ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:21:21 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/AUTHORS
   5    M /trunk/samtools/Makefile
   6    M /trunk/samtools/misc/Makefile
   7
   8 fixed minor things in Makefile
   9
  10 ------------------------------------------------------------------------
  11 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:07:05 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
  12 Changed paths:
  13    M /trunk/samtools/bamtk.c
  14
  15  * samtools-0.1.4-5 (r3310
  16  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
  17    changes in the Makefile building system.
  18
  19 ------------------------------------------------------------------------
  20 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:03:38 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
  21 Changed paths:
  22    M /trunk/samtools/AUTHORS
  23    D /trunk/samtools/README
  24
  25 update information...
  26
  27 ------------------------------------------------------------------------
  28 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:52:21 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
  29 Changed paths:
  30    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
  31
  32  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
  33  * this version works with indels
  34
  35 ------------------------------------------------------------------------
  36 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:50:53 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
  37 Changed paths:
  38    M /trunk/samtools/INSTALL
  39    M /trunk/samtools/Makefile
  40    M /trunk/samtools/misc/Makefile
  41    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
  42
  43  * update Makefile
  44  * update INSTALL instruction
  45
  46 ------------------------------------------------------------------------
  47 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:18:29 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
  48 Changed paths:
  49    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
  50    D /trunk/samtools/Makefile.am
  51    D /trunk/samtools/Makefile.generic
  52    D /trunk/samtools/Makefile.lite
  53    D /trunk/samtools/autogen.sh
  54    D /trunk/samtools/cleanup.sh
  55    D /trunk/samtools/configure.ac
  56    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
  57    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
  58    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
  59    M /trunk/samtools/razf.c
  60    A /trunk/samtools/zlib
  61    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
  62    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
  63    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
  64    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
  65    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
  66    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
  67    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
  68    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
  69    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
  70    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
  71    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
  72    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
  73    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
  74    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
  75    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
  76    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
  77    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
  78    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
  79    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
  80    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
  81    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
  82    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
  83    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
  84    D /trunk/samtools/zutil.h
  85
  86  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
  87  * prepare to changed back to the Makefile building system
  88  * unfinished! (will be soon)
  89
  90 ------------------------------------------------------------------------
  91 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:12:03 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
  92 Changed paths:
  93    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
  94
  95 Unfinished
  96
  97 ------------------------------------------------------------------------
  98 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 16:27:59 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
  99 Changed paths:
 100    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 101    M /trunk/samtools/bamtk.c
 102
 103  * samtools-0.1.4-4 (r325)
 104  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
 105
 106 ------------------------------------------------------------------------
 107 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 15:56:17 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
 108 Changed paths:
 109    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 110    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 111    M /trunk/samtools/bamtk.c
 112    M /trunk/samtools/sam.c
 113    M /trunk/samtools/sam.h
 114
 115  * samtools-0.1.4-3 (r324)
 116  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
 117  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
 118
 119 ------------------------------------------------------------------------
 120 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:04:21 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
 121 Changed paths:
 122    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 123
 124  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
 125  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
 126
 127 ------------------------------------------------------------------------
 128 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:03:22 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
 129 Changed paths:
 130    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 131
 132 fixed a typo
 133
 134 ------------------------------------------------------------------------
 135 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 09:21:48 +0100 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
 136 Changed paths:
 137    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 138
 139 just typo. no real change
 140
 141 ------------------------------------------------------------------------
 142 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:32:51 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
 143 Changed paths:
 144    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 145
 146 a little bit code cleanup
 147
 148 ------------------------------------------------------------------------
 149 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:22:33 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
 150 Changed paths:
 151    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 152
 153  * samtools.pl-0.3.1
 154  * change default parameters
 155  * optionally print filtered variants
 156
 157 ------------------------------------------------------------------------
 158 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:14:26 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
 159 Changed paths:
 160    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 161
 162  * samtools.pl-0.3.0
 163  * combine snpFilter and indelFilter
 164
 165 ------------------------------------------------------------------------
 166 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 11:31:42 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
 167 Changed paths:
 168    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 169
 170  * samtools.pl-0.2.3
 171  * change a default parameter
 172
 173 ------------------------------------------------------------------------
 174 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 11:11:06 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
 175 Changed paths:
 176    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 177    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 178    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 179    M /trunk/samtools/bamtk.c
 180    M /trunk/samtools/sam.c
 181
 182  * samtools-0.1.4-2 (r316)
 183  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
 184  * pileup: always calculate RMS mapq
 185  * pileup: allow to output variant sites only
 186
 187 ------------------------------------------------------------------------
 188 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 13:01:10 +0100 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
 189 Changed paths:
 190    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 191
 192  * samtools.pl-0.2.2
 193  * added pileup2fq
 194
 195 ------------------------------------------------------------------------
 196 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 09:40:40 +0100 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
 197 Changed paths:
 198    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 199
 200  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
 201
 202 ------------------------------------------------------------------------
 203 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 14:35:13 +0100 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
 204 Changed paths:
 205    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 206
 207  * samtools.pl-0.2.1
 208  * fixed a typo
 209
 210 ------------------------------------------------------------------------
 211 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 14:04:39 +0100 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
 212 Changed paths:
 213    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 214
 215  * samtools.pl-0.2.0
 216  * snpFilter
 217
 218 ------------------------------------------------------------------------
 219 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:49:35 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
 220 Changed paths:
 221    M /trunk/samtools/bgzf.c
 222
 223  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
 224  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
 225
 226 ------------------------------------------------------------------------
 227 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:16:08 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
 228 Changed paths:
 229    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
 230
 231 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
 232
 233 ------------------------------------------------------------------------
 234 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:08:49 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
 235 Changed paths:
 236    M /trunk/samtools/bamtk.c
 237    M /trunk/samtools/sam.c
 238
 239  * samtools-0.1.4-1 (r304)
 240  * fixed a minor bug in printing headers
 241
 242 ------------------------------------------------------------------------
 243 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 16:06:16 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
 244 Changed paths:
 245    M /trunk/samtools/ChangeLog
 246    M /trunk/samtools/NEWS
 247    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 248    M /trunk/samtools/bamtk.c
 249    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 250    M /trunk/samtools/samtools.1
 251
 252 Release samtools-0.1.4
 253
 254 ------------------------------------------------------------------------
 255 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 12:53:14 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
 256 Changed paths:
 257    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 258    M /trunk/samtools/bamtk.c
 259
 260  * samtools-0.1.3-24 (r296)
 261  * another similar bug in the indel caller
 262
 263 ------------------------------------------------------------------------
 264 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 12:50:28 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
 265 Changed paths:
 266    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 267    M /trunk/samtools/bamtk.c
 268
 269  * samtools-0.1.3-23 (r295)
 270  * fixed a critical bug in the indel caller
 271
 272 ------------------------------------------------------------------------
 273 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 13:00:20 +0100 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
 274 Changed paths:
 275    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 276
 277 added a missing header file
 278
 279 ------------------------------------------------------------------------
 280 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 23:44:25 +0100 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
 281 Changed paths:
 282    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 283    M /trunk/samtools/bamtk.c
 284
 285  * samtools-0.1.3-22 (r293)
 286  * open tview in the dot-view mode by default
 287
 288 ------------------------------------------------------------------------
 289 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 21:01:23 +0100 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
 290 Changed paths:
 291    M /trunk/samtools/samtools.1
 292
 293 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
 294 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
 295 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
 296 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
 297
 298
 299 ------------------------------------------------------------------------
 300 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 15:23:13 +0100 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
 301 Changed paths:
 302    M /trunk/samtools/bam.h
 303    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 304    M /trunk/samtools/bamtk.c
 305
 306  * samtools-0.1.3-21 (286)
 307  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
 308
 309 ------------------------------------------------------------------------
 310 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 10:07:55 +0100 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
 311 Changed paths:
 312    M /trunk/samtools/bam.h
 313    M /trunk/samtools/bam_index.c
 314    M /trunk/samtools/bamtk.c
 315
 316  * samtools-0.1.3-20 (r276)
 317  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
 318    make it work with the latest SVN.
 319  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
 320
 321 ------------------------------------------------------------------------
 322 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 21:14:10 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
 323 Changed paths:
 324    M /trunk/samtools/ChangeLog
 325    M /trunk/samtools/bam.h
 326    M /trunk/samtools/bamtk.c
 327
 328  * samtools-0.1.3-19 (r275)
 329  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
 330    backward compatibility with Bio::DB::Sam
 331
 332 ------------------------------------------------------------------------
 333 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:28:39 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
 334 Changed paths:
 335    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 336    M /trunk/samtools/bamtk.c
 337
 338  * samtools-0.1.3-18 (r273)
 339  * rmdupse: do not remove unmapped reads
 340
 341 ------------------------------------------------------------------------
 342 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:20:00 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
 343 Changed paths:
 344    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 345
 346 change a parameter. It does nothing
 347
 348 ------------------------------------------------------------------------
 349 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:17:58 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
 350 Changed paths:
 351    M /trunk/samtools/Makefile.am
 352    M /trunk/samtools/Makefile.generic
 353    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 354    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 355    M /trunk/samtools/bamtk.c
 356    M /trunk/samtools/configure.ac
 357
 358  * samtools-0.1.3-17 (r271)
 359  * added 'rmdupse' command
 360
 361 ------------------------------------------------------------------------
 362 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:31:41 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 363 Changed paths:
 364    M /trunk/samtools/bamtk.c
 365    M /trunk/samtools/sam_view.c
 366
 367  * samtools-0.1.3-16 (r267)
 368  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
 369
 370 ------------------------------------------------------------------------
 371 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:23:27 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 372 Changed paths:
 373    M /trunk/samtools/bam_import.c
 374    M /trunk/samtools/bamtk.c
 375
 376  * samtools-0.1.3-15 (r266)
 377  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
 378
 379 ------------------------------------------------------------------------
 380 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:09:00 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 381 Changed paths:
 382    M /trunk/samtools/bam.h
 383    M /trunk/samtools/bam_import.c
 384    M /trunk/samtools/bamtk.c
 385    M /trunk/samtools/sam.c
 386    M /trunk/samtools/sam_view.c
 387
 388  * samtools-0.1.3-14 (r262)
 389  * make samopen() recognize @SQ header lines
 390
 391 ------------------------------------------------------------------------
 392 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:10:30 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 393 Changed paths:
 394    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 395    M /trunk/samtools/bamtk.c
 396    M /trunk/samtools/bgzf.c
 397    M /trunk/samtools/sam.c
 398    M /trunk/samtools/sam_view.c
 399
 400  * samtools-0.1.3-13 (r260)
 401  * report error for file I/O error
 402
 403 ------------------------------------------------------------------------
 404 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:01:16 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
 405 Changed paths:
 406    M /trunk/samtools/Makefile.am
 407
 408 update Makefile.am
 409
 410 ------------------------------------------------------------------------
 411 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:52:25 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 412 Changed paths:
 413    M /trunk/samtools/bam.h
 414    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 415    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 416    M /trunk/samtools/bamtk.c
 417    M /trunk/samtools/sam.c
 418    M /trunk/samtools/sam.h
 419
 420  * samtools-0.1.3-12 (r259)
 421  * use the new I/O interface in pileup
 422
 423 ------------------------------------------------------------------------
 424 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:33:22 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 425 Changed paths:
 426    M /trunk/samtools/Makefile.generic
 427    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 428    M /trunk/samtools/bam.c
 429    M /trunk/samtools/bam.h
 430    M /trunk/samtools/bam_import.c
 431    M /trunk/samtools/bamtk.c
 432    A /trunk/samtools/sam.c
 433    A /trunk/samtools/sam.h
 434    A /trunk/samtools/sam_view.c
 435
 436  * samtools-0.1.3-11 (r258)
 437  * unify the interface to BAM and SAM I/O
 438
 439 ------------------------------------------------------------------------
 440 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:53:35 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 441 Changed paths:
 442    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 443    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 444    M /trunk/samtools/bamtk.c
 445
 446  * samtools-0.1.3-10 (r257)
 447  * allow hex with "pileup -m"
 448
 449 ------------------------------------------------------------------------
 450 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 19:16:50 +0100 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
 451 Changed paths:
 452    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 453    M /trunk/samtools/bamtk.c
 454
 455  * samtools-0.1.3-9 (r256)
 456  * fixed a bug in bam_lpileup.c
 457  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
 458
 459 ------------------------------------------------------------------------
 460 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:53:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
 461 Changed paths:
 462    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 463    M /trunk/samtools/bamtk.c
 464
 465  * samtools-0.1.3-8 (r251)
 466  * fixed a bug when there are reads without coordinates
 467
 468 ------------------------------------------------------------------------
 469 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:43:33 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 470 Changed paths:
 471    A /trunk/samtools/AUTHORS
 472    A /trunk/samtools/README
 473    M /trunk/samtools/cleanup.sh
 474
 475 added missing files
 476
 477 ------------------------------------------------------------------------
 478 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:37:16 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 479 Changed paths:
 480    M /trunk/samtools/Makefile.generic
 481    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 482    M /trunk/samtools/configure.ac
 483    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
 484
 485 improve large file support in compilation
 486
 487 ------------------------------------------------------------------------
 488 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:33:24 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 489 Changed paths:
 490    M /trunk/samtools/INSTALL
 491
 492 update INSTALL
 493
 494 ------------------------------------------------------------------------
 495 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:28:50 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 496 Changed paths:
 497    M /trunk/samtools/Makefile.am
 498    M /trunk/samtools/autogen.sh
 499    M /trunk/samtools/cleanup.sh
 500    M /trunk/samtools/configure.ac
 501    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
 502
 503 fixed various issues about the GNU building scripts
 504
 505 ------------------------------------------------------------------------
 506 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:10:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
 507 Changed paths:
 508    M /trunk/samtools/ChangeLog
 509    D /trunk/samtools/Makefile
 510    A /trunk/samtools/Makefile.am
 511    A /trunk/samtools/Makefile.generic
 512    A /trunk/samtools/autogen.sh
 513    M /trunk/samtools/bam.h
 514    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 515    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 516    M /trunk/samtools/bamtk.c
 517    A /trunk/samtools/cleanup.sh
 518    A /trunk/samtools/configure.ac
 519    D /trunk/samtools/misc/Makefile
 520    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
 521
 522  * samtools-0.1.3-7 (r246)
 523  * incorporated revisions from Nils Homer
 524  * enhanced support of displaying color-space reads
 525
 526 ------------------------------------------------------------------------
 527 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 11:49:40 +0100 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
 528 Changed paths:
 529    M /trunk/samtools/bam_md.c
 530    M /trunk/samtools/bamtk.c
 531
 532  * samtools-0.1.3-6 (r244)
 533  * fixed segfault for unmapped reads
 534
 535 ------------------------------------------------------------------------
 536 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 21:27:26 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 537 Changed paths:
 538    M /trunk/samtools/bam.h
 539    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 540    M /trunk/samtools/bam_md.c
 541    M /trunk/samtools/bamtk.c
 542
 543  * samtools-0.1.3-5 (r243)
 544  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
 545  * check MD
 546  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
 547
 548 ------------------------------------------------------------------------
 549 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 20:44:46 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
 550 Changed paths:
 551    M /trunk/samtools/bam_md.c
 552    M /trunk/samtools/bamtk.c
 553
 554  * samtools-0.1.3-4 (r242)
 555  * fixed a memory leak
 556
 557 ------------------------------------------------------------------------
 558 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:40:18 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 559 Changed paths:
 560    M /trunk/samtools/Makefile
 561    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 562    M /trunk/samtools/bam.h
 563    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 564    A /trunk/samtools/bam_md.c
 565    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 566    M /trunk/samtools/bamtk.c
 567
 568  * samtools-0.1.3-3 (r240)
 569  * generate MD tag
 570  * generate "=" bases
 571  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
 572
 573 ------------------------------------------------------------------------
 574 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 12:08:20 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 575 Changed paths:
 576    M /trunk/samtools/bam.h
 577    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 578    M /trunk/samtools/bamtk.c
 579
 580  * samtools-0.1.3-2 (r239)
 581  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
 582  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
 583  * added tagview for testing bam_aux
 584
 585 ------------------------------------------------------------------------
 586 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 23:17:39 +0100 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
 587 Changed paths:
 588    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 589    M /trunk/samtools/bamtk.c
 590
 591  * samtools-0.1.3-1
 592  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
 593
 594 ------------------------------------------------------------------------
 595 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 15:25:43 +0100 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
 596 Changed paths:
 597    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 598
 599 a missing file in Makefile.lite
 600
 601 ------------------------------------------------------------------------
 602 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 22:02:53 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 603 Changed paths:
 604    M /trunk/samtools/NEWS
 605    M /trunk/samtools/bamtk.c
 606
 607 Release samtools-0.1.3
 608
 609 ------------------------------------------------------------------------
 610 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:31:32 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 611 Changed paths:
 612    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 613    M /trunk/samtools/bamtk.c
 614
 615  * samtools-0.1.2-28
 616  * make samtools more robust to weird input such as empty file
 617
 618 ------------------------------------------------------------------------
 619 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:05:33 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 620 Changed paths:
 621    M /trunk/samtools/ChangeLog
 622    M /trunk/samtools/NEWS
 623    M /trunk/samtools/samtools.1
 624
 625 prepare for release 0.1.3
 626
 627 ------------------------------------------------------------------------
 628 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:32:14 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 629 Changed paths:
 630    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
 631
 632 convert NCBI-BLASTN to SAM
 633
 634 ------------------------------------------------------------------------
 635 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:18:19 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 636 Changed paths:
 637    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 638    M /trunk/samtools/bamtk.c
 639
 640  * samtools-0.1.2-27
 641  * fixed a small memory leak in tview
 642
 643 ------------------------------------------------------------------------
 644 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:00:08 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 645 Changed paths:
 646    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 647    M /trunk/samtools/bamtk.c
 648
 649  * samtools-0.1.2-26
 650  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
 651
 652 ------------------------------------------------------------------------
 653 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:28:58 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
 654 Changed paths:
 655    M /trunk/samtools/ChangeLog
 656    M /trunk/samtools/NEWS
 657
 658 proposed NEWS for the new release (have not yet)
 659
 660 ------------------------------------------------------------------------
 661 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:10:46 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
 662 Changed paths:
 663    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 664
 665  * samtools.pl-0.1.1
 666  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
 667    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
 668
 669 ------------------------------------------------------------------------
 670 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:04:19 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
 671 Changed paths:
 672    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 673    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 674    M /trunk/samtools/bamtk.c
 675    M /trunk/samtools/samtools.1
 676
 677  * samtools-0.1.2-25
 678  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
 679    containing indels
 680
 681 ------------------------------------------------------------------------
 682 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 12:07:13 +0100 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
 683 Changed paths:
 684    M /trunk/samtools/ChangeLog
 685
 686 update ChangeLog from "svn log"
 687
 688 ------------------------------------------------------------------------
 689 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:57:05 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
 690 Changed paths:
 691    M /trunk/samtools/bam.c
 692    M /trunk/samtools/bam_import.c
 693    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 694    M /trunk/samtools/bamtk.c
 695    M /trunk/samtools/kseq.h
 696
 697  * samtools-0.1.2-24
 698  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
 699  * allow empty header
 700
 701 ------------------------------------------------------------------------
 702 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:32:44 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
 703 Changed paths:
 704    M /trunk/samtools/bam.c
 705    M /trunk/samtools/bam_import.c
 706    M /trunk/samtools/bamtk.c
 707
 708  * samtools-0.1.2-23
 709  * recognize '*' at the QUAL field
 710
 711 ------------------------------------------------------------------------
 712 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:08:02 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
 713 Changed paths:
 714    M /trunk/samtools/bam_import.c
 715    M /trunk/samtools/bamtk.c
 716    M /trunk/samtools/kseq.h
 717
 718  * samtools-0.1.2-22
 719  * the field separater is TAB only, now
 720
 721 ------------------------------------------------------------------------
 722 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:18:03 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
 723 Changed paths:
 724    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
 725
 726  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
 727
 728 ------------------------------------------------------------------------
 729 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:15:05 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
 730 Changed paths:
 731    M /trunk/samtools/bam_mate.c
 732    M /trunk/samtools/bamtk.c
 733    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 734
 735  * samtools-0.1.2-21
 736  * fixed a nasty bug in `fixmate'
 737
 738 ------------------------------------------------------------------------
 739 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:57:08 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
 740 Changed paths:
 741    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
 742    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 743    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 744
 745 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
 746
 747 ------------------------------------------------------------------------
 748 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:14:56 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
 749 Changed paths:
 750    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 751    M /trunk/samtools/bamtk.c
 752
 753  * samtools-0.1.2-20
 754  * check if file is truncated in flagstat
 755
 756 ------------------------------------------------------------------------
 757 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:09:10 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
 758 Changed paths:
 759    M /trunk/samtools/bamtk.c
 760
 761  * samtools-0.1.2-19
 762  * print the header if requested
 763
 764 ------------------------------------------------------------------------
 765 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 15:09:50 +0000 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
 766 Changed paths:
 767    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 768    M /trunk/samtools/bamtk.c
 769
 770  * samtools-0.1.2-18
 771  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
 772
 773 ------------------------------------------------------------------------
 774 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 11:50:32 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
 775 Changed paths:
 776    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
 777    D /trunk/samtools/Makefile.std
 778    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
 779    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
 780
 781 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
 782
 783 ------------------------------------------------------------------------
 784 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:36:38 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
 785 Changed paths:
 786    D /trunk/samtools/Makefile
 787    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
 788    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 789    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 790    M /trunk/samtools/bamtk.c
 791    D /trunk/samtools/misc/Makefile
 792    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
 793    M /trunk/samtools/samtools.1
 794
 795  * samtools-0.1.2-17
 796  * incorporating Nils' changes
 797  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
 798
 799 ------------------------------------------------------------------------
 800 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:30:23 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
 801 Changed paths:
 802    M /trunk/samtools/Makefile
 803    M /trunk/samtools/bam_import.c
 804    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 805    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 806    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 807    M /trunk/samtools/bamtk.c
 808    M /trunk/samtools/kseq.h
 809    A /trunk/samtools/kstring.c
 810    A /trunk/samtools/kstring.h
 811
 812  * samtools-0.1.2-16
 813  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
 814  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
 815
 816 ------------------------------------------------------------------------
 817 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 13:40:14 +0000 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
 818 Changed paths:
 819    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
 820
 821  * soap2sam.pl-0.1.2
 822  * more robust to truncated soap output
 823
 824 ------------------------------------------------------------------------
 825 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 10:49:00 +0000 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
 826 Changed paths:
 827    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 828
 829 added bam_stat.o to Makefile.lite
 830
 831 ------------------------------------------------------------------------
 832 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:11:31 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
 833 Changed paths:
 834    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 835    M /trunk/samtools/bamtk.c
 836
 837  * samtools-0.1.2-15
 838  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
 839
 840 ------------------------------------------------------------------------
 841 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:06:45 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
 842 Changed paths:
 843    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 844    M /trunk/samtools/bamtk.c
 845    M /trunk/samtools/glf.c
 846    M /trunk/samtools/glf.h
 847    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 848
 849  * samtools-0.1.2-14
 850  * implemented GLFv3
 851
 852 ------------------------------------------------------------------------
 853 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:26:08 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
 854 Changed paths:
 855    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 856    M /trunk/samtools/bamtk.c
 857
 858  * samtools-0.1.2-13
 859  * fixed a minor bug in displaying pileup
 860
 861 ------------------------------------------------------------------------
 862 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:24:16 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
 863 Changed paths:
 864    M /trunk/samtools/ChangeLog
 865    M /trunk/samtools/bamtk.c
 866
 867  * samtools-0.1.2-12
 868  * optionally print SAM header
 869
 870 ------------------------------------------------------------------------
 871 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:45:28 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
 872 Changed paths:
 873    M /trunk/samtools/bamtk.c
 874    M /trunk/samtools/glf.c
 875
 876  * samtools-0.1.2-11
 877  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
 878
 879 ------------------------------------------------------------------------
 880 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:39:09 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
 881 Changed paths:
 882    M /trunk/samtools/Makefile
 883    M /trunk/samtools/bam_import.c
 884    M /trunk/samtools/bam_index.c
 885    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 886    M /trunk/samtools/bamtk.c
 887    M /trunk/samtools/glf.c
 888    M /trunk/samtools/glf.h
 889
 890  * samtools-0.1.2-10
 891  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
 892  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
 893  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
 894
 895 ------------------------------------------------------------------------
 896 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 15:18:43 +0000 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
 897 Changed paths:
 898    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 899
 900  * wgsim-0.2.3
 901  * fixed a bug in simulating indels
 902
 903 ------------------------------------------------------------------------
 904 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 19:43:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
 905 Changed paths:
 906    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 907
 908  * wgsim-0.2.2
 909  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
 910    not like long read names.
 911
 912 ------------------------------------------------------------------------
 913 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:53:03 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
 914 Changed paths:
 915    M /trunk/samtools/ChangeLog
 916    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 917    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 918
 919  * wgsim-0.2.1
 920  * fixed a bug about color read coordinates
 921  * fixed a bug in read names
 922  * wgsim_eval.pl-0.1.3
 923  * make the script work with color reads
 924
 925 ------------------------------------------------------------------------
 926 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:02:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
 927 Changed paths:
 928    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 929    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 930
 931  * wgsim: added a note
 932
 933 ------------------------------------------------------------------------
 934 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 11:39:08 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
 935 Changed paths:
 936    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
 937    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 938
 939  * wgsim-0.2.0
 940  * considerable code clean up
 941  * print number of substitutions/indels/errors on each read
 942  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
 943  * wgsim_eval.pl-0.1.2
 944  * change in accordant with wgsim
 945
 946 ------------------------------------------------------------------------
 947 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 22:23:27 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
 948 Changed paths:
 949    M /trunk/samtools/bam_index.c
 950    M /trunk/samtools/bamtk.c
 951
 952  * samtools-0.1.2-9
 953  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
 954
 955 ------------------------------------------------------------------------
 956 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 19:06:57 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
 957 Changed paths:
 958    M /trunk/samtools/bamtk.c
 959
 960 Fix annoying segv when invalid region specified.
 961
 962 ------------------------------------------------------------------------
 963 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 10:49:55 +0000 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
 964 Changed paths:
 965    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 966    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 967
 968  * move indel_filter.pl to samtools.pl
 969
 970 ------------------------------------------------------------------------
 971 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 21:22:30 +0000 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
 972 Changed paths:
 973    M /trunk/samtools/bam_mate.c
 974    M /trunk/samtools/bamtk.c
 975
 976  * samtools-0.1.2-7
 977  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
 978
 979 ------------------------------------------------------------------------
 980 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 09:54:45 +0000 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
 981 Changed paths:
 982    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 983    M /trunk/samtools/bamtk.c
 984
 985  * samtools-0.1.2-7
 986  * fixed a minor bug in flagstat
 987
 988 ------------------------------------------------------------------------
 989 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 11:15:32 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
 990 Changed paths:
 991    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 992    M /trunk/samtools/bamtk.c
 993    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 994
 995  * samtools-0.1.2-6
 996  * improve indel caller by setting maximum window size
 997
 998 ------------------------------------------------------------------------
 999 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 10:30:29 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
1000 Changed paths:
1001    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1002    M /trunk/samtools/bamtk.c
1003
1004  * output max mapping quality in indel line
1005
1006 ------------------------------------------------------------------------
1007 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 10:59:10 +0000 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
1008 Changed paths:
1009    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1010
1011 fixed a bug in generating tag AM
1012
1013 ------------------------------------------------------------------------
1014 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 10:43:11 +0000 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
1015 Changed paths:
1016    M /trunk/samtools/bam_index.c
1017    M /trunk/samtools/bamtk.c
1018
1019 fixed a potential memory problem in indexing
1020
1021 ------------------------------------------------------------------------
1022 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 15:52:52 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
1023 Changed paths:
1024    M /trunk/samtools/Makefile
1025
1026 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
1027
1028 ------------------------------------------------------------------------
1029 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 10:12:15 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
1030 Changed paths:
1031    M /trunk/samtools/ChangeLog
1032    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1033    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1034    M /trunk/samtools/bamtk.c
1035
1036  * samtools-0.1.2-3
1037  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
1038  * improve flagstat report a little bit
1039
1040 ------------------------------------------------------------------------
1041 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
1042 Changed paths:
1043    M /trunk/samtools/Makefile
1044    A /trunk/samtools/bam_stat.c
1045    M /trunk/samtools/bamtk.c
1046
1047  * samtools-0.1.2-1
1048  * added flagstat command
1049
1050 ------------------------------------------------------------------------
1051 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
1052 Changed paths:
1053    M /trunk/samtools/ChangeLog
1054    M /trunk/samtools/NEWS
1055    M /trunk/samtools/bamtk.c
1056    M /trunk/samtools/samtools.1
1057
1058 Release SAMtools-0.1.2
1059
1060 ------------------------------------------------------------------------
1061 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
1062 Changed paths:
1063    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1064
1065 Script for filtering indel results
1066
1067 ------------------------------------------------------------------------
1068 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
1069 Changed paths:
1070    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
1071
1072 convert ZOOM to SAM
1073
1074 ------------------------------------------------------------------------
1075 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
1076 Changed paths:
1077    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
1078
1079 add a script to convert novo alignment to SAM
1080
1081 ------------------------------------------------------------------------
1082 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
1083 Changed paths:
1084    M /trunk/samtools/ChangeLog
1085    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
1086    M /trunk/samtools/samtools.1
1087
1088 update documentation and ChangeLog
1089
1090 ------------------------------------------------------------------------
1091 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
1092 Changed paths:
1093    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1094    M /trunk/samtools/bamtk.c
1095
1096  * samtools-0.1.1-19
1097  * fixed a bug in "merge" command line
1098
1099 ------------------------------------------------------------------------
1100 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
1101 Changed paths:
1102    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1103    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
1104    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1105    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
1106    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
1107    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
1108
1109  * merge from branches/dev/
1110  * all future development will happen here
1111
1112 ------------------------------------------------------------------------
1113 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
1114 Changed paths:
1115    M /trunk/samtools/COPYING
1116    M /trunk/samtools/ChangeLog
1117    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
1118    M /trunk/samtools/Makefile
1119    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
1120    M /trunk/samtools/bam.c
1121    M /trunk/samtools/bam.h
1122    M /trunk/samtools/bam_import.c
1123    M /trunk/samtools/bam_index.c
1124    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1125    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1126    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1127    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
1128    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1129    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1130    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
1131    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1132    M /trunk/samtools/bamtk.c
1133    M /trunk/samtools/bgzf.h
1134    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
1135    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
1136    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
1137    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
1138    M /trunk/samtools/faidx.c
1139    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
1140    M /trunk/samtools/glf.h
1141    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1142    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1143    M /trunk/samtools/razf.c
1144    M /trunk/samtools/source.dot
1145
1146  * Merge from branches/dev/
1147  * all future development will happen here at trunk/
1148
1149 ------------------------------------------------------------------------
1150 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
1151 Changed paths:
1152    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1153    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1154
1155 Fix problem with compiling without curses.
1156
1157 ------------------------------------------------------------------------
1158 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1159 Changed paths:
1160    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
1161
1162 Create trunk copy
1163
1164 ------------------------------------------------------------------------
1165 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1166 Changed paths:
1167    A /branches/dev/samtools/NEWS
1168    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1169    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1170
1171 Release samtools-0.1.1
1172
1173 ------------------------------------------------------------------------
1174 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
1175 Changed paths:
1176    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1177    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1178    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1179    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1180    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1181    M /branches/dev/samtools/razf.c
1182    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1183
1184  * samtools-0.1.0-66
1185  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
1186  * fixed a memory leak in parsing a region
1187  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
1188  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
1189  * fixed a bug in indexing for small alignment
1190  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
1191  * updated documentation
1192  * prepare to release 0.1.1
1193
1194 ------------------------------------------------------------------------
1195 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1196 Changed paths:
1197    A /branches/dev/samtools/examples
1198    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
1199    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
1200    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
1201    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
1202
1203 example
1204
1205 ------------------------------------------------------------------------
1206 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1207 Changed paths:
1208    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1209
1210 update ChangeLog
1211
1212 ------------------------------------------------------------------------
1213 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
1214 Changed paths:
1215    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
1216
1217  * added comments
1218  * fixed several bugs
1219
1220 ------------------------------------------------------------------------
1221 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
1222 Changed paths:
1223    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
1224
1225 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
1226
1227 ------------------------------------------------------------------------
1228 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
1229 Changed paths:
1230    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1231    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1232    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1233    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1234    A /branches/dev/samtools/source.dot
1235
1236  * samtools-0.1.0-65
1237  * pileup: generate maq-like simple output
1238  * pileup: allow to output pileup at required sites
1239  * source.dot: source file relationship graph
1240  * tview: fixed a minor bug
1241
1242 ------------------------------------------------------------------------
1243 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
1244 Changed paths:
1245    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1246
1247 remove all2sam.pl
1248
1249 ------------------------------------------------------------------------
1250 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
1251 Changed paths:
1252    A /branches/dev/samtools/COPYING
1253    M /branches/dev/samtools/bam.h
1254    M /branches/dev/samtools/faidx.h
1255    M /branches/dev/samtools/khash.h
1256    M /branches/dev/samtools/kseq.h
1257    M /branches/dev/samtools/ksort.h
1258    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1259
1260 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
1261
1262 ------------------------------------------------------------------------
1263 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
1264 Changed paths:
1265    M /branches/dev/samtools/bam.c
1266    M /branches/dev/samtools/bam.h
1267    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1268    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1269    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1270
1271  * samtools-0.1.0-64
1272  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
1273
1274 ------------------------------------------------------------------------
1275 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
1276 Changed paths:
1277    M /branches/dev/samtools/bam.c
1278    M /branches/dev/samtools/bam.h
1279    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1280    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1281    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1282
1283  * samtools-0.1.0-63
1284  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
1285
1286 ------------------------------------------------------------------------
1287 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
1288 Changed paths:
1289    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1290    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1291    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1292
1293  * samtools-0.1.0-62
1294  * fixed a memory leak
1295
1296 ------------------------------------------------------------------------
1297 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
1298 Changed paths:
1299    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1300    M /branches/dev/samtools/bam.h
1301    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1302
1303 update documentation, ChangeLog and a comment
1304
1305 ------------------------------------------------------------------------
1306 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
1307 Changed paths:
1308    M /branches/dev/samtools/Makefile
1309    M /branches/dev/samtools/bam.h
1310    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1311    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
1312    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1313    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1314    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1315    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1316
1317  * samtools-0.1.0-61
1318  * moved pileup command to a separate source file
1319  * added indel caller
1320  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
1321  * updated documentation
1322
1323 ------------------------------------------------------------------------
1324 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
1325 Changed paths:
1326    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1327    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1328
1329  * samtools-0.1.0-60
1330  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
1331
1332 ------------------------------------------------------------------------
1333 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
1334 Changed paths:
1335    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1336    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1337    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1338
1339  * samtools-0.1.0-59
1340  * pileup: outputing consensus is now optional
1341  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
1342    I am not quite sure why the previous version may have problem.
1343
1344 ------------------------------------------------------------------------
1345 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
1346 Changed paths:
1347    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1348    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1349
1350  * samtools-0.1.0-58
1351  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
1352    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
1353    and imposing it would make it harder to generate for other language
1354    bindings.
1355
1356 ------------------------------------------------------------------------
1357 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
1358 Changed paths:
1359    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1360
1361 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
1362
1363 ------------------------------------------------------------------------
1364 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
1365 Changed paths:
1366    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1367
1368 update manual
1369
1370 ------------------------------------------------------------------------
1371 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
1372 Changed paths:
1373    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1374    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1375
1376  * samtools-0.1.0-57
1377  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
1378  * made the parser a bit more robust
1379
1380 ------------------------------------------------------------------------
1381 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
1382 Changed paths:
1383    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1384    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1385    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1386
1387  * samtools-0.1.0-56
1388  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
1389  * fixed a typo in bam_index.c
1390  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
1391
1392 ------------------------------------------------------------------------
1393 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
1394 Changed paths:
1395    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1396
1397 update manual
1398
1399 ------------------------------------------------------------------------
1400 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
1401 Changed paths:
1402    M /branches/dev/samtools/bam.h
1403    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1404    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1405
1406  * samtools-0.1.0-55
1407  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
1408  * removed -v from pileup
1409  * made pileup take the reference sequence
1410
1411 ------------------------------------------------------------------------
1412 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
1413 Changed paths:
1414    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1415    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1416    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1417
1418  * samtools-0.1.0-54
1419  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
1420  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
1421
1422 ------------------------------------------------------------------------
1423 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1424 Changed paths:
1425    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1426
1427 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
1428
1429 ------------------------------------------------------------------------
1430 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1431 Changed paths:
1432    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1433
1434 also calculate unordered md5sum check
1435
1436 ------------------------------------------------------------------------
1437 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1438 Changed paths:
1439    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1440
1441 fixed a minor bug when there are space in the sequence
1442
1443 ------------------------------------------------------------------------
1444 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1445 Changed paths:
1446    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1447
1448 fixed a potential memory leak
1449
1450 ------------------------------------------------------------------------
1451 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
1452 Changed paths:
1453    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1454    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1455    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1456
1457  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
1458
1459 ------------------------------------------------------------------------
1460 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
1461 Changed paths:
1462    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1463
1464 nothing, really
1465
1466 ------------------------------------------------------------------------
1467 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1468 Changed paths:
1469    M /branches/dev/samtools/Makefile
1470    M /branches/dev/samtools/kseq.h
1471    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
1472    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
1473    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
1474    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1475
1476  * fixed two warnings in kseq.h
1477  * added md5sum utilities
1478
1479 ------------------------------------------------------------------------
1480 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
1481 Changed paths:
1482    M /branches/dev/samtools/Makefile
1483    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1484    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1485    A /branches/dev/samtools/kseq.h
1486    D /branches/dev/samtools/kstream.h
1487
1488  * samtools-0.1.0-52
1489  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
1490    extra functions in kseq.h.
1491  * also compile stand-alone faidx
1492
1493 ------------------------------------------------------------------------
1494 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1495 Changed paths:
1496    M /branches/dev/samtools/bam.h
1497    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1498    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1499
1500  * samtools-0.1.0-51
1501  * sorting by read names is available
1502
1503 ------------------------------------------------------------------------
1504 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1505 Changed paths:
1506    M /branches/dev/samtools/bam.c
1507    M /branches/dev/samtools/bam.h
1508    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1509    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1510    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1511    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1512    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1513    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1514    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1515
1516  * samtools-0.1.0-50
1517  * format change to meet the latest specification
1518
1519 ------------------------------------------------------------------------
1520 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
1521 Changed paths:
1522    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1523    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1524
1525  * minor change in maqcns: special care when n==0
1526  * change maq2sam to meet the latest specification
1527
1528 ------------------------------------------------------------------------
1529 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
1530 Changed paths:
1531    M /branches/dev/samtools/razf.c
1532    M /branches/dev/samtools/razf.h
1533
1534 considerable code clean up in razf
1535
1536 ------------------------------------------------------------------------
1537 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
1538 Changed paths:
1539    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1540    M /branches/dev/samtools/Makefile
1541    M /branches/dev/samtools/faidx.c
1542
1543 make RAZF optional in faidx.c
1544
1545 ------------------------------------------------------------------------
1546 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
1547 Changed paths:
1548    M /branches/dev/samtools/Makefile
1549    M /branches/dev/samtools/bam.h
1550    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1551    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1552    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1553
1554  * samtools-0.1.0-49
1555  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
1556
1557 ------------------------------------------------------------------------
1558 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
1559 Changed paths:
1560    M /branches/dev/samtools/bam.c
1561    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1562    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1563    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1564    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1565    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1566
1567  * samtools-0.1.0-48
1568  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
1569  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
1570  * supporting hex strings
1571
1572 ------------------------------------------------------------------------
1573 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1574 Changed paths:
1575    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1576    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1577
1578  * samtools-0.1.0-47
1579  * fixed the bug in maqcns
1580
1581 ------------------------------------------------------------------------
1582 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1583 Changed paths:
1584    M /branches/dev/samtools/Makefile
1585    M /branches/dev/samtools/bam.h
1586    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1587    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
1588    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1589    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1590    A /branches/dev/samtools/glf.h
1591
1592  * samtools-0.1.0-46
1593  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
1594
1595 ------------------------------------------------------------------------
1596 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
1597 Changed paths:
1598    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1599    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1600    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1601
1602  * samtools-0.1.0-45
1603  * tview: display padded alignment (but not P operation)
1604  * better coordinates and reference sequence
1605
1606 ------------------------------------------------------------------------
1607 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
1608 Changed paths:
1609    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
1610
1611 new ChangeLog
1612
1613 ------------------------------------------------------------------------
1614 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1615 Changed paths:
1616    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
1617    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
1618
1619 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
1620 the log of my personal SVN repository.
1621
1622 ------------------------------------------------------------------------
1623 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
1624 Changed paths:
1625    M /branches/dev/samtools/Makefile
1626    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1627    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1628
1629  * samtools-0.1.0-44
1630  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
1631    missing these declarations will make bgzf buggy
1632  * get rid of some harmless warings
1633  * use BGZF by default, now
1634
1635 ------------------------------------------------------------------------
1636 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
1637 Changed paths:
1638    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1639    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1640    M /branches/dev/samtools/razf.c
1641
1642  * samtools-0.1.0-43
1643  * fixed a bug in razf_read()
1644  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
1645
1646 ------------------------------------------------------------------------
1647 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1648 Changed paths:
1649    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1650
1651 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
1652
1653 ------------------------------------------------------------------------
1654 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
1655 Changed paths:
1656    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1657
1658  * samtools-0.1.0-42
1659  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
1660    also update the version number anyway to avoid confusion
1661
1662 ------------------------------------------------------------------------
1663 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1664 Changed paths:
1665    M /branches/dev/samtools/razf.c
1666
1667 a change from Jue, but I think it should not matter
1668
1669 ------------------------------------------------------------------------
1670 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
1671 Changed paths:
1672    M /branches/dev/samtools/razf.c
1673
1674 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
1675 rarely happens, very rarely.
1676
1677 ------------------------------------------------------------------------
1678 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1679 Changed paths:
1680    M /branches/dev/samtools/razf.c
1681
1682 fixed a bug in razf, with the help of Jue
1683
1684 ------------------------------------------------------------------------
1685 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1686 Changed paths:
1687    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1688
1689 remove a comment
1690
1691 ------------------------------------------------------------------------
1692 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1693 Changed paths:
1694    M /branches/dev/samtools/Makefile
1695    M /branches/dev/samtools/bam.h
1696    M /branches/dev/samtools/razf.c
1697    M /branches/dev/samtools/razf.h
1698
1699  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
1700
1701 ------------------------------------------------------------------------
1702 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
1703 Changed paths:
1704    A /branches/dev/samtools/samtools.1
1705
1706 the manual page
1707
1708 ------------------------------------------------------------------------
1709 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
1710 Changed paths:
1711    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
1712    A /branches/dev/samtools/Makefile
1713    A /branches/dev/samtools/bam.c
1714    A /branches/dev/samtools/bam.h
1715    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1716    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
1717    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
1718    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
1719    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
1720    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1721    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1722    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1723    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
1724    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
1725    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
1726    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
1727    A /branches/dev/samtools/faidx.c
1728    A /branches/dev/samtools/faidx.h
1729    A /branches/dev/samtools/khash.h
1730    A /branches/dev/samtools/ksort.h
1731    A /branches/dev/samtools/kstream.h
1732    A /branches/dev/samtools/misc
1733    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
1734    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1735    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1736    A /branches/dev/samtools/razf.c
1737    A /branches/dev/samtools/razf.h
1738    A /branches/dev/samtools/razip.c
1739    A /branches/dev/samtools/zutil.h
1740
1741 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
1742 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
1743
1744 ------------------------------------------------------------------------
1745 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
1746 Changed paths:
1747    A /branches/dev/samtools
1748
1749 samtools (C version)
1750
1751 ------------------------------------------------------------------------