535 | petulda | 2010-02-12 04:52:37 -0500 (Fri, 12 Feb 2010) | 1 line
 202 Changed paths:
 203    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 204
 205 Print an error for pileups in simple format
 206 ------------------------------------------------------------------------
 207 r534 | lh3lh3 | 2010-02-11 14:01:41 -0500 (Thu, 11 Feb 2010) | 2 lines
 208 Changed paths:
 209    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 210
 211 added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)
 212
 213 ------------------------------------------------------------------------
 214 r533 | petulda | 2010-02-09 10:12:14 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
 215 Changed paths:
 216    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 217
 218 Added possibility to specify a custom column title for the data column
 219 ------------------------------------------------------------------------
 220 r532 | petulda | 2010-02-09 09:46:09 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
 221 Changed paths:
 222    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 223
 224 Added the -d option to limit maximum depth for indels.
 225 ------------------------------------------------------------------------
 226 r531 | petulda | 2010-02-03 07:57:27 -0500 (Wed, 03 Feb 2010) | 1 line
 227 Changed paths:
 228    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 229
 230 Added VCF header
 231 ------------------------------------------------------------------------
 232 r530 | lh3lh3 | 2010-02-01 09:13:19 -0500 (Mon, 01 Feb 2010) | 3 lines
 233 Changed paths:
 234    M /trunk/samtools/ChangeLog
 235    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 236    M /trunk/samtools/bamtk.c
 237    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 238    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 239
 240  * samtools-0.1.7-6
 241  * fixed a bug in faidx
 242
 243 ------------------------------------------------------------------------
 244 r529 | jmarshall | 2010-01-11 18:51:49 -0500 (Mon, 11 Jan 2010) | 2 lines
 245 Changed paths:
 246    M /trunk/samtools/faidx.c
 247
 248 Put the right filename in the error message.
 249
 250 ------------------------------------------------------------------------
 251 r528 | lh3lh3 | 2009-12-14 11:26:47 -0500 (Mon, 14 Dec 2009) | 3 lines
 252 Changed paths:
 253    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 254    M /trunk/samtools/bamtk.c
 255
 256  * samtools-0.1.7-5 (r528)
 257  * further add new consensus generation strategy
 258
 259 ------------------------------------------------------------------------
 260 r527 | petulda | 2009-12-11 12:31:05 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
 261 Changed paths:
 262    M /trunk/samtools/knetfile.c
 263
 264 Fixed a bug in knet_seek
 265 ------------------------------------------------------------------------
 266 r526 | petulda | 2009-12-11 07:51:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
 267 Changed paths:
 268    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 269
 270 Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field
 271 ------------------------------------------------------------------------
 272 r525 | petulda | 2009-12-11 04:36:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
 273 Changed paths:
 274    M /trunk/samtools/sam_header.c
 275
 276 Allow tabs in the CO header field
 277 ------------------------------------------------------------------------
 278 r524 | jmarshall | 2009-12-10 10:03:58 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 3 lines
 279 Changed paths:
 280    M /trunk/samtools/Makefile
 281    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 282
 283 Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
 284 unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.
 285
 286 ------------------------------------------------------------------------
 287 r523 | jmarshall | 2009-12-10 09:45:32 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 4 lines
 288 Changed paths:
 289    M /trunk/samtools/Makefile
 290    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 291
 292 Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
 293 is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
 294 facilitate non-knet builds.
 295
 296 ------------------------------------------------------------------------
 297 r522 | lh3lh3 | 2009-12-01 13:02:36 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
 298 Changed paths:
 299    M /trunk/samtools/bamtk.c
 300    M /trunk/samtools/sam_view.c
 301
 302  * samtools-0.1.7-4 (r522)
 303  * fixed a bug in "view -r"
 304  * added a new option "view -R" to read required read groups from a file
 305
 306 ------------------------------------------------------------------------
 307 r521 | lh3lh3 | 2009-12-01 10:00:12 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 3 lines
 308 Changed paths:
 309    M /trunk/samtools/bam_md.c
 310    M /trunk/samtools/bamtk.c
 311
 312  * samtools-0.1.7-3 (r521)
 313  * calmd: optionally mask matching bases as N
 314
 315 ------------------------------------------------------------------------
 316 r520 | lh3lh3 | 2009-12-01 09:37:17 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
 317 Changed paths:
 318    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 319    M /trunk/samtools/bamtk.c
 320    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 321
 322  * samtools-0.1.7-2 (r520)
 323  * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
 324  * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)
 325
 326 ------------------------------------------------------------------------
 327 r519 | jmarshall | 2009-11-30 10:53:02 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 6 lines
 328 Changed paths:
 329    M /trunk/samtools/Makefile
 330
 331 Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
 332 as well, even with old-fashioned linkers.
 333
 334 Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
 335 the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.
 336
 337 ------------------------------------------------------------------------
 338 r518 | jmarshall | 2009-11-30 08:44:56 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
 339 Changed paths:
 340    M /trunk/samtools/Makefile
 341    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 342
 343 Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).
 344
 345 ------------------------------------------------------------------------
 346 r517 | jmarshall | 2009-11-30 07:09:04 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
 347 Changed paths:
 348    M /trunk/samtools/bam_index.c
 349
 350 Index files should be opened in binary mode, not text mode.
 351
 352 ------------------------------------------------------------------------
 353 r516 | lh3lh3 | 2009-11-27 15:18:59 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 2 lines
 354 Changed paths:
 355    A /trunk/samtools/examples/bam2bed.c
 356
 357 another example program
 358
 359 ------------------------------------------------------------------------
 360 r515 | lh3lh3 | 2009-11-27 10:44:56 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 3 lines
 361 Changed paths:
 362    M /trunk/samtools/bam_import.c
 363    M /trunk/samtools/bamtk.c
 364    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 365    M /trunk/samtools/sam.c
 366
 367  * samtools-0.1.7-1 (r515)
 368  * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault
 369
 370 ------------------------------------------------------------------------
 371 r514 | jmarshall | 2009-11-24 09:45:35 -0500 (Tue, 24 Nov 2009) | 2 lines
 372 Changed paths:
 373    M /trunk/samtools/bam.c
 374
 375 Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.
 376
 377 ------------------------------------------------------------------------
 378 r513 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:13:07 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
 379 Changed paths:
 380    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 381
 382 Update Makefile.mingw for the same reason
 383
 384 ------------------------------------------------------------------------
 385 r512 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:00:08 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
 386 Changed paths:
 387    M /trunk/samtools/Makefile
 388
 389 Fixed a bug in compiling razip
 390
 391 ------------------------------------------------------------------------
 392 r510 | lh3lh3 | 2009-11-10 10:55:41 -0500 (Tue, 10 Nov 2009) | 2 lines
 393 Changed paths:
 394    M /trunk/samtools/ChangeLog
 395    M /trunk/samtools/NEWS
 396    M /trunk/samtools/bamtk.c
 397    M /trunk/samtools/samtools.1
 398
 399 Release samtools-0.1.7 (r510)
 400
 401 ------------------------------------------------------------------------
 402 r509 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:17:09 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
 403 Changed paths:
 404    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 405    M /trunk/samtools/bamtk.c
 406
 407  * samtools-0.1.6-22 (r509)
 408  * forget to fix a similar problem in glfgen
 409
 410 ------------------------------------------------------------------------
 411 r508 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:06:40 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
 412 Changed paths:
 413    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 414    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 415    M /trunk/samtools/bamtk.c
 416    M /trunk/samtools/sam_view.c
 417
 418  * samtools-0.1.6-21 (r508)
 419  * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome
 420
 421 ------------------------------------------------------------------------
 422 r494 | lh3lh3 | 2009-10-26 11:38:00 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 3 lines
 423 Changed paths:
 424    M /trunk/samtools/bamtk.c
 425    M /trunk/samtools/sam_view.c
 426
 427  * samtools-0.1.6-19 (r494)
 428  * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality
 429
 430 ------------------------------------------------------------------------
 431 r493 | lh3lh3 | 2009-10-26 10:24:39 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 4 lines
 432 Changed paths:
 433    M /trunk/samtools/Makefile
 434    M /trunk/samtools/bam.c
 435    M /trunk/samtools/bam_import.c
 436    M /trunk/samtools/bamtk.c
 437    M /trunk/samtools/sam.c
 438    M /trunk/samtools/sam_header.c
 439
 440  * samtools-0.1.6-18 (r493)
 441  * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
 442  * a little code clean up in sam_header.c
 443
 444 ------------------------------------------------------------------------
 445 r492 | petulda | 2009-10-24 09:43:25 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 1 line
 446 Changed paths:
 447    M /trunk/samtools/sam_header.c
 448
 449 Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2
 450 ------------------------------------------------------------------------
 451 r491 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:50:16 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
 452 Changed paths:
 453    M /trunk/samtools/sam_view.c
 454
 455  * BUGGY VERSION
 456  * fixed a minor bug
 457
 458 ------------------------------------------------------------------------
 459 r490 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:45:12 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 4 lines
 460 Changed paths:
 461    M /trunk/samtools/bam.c
 462    M /trunk/samtools/bam.h
 463    M /trunk/samtools/bam_import.c
 464    M /trunk/samtools/sam.c
 465
 466  * BUGGY VERSION
 467  * improved the interface a bit
 468  * bug unfixed
 469
 470 ------------------------------------------------------------------------
 471 r489 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:41:50 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
 472 Changed paths:
 473    M /trunk/samtools/bam_import.c
 474    M /trunk/samtools/sam_header.c
 475    M /trunk/samtools/sam_header.h
 476
 477  * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
 478  * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.
 479
 480 ------------------------------------------------------------------------
 481 r488 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:17:10 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
 482 Changed paths:
 483    M /trunk/samtools/Makefile
 484    M /trunk/samtools/bam.c
 485    M /trunk/samtools/bam.h
 486    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 487    M /trunk/samtools/bam_import.c
 488    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 489    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 490    M /trunk/samtools/kaln.c
 491    M /trunk/samtools/sam.c
 492    M /trunk/samtools/sam_header.c
 493    M /trunk/samtools/sam_header.h
 494    M /trunk/samtools/sam_view.c
 495
 496  * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
 497  * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek
 498
 499 ------------------------------------------------------------------------
 500 r487 | petulda | 2009-10-23 11:44:32 -0400 (Fri, 23 Oct 2009) | 1 line
 501 Changed paths:
 502    M /trunk/samtools/sam_header.c
 503    M /trunk/samtools/sam_header.h
 504
 505 Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries
 506 ------------------------------------------------------------------------
 507 r486 | petulda | 2009-10-22 11:46:58 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
 508 Changed paths:
 509    M /trunk/samtools/sam_header.c
 510
 511
 512 ------------------------------------------------------------------------
 513 r485 | petulda | 2009-10-22 11:41:56 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
 514 Changed paths:
 515    A /trunk/samtools/sam_header.c
 516    A /trunk/samtools/sam_header.h
 517
 518
 519 ------------------------------------------------------------------------
 520 r484 | lh3lh3 | 2009-10-19 14:31:32 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 5 lines
 521 Changed paths:
 522    M /trunk/samtools/bam_import.c
 523    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 524    M /trunk/samtools/bamtk.c
 525    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 526
 527  * samtools-0.1.6-17 (r484)
 528  * fixed a memory leak in rmdupse
 529  * fixed a bug in parsing @RG header lines
 530  * test rmdup in examples/
 531
 532 ------------------------------------------------------------------------
 533 r483 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:22:48 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
 534 Changed paths:
 535    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 536    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 537    M /trunk/samtools/bamtk.c
 538
 539  * samtools-0.1.6-16 (r483)
 540  * unify the interface of rmdup and rmdupse
 541  * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.
 542
 543 ------------------------------------------------------------------------
 544 r482 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:03:34 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
 545 Changed paths:
 546    M /trunk/samtools/bam.h
 547    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 548    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 549    M /trunk/samtools/bamtk.c
 550    A /trunk/samtools/klist.h
 551
 552  * samtools-0.1.6-15 (r482)
 553  * rewrite rmdupse
 554  * rmdupse is now library aware
 555
 556 ------------------------------------------------------------------------
 557 r481 | lh3lh3 | 2009-10-18 00:07:21 -0400 (Sun, 18 Oct 2009) | 3 lines
 558 Changed paths:
 559    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 560    M /trunk/samtools/bamtk.c
 561
 562  * samtools-0.1.6-14 (r480)
 563  * rmdup is now RG aware
 564
 565 ------------------------------------------------------------------------
 566 r480 | lh3lh3 | 2009-10-17 22:05:20 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 2 lines
 567 Changed paths:
 568    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 569
 570 added a small unitity to parse SRA XML files
 571
 572 ------------------------------------------------------------------------
 573 r479 | lh3lh3 | 2009-10-17 20:57:26 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 3 lines
 574 Changed paths:
 575    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 576    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 577    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 578    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 579    M /trunk/samtools/bamtk.c
 580
 581  * samtools-0.1.6-13 (r479)
 582  * merge: optionally use file names as RG tags
 583
 584 ------------------------------------------------------------------------
 585 r478 | lh3lh3 | 2009-10-14 14:18:12 -0400 (Wed, 14 Oct 2009) | 3 lines
 586 Changed paths:
 587    M /trunk/samtools/bam.c
 588    M /trunk/samtools/bam.h
 589    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 590    M /trunk/samtools/bamtk.c
 591    M /trunk/samtools/kaln.c
 592
 593  * samtools-0.1.6-12 (r478)
 594  * fixed a bug in the indel caller
 595
 596 ------------------------------------------------------------------------
 597 r477 | lh3lh3 | 2009-10-10 06:12:26 -0400 (Sat, 10 Oct 2009) | 3 lines
 598 Changed paths:
 599    M /trunk/samtools/bam_index.c
 600    M /trunk/samtools/bamtk.c
 601
 602  * samtools-0.1.6-11 (r477)
 603  * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)
 604
 605 ------------------------------------------------------------------------
 606 r476 | petulda | 2009-10-09 11:45:36 -0400 (Fri, 09 Oct 2009) | 1 line
 607 Changed paths:
 608    A /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 609
 610 Added the sam2vcf.pl script.
 611 ------------------------------------------------------------------------
 612 r475 | lh3lh3 | 2009-10-08 10:19:16 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 2 lines
 613 Changed paths:
 614    M /trunk/samtools/Makefile
 615    M /trunk/samtools/bam.c
 616    M /trunk/samtools/bam.h
 617    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 618    M /trunk/samtools/bamtk.c
 619    A /trunk/samtools/kaln.c
 620    A /trunk/samtools/kaln.h
 621
 622 Unfinished modification. Please do not use this revision...
 623
 624 ------------------------------------------------------------------------
 625 r474 | petulda | 2009-10-08 06:39:54 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 1 line
 626 Changed paths:
 627    M /trunk/samtools/knetfile.c
 628
 629 Removed the offending knet_seek message.
 630 ------------------------------------------------------------------------
 631 r473 | petulda | 2009-10-06 09:26:35 -0400 (Tue, 06 Oct 2009) | 1 line
 632 Changed paths:
 633    M /trunk/samtools/knetfile.c
 634    M /trunk/samtools/razf.c
 635
 636 Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.
 637 ------------------------------------------------------------------------
 638 r472 | lh3lh3 | 2009-10-02 08:42:57 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
 639 Changed paths:
 640    M /trunk/samtools/samtools.1
 641
 642 Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".
 643
 644 ------------------------------------------------------------------------
 645 r471 | lh3lh3 | 2009-10-02 05:42:19 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
 646 Changed paths:
 647    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 648
 649 Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)
 650
 651 ------------------------------------------------------------------------
 652 r470 | lh3lh3 | 2009-09-29 15:01:27 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
 653 Changed paths:
 654    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 655    M /trunk/samtools/bamtk.c
 656    M /trunk/samtools/knetfile.c
 657    M /trunk/samtools/knetfile.h
 658
 659  * samtools-0.1.6-9 (r470)
 660  * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)
 661
 662 ------------------------------------------------------------------------
 663 r469 | lh3lh3 | 2009-09-29 08:07:44 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
 664 Changed paths:
 665    M /trunk/samtools/bam_index.c
 666    M /trunk/samtools/bamtk.c
 667
 668  * samtools-0.1.6-9 (r469)
 669  * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.
 670
 671 ------------------------------------------------------------------------
 672 r468 | lh3lh3 | 2009-09-28 05:18:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 3 lines
 673 Changed paths:
 674    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 675    M /trunk/samtools/bamtk.c
 676    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 677
 678  * samtools-0.1.6-7 (r468)
 679  * make merge stable
 680
 681 ------------------------------------------------------------------------
 682 r467 | petulda | 2009-09-28 04:51:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 1 line
 683 Changed paths:
 684    M /trunk/samtools/bgzf.c
 685    M /trunk/samtools/bgzip.c
 686    M /trunk/samtools/razf.c
 687    M /trunk/samtools/razip.c
 688
 689 Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).
 690 ------------------------------------------------------------------------
 691 r466 | lh3lh3 | 2009-09-24 06:29:19 -0400 (Thu, 24 Sep 2009) | 3 lines
 692 Changed paths:
 693    M /trunk/samtools/ChangeLog
 694    M /trunk/samtools/bam_md.c
 695    M /trunk/samtools/bamtk.c
 696
 697  * samtools-0.1.6-6 (r466)
 698  * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.
 699
 700 ------------------------------------------------------------------------
 701 r464 | jmarshall | 2009-09-23 06:14:32 -0400 (Wed, 23 Sep 2009) | 3 lines
 702 Changed paths:
 703    M /trunk/samtools/bam.c
 704    M /trunk/samtools/knetfile.c
 705
 706 Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
 707 no way to seek on a pipe and the messages always appear.
 708
 709 ------------------------------------------------------------------------
 710 r463 | petulda | 2009-09-16 07:05:41 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 1 line
 711 Changed paths:
 712    M /trunk/samtools/knetfile.c
 713    M /trunk/samtools/razf.c
 714
 715 A bug fix, "samtools view" is now working again.
 716 ------------------------------------------------------------------------
 717 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 04:51:07 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
 718 Changed paths:
 719    M /trunk/samtools/bamtk.c
 720    M /trunk/samtools/faidx.c
 721    M /trunk/samtools/knetfile.c
 722    M /trunk/samtools/knetfile.h
 723    M /trunk/samtools/razf.c
 724    M /trunk/samtools/razf.h
 725
 726  * samtools-0.1.6-5 (r462)
 727  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
 728
 729 ------------------------------------------------------------------------
 730 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 07:06:22 -0400 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
 731 Changed paths:
 732    M /trunk/samtools/samtools.1
 733
 734 fixed a formatting issue
 735
 736 ------------------------------------------------------------------------
 737 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 18:14:08 -0400 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
 738 Changed paths:
 739    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 740    M /trunk/samtools/bamtk.c
 741
 742  * samtools-0.1.6-4 (r459)
 743  * make sort output the result to stdout when -o is in use
 744
 745 ------------------------------------------------------------------------
 746 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 05:10:28 -0400 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
 747 Changed paths:
 748    M /trunk/samtools/bamtk.c
 749    M /trunk/samtools/faidx.c
 750    M /trunk/samtools/faidx.h
 751    M /trunk/samtools/samtools.1
 752
 753  * samtools-0.1.6-2 (r458)
 754  * added more interface to faidx (by Nils)
 755  * updated documentation
 756
 757 ------------------------------------------------------------------------
 758 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 16:12:04 -0400 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
 759 Changed paths:
 760    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 761    M /trunk/samtools/bamtk.c
 762
 763  * samtools-0.1.6-2 (r457)
 764  * get rid of three assert() in bam_sort.c
 765
 766 ------------------------------------------------------------------------
 767 r456 | jmarshall | 2009-09-04 12:46:25 -0400 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
 768 Changed paths:
 769    M /trunk/samtools/razf.c
 770
 771 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
 772 when opening the file fails.
 773
 774 ------------------------------------------------------------------------
 775 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 08:56:33 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
 776 Changed paths:
 777    M /trunk/samtools/ChangeLog
 778    M /trunk/samtools/NEWS
 779    M /trunk/samtools/bamtk.c
 780    M /trunk/samtools/samtools.1
 781    D /trunk/samtools/source.dot
 782
 783 Release samtools-0.1.6
 784
 785 ------------------------------------------------------------------------
 786 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 05:44:48 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
 787 Changed paths:
 788    M /trunk/samtools/bam_md.c
 789    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 790    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 791    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 792    M /trunk/samtools/bamtk.c
 793    M /trunk/samtools/samtools.1
 794
 795  * samtools-0.1.5-34 (r451)
 796  * applied the patch by John
 797  * improved the help message a little bit
 798
 799 ------------------------------------------------------------------------
 800 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 04:55:55 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
 801 Changed paths:
 802    M /trunk/samtools/bam_color.c
 803    M /trunk/samtools/bamtk.c
 804
 805  * samtools-0.1.5-33 (r450)
 806  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
 807
 808 ------------------------------------------------------------------------
 809 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 15:36:41 -0400 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
 810 Changed paths:
 811    M /trunk/samtools/bam_import.c
 812    M /trunk/samtools/bam_md.c
 813    M /trunk/samtools/bamtk.c
 814    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 815
 816  * samtools-0.1.5-32 (r449)
 817  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
 818  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
 819
 820 ------------------------------------------------------------------------
 821 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 04:44:28 -0400 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
 822 Changed paths:
 823    M /trunk/samtools/ChangeLog
 824    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 825    M /trunk/samtools/bamtk.c
 826    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 827
 828  * samtools-0.1.5-31 (r448)
 829  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
 830
 831 ------------------------------------------------------------------------
 832 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:34:57 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
 833 Changed paths:
 834    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 835    M /trunk/samtools/bamtk.c
 836
 837  * samtools-0.1.5-30 (r447)
 838  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
 839
 840 ------------------------------------------------------------------------
 841 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:33:17 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
 842 Changed paths:
 843    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 844    M /trunk/samtools/bamtk.c
 845
 846  *
 847
 848 ------------------------------------------------------------------------
 849 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 05:02:36 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
 850 Changed paths:
 851    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 852    M /trunk/samtools/bamtk.c
 853
 854  * samtools-0.1.5-28 (r444)
 855  * bug in "merge -n"
 856
 857 ------------------------------------------------------------------------
 858 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 04:29:11 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
 859 Changed paths:
 860    M /trunk/samtools/bam.c
 861    M /trunk/samtools/bam_import.c
 862    M /trunk/samtools/bamtk.c
 863
 864  * samtools-0.1.5-27 (r443)
 865  * SEQ and QUAL can be "*"
 866  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
 867
 868 ------------------------------------------------------------------------
 869 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 16:56:38 -0400 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
 870 Changed paths:
 871    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 872    M /trunk/samtools/bamtk.c
 873    M /trunk/samtools/misc/md5.c
 874    M /trunk/samtools/misc/md5.h
 875    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
 876
 877  * samtools-0.1.5-26 (r442)
 878  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
 879  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
 880
 881 ------------------------------------------------------------------------
 882 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 09:41:28 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
 883 Changed paths:
 884    M /trunk/samtools/bgzf.c
 885    M /trunk/samtools/bgzf.h
 886    M /trunk/samtools/bgzip.c
 887
 888 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
 889
 890 ------------------------------------------------------------------------
 891 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 05:44:24 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
 892 Changed paths:
 893    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 894    M /trunk/samtools/bamtk.c
 895
 896  * samtools-0.1.5-25 (r436)
 897  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
 898
 899 ------------------------------------------------------------------------
 900 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 17:16:51 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
 901 Changed paths:
 902    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 903
 904 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
 905
 906 ------------------------------------------------------------------------
 907 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 16:50:43 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
 908 Changed paths:
 909    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 910
 911 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
 912
 913 ------------------------------------------------------------------------
 914 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 04:13:24 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
 915 Changed paths:
 916    M /trunk/samtools/bamtk.c
 917    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 918    M /trunk/samtools/sam_view.c
 919
 920  * samtools-0.1.5-24 (r435)
 921  * fixed a typo
 922
 923 ------------------------------------------------------------------------
 924 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 05:40:42 -0400 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
 925 Changed paths:
 926    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 927    M /trunk/samtools/bamtk.c
 928
 929  * samtools-0.1.5-23 (r434)
 930  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
 931
 932 ------------------------------------------------------------------------
 933 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 14:13:35 -0400 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
 934 Changed paths:
 935    M /trunk/samtools/knetfile.c
 936
 937  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
 938  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
 939
 940 ------------------------------------------------------------------------
 941 r432 | lh3lh3 | 2009-08-01 19:32:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
 942 Changed paths:
 943    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 944    M /trunk/samtools/bamtk.c
 945    M /trunk/samtools/faidx.c
 946    M /trunk/samtools/razf.c
 947    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
 948    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
 949
 950  * samtools-0.1.5-22 (r432)
 951  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
 952  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
 953  * PDCurses support in Windows
 954
 955 ------------------------------------------------------------------------
 956 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:34:54 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 957 Changed paths:
 958    M /trunk/samtools/win32/libz.a
 959
 960 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
 961
 962 ------------------------------------------------------------------------
 963 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:21:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 964 Changed paths:
 965    M /trunk/samtools/knetfile.c
 966
 967 add comments
 968
 969 ------------------------------------------------------------------------
 970 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 17:41:19 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
 971 Changed paths:
 972    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 973    M /trunk/samtools/bamtk.c
 974    M /trunk/samtools/knetfile.c
 975    M /trunk/samtools/knetfile.h
 976
 977  * samtools-0.1.5-21 (r428)
 978  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
 979
 980 ------------------------------------------------------------------------
 981 r428 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:39:07 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
 982 Changed paths:
 983    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 984
 985 simplify MinGW Makefile
 986
 987 ------------------------------------------------------------------------
 988 r427 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:30:54 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
 989 Changed paths:
 990    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
 991    M /trunk/samtools/bam_import.c
 992    M /trunk/samtools/bamtk.c
 993    A /trunk/samtools/win32
 994    A /trunk/samtools/win32/libz.a
 995    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
 996    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
 997
 998  * samtools-0.1.5-20 (r427)
 999  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
1000    functionality are not tested at the moment.
1001  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
1002
1003 ------------------------------------------------------------------------
1004 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:32:09 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
1005 Changed paths:
1006    M /trunk/samtools/bamtk.c
1007    M /trunk/samtools/sam_view.c
1008
1009  * samtools-0.1.5-19 (r426)
1010  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
1011
1012 ------------------------------------------------------------------------
1013 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:23:51 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
1014 Changed paths:
1015    M /trunk/samtools/bgzf.c
1016
1017 compatible with Windows binary files
1018
1019 ------------------------------------------------------------------------
1020 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 05:19:59 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
1021 Changed paths:
1022    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1023    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1024    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1025    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1026    M /trunk/samtools/bamtk.c
1027    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1028
1029  * samtools-0.1.5-18 (r423)
1030  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
1031    of debugging at the moment
1032  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
1033
1034 ------------------------------------------------------------------------
1035 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 17:00:36 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
1036 Changed paths:
1037    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
1038
1039 convert BLAT psl to SAM.
1040
1041 ------------------------------------------------------------------------
1042 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 06:24:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
1043 Changed paths:
1044    M /trunk/samtools/ChangeLog
1045    M /trunk/samtools/bam.c
1046    M /trunk/samtools/bamtk.c
1047    M /trunk/samtools/bgzf.c
1048    M /trunk/samtools/bgzf.h
1049    M /trunk/samtools/knetfile.c
1050    M /trunk/samtools/sam.c
1051    M /trunk/samtools/sam_view.c
1052
1053  * samtools-0.1.5-17 (r422)
1054  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
1055  * write an empty BGZF block to every BGZF file
1056  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
1057  * update ChangeLog
1058
1059 ------------------------------------------------------------------------
1060 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 05:03:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
1061 Changed paths:
1062    M /trunk/samtools/bam_import.c
1063    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1064    M /trunk/samtools/bamtk.c
1065    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1066    M /trunk/samtools/sam.c
1067    M /trunk/samtools/sam.h
1068    M /trunk/samtools/sam_view.c
1069
1070  * samtools-0.1.5-16 (r421)
1071  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
1072
1073 ------------------------------------------------------------------------
1074 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 04:18:55 -0400 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
1075 Changed paths:
1076    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1077
1078 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
1079
1080 ------------------------------------------------------------------------
1081 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 04:52:33 -0400 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
1082 Changed paths:
1083    M /trunk/samtools/bam_import.c
1084    M /trunk/samtools/bamtk.c
1085    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1086    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1087
1088  * samtools-0.1.5-15 (r419)
1089  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
1090  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
1091  * add "unique" command to samtools.pl
1092
1093 ------------------------------------------------------------------------
1094 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 09:04:19 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
1095 Changed paths:
1096    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1097
1098 skip @header lines in SAM
1099
1100 ------------------------------------------------------------------------
1101 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:42:38 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
1102 Changed paths:
1103    M /trunk/samtools/bamtk.c
1104    M /trunk/samtools/sam_view.c
1105
1106  * samtools-0.1.5-14 (r417)
1107  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
1108
1109 ------------------------------------------------------------------------
1110 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:34:30 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
1111 Changed paths:
1112    M /trunk/samtools/bam.c
1113    M /trunk/samtools/bam.h
1114    M /trunk/samtools/bam_import.c
1115    M /trunk/samtools/bamtk.c
1116    M /trunk/samtools/sam.c
1117    M /trunk/samtools/sam.h
1118    M /trunk/samtools/sam_view.c
1119
1120  * samtools-0.1.5-17 (r416)
1121  * support import/export SAM with string tags
1122
1123 ------------------------------------------------------------------------
1124 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 06:39:26 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
1125 Changed paths:
1126    M /trunk/samtools/bam.c
1127    M /trunk/samtools/bam.h
1128    M /trunk/samtools/bam_import.c
1129    M /trunk/samtools/bamtk.c
1130    M /trunk/samtools/sam.c
1131    M /trunk/samtools/sam.h
1132    M /trunk/samtools/sam_view.c
1133
1134  * samtools-0.1.5-12 (r415)
1135  * FLAG now can be in HEX
1136
1137 ------------------------------------------------------------------------
1138 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 17:03:49 -0400 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
1139 Changed paths:
1140    M /trunk/samtools/kstring.h
1141
1142 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
1143
1144 ------------------------------------------------------------------------
1145 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 17:19:40 -0400 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
1146 Changed paths:
1147    M /trunk/samtools/kstring.c
1148    M /trunk/samtools/kstring.h
1149
1150 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
1151
1152 ------------------------------------------------------------------------
1153 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 12:10:20 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
1154 Changed paths:
1155    M /trunk/samtools/bam_index.c
1156
1157 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
1158
1159 ------------------------------------------------------------------------
1160 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 10:29:21 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
1161 Changed paths:
1162    M /trunk/samtools/bam_md.c
1163    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1164    M /trunk/samtools/bamtk.c
1165    M /trunk/samtools/bgzf.c
1166
1167  * samtools-0.1.5-11 (r408)
1168  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
1169    from fillmd.
1170  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
1171
1172 ------------------------------------------------------------------------
1173 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 09:46:56 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
1174 Changed paths:
1175    M /trunk/samtools/bam.h
1176    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1177    M /trunk/samtools/bam_md.c
1178    M /trunk/samtools/bamtk.c
1179    M /trunk/samtools/sam.h
1180
1181  * samtools-0.1.5-10 (r407)
1182  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
1183  * fillmd: generate the NM tag
1184  * fillmd: cmd interface improvement
1185
1186 ------------------------------------------------------------------------
1187 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:40 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
1188 Changed paths:
1189    M /trunk/samtools/Makefile
1190
1191 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
1192
1193 ------------------------------------------------------------------------
1194 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:11 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
1195 Changed paths:
1196    M /trunk/samtools/Makefile
1197    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1198    M /trunk/samtools/bamtk.c
1199
1200  * samtools-0.1.5-9 (r405)
1201  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
1202
1203 ------------------------------------------------------------------------
1204 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:23:52 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
1205 Changed paths:
1206    M /trunk/samtools/Makefile
1207    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1208    M /trunk/samtools/bamtk.c
1209
1210  * samtools-0.1.5-8 (r404)
1211  * compatible with PDCurses
1212
1213 ------------------------------------------------------------------------
1214 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 17:39:39 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
1215 Changed paths:
1216    M /trunk/samtools/bamtk.c
1217    M /trunk/samtools/kseq.h
1218
1219  * samtools-0.1.5-7 (r403)
1220  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
1221
1222 ------------------------------------------------------------------------
1223 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 06:49:53 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
1224 Changed paths:
1225    M /trunk/samtools/bam_import.c
1226    M /trunk/samtools/bam_index.c
1227    M /trunk/samtools/bamtk.c
1228    M /trunk/samtools/bgzf.c
1229
1230  * samtools-0.1.5-6 (r402)
1231  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
1232  * improve portability to MinGW
1233
1234 ------------------------------------------------------------------------
1235 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:21:36 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
1236 Changed paths:
1237    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
1238    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
1239    D /trunk/samtools/bam_lite.c
1240
1241  * move bam_lite.c to bam-lite
1242  * copy bam.h to bam-lite
1243
1244 ------------------------------------------------------------------------
1245 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:12:57 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
1246 Changed paths:
1247    M /trunk/samtools/bam.h
1248    M /trunk/samtools/bam_lite.c
1249    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1250    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1251    M /trunk/samtools/bamtk.c
1252
1253  * samtools-0.1.5-5 (r395)
1254  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
1255
1256 ------------------------------------------------------------------------
1257 r394 | lh3lh3 | 2009-07-12 19:35:10 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
1258 Changed paths:
1259    M /trunk/samtools/bamtk.c
1260    M /trunk/samtools/knetfile.c
1261    M /trunk/samtools/knetfile.h
1262
1263  * samtools-0.1.5-4 (r394)
1264  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
1265
1266 ------------------------------------------------------------------------
1267 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:57:07 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
1268 Changed paths:
1269    M /trunk/samtools/bam_index.c
1270    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1271    M /trunk/samtools/bamtk.c
1272    M /trunk/samtools/knetfile.c
1273    M /trunk/samtools/knetfile.h
1274
1275  * samtools-0.1.5-3 (r393)
1276  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
1277  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
1278    not seen the sideeffect so far.
1279
1280 ------------------------------------------------------------------------
1281 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:50:55 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
1282 Changed paths:
1283    M /trunk/samtools/samtools.1
1284
1285 Remove the warning in tview
1286
1287 ------------------------------------------------------------------------
1288 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:42:43 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
1289 Changed paths:
1290    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1291    M /trunk/samtools/bamtk.c
1292
1293  * samtools-0.1.5-2 (r391)
1294  * do not show a blank screen when no reads mapped
1295
1296 ------------------------------------------------------------------------
1297 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 09:01:42 -0400 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
1298 Changed paths:
1299    M /trunk/samtools/bam.h
1300    A /trunk/samtools/bam_lite.c
1301    M /trunk/samtools/bamtk.c
1302
1303  * samtools-0.1.5-1 (r390)
1304  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
1305  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
1306
1307 ------------------------------------------------------------------------
1308 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:53:29 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1309 Changed paths:
1310    M /trunk/samtools/bamtk.c
1311    M /trunk/samtools/knetfile.c
1312
1313 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
1314
1315 ------------------------------------------------------------------------
1316 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:39:55 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1317 Changed paths:
1318    M /trunk/samtools/bamtk.c
1319    M /trunk/samtools/sam.c
1320
1321 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
1322
1323 ------------------------------------------------------------------------
1324 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:20:06 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1325 Changed paths:
1326    M /trunk/samtools/Makefile
1327    M /trunk/samtools/bam.h
1328    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1329    M /trunk/samtools/bamtk.c
1330
1331 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
1332
1333 ------------------------------------------------------------------------
1334 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 05:26:57 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1335 Changed paths:
1336    M /trunk/samtools/ChangeLog
1337    M /trunk/samtools/NEWS
1338    M /trunk/samtools/bamtk.c
1339    M /trunk/samtools/samtools.1
1340
1341 Release samtools-0.1.5
1342
1343 ------------------------------------------------------------------------
1344 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 04:49:27 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
1345 Changed paths:
1346    M /trunk/samtools/bamtk.c
1347    M /trunk/samtools/sam.c
1348
1349  * samtools-0.1.4-23 (r372)
1350  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
1351
1352 ------------------------------------------------------------------------
1353 r371 | lh3lh3 | 2009-07-06 20:13:32 -0400 (Mon, 06 Jul 2009) | 2 lines
1354 Changed paths:
1355    M /trunk/samtools/samtools.1
1356
1357 update documentation
1358
1359 ------------------------------------------------------------------------
1360 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 17:24:34 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
1361 Changed paths:
1362    M /trunk/samtools/Makefile
1363
1364 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
1365
1366 ------------------------------------------------------------------------
1367 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 08:36:53 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
1368 Changed paths:
1369    M /trunk/samtools/ChangeLog
1370    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1371    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1372    M /trunk/samtools/bamtk.c
1373
1374  * samtools-0.1.4-22 (r369)
1375  * in pileup, optionally print E2 and U2
1376  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
1377
1378 ------------------------------------------------------------------------
1379 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 06:32:26 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
1380 Changed paths:
1381    M /trunk/samtools/bam.c
1382    M /trunk/samtools/bam.h
1383    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1384    M /trunk/samtools/bam_index.c
1385    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1386    M /trunk/samtools/bam_md.c
1387    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1388    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1389    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1390    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1391    M /trunk/samtools/bamtk.c
1392    M /trunk/samtools/faidx.c
1393    M /trunk/samtools/faidx.h
1394    M /trunk/samtools/glf.c
1395
1396  * samtools-0.1.4-21 (r368)
1397  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
1398    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
1399    inconsistency. I was just a bit lazy.
1400  * small memory leak may be present on failure, though
1401
1402 ------------------------------------------------------------------------
1403 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 11:18:42 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
1404 Changed paths:
1405    M /trunk/samtools/knetfile.c
1406
1407 reduce the chance of blocking in FTP connection
1408
1409 ------------------------------------------------------------------------
1410 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 10:35:21 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
1411 Changed paths:
1412    M /trunk/samtools/knetfile.c
1413
1414 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
1415
1416 ------------------------------------------------------------------------
1417 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 09:04:30 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
1418 Changed paths:
1419    M /trunk/samtools/bam_index.c
1420    M /trunk/samtools/bamtk.c
1421    M /trunk/samtools/knetfile.c
1422    M /trunk/samtools/knetfile.h
1423
1424  * samtools-0.1.4-20 (r365)
1425  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
1426
1427 ------------------------------------------------------------------------
1428 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 07:39:07 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
1429 Changed paths:
1430    M /trunk/samtools/bamtk.c
1431    M /trunk/samtools/knetfile.c
1432
1433  * samtools-0.1.4-19 (r364)
1434  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
1435
1436 ------------------------------------------------------------------------
1437 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 18:23:32 -0400 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
1438 Changed paths:
1439    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1440    M /trunk/samtools/bamtk.c
1441    M /trunk/samtools/bgzf.c
1442    M /trunk/samtools/bgzf.h
1443    M /trunk/samtools/knetfile.c
1444    M /trunk/samtools/knetfile.h
1445
1446  * samtools-0.1.4-18 (r363)
1447  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
1448  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
1449
1450 ------------------------------------------------------------------------
1451 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:04:34 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1452 Changed paths:
1453    M /trunk/samtools/bgzf.c
1454
1455 write changelog
1456
1457 ------------------------------------------------------------------------
1458 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:03:10 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
1459 Changed paths:
1460    M /trunk/samtools/bam_index.c
1461    M /trunk/samtools/bamtk.c
1462
1463  * samtools-0.1.4-17 (r361)
1464  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
1465
1466 ------------------------------------------------------------------------
1467 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 15:44:52 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
1468 Changed paths:
1469    M /trunk/samtools/Makefile
1470    M /trunk/samtools/bam_import.c
1471    M /trunk/samtools/bam_index.c
1472    M /trunk/samtools/bamtk.c
1473    M /trunk/samtools/bgzf.c
1474    M /trunk/samtools/bgzf.h
1475    M /trunk/samtools/knetfile.c
1476    M /trunk/samtools/knetfile.h
1477
1478  * samtools-0.1.4-16 (r360)
1479  * report more information in index when the input is not sorted
1480  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
1481  * support knetfile library in BGZF
1482
1483 ------------------------------------------------------------------------
1484 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 12:10:55 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1485 Changed paths:
1486    M /trunk/samtools/knetfile.c
1487    M /trunk/samtools/knetfile.h
1488
1489 fixed bugs in knetfile.*
1490
1491 ------------------------------------------------------------------------
1492 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:53:19 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1493 Changed paths:
1494    A /trunk/samtools/knetfile.h
1495
1496 this is the header file
1497
1498 ------------------------------------------------------------------------
1499 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:52:03 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
1500 Changed paths:
1501    A /trunk/samtools/knetfile.c
1502
1503  * open a file at FTP
1504  * preliminary version
1505
1506 ------------------------------------------------------------------------
1507 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 09:02:25 -0400 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
1508 Changed paths:
1509    M /trunk/samtools/bam.c
1510    M /trunk/samtools/bamtk.c
1511
1512  * samtools-0.1.4-15 (r354)
1513  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
1514
1515 ------------------------------------------------------------------------
1516 r351 | lh3lh3 | 2009-06-17 19:16:26 -0400 (Wed, 17 Jun 2009) | 4 lines
1517 Changed paths:
1518    M /trunk/samtools/bamtk.c
1519    M /trunk/samtools/faidx.c
1520
1521  * samtools-0.1.4-13 (r351)
1522  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
1523  * hope this does not introduce new bugs...
1524
1525 ------------------------------------------------------------------------
1526 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 09:37:01 -0400 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
1527 Changed paths:
1528    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1529    M /trunk/samtools/bamtk.c
1530
1531  * samtools-0.1.4-13 (r350)
1532  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
1533
1534 ------------------------------------------------------------------------
1535 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 16:20:49 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
1536 Changed paths:
1537    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1538    M /trunk/samtools/bamtk.c
1539    M /trunk/samtools/sam_view.c
1540
1541  * samtools-0.1.4-12 (r347)
1542  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
1543
1544 ------------------------------------------------------------------------
1545 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 12:52:31 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
1546 Changed paths:
1547    M /trunk/samtools/Makefile
1548    M /trunk/samtools/bamtk.c
1549    M /trunk/samtools/sam_view.c
1550    M /trunk/samtools/samtools.1
1551
1552  * samtools-0.1.4-11 (r346)
1553  * allow to select a read group at view command-line
1554
1555 ------------------------------------------------------------------------
1556 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:06:24 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1557 Changed paths:
1558    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1559
1560 added more comments
1561
1562 ------------------------------------------------------------------------
1563 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:01:22 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1564 Changed paths:
1565    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1566
1567 nothing really
1568
1569 ------------------------------------------------------------------------
1570 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:58:48 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1571 Changed paths:
1572    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1573    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1574
1575 added an example of calculating read depth
1576
1577 ------------------------------------------------------------------------
1578 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:00:08 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
1579 Changed paths:
1580    M /trunk/samtools/Makefile
1581    M /trunk/samtools/bam.h
1582    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1583    A /trunk/samtools/bam_color.c
1584    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1585    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1586    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1587    M /trunk/samtools/bamtk.c
1588    M /trunk/samtools/sam.c
1589    M /trunk/samtools/sam.h
1590
1591  * samtools-0.1.4-10 (r341)
1592  * only include key APIs in libbam.a
1593  * move color-specific routines to bam_color.c
1594  * update documentations
1595  * remove the support of -q in pileup
1596
1597 ------------------------------------------------------------------------
1598 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 06:17:14 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
1599 Changed paths:
1600    M /trunk/samtools/INSTALL
1601    M /trunk/samtools/Makefile
1602    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1603    M /trunk/samtools/bam_import.c
1604    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1605    M /trunk/samtools/bamtk.c
1606    M /trunk/samtools/razf.c
1607    M /trunk/samtools/sam_view.c
1608
1609  * samtools-0.1.4-9 (r340)
1610  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
1611  * fixed a compilation warning
1612  * fixed a segfault caused by @RG parsing
1613  * detect NCURSES in bam_tview.c
1614
1615 ------------------------------------------------------------------------
1616 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 05:35:19 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1617 Changed paths:
1618    M /trunk/samtools/INSTALL
1619
1620 update INSTALL
1621
1622 ------------------------------------------------------------------------
1623 r338 | lh3lh3 | 2009-06-12 19:15:24 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1624 Changed paths:
1625    M /trunk/samtools/bam.c
1626    M /trunk/samtools/bam.h
1627    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1628    M /trunk/samtools/bam_import.c
1629    M /trunk/samtools/bamtk.c
1630    M /trunk/samtools/kstring.h
1631    M /trunk/samtools/sam.c
1632    M /trunk/samtools/sam_view.c
1633
1634  * samtools-0.1.4-8 (r338)
1635  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
1636    command line
1637
1638 ------------------------------------------------------------------------
1639 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:25:50 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1640 Changed paths:
1641    M /trunk/samtools/bamtk.c
1642    M /trunk/samtools/bgzf.c
1643    M /trunk/samtools/bgzf.h
1644    M /trunk/samtools/sam.c
1645    M /trunk/samtools/sam_view.c
1646
1647  * samtools-0.1.4-7 (r337)
1648  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
1649  * "samtools view" support "-u" command-line option
1650
1651 ------------------------------------------------------------------------
1652 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 12:20:12 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
1653 Changed paths:
1654    M /trunk/samtools/Makefile
1655    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1656    M /trunk/samtools/razf.c
1657    M /trunk/samtools/razf.h
1658    M /trunk/samtools/razip.c
1659
1660  * no changes to samtools itself
1661  * remove zlib source codes
1662  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
1663  * on old version of zlib, writing is not available
1664
1665 ------------------------------------------------------------------------
1666 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 11:47:33 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1667 Changed paths:
1668    D /trunk/samtools/zlib
1669
1670 remove zlib for simplification...
1671
1672 ------------------------------------------------------------------------
1673 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:43:36 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
1674 Changed paths:
1675    M /trunk/samtools/bam.h
1676    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1677    M /trunk/samtools/bamtk.c
1678
1679  * samtools-0.1.4-6 (r334)
1680  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
1681    been implemented in that.
1682  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
1683
1684 ------------------------------------------------------------------------
1685 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:33:42 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1686 Changed paths:
1687    M /trunk/samtools/ChangeLog
1688
1689 update ChangeLog
1690
1691 ------------------------------------------------------------------------
1692 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:21:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1693 Changed paths:
1694    M /trunk/samtools/AUTHORS
1695    M /trunk/samtools/Makefile
1696    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1697
1698 fixed minor things in Makefile
1699
1700 ------------------------------------------------------------------------
1701 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:07:05 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1702 Changed paths:
1703    M /trunk/samtools/bamtk.c
1704
1705  * samtools-0.1.4-5 (r3310
1706  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
1707    changes in the Makefile building system.
1708
1709 ------------------------------------------------------------------------
1710 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:03:38 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1711 Changed paths:
1712    M /trunk/samtools/AUTHORS
1713    D /trunk/samtools/README
1714
1715 update information...
1716
1717 ------------------------------------------------------------------------
1718 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:52:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
1719 Changed paths:
1720    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
1721
1722  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
1723  * this version works with indels
1724
1725 ------------------------------------------------------------------------
1726 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:50:53 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
1727 Changed paths:
1728    M /trunk/samtools/INSTALL
1729    M /trunk/samtools/Makefile
1730    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1731    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
1732
1733  * update Makefile
1734  * update INSTALL instruction
1735
1736 ------------------------------------------------------------------------
1737 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:18:29 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1738 Changed paths:
1739    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
1740    D /trunk/samtools/Makefile.am
1741    D /trunk/samtools/Makefile.generic
1742    D /trunk/samtools/Makefile.lite
1743    D /trunk/samtools/autogen.sh
1744    D /trunk/samtools/cleanup.sh
1745    D /trunk/samtools/configure.ac
1746    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
1747    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
1748    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
1749    M /trunk/samtools/razf.c
1750    A /trunk/samtools/zlib
1751    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
1752    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
1753    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
1754    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
1755    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
1756    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
1757    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
1758    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
1759    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
1760    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
1761    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
1762    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
1763    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
1764    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
1765    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
1766    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
1767    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
1768    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
1769    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
1770    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
1771    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
1772    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
1773    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
1774    D /trunk/samtools/zutil.h
1775
1776  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
1777  * prepare to changed back to the Makefile building system
1778  * unfinished! (will be soon)
1779
1780 ------------------------------------------------------------------------
1781 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:12:03 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1782 Changed paths:
1783    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1784
1785 Unfinished
1786
1787 ------------------------------------------------------------------------
1788 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 11:27:59 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
1789 Changed paths:
1790    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1791    M /trunk/samtools/bamtk.c
1792
1793  * samtools-0.1.4-4 (r325)
1794  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
1795
1796 ------------------------------------------------------------------------
1797 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:56:17 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
1798 Changed paths:
1799    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1800    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1801    M /trunk/samtools/bamtk.c
1802    M /trunk/samtools/sam.c
1803    M /trunk/samtools/sam.h
1804
1805  * samtools-0.1.4-3 (r324)
1806  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
1807  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
1808
1809 ------------------------------------------------------------------------
1810 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:04:21 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
1811 Changed paths:
1812    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1813
1814  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
1815  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
1816
1817 ------------------------------------------------------------------------
1818 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:03:22 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
1819 Changed paths:
1820    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1821
1822 fixed a typo
1823
1824 ------------------------------------------------------------------------
1825 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 04:21:48 -0400 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
1826 Changed paths:
1827    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1828
1829 just typo. no real change
1830
1831 ------------------------------------------------------------------------
1832 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:32:51 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
1833 Changed paths:
1834    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1835
1836 a little bit code cleanup
1837
1838 ------------------------------------------------------------------------
1839 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:22:33 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
1840 Changed paths:
1841    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1842
1843  * samtools.pl-0.3.1
1844  * change default parameters
1845  * optionally print filtered variants
1846
1847 ------------------------------------------------------------------------
1848 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:14:26 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1849 Changed paths:
1850    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1851
1852  * samtools.pl-0.3.0
1853  * combine snpFilter and indelFilter
1854
1855 ------------------------------------------------------------------------
1856 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:31:42 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1857 Changed paths:
1858    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1859
1860  * samtools.pl-0.2.3
1861  * change a default parameter
1862
1863 ------------------------------------------------------------------------
1864 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:11:06 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
1865 Changed paths:
1866    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1867    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1868    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1869    M /trunk/samtools/bamtk.c
1870    M /trunk/samtools/sam.c
1871
1872  * samtools-0.1.4-2 (r316)
1873  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
1874  * pileup: always calculate RMS mapq
1875  * pileup: allow to output variant sites only
1876
1877 ------------------------------------------------------------------------
1878 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 08:01:10 -0400 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
1879 Changed paths:
1880    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1881
1882  * samtools.pl-0.2.2
1883  * added pileup2fq
1884
1885 ------------------------------------------------------------------------
1886 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 04:40:40 -0400 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
1887 Changed paths:
1888    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1889
1890  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
1891
1892 ------------------------------------------------------------------------
1893 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:35:13 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
1894 Changed paths:
1895    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1896
1897  * samtools.pl-0.2.1
1898  * fixed a typo
1899
1900 ------------------------------------------------------------------------
1901 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:04:39 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
1902 Changed paths:
1903    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1904
1905  * samtools.pl-0.2.0
1906  * snpFilter
1907
1908 ------------------------------------------------------------------------
1909 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:49:35 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
1910 Changed paths:
1911    M /trunk/samtools/bgzf.c
1912
1913  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
1914  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
1915
1916 ------------------------------------------------------------------------
1917 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:16:08 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
1918 Changed paths:
1919    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
1920
1921 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
1922
1923 ------------------------------------------------------------------------
1924 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:08:49 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
1925 Changed paths:
1926    M /trunk/samtools/bamtk.c
1927    M /trunk/samtools/sam.c
1928
1929  * samtools-0.1.4-1 (r304)
1930  * fixed a minor bug in printing headers
1931
1932 ------------------------------------------------------------------------
1933 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 11:06:16 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
1934 Changed paths:
1935    M /trunk/samtools/ChangeLog
1936    M /trunk/samtools/NEWS
1937    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1938    M /trunk/samtools/bamtk.c
1939    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1940    M /trunk/samtools/samtools.1
1941
1942 Release samtools-0.1.4
1943
1944 ------------------------------------------------------------------------
1945 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:53:14 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
1946 Changed paths:
1947    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1948    M /trunk/samtools/bamtk.c
1949
1950  * samtools-0.1.3-24 (r296)
1951  * another similar bug in the indel caller
1952
1953 ------------------------------------------------------------------------
1954 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:50:28 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
1955 Changed paths:
1956    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1957    M /trunk/samtools/bamtk.c
1958
1959  * samtools-0.1.3-23 (r295)
1960  * fixed a critical bug in the indel caller
1961
1962 ------------------------------------------------------------------------
1963 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 08:00:20 -0400 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
1964 Changed paths:
1965    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1966
1967 added a missing header file
1968
1969 ------------------------------------------------------------------------
1970 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 18:44:25 -0400 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
1971 Changed paths:
1972    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1973    M /trunk/samtools/bamtk.c
1974
1975  * samtools-0.1.3-22 (r293)
1976  * open tview in the dot-view mode by default
1977
1978 ------------------------------------------------------------------------
1979 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 16:01:23 -0400 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
1980 Changed paths:
1981    M /trunk/samtools/samtools.1
1982
1983 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
1984 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
1985 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
1986 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
1987
1988
1989 ------------------------------------------------------------------------
1990 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 10:23:13 -0400 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
1991 Changed paths:
1992    M /trunk/samtools/bam.h
1993    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1994    M /trunk/samtools/bamtk.c
1995
1996  * samtools-0.1.3-21 (286)
1997  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
1998
1999 ------------------------------------------------------------------------
2000 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 05:07:55 -0400 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
2001 Changed paths:
2002    M /trunk/samtools/bam.h
2003    M /trunk/samtools/bam_index.c
2004    M /trunk/samtools/bamtk.c
2005
2006  * samtools-0.1.3-20 (r276)
2007  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
2008    make it work with the latest SVN.
2009  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
2010
2011 ------------------------------------------------------------------------
2012 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 16:14:10 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
2013 Changed paths:
2014    M /trunk/samtools/ChangeLog
2015    M /trunk/samtools/bam.h
2016    M /trunk/samtools/bamtk.c
2017
2018  * samtools-0.1.3-19 (r275)
2019  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
2020    backward compatibility with Bio::DB::Sam
2021
2022 ------------------------------------------------------------------------
2023 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:28:39 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
2024 Changed paths:
2025    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2026    M /trunk/samtools/bamtk.c
2027
2028  * samtools-0.1.3-18 (r273)
2029  * rmdupse: do not remove unmapped reads
2030
2031 ------------------------------------------------------------------------
2032 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:20:00 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
2033 Changed paths:
2034    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2035
2036 change a parameter. It does nothing
2037
2038 ------------------------------------------------------------------------
2039 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:17:58 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
2040 Changed paths:
2041    M /trunk/samtools/Makefile.am
2042    M /trunk/samtools/Makefile.generic
2043    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2044    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2045    M /trunk/samtools/bamtk.c
2046    M /trunk/samtools/configure.ac
2047
2048  * samtools-0.1.3-17 (r271)
2049  * added 'rmdupse' command
2050
2051 ------------------------------------------------------------------------
2052 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:31:41 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2053 Changed paths:
2054    M /trunk/samtools/bamtk.c
2055    M /trunk/samtools/sam_view.c
2056
2057  * samtools-0.1.3-16 (r267)
2058  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
2059
2060 ------------------------------------------------------------------------
2061 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:23:27 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2062 Changed paths:
2063    M /trunk/samtools/bam_import.c
2064    M /trunk/samtools/bamtk.c
2065
2066  * samtools-0.1.3-15 (r266)
2067  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
2068
2069 ------------------------------------------------------------------------
2070 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:09:00 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2071 Changed paths:
2072    M /trunk/samtools/bam.h
2073    M /trunk/samtools/bam_import.c
2074    M /trunk/samtools/bamtk.c
2075    M /trunk/samtools/sam.c
2076    M /trunk/samtools/sam_view.c
2077
2078  * samtools-0.1.3-14 (r262)
2079  * make samopen() recognize @SQ header lines
2080
2081 ------------------------------------------------------------------------
2082 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:10:30 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2083 Changed paths:
2084    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2085    M /trunk/samtools/bamtk.c
2086    M /trunk/samtools/bgzf.c
2087    M /trunk/samtools/sam.c
2088    M /trunk/samtools/sam_view.c
2089
2090  * samtools-0.1.3-13 (r260)
2091  * report error for file I/O error
2092
2093 ------------------------------------------------------------------------
2094 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:01:16 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
2095 Changed paths:
2096    M /trunk/samtools/Makefile.am
2097
2098 update Makefile.am
2099
2100 ------------------------------------------------------------------------
2101 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:52:25 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2102 Changed paths:
2103    M /trunk/samtools/bam.h
2104    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2105    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2106    M /trunk/samtools/bamtk.c
2107    M /trunk/samtools/sam.c
2108    M /trunk/samtools/sam.h
2109
2110  * samtools-0.1.3-12 (r259)
2111  * use the new I/O interface in pileup
2112
2113 ------------------------------------------------------------------------
2114 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:33:22 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2115 Changed paths:
2116    M /trunk/samtools/Makefile.generic
2117    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2118    M /trunk/samtools/bam.c
2119    M /trunk/samtools/bam.h
2120    M /trunk/samtools/bam_import.c
2121    M /trunk/samtools/bamtk.c
2122    A /trunk/samtools/sam.c
2123    A /trunk/samtools/sam.h
2124    A /trunk/samtools/sam_view.c
2125
2126  * samtools-0.1.3-11 (r258)
2127  * unify the interface to BAM and SAM I/O
2128
2129 ------------------------------------------------------------------------
2130 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 04:53:35 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2131 Changed paths:
2132    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2133    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2134    M /trunk/samtools/bamtk.c
2135
2136  * samtools-0.1.3-10 (r257)
2137  * allow hex with "pileup -m"
2138
2139 ------------------------------------------------------------------------
2140 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 14:16:50 -0400 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
2141 Changed paths:
2142    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2143    M /trunk/samtools/bamtk.c
2144
2145  * samtools-0.1.3-9 (r256)
2146  * fixed a bug in bam_lpileup.c
2147  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
2148
2149 ------------------------------------------------------------------------
2150 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:53:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
2151 Changed paths:
2152    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2153    M /trunk/samtools/bamtk.c
2154
2155  * samtools-0.1.3-8 (r251)
2156  * fixed a bug when there are reads without coordinates
2157
2158 ------------------------------------------------------------------------
2159 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:43:33 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2160 Changed paths:
2161    A /trunk/samtools/AUTHORS
2162    A /trunk/samtools/README
2163    M /trunk/samtools/cleanup.sh
2164
2165 added missing files
2166
2167 ------------------------------------------------------------------------
2168 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:37:16 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2169 Changed paths:
2170    M /trunk/samtools/Makefile.generic
2171    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2172    M /trunk/samtools/configure.ac
2173    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
2174
2175 improve large file support in compilation
2176
2177 ------------------------------------------------------------------------
2178 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:33:24 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2179 Changed paths:
2180    M /trunk/samtools/INSTALL
2181
2182 update INSTALL
2183
2184 ------------------------------------------------------------------------
2185 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:28:50 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2186 Changed paths:
2187    M /trunk/samtools/Makefile.am
2188    M /trunk/samtools/autogen.sh
2189    M /trunk/samtools/cleanup.sh
2190    M /trunk/samtools/configure.ac
2191    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
2192
2193 fixed various issues about the GNU building scripts
2194
2195 ------------------------------------------------------------------------
2196 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:10:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
2197 Changed paths:
2198    M /trunk/samtools/ChangeLog
2199    D /trunk/samtools/Makefile
2200    A /trunk/samtools/Makefile.am
2201    A /trunk/samtools/Makefile.generic
2202    A /trunk/samtools/autogen.sh
2203    M /trunk/samtools/bam.h
2204    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2205    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2206    M /trunk/samtools/bamtk.c
2207    A /trunk/samtools/cleanup.sh
2208    A /trunk/samtools/configure.ac
2209    D /trunk/samtools/misc/Makefile
2210    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
2211
2212  * samtools-0.1.3-7 (r246)
2213  * incorporated revisions from Nils Homer
2214  * enhanced support of displaying color-space reads
2215
2216 ------------------------------------------------------------------------
2217 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 06:49:40 -0400 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
2218 Changed paths:
2219    M /trunk/samtools/bam_md.c
2220    M /trunk/samtools/bamtk.c
2221
2222  * samtools-0.1.3-6 (r244)
2223  * fixed segfault for unmapped reads
2224
2225 ------------------------------------------------------------------------
2226 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:27:26 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
2227 Changed paths:
2228    M /trunk/samtools/bam.h
2229    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2230    M /trunk/samtools/bam_md.c
2231    M /trunk/samtools/bamtk.c
2232
2233  * samtools-0.1.3-5 (r243)
2234  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
2235  * check MD
2236  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
2237
2238 ------------------------------------------------------------------------
2239 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 15:44:46 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
2240 Changed paths:
2241    M /trunk/samtools/bam_md.c
2242    M /trunk/samtools/bamtk.c
2243
2244  * samtools-0.1.3-4 (r242)
2245  * fixed a memory leak
2246
2247 ------------------------------------------------------------------------
2248 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 11:40:18 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
2249 Changed paths:
2250    M /trunk/samtools/Makefile
2251    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2252    M /trunk/samtools/bam.h
2253    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2254    A /trunk/samtools/bam_md.c
2255    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2256    M /trunk/samtools/bamtk.c
2257
2258  * samtools-0.1.3-3 (r240)
2259  * generate MD tag
2260  * generate "=" bases
2261  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
2262
2263 ------------------------------------------------------------------------
2264 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 07:08:20 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
2265 Changed paths:
2266    M /trunk/samtools/bam.h
2267    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2268    M /trunk/samtools/bamtk.c
2269
2270  * samtools-0.1.3-2 (r239)
2271  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
2272  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
2273  * added tagview for testing bam_aux
2274
2275 ------------------------------------------------------------------------
2276 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 18:17:39 -0400 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
2277 Changed paths:
2278    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2279    M /trunk/samtools/bamtk.c
2280
2281  * samtools-0.1.3-1
2282  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
2283
2284 ------------------------------------------------------------------------
2285 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 10:25:43 -0400 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
2286 Changed paths:
2287    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2288
2289 a missing file in Makefile.lite
2290
2291 ------------------------------------------------------------------------
2292 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 17:02:53 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2293 Changed paths:
2294    M /trunk/samtools/NEWS
2295    M /trunk/samtools/bamtk.c
2296
2297 Release samtools-0.1.3
2298
2299 ------------------------------------------------------------------------
2300 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:31:32 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2301 Changed paths:
2302    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2303    M /trunk/samtools/bamtk.c
2304
2305  * samtools-0.1.2-28
2306  * make samtools more robust to weird input such as empty file
2307
2308 ------------------------------------------------------------------------
2309 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:05:33 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2310 Changed paths:
2311    M /trunk/samtools/ChangeLog
2312    M /trunk/samtools/NEWS
2313    M /trunk/samtools/samtools.1
2314
2315 prepare for release 0.1.3
2316
2317 ------------------------------------------------------------------------
2318 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:32:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2319 Changed paths:
2320    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
2321
2322 convert NCBI-BLASTN to SAM
2323
2324 ------------------------------------------------------------------------
2325 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:18:19 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2326 Changed paths:
2327    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2328    M /trunk/samtools/bamtk.c
2329
2330  * samtools-0.1.2-27
2331  * fixed a small memory leak in tview
2332
2333 ------------------------------------------------------------------------
2334 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:00:08 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2335 Changed paths:
2336    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2337    M /trunk/samtools/bamtk.c
2338
2339  * samtools-0.1.2-26
2340  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
2341
2342 ------------------------------------------------------------------------
2343 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:28:58 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
2344 Changed paths:
2345    M /trunk/samtools/ChangeLog
2346    M /trunk/samtools/NEWS
2347
2348 proposed NEWS for the new release (have not yet)
2349
2350 ------------------------------------------------------------------------
2351 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:10:46 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
2352 Changed paths:
2353    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2354
2355  * samtools.pl-0.1.1
2356  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
2357    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
2358
2359 ------------------------------------------------------------------------
2360 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:04:19 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
2361 Changed paths:
2362    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2363    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2364    M /trunk/samtools/bamtk.c
2365    M /trunk/samtools/samtools.1
2366
2367  * samtools-0.1.2-25
2368  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
2369    containing indels
2370
2371 ------------------------------------------------------------------------
2372 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 07:07:13 -0400 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
2373 Changed paths:
2374    M /trunk/samtools/ChangeLog
2375
2376 update ChangeLog from "svn log"
2377
2378 ------------------------------------------------------------------------
2379 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:57:05 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
2380 Changed paths:
2381    M /trunk/samtools/bam.c
2382    M /trunk/samtools/bam_import.c
2383    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2384    M /trunk/samtools/bamtk.c
2385    M /trunk/samtools/kseq.h
2386
2387  * samtools-0.1.2-24
2388  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
2389  * allow empty header
2390
2391 ------------------------------------------------------------------------
2392 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:32:44 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
2393 Changed paths:
2394    M /trunk/samtools/bam.c
2395    M /trunk/samtools/bam_import.c
2396    M /trunk/samtools/bamtk.c
2397
2398  * samtools-0.1.2-23
2399  * recognize '*' at the QUAL field
2400
2401 ------------------------------------------------------------------------
2402 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:08:02 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
2403 Changed paths:
2404    M /trunk/samtools/bam_import.c
2405    M /trunk/samtools/bamtk.c
2406    M /trunk/samtools/kseq.h
2407
2408  * samtools-0.1.2-22
2409  * the field separater is TAB only, now
2410
2411 ------------------------------------------------------------------------
2412 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:18:03 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
2413 Changed paths:
2414    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
2415
2416  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
2417
2418 ------------------------------------------------------------------------
2419 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:15:05 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
2420 Changed paths:
2421    M /trunk/samtools/bam_mate.c
2422    M /trunk/samtools/bamtk.c
2423    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2424
2425  * samtools-0.1.2-21
2426  * fixed a nasty bug in `fixmate'
2427
2428 ------------------------------------------------------------------------
2429 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 05:57:08 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
2430 Changed paths:
2431    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
2432    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2433    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2434
2435 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
2436
2437 ------------------------------------------------------------------------
2438 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:14:56 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
2439 Changed paths:
2440    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2441    M /trunk/samtools/bamtk.c
2442
2443  * samtools-0.1.2-20
2444  * check if file is truncated in flagstat
2445
2446 ------------------------------------------------------------------------
2447 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:09:10 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
2448 Changed paths:
2449    M /trunk/samtools/bamtk.c
2450
2451  * samtools-0.1.2-19
2452  * print the header if requested
2453
2454 ------------------------------------------------------------------------
2455 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 11:09:50 -0400 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
2456 Changed paths:
2457    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2458    M /trunk/samtools/bamtk.c
2459
2460  * samtools-0.1.2-18
2461  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
2462
2463 ------------------------------------------------------------------------
2464 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 07:50:32 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
2465 Changed paths:
2466    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
2467    D /trunk/samtools/Makefile.std
2468    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
2469    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
2470
2471 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
2472
2473 ------------------------------------------------------------------------
2474 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:36:38 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
2475 Changed paths:
2476    D /trunk/samtools/Makefile
2477    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
2478    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2479    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2480    M /trunk/samtools/bamtk.c
2481    D /trunk/samtools/misc/Makefile
2482    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
2483    M /trunk/samtools/samtools.1
2484
2485  * samtools-0.1.2-17
2486  * incorporating Nils' changes
2487  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
2488
2489 ------------------------------------------------------------------------
2490 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:30:23 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
2491 Changed paths:
2492    M /trunk/samtools/Makefile
2493    M /trunk/samtools/bam_import.c
2494    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2495    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2496    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2497    M /trunk/samtools/bamtk.c
2498    M /trunk/samtools/kseq.h
2499    A /trunk/samtools/kstring.c
2500    A /trunk/samtools/kstring.h
2501
2502  * samtools-0.1.2-16
2503  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
2504  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
2505
2506 ------------------------------------------------------------------------
2507 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 09:40:14 -0400 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
2508 Changed paths:
2509    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2510
2511  * soap2sam.pl-0.1.2
2512  * more robust to truncated soap output
2513
2514 ------------------------------------------------------------------------
2515 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 06:49:00 -0400 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
2516 Changed paths:
2517    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2518
2519 added bam_stat.o to Makefile.lite
2520
2521 ------------------------------------------------------------------------
2522 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:11:31 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
2523 Changed paths:
2524    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2525    M /trunk/samtools/bamtk.c
2526
2527  * samtools-0.1.2-15
2528  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
2529
2530 ------------------------------------------------------------------------
2531 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:06:45 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
2532 Changed paths:
2533    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2534    M /trunk/samtools/bamtk.c
2535    M /trunk/samtools/glf.c
2536    M /trunk/samtools/glf.h
2537    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2538
2539  * samtools-0.1.2-14
2540  * implemented GLFv3
2541
2542 ------------------------------------------------------------------------
2543 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:26:08 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
2544 Changed paths:
2545    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2546    M /trunk/samtools/bamtk.c
2547
2548  * samtools-0.1.2-13
2549  * fixed a minor bug in displaying pileup
2550
2551 ------------------------------------------------------------------------
2552 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:24:16 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
2553 Changed paths:
2554    M /trunk/samtools/ChangeLog
2555    M /trunk/samtools/bamtk.c
2556
2557  * samtools-0.1.2-12
2558  * optionally print SAM header
2559
2560 ------------------------------------------------------------------------
2561 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:45:28 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
2562 Changed paths:
2563    M /trunk/samtools/bamtk.c
2564    M /trunk/samtools/glf.c
2565
2566  * samtools-0.1.2-11
2567  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
2568
2569 ------------------------------------------------------------------------
2570 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:39:09 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
2571 Changed paths:
2572    M /trunk/samtools/Makefile
2573    M /trunk/samtools/bam_import.c
2574    M /trunk/samtools/bam_index.c
2575    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2576    M /trunk/samtools/bamtk.c
2577    M /trunk/samtools/glf.c
2578    M /trunk/samtools/glf.h
2579
2580  * samtools-0.1.2-10
2581  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
2582  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
2583  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
2584
2585 ------------------------------------------------------------------------
2586 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 10:18:43 -0500 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
2587 Changed paths:
2588    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2589
2590  * wgsim-0.2.3
2591  * fixed a bug in simulating indels
2592
2593 ------------------------------------------------------------------------
2594 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:43:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
2595 Changed paths:
2596    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2597
2598  * wgsim-0.2.2
2599  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
2600    not like long read names.
2601
2602 ------------------------------------------------------------------------
2603 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:53:03 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
2604 Changed paths:
2605    M /trunk/samtools/ChangeLog
2606    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2607    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2608
2609  * wgsim-0.2.1
2610  * fixed a bug about color read coordinates
2611  * fixed a bug in read names
2612  * wgsim_eval.pl-0.1.3
2613  * make the script work with color reads
2614
2615 ------------------------------------------------------------------------
2616 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:02:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
2617 Changed paths:
2618    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2619    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2620
2621  * wgsim: added a note
2622
2623 ------------------------------------------------------------------------
2624 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 06:39:08 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
2625 Changed paths:
2626    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2627    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2628
2629  * wgsim-0.2.0
2630  * considerable code clean up
2631  * print number of substitutions/indels/errors on each read
2632  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
2633  * wgsim_eval.pl-0.1.2
2634  * change in accordant with wgsim
2635
2636 ------------------------------------------------------------------------
2637 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 17:23:27 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
2638 Changed paths:
2639    M /trunk/samtools/bam_index.c
2640    M /trunk/samtools/bamtk.c
2641
2642  * samtools-0.1.2-9
2643  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
2644
2645 ------------------------------------------------------------------------
2646 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 14:06:57 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
2647 Changed paths:
2648    M /trunk/samtools/bamtk.c
2649
2650 Fix annoying segv when invalid region specified.
2651
2652 ------------------------------------------------------------------------
2653 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 05:49:55 -0500 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
2654 Changed paths:
2655    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2656    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2657
2658  * move indel_filter.pl to samtools.pl
2659
2660 ------------------------------------------------------------------------
2661 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 16:22:30 -0500 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
2662 Changed paths:
2663    M /trunk/samtools/bam_mate.c
2664    M /trunk/samtools/bamtk.c
2665
2666  * samtools-0.1.2-7
2667  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
2668
2669 ------------------------------------------------------------------------
2670 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 04:54:45 -0500 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
2671 Changed paths:
2672    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2673    M /trunk/samtools/bamtk.c
2674
2675  * samtools-0.1.2-7
2676  * fixed a minor bug in flagstat
2677
2678 ------------------------------------------------------------------------
2679 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 06:15:32 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
2680 Changed paths:
2681    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2682    M /trunk/samtools/bamtk.c
2683    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2684
2685  * samtools-0.1.2-6
2686  * improve indel caller by setting maximum window size
2687
2688 ------------------------------------------------------------------------
2689 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 05:30:29 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
2690 Changed paths:
2691    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2692    M /trunk/samtools/bamtk.c
2693
2694  * output max mapping quality in indel line
2695
2696 ------------------------------------------------------------------------
2697 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 05:59:10 -0500 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
2698 Changed paths:
2699    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2700
2701 fixed a bug in generating tag AM
2702
2703 ------------------------------------------------------------------------
2704 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 05:43:11 -0500 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
2705 Changed paths:
2706    M /trunk/samtools/bam_index.c
2707    M /trunk/samtools/bamtk.c
2708
2709 fixed a potential memory problem in indexing
2710
2711 ------------------------------------------------------------------------
2712 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 10:52:52 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
2713 Changed paths:
2714    M /trunk/samtools/Makefile
2715
2716 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
2717
2718 ------------------------------------------------------------------------
2719 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 05:12:15 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
2720 Changed paths:
2721    M /trunk/samtools/ChangeLog
2722    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2723    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2724    M /trunk/samtools/bamtk.c
2725
2726  * samtools-0.1.2-3
2727  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
2728  * improve flagstat report a little bit
2729
2730 ------------------------------------------------------------------------
2731 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 07:33:23 -0500 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
2732 Changed paths:
2733    M /trunk/samtools/Makefile
2734    A /trunk/samtools/bam_stat.c
2735    M /trunk/samtools/bamtk.c
2736
2737  * samtools-0.1.2-1
2738  * added flagstat command
2739
2740 ------------------------------------------------------------------------
2741 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 08:31:12 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
2742 Changed paths:
2743    M /trunk/samtools/ChangeLog
2744    M /trunk/samtools/NEWS
2745    M /trunk/samtools/bamtk.c
2746    M /trunk/samtools/samtools.1
2747
2748 Release SAMtools-0.1.2
2749
2750 ------------------------------------------------------------------------
2751 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 07:54:08 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
2752 Changed paths:
2753    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2754
2755 Script for filtering indel results
2756
2757 ------------------------------------------------------------------------
2758 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 06:45:37 -0500 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
2759 Changed paths:
2760    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
2761
2762 convert ZOOM to SAM
2763
2764 ------------------------------------------------------------------------
2765 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 09:25:07 -0500 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
2766 Changed paths:
2767    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2768
2769 add a script to convert novo alignment to SAM
2770
2771 ------------------------------------------------------------------------
2772 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 15:57:39 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
2773 Changed paths:
2774    M /trunk/samtools/ChangeLog
2775    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
2776    M /trunk/samtools/samtools.1
2777
2778 update documentation and ChangeLog
2779
2780 ------------------------------------------------------------------------
2781 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 14:22:59 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
2782 Changed paths:
2783    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2784    M /trunk/samtools/bamtk.c
2785
2786  * samtools-0.1.1-19
2787  * fixed a bug in "merge" command line
2788
2789 ------------------------------------------------------------------------
2790 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:36:48 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
2791 Changed paths:
2792    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2793    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
2794    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
2795    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
2796    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
2797    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
2798
2799  * merge from branches/dev/
2800  * all future development will happen here
2801
2802 ------------------------------------------------------------------------
2803 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:14:27 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
2804 Changed paths:
2805    M /trunk/samtools/COPYING
2806    M /trunk/samtools/ChangeLog
2807    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
2808    M /trunk/samtools/Makefile
2809    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
2810    M /trunk/samtools/bam.c
2811    M /trunk/samtools/bam.h
2812    M /trunk/samtools/bam_import.c
2813    M /trunk/samtools/bam_index.c
2814    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2815    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2816    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2817    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
2818    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2819    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2820    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
2821    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2822    M /trunk/samtools/bamtk.c
2823    M /trunk/samtools/bgzf.h
2824    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
2825    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
2826    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
2827    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
2828    M /trunk/samtools/faidx.c
2829    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
2830    M /trunk/samtools/glf.h
2831    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2832    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2833    M /trunk/samtools/razf.c
2834    M /trunk/samtools/source.dot
2835
2836  * Merge from branches/dev/
2837  * all future development will happen here at trunk/
2838
2839 ------------------------------------------------------------------------
2840 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 16:42:15 -0500 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
2841 Changed paths:
2842    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2843    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2844
2845 Fix problem with compiling without curses.
2846
2847 ------------------------------------------------------------------------
2848 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:58:02 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2849 Changed paths:
2850    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
2851
2852 Create trunk copy
2853
2854 ------------------------------------------------------------------------
2855 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:55:13 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2856 Changed paths:
2857    A /branches/dev/samtools/NEWS
2858    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2859    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2860
2861 Release samtools-0.1.1
2862
2863 ------------------------------------------------------------------------
2864 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:46:08 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
2865 Changed paths:
2866    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2867    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2868    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2869    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2870    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2871    M /branches/dev/samtools/razf.c
2872    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2873
2874  * samtools-0.1.0-66
2875  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
2876  * fixed a memory leak in parsing a region
2877  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
2878  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
2879  * fixed a bug in indexing for small alignment
2880  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
2881  * updated documentation
2882  * prepare to release 0.1.1
2883
2884 ------------------------------------------------------------------------
2885 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:10:16 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2886 Changed paths:
2887    A /branches/dev/samtools/examples
2888    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
2889    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
2890    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
2891    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
2892
2893 example
2894
2895 ------------------------------------------------------------------------
2896 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 04:38:15 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2897 Changed paths:
2898    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2899
2900 update ChangeLog
2901
2902 ------------------------------------------------------------------------
2903 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 18:06:00 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
2904 Changed paths:
2905    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
2906
2907  * added comments
2908  * fixed several bugs
2909
2910 ------------------------------------------------------------------------
2911 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 10:44:20 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
2912 Changed paths:
2913    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
2914
2915 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
2916
2917 ------------------------------------------------------------------------
2918 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 17:13:28 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
2919 Changed paths:
2920    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2921    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2922    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2923    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2924    A /branches/dev/samtools/source.dot
2925
2926  * samtools-0.1.0-65
2927  * pileup: generate maq-like simple output
2928  * pileup: allow to output pileup at required sites
2929  * source.dot: source file relationship graph
2930  * tview: fixed a minor bug
2931
2932 ------------------------------------------------------------------------
2933 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 15:10:26 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
2934 Changed paths:
2935    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2936
2937 remove all2sam.pl
2938
2939 ------------------------------------------------------------------------
2940 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 17:34:25 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
2941 Changed paths:
2942    A /branches/dev/samtools/COPYING
2943    M /branches/dev/samtools/bam.h
2944    M /branches/dev/samtools/faidx.h
2945    M /branches/dev/samtools/khash.h
2946    M /branches/dev/samtools/kseq.h
2947    M /branches/dev/samtools/ksort.h
2948    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2949
2950 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
2951
2952 ------------------------------------------------------------------------
2953 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 08:40:18 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
2954 Changed paths:
2955    M /branches/dev/samtools/bam.c
2956    M /branches/dev/samtools/bam.h
2957    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2958    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2959    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2960
2961  * samtools-0.1.0-64
2962  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
2963
2964 ------------------------------------------------------------------------
2965 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 05:28:20 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
2966 Changed paths:
2967    M /branches/dev/samtools/bam.c
2968    M /branches/dev/samtools/bam.h
2969    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2970    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2971    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2972
2973  * samtools-0.1.0-63
2974  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
2975
2976 ------------------------------------------------------------------------
2977 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:29:32 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
2978 Changed paths:
2979    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2980    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2981    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2982
2983  * samtools-0.1.0-62
2984  * fixed a memory leak
2985
2986 ------------------------------------------------------------------------
2987 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:00:13 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
2988 Changed paths:
2989    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2990    M /branches/dev/samtools/bam.h
2991    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2992
2993 update documentation, ChangeLog and a comment
2994
2995 ------------------------------------------------------------------------
2996 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 08:36:43 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
2997 Changed paths:
2998    M /branches/dev/samtools/Makefile
2999    M /branches/dev/samtools/bam.h
3000    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3001    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
3002    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3003    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
3004    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3005    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3006
3007  * samtools-0.1.0-61
3008  * moved pileup command to a separate source file
3009  * added indel caller
3010  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
3011  * updated documentation
3012
3013 ------------------------------------------------------------------------
3014 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:55:36 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
3015 Changed paths:
3016    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3017    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3018
3019  * samtools-0.1.0-60
3020  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
3021
3022 ------------------------------------------------------------------------
3023 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:42:16 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
3024 Changed paths:
3025    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3026    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3027    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3028
3029  * samtools-0.1.0-59
3030  * pileup: outputing consensus is now optional
3031  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
3032    I am not quite sure why the previous version may have problem.
3033
3034 ------------------------------------------------------------------------
3035 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 06:44:56 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
3036 Changed paths:
3037    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3038    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3039
3040  * samtools-0.1.0-58
3041  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
3042    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
3043    and imposing it would make it harder to generate for other language
3044    bindings.
3045
3046 ------------------------------------------------------------------------
3047 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 15:43:56 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
3048 Changed paths:
3049    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3050
3051 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
3052
3053 ------------------------------------------------------------------------
3054 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:36:53 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
3055 Changed paths:
3056    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3057
3058 update manual
3059
3060 ------------------------------------------------------------------------
3061 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:25:36 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
3062 Changed paths:
3063    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3064    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3065
3066  * samtools-0.1.0-57
3067  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
3068  * made the parser a bit more robust
3069
3070 ------------------------------------------------------------------------
3071 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 09:57:29 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
3072 Changed paths:
3073    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3074    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3075    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3076
3077  * samtools-0.1.0-56
3078  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
3079  * fixed a typo in bam_index.c
3080  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
3081
3082 ------------------------------------------------------------------------
3083 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 07:53:08 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
3084 Changed paths:
3085    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3086
3087 update manual
3088
3089 ------------------------------------------------------------------------
3090 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 06:52:10 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
3091 Changed paths:
3092    M /branches/dev/samtools/bam.h
3093    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3094    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3095
3096  * samtools-0.1.0-55
3097  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
3098  * removed -v from pileup
3099  * made pileup take the reference sequence
3100
3101 ------------------------------------------------------------------------
3102 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:59:28 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
3103 Changed paths:
3104    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3105    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3106    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3107
3108  * samtools-0.1.0-54
3109  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
3110  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
3111
3112 ------------------------------------------------------------------------
3113 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:39:07 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3114 Changed paths:
3115    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3116
3117 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
3118
3119 ------------------------------------------------------------------------
3120 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:53:46 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3121 Changed paths:
3122    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3123
3124 also calculate unordered md5sum check
3125
3126 ------------------------------------------------------------------------
3127 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:46:21 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3128 Changed paths:
3129    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3130
3131 fixed a minor bug when there are space in the sequence
3132
3133 ------------------------------------------------------------------------
3134 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:40:45 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3135 Changed paths:
3136    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3137
3138 fixed a potential memory leak
3139
3140 ------------------------------------------------------------------------
3141 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:52:17 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
3142 Changed paths:
3143    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3144    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3145    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3146
3147  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
3148
3149 ------------------------------------------------------------------------
3150 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:08:01 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
3151 Changed paths:
3152    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
3153
3154 nothing, really
3155
3156 ------------------------------------------------------------------------
3157 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 07:56:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
3158 Changed paths:
3159    M /branches/dev/samtools/Makefile
3160    M /branches/dev/samtools/kseq.h
3161    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
3162    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
3163    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
3164    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3165
3166  * fixed two warnings in kseq.h
3167  * added md5sum utilities
3168
3169 ------------------------------------------------------------------------
3170 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:35:29 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
3171 Changed paths:
3172    M /branches/dev/samtools/Makefile
3173    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3174    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3175    A /branches/dev/samtools/kseq.h
3176    D /branches/dev/samtools/kstream.h
3177
3178  * samtools-0.1.0-52
3179  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
3180    extra functions in kseq.h.
3181  * also compile stand-alone faidx
3182
3183 ------------------------------------------------------------------------
3184 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:17:04 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
3185 Changed paths:
3186    M /branches/dev/samtools/bam.h
3187    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
3188    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3189
3190  * samtools-0.1.0-51
3191  * sorting by read names is available
3192
3193 ------------------------------------------------------------------------
3194 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 05:29:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
3195 Changed paths:
3196    M /branches/dev/samtools/bam.c
3197    M /branches/dev/samtools/bam.h
3198    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3199    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3200    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3201    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
3202    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3203    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3204    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3205
3206  * samtools-0.1.0-50
3207  * format change to meet the latest specification
3208
3209 ------------------------------------------------------------------------
3210 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 11:09:21 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
3211 Changed paths:
3212    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3213    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3214
3215  * minor change in maqcns: special care when n==0
3216  * change maq2sam to meet the latest specification
3217
3218 ------------------------------------------------------------------------
3219 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:55:44 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
3220 Changed paths:
3221    M /branches/dev/samtools/razf.c
3222    M /branches/dev/samtools/razf.h
3223
3224 considerable code clean up in razf
3225
3226 ------------------------------------------------------------------------
3227 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:08:18 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
3228 Changed paths:
3229    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
3230    M /branches/dev/samtools/Makefile
3231    M /branches/dev/samtools/faidx.c
3232
3233 make RAZF optional in faidx.c
3234
3235 ------------------------------------------------------------------------
3236 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 10:27:22 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
3237 Changed paths:
3238    M /branches/dev/samtools/Makefile
3239    M /branches/dev/samtools/bam.h
3240    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
3241    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3242    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3243
3244  * samtools-0.1.0-49
3245  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
3246
3247 ------------------------------------------------------------------------
3248 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 09:29:43 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
3249 Changed paths:
3250    M /branches/dev/samtools/bam.c
3251    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3252    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3253    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3254    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3255    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3256
3257  * samtools-0.1.0-48
3258  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
3259  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
3260  * supporting hex strings
3261
3262 ------------------------------------------------------------------------
3263 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:14:37 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3264 Changed paths:
3265    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3266    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3267
3268  * samtools-0.1.0-47
3269  * fixed the bug in maqcns
3270
3271 ------------------------------------------------------------------------
3272 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:08:11 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3273 Changed paths:
3274    M /branches/dev/samtools/Makefile
3275    M /branches/dev/samtools/bam.h
3276    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3277    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
3278    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3279    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3280    A /branches/dev/samtools/glf.h
3281
3282  * samtools-0.1.0-46
3283  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
3284
3285 ------------------------------------------------------------------------
3286 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 08:51:28 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
3287 Changed paths:
3288    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3289    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3290    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3291
3292  * samtools-0.1.0-45
3293  * tview: display padded alignment (but not P operation)
3294  * better coordinates and reference sequence
3295
3296 ------------------------------------------------------------------------
3297 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:26:05 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
3298 Changed paths:
3299    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
3300
3301 new ChangeLog
3302
3303 ------------------------------------------------------------------------
3304 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:24:45 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3305 Changed paths:
3306    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
3307    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
3308
3309 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
3310 the log of my personal SVN repository.
3311
3312 ------------------------------------------------------------------------
3313 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:22:55 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
3314 Changed paths:
3315    M /branches/dev/samtools/Makefile
3316    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3317    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3318
3319  * samtools-0.1.0-44
3320  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
3321    missing these declarations will make bgzf buggy
3322  * get rid of some harmless warings
3323  * use BGZF by default, now
3324
3325 ------------------------------------------------------------------------
3326 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:19:11 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
3327 Changed paths:
3328    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3329    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3330    M /branches/dev/samtools/razf.c
3331
3332  * samtools-0.1.0-43
3333  * fixed a bug in razf_read()
3334  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
3335
3336 ------------------------------------------------------------------------
3337 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 15:41:39 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3338 Changed paths:
3339    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3340
3341 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
3342
3343 ------------------------------------------------------------------------
3344 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:05:18 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
3345 Changed paths:
3346    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3347
3348  * samtools-0.1.0-42
3349  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
3350    also update the version number anyway to avoid confusion
3351
3352 ------------------------------------------------------------------------
3353 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:03:48 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3354 Changed paths:
3355    M /branches/dev/samtools/razf.c
3356
3357 a change from Jue, but I think it should not matter
3358
3359 ------------------------------------------------------------------------
3360 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:48:14 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
3361 Changed paths:
3362    M /branches/dev/samtools/razf.c
3363
3364 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
3365 rarely happens, very rarely.
3366
3367 ------------------------------------------------------------------------
3368 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 09:02:56 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3369 Changed paths:
3370    M /branches/dev/samtools/razf.c
3371
3372 fixed a bug in razf, with the help of Jue
3373
3374 ------------------------------------------------------------------------
3375 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:55:32 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3376 Changed paths:
3377    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3378
3379 remove a comment
3380
3381 ------------------------------------------------------------------------
3382 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:37:05 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3383 Changed paths:
3384    M /branches/dev/samtools/Makefile
3385    M /branches/dev/samtools/bam.h
3386    M /branches/dev/samtools/razf.c
3387    M /branches/dev/samtools/razf.h
3388
3389  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
3390
3391 ------------------------------------------------------------------------
3392 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:37 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
3393 Changed paths:
3394    A /branches/dev/samtools/samtools.1
3395
3396 the manual page
3397
3398 ------------------------------------------------------------------------
3399 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:16 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
3400 Changed paths:
3401    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
3402    A /branches/dev/samtools/Makefile
3403    A /branches/dev/samtools/bam.c
3404    A /branches/dev/samtools/bam.h
3405    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
3406    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
3407    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
3408    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
3409    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
3410    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3411    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
3412    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3413    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
3414    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
3415    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
3416    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
3417    A /branches/dev/samtools/faidx.c
3418    A /branches/dev/samtools/faidx.h
3419    A /branches/dev/samtools/khash.h
3420    A /branches/dev/samtools/ksort.h
3421    A /branches/dev/samtools/kstream.h
3422    A /branches/dev/samtools/misc
3423    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
3424    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
3425    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3426    A /branches/dev/samtools/razf.c
3427    A /branches/dev/samtools/razf.h
3428    A /branches/dev/samtools/razip.c
3429    A /branches/dev/samtools/zutil.h
3430
3431 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
3432 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
3433
3434 ------------------------------------------------------------------------
3435 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:30:49 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
3436 Changed paths:
3437    A /branches/dev/samtools
3438
3439 samtools (C version)
3440
3441 ------------------------------------------------------------------------