ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 10:03:39 +0100 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam_import.c
   5    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
   6    M /trunk/samtools/bamtk.c
   7    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
   8    M /trunk/samtools/sam.c
   9    M /trunk/samtools/sam.h
  10    M /trunk/samtools/sam_view.c
  11
  12  * samtools-0.1.5-16 (r421)
  13  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
  14
  15 ------------------------------------------------------------------------
  16 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 09:18:55 +0100 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
  17 Changed paths:
  18    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
  19
  20 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
  21
  22 ------------------------------------------------------------------------
  23 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 09:52:33 +0100 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
  24 Changed paths:
  25    M /trunk/samtools/bam_import.c
  26    M /trunk/samtools/bamtk.c
  27    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
  28    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
  29
  30  * samtools-0.1.5-15 (r419)
  31  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
  32  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
  33  * add "unique" command to samtools.pl
  34
  35 ------------------------------------------------------------------------
  36 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 14:04:19 +0100 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
  37 Changed paths:
  38    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
  39
  40 skip @header lines in SAM
  41
  42 ------------------------------------------------------------------------
  43 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 12:42:38 +0100 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
  44 Changed paths:
  45    M /trunk/samtools/bamtk.c
  46    M /trunk/samtools/sam_view.c
  47
  48  * samtools-0.1.5-14 (r417)
  49  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
  50
  51 ------------------------------------------------------------------------
  52 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 12:34:30 +0100 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
  53 Changed paths:
  54    M /trunk/samtools/bam.c
  55    M /trunk/samtools/bam.h
  56    M /trunk/samtools/bam_import.c
  57    M /trunk/samtools/bamtk.c
  58    M /trunk/samtools/sam.c
  59    M /trunk/samtools/sam.h
  60    M /trunk/samtools/sam_view.c
  61
  62  * samtools-0.1.5-17 (r416)
  63  * support import/export SAM with string tags
  64
  65 ------------------------------------------------------------------------
  66 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 11:39:26 +0100 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
  67 Changed paths:
  68    M /trunk/samtools/bam.c
  69    M /trunk/samtools/bam.h
  70    M /trunk/samtools/bam_import.c
  71    M /trunk/samtools/bamtk.c
  72    M /trunk/samtools/sam.c
  73    M /trunk/samtools/sam.h
  74    M /trunk/samtools/sam_view.c
  75
  76  * samtools-0.1.5-12 (r415)
  77  * FLAG now can be in HEX
  78
  79 ------------------------------------------------------------------------
  80 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 22:03:49 +0100 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
  81 Changed paths:
  82    M /trunk/samtools/kstring.h
  83
  84 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
  85
  86 ------------------------------------------------------------------------
  87 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 22:19:40 +0100 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
  88 Changed paths:
  89    M /trunk/samtools/kstring.c
  90    M /trunk/samtools/kstring.h
  91
  92 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
  93
  94 ------------------------------------------------------------------------
  95 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 17:10:20 +0100 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
  96 Changed paths:
  97    M /trunk/samtools/bam_index.c
  98
  99 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
 100
 101 ------------------------------------------------------------------------
 102 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 15:29:21 +0100 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
 103 Changed paths:
 104    M /trunk/samtools/bam_md.c
 105    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 106    M /trunk/samtools/bamtk.c
 107    M /trunk/samtools/bgzf.c
 108
 109  * samtools-0.1.5-11 (r408)
 110  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
 111    from fillmd.
 112  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
 113
 114 ------------------------------------------------------------------------
 115 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 14:46:56 +0100 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
 116 Changed paths:
 117    M /trunk/samtools/bam.h
 118    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 119    M /trunk/samtools/bam_md.c
 120    M /trunk/samtools/bamtk.c
 121    M /trunk/samtools/sam.h
 122
 123  * samtools-0.1.5-10 (r407)
 124  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
 125  * fillmd: generate the NM tag
 126  * fillmd: cmd interface improvement
 127
 128 ------------------------------------------------------------------------
 129 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 23:30:40 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
 130 Changed paths:
 131    M /trunk/samtools/Makefile
 132
 133 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
 134
 135 ------------------------------------------------------------------------
 136 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 23:30:11 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 137 Changed paths:
 138    M /trunk/samtools/Makefile
 139    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 140    M /trunk/samtools/bamtk.c
 141
 142  * samtools-0.1.5-9 (r405)
 143  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
 144
 145 ------------------------------------------------------------------------
 146 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 23:23:52 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 147 Changed paths:
 148    M /trunk/samtools/Makefile
 149    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 150    M /trunk/samtools/bamtk.c
 151
 152  * samtools-0.1.5-8 (r404)
 153  * compatible with PDCurses
 154
 155 ------------------------------------------------------------------------
 156 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 22:39:39 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 157 Changed paths:
 158    M /trunk/samtools/bamtk.c
 159    M /trunk/samtools/kseq.h
 160
 161  * samtools-0.1.5-7 (r403)
 162  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
 163
 164 ------------------------------------------------------------------------
 165 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 11:49:53 +0100 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
 166 Changed paths:
 167    M /trunk/samtools/bam_import.c
 168    M /trunk/samtools/bam_index.c
 169    M /trunk/samtools/bamtk.c
 170    M /trunk/samtools/bgzf.c
 171
 172  * samtools-0.1.5-6 (r402)
 173  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
 174  * improve portability to MinGW
 175
 176 ------------------------------------------------------------------------
 177 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 10:21:36 +0100 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
 178 Changed paths:
 179    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
 180    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
 181    D /trunk/samtools/bam_lite.c
 182
 183  * move bam_lite.c to bam-lite
 184  * copy bam.h to bam-lite
 185
 186 ------------------------------------------------------------------------
 187 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 10:12:57 +0100 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
 188 Changed paths:
 189    M /trunk/samtools/bam.h
 190    M /trunk/samtools/bam_lite.c
 191    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 192    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 193    M /trunk/samtools/bamtk.c
 194
 195  * samtools-0.1.5-5 (r395)
 196  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
 197
 198 ------------------------------------------------------------------------
 199 r394 | lh3lh3 | 2009-07-13 00:35:10 +0100 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
 200 Changed paths:
 201    M /trunk/samtools/bamtk.c
 202    M /trunk/samtools/knetfile.c
 203    M /trunk/samtools/knetfile.h
 204
 205  * samtools-0.1.5-4 (r394)
 206  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
 207
 208 ------------------------------------------------------------------------
 209 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 23:57:07 +0100 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
 210 Changed paths:
 211    M /trunk/samtools/bam_index.c
 212    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 213    M /trunk/samtools/bamtk.c
 214    M /trunk/samtools/knetfile.c
 215    M /trunk/samtools/knetfile.h
 216
 217  * samtools-0.1.5-3 (r393)
 218  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
 219  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
 220    not seen the sideeffect so far.
 221
 222 ------------------------------------------------------------------------
 223 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:50:55 +0100 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
 224 Changed paths:
 225    M /trunk/samtools/samtools.1
 226
 227 Remove the warning in tview
 228
 229 ------------------------------------------------------------------------
 230 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:42:43 +0100 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
 231 Changed paths:
 232    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 233    M /trunk/samtools/bamtk.c
 234
 235  * samtools-0.1.5-2 (r391)
 236  * do not show a blank screen when no reads mapped
 237
 238 ------------------------------------------------------------------------
 239 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 14:01:42 +0100 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
 240 Changed paths:
 241    M /trunk/samtools/bam.h
 242    A /trunk/samtools/bam_lite.c
 243    M /trunk/samtools/bamtk.c
 244
 245  * samtools-0.1.5-1 (r390)
 246  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
 247  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
 248
 249 ------------------------------------------------------------------------
 250 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 16:53:29 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 251 Changed paths:
 252    M /trunk/samtools/bamtk.c
 253    M /trunk/samtools/knetfile.c
 254
 255 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
 256
 257 ------------------------------------------------------------------------
 258 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:39:55 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 259 Changed paths:
 260    M /trunk/samtools/bamtk.c
 261    M /trunk/samtools/sam.c
 262
 263 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
 264
 265 ------------------------------------------------------------------------
 266 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:20:06 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 267 Changed paths:
 268    M /trunk/samtools/Makefile
 269    M /trunk/samtools/bam.h
 270    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 271    M /trunk/samtools/bamtk.c
 272
 273 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
 274
 275 ------------------------------------------------------------------------
 276 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 10:26:57 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 277 Changed paths:
 278    M /trunk/samtools/ChangeLog
 279    M /trunk/samtools/NEWS
 280    M /trunk/samtools/bamtk.c
 281    M /trunk/samtools/samtools.1
 282
 283 Release samtools-0.1.5
 284
 285 ------------------------------------------------------------------------
 286 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 09:49:27 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
 287 Changed paths:
 288    M /trunk/samtools/bamtk.c
 289    M /trunk/samtools/sam.c
 290
 291  * samtools-0.1.4-23 (r372)
 292  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
 293
 294 ------------------------------------------------------------------------
 295 r371 | lh3lh3 | 2009-07-07 01:13:32 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 296 Changed paths:
 297    M /trunk/samtools/samtools.1
 298
 299 update documentation
 300
 301 ------------------------------------------------------------------------
 302 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 22:24:34 +0100 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
 303 Changed paths:
 304    M /trunk/samtools/Makefile
 305
 306 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
 307
 308 ------------------------------------------------------------------------
 309 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 13:36:53 +0100 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
 310 Changed paths:
 311    M /trunk/samtools/ChangeLog
 312    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 313    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 314    M /trunk/samtools/bamtk.c
 315
 316  * samtools-0.1.4-22 (r369)
 317  * in pileup, optionally print E2 and U2
 318  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
 319
 320 ------------------------------------------------------------------------
 321 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 11:32:26 +0100 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
 322 Changed paths:
 323    M /trunk/samtools/bam.c
 324    M /trunk/samtools/bam.h
 325    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 326    M /trunk/samtools/bam_index.c
 327    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 328    M /trunk/samtools/bam_md.c
 329    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 330    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 331    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 332    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 333    M /trunk/samtools/bamtk.c
 334    M /trunk/samtools/faidx.c
 335    M /trunk/samtools/faidx.h
 336    M /trunk/samtools/glf.c
 337
 338  * samtools-0.1.4-21 (r368)
 339  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
 340    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
 341    inconsistency. I was just a bit lazy.
 342  * small memory leak may be present on failure, though
 343
 344 ------------------------------------------------------------------------
 345 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 16:18:42 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
 346 Changed paths:
 347    M /trunk/samtools/knetfile.c
 348
 349 reduce the chance of blocking in FTP connection
 350
 351 ------------------------------------------------------------------------
 352 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 15:35:21 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
 353 Changed paths:
 354    M /trunk/samtools/knetfile.c
 355
 356 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
 357
 358 ------------------------------------------------------------------------
 359 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 14:04:30 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
 360 Changed paths:
 361    M /trunk/samtools/bam_index.c
 362    M /trunk/samtools/bamtk.c
 363    M /trunk/samtools/knetfile.c
 364    M /trunk/samtools/knetfile.h
 365
 366  * samtools-0.1.4-20 (r365)
 367  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
 368
 369 ------------------------------------------------------------------------
 370 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 12:39:07 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
 371 Changed paths:
 372    M /trunk/samtools/bamtk.c
 373    M /trunk/samtools/knetfile.c
 374
 375  * samtools-0.1.4-19 (r364)
 376  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
 377
 378 ------------------------------------------------------------------------
 379 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 23:23:32 +0100 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
 380 Changed paths:
 381    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 382    M /trunk/samtools/bamtk.c
 383    M /trunk/samtools/bgzf.c
 384    M /trunk/samtools/bgzf.h
 385    M /trunk/samtools/knetfile.c
 386    M /trunk/samtools/knetfile.h
 387
 388  * samtools-0.1.4-18 (r363)
 389  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
 390  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
 391
 392 ------------------------------------------------------------------------
 393 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 21:04:34 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
 394 Changed paths:
 395    M /trunk/samtools/bgzf.c
 396
 397 write changelog
 398
 399 ------------------------------------------------------------------------
 400 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 21:03:10 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
 401 Changed paths:
 402    M /trunk/samtools/bam_index.c
 403    M /trunk/samtools/bamtk.c
 404
 405  * samtools-0.1.4-17 (r361)
 406  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
 407
 408 ------------------------------------------------------------------------
 409 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 20:44:52 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
 410 Changed paths:
 411    M /trunk/samtools/Makefile
 412    M /trunk/samtools/bam_import.c
 413    M /trunk/samtools/bam_index.c
 414    M /trunk/samtools/bamtk.c
 415    M /trunk/samtools/bgzf.c
 416    M /trunk/samtools/bgzf.h
 417    M /trunk/samtools/knetfile.c
 418    M /trunk/samtools/knetfile.h
 419
 420  * samtools-0.1.4-16 (r360)
 421  * report more information in index when the input is not sorted
 422  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
 423  * support knetfile library in BGZF
 424
 425 ------------------------------------------------------------------------
 426 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 17:10:55 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
 427 Changed paths:
 428    M /trunk/samtools/knetfile.c
 429    M /trunk/samtools/knetfile.h
 430
 431 fixed bugs in knetfile.*
 432
 433 ------------------------------------------------------------------------
 434 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 13:53:19 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
 435 Changed paths:
 436    A /trunk/samtools/knetfile.h
 437
 438 this is the header file
 439
 440 ------------------------------------------------------------------------
 441 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 13:52:03 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
 442 Changed paths:
 443    A /trunk/samtools/knetfile.c
 444
 445  * open a file at FTP
 446  * preliminary version
 447
 448 ------------------------------------------------------------------------
 449 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 14:02:25 +0100 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
 450 Changed paths:
 451    M /trunk/samtools/bam.c
 452    M /trunk/samtools/bamtk.c
 453
 454  * samtools-0.1.4-15 (r354)
 455  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
 456
 457 ------------------------------------------------------------------------
 458 r351 | lh3lh3 | 2009-06-18 00:16:26 +0100 (Thu, 18 Jun 2009) | 4 lines
 459 Changed paths:
 460    M /trunk/samtools/bamtk.c
 461    M /trunk/samtools/faidx.c
 462
 463  * samtools-0.1.4-13 (r351)
 464  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
 465  * hope this does not introduce new bugs...
 466
 467 ------------------------------------------------------------------------
 468 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 14:37:01 +0100 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
 469 Changed paths:
 470    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 471    M /trunk/samtools/bamtk.c
 472
 473  * samtools-0.1.4-13 (r350)
 474  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
 475
 476 ------------------------------------------------------------------------
 477 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 21:20:49 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
 478 Changed paths:
 479    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 480    M /trunk/samtools/bamtk.c
 481    M /trunk/samtools/sam_view.c
 482
 483  * samtools-0.1.4-12 (r347)
 484  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
 485
 486 ------------------------------------------------------------------------
 487 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 17:52:31 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
 488 Changed paths:
 489    M /trunk/samtools/Makefile
 490    M /trunk/samtools/bamtk.c
 491    M /trunk/samtools/sam_view.c
 492    M /trunk/samtools/samtools.1
 493
 494  * samtools-0.1.4-11 (r346)
 495  * allow to select a read group at view command-line
 496
 497 ------------------------------------------------------------------------
 498 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 14:06:24 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 499 Changed paths:
 500    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 501
 502 added more comments
 503
 504 ------------------------------------------------------------------------
 505 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 14:01:22 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 506 Changed paths:
 507    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 508
 509 nothing really
 510
 511 ------------------------------------------------------------------------
 512 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 13:58:48 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 513 Changed paths:
 514    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 515    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 516
 517 added an example of calculating read depth
 518
 519 ------------------------------------------------------------------------
 520 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 13:00:08 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
 521 Changed paths:
 522    M /trunk/samtools/Makefile
 523    M /trunk/samtools/bam.h
 524    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 525    A /trunk/samtools/bam_color.c
 526    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 527    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 528    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 529    M /trunk/samtools/bamtk.c
 530    M /trunk/samtools/sam.c
 531    M /trunk/samtools/sam.h
 532
 533  * samtools-0.1.4-10 (r341)
 534  * only include key APIs in libbam.a
 535  * move color-specific routines to bam_color.c
 536  * update documentations
 537  * remove the support of -q in pileup
 538
 539 ------------------------------------------------------------------------
 540 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 11:17:14 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
 541 Changed paths:
 542    M /trunk/samtools/INSTALL
 543    M /trunk/samtools/Makefile
 544    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 545    M /trunk/samtools/bam_import.c
 546    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 547    M /trunk/samtools/bamtk.c
 548    M /trunk/samtools/razf.c
 549    M /trunk/samtools/sam_view.c
 550
 551  * samtools-0.1.4-9 (r340)
 552  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
 553  * fixed a compilation warning
 554  * fixed a segfault caused by @RG parsing
 555  * detect NCURSES in bam_tview.c
 556
 557 ------------------------------------------------------------------------
 558 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 10:35:19 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 559 Changed paths:
 560    M /trunk/samtools/INSTALL
 561
 562 update INSTALL
 563
 564 ------------------------------------------------------------------------
 565 r338 | lh3lh3 | 2009-06-13 00:15:24 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 4 lines
 566 Changed paths:
 567    M /trunk/samtools/bam.c
 568    M /trunk/samtools/bam.h
 569    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 570    M /trunk/samtools/bam_import.c
 571    M /trunk/samtools/bamtk.c
 572    M /trunk/samtools/kstring.h
 573    M /trunk/samtools/sam.c
 574    M /trunk/samtools/sam_view.c
 575
 576  * samtools-0.1.4-8 (r338)
 577  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
 578    command line
 579
 580 ------------------------------------------------------------------------
 581 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 21:25:50 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
 582 Changed paths:
 583    M /trunk/samtools/bamtk.c
 584    M /trunk/samtools/bgzf.c
 585    M /trunk/samtools/bgzf.h
 586    M /trunk/samtools/sam.c
 587    M /trunk/samtools/sam_view.c
 588
 589  * samtools-0.1.4-7 (r337)
 590  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
 591  * "samtools view" support "-u" command-line option
 592
 593 ------------------------------------------------------------------------
 594 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 17:20:12 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
 595 Changed paths:
 596    M /trunk/samtools/Makefile
 597    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 598    M /trunk/samtools/razf.c
 599    M /trunk/samtools/razf.h
 600    M /trunk/samtools/razip.c
 601
 602  * no changes to samtools itself
 603  * remove zlib source codes
 604  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
 605  * on old version of zlib, writing is not available
 606
 607 ------------------------------------------------------------------------
 608 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:47:33 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 609 Changed paths:
 610    D /trunk/samtools/zlib
 611
 612 remove zlib for simplification...
 613
 614 ------------------------------------------------------------------------
 615 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:43:36 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
 616 Changed paths:
 617    M /trunk/samtools/bam.h
 618    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 619    M /trunk/samtools/bamtk.c
 620
 621  * samtools-0.1.4-6 (r334)
 622  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
 623    been implemented in that.
 624  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
 625
 626 ------------------------------------------------------------------------
 627 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:33:42 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 628 Changed paths:
 629    M /trunk/samtools/ChangeLog
 630
 631 update ChangeLog
 632
 633 ------------------------------------------------------------------------
 634 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:21:21 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 635 Changed paths:
 636    M /trunk/samtools/AUTHORS
 637    M /trunk/samtools/Makefile
 638    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 639
 640 fixed minor things in Makefile
 641
 642 ------------------------------------------------------------------------
 643 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:07:05 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
 644 Changed paths:
 645    M /trunk/samtools/bamtk.c
 646
 647  * samtools-0.1.4-5 (r3310
 648  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
 649    changes in the Makefile building system.
 650
 651 ------------------------------------------------------------------------
 652 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:03:38 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 653 Changed paths:
 654    M /trunk/samtools/AUTHORS
 655    D /trunk/samtools/README
 656
 657 update information...
 658
 659 ------------------------------------------------------------------------
 660 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:52:21 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
 661 Changed paths:
 662    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 663
 664  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
 665  * this version works with indels
 666
 667 ------------------------------------------------------------------------
 668 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:50:53 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
 669 Changed paths:
 670    M /trunk/samtools/INSTALL
 671    M /trunk/samtools/Makefile
 672    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 673    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
 674
 675  * update Makefile
 676  * update INSTALL instruction
 677
 678 ------------------------------------------------------------------------
 679 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:18:29 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
 680 Changed paths:
 681    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
 682    D /trunk/samtools/Makefile.am
 683    D /trunk/samtools/Makefile.generic
 684    D /trunk/samtools/Makefile.lite
 685    D /trunk/samtools/autogen.sh
 686    D /trunk/samtools/cleanup.sh
 687    D /trunk/samtools/configure.ac
 688    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
 689    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
 690    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
 691    M /trunk/samtools/razf.c
 692    A /trunk/samtools/zlib
 693    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
 694    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
 695    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
 696    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
 697    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
 698    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
 699    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
 700    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
 701    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
 702    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
 703    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
 704    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
 705    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
 706    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
 707    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
 708    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
 709    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
 710    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
 711    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
 712    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
 713    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
 714    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
 715    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
 716    D /trunk/samtools/zutil.h
 717
 718  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
 719  * prepare to changed back to the Makefile building system
 720  * unfinished! (will be soon)
 721
 722 ------------------------------------------------------------------------
 723 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:12:03 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 724 Changed paths:
 725    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 726
 727 Unfinished
 728
 729 ------------------------------------------------------------------------
 730 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 16:27:59 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
 731 Changed paths:
 732    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 733    M /trunk/samtools/bamtk.c
 734
 735  * samtools-0.1.4-4 (r325)
 736  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
 737
 738 ------------------------------------------------------------------------
 739 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 15:56:17 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
 740 Changed paths:
 741    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 742    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 743    M /trunk/samtools/bamtk.c
 744    M /trunk/samtools/sam.c
 745    M /trunk/samtools/sam.h
 746
 747  * samtools-0.1.4-3 (r324)
 748  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
 749  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
 750
 751 ------------------------------------------------------------------------
 752 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:04:21 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
 753 Changed paths:
 754    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 755
 756  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
 757  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
 758
 759 ------------------------------------------------------------------------
 760 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:03:22 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
 761 Changed paths:
 762    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 763
 764 fixed a typo
 765
 766 ------------------------------------------------------------------------
 767 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 09:21:48 +0100 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
 768 Changed paths:
 769    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 770
 771 just typo. no real change
 772
 773 ------------------------------------------------------------------------
 774 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:32:51 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
 775 Changed paths:
 776    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 777
 778 a little bit code cleanup
 779
 780 ------------------------------------------------------------------------
 781 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:22:33 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
 782 Changed paths:
 783    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 784
 785  * samtools.pl-0.3.1
 786  * change default parameters
 787  * optionally print filtered variants
 788
 789 ------------------------------------------------------------------------
 790 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:14:26 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
 791 Changed paths:
 792    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 793
 794  * samtools.pl-0.3.0
 795  * combine snpFilter and indelFilter
 796
 797 ------------------------------------------------------------------------
 798 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 11:31:42 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
 799 Changed paths:
 800    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 801
 802  * samtools.pl-0.2.3
 803  * change a default parameter
 804
 805 ------------------------------------------------------------------------
 806 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 11:11:06 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
 807 Changed paths:
 808    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 809    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 810    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 811    M /trunk/samtools/bamtk.c
 812    M /trunk/samtools/sam.c
 813
 814  * samtools-0.1.4-2 (r316)
 815  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
 816  * pileup: always calculate RMS mapq
 817  * pileup: allow to output variant sites only
 818
 819 ------------------------------------------------------------------------
 820 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 13:01:10 +0100 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
 821 Changed paths:
 822    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 823
 824  * samtools.pl-0.2.2
 825  * added pileup2fq
 826
 827 ------------------------------------------------------------------------
 828 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 09:40:40 +0100 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
 829 Changed paths:
 830    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 831
 832  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
 833
 834 ------------------------------------------------------------------------
 835 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 14:35:13 +0100 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
 836 Changed paths:
 837    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 838
 839  * samtools.pl-0.2.1
 840  * fixed a typo
 841
 842 ------------------------------------------------------------------------
 843 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 14:04:39 +0100 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
 844 Changed paths:
 845    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 846
 847  * samtools.pl-0.2.0
 848  * snpFilter
 849
 850 ------------------------------------------------------------------------
 851 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:49:35 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
 852 Changed paths:
 853    M /trunk/samtools/bgzf.c
 854
 855  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
 856  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
 857
 858 ------------------------------------------------------------------------
 859 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:16:08 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
 860 Changed paths:
 861    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
 862
 863 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
 864
 865 ------------------------------------------------------------------------
 866 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:08:49 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
 867 Changed paths:
 868    M /trunk/samtools/bamtk.c
 869    M /trunk/samtools/sam.c
 870
 871  * samtools-0.1.4-1 (r304)
 872  * fixed a minor bug in printing headers
 873
 874 ------------------------------------------------------------------------
 875 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 16:06:16 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
 876 Changed paths:
 877    M /trunk/samtools/ChangeLog
 878    M /trunk/samtools/NEWS
 879    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 880    M /trunk/samtools/bamtk.c
 881    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 882    M /trunk/samtools/samtools.1
 883
 884 Release samtools-0.1.4
 885
 886 ------------------------------------------------------------------------
 887 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 12:53:14 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
 888 Changed paths:
 889    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 890    M /trunk/samtools/bamtk.c
 891
 892  * samtools-0.1.3-24 (r296)
 893  * another similar bug in the indel caller
 894
 895 ------------------------------------------------------------------------
 896 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 12:50:28 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
 897 Changed paths:
 898    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 899    M /trunk/samtools/bamtk.c
 900
 901  * samtools-0.1.3-23 (r295)
 902  * fixed a critical bug in the indel caller
 903
 904 ------------------------------------------------------------------------
 905 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 13:00:20 +0100 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
 906 Changed paths:
 907    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 908
 909 added a missing header file
 910
 911 ------------------------------------------------------------------------
 912 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 23:44:25 +0100 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
 913 Changed paths:
 914    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 915    M /trunk/samtools/bamtk.c
 916
 917  * samtools-0.1.3-22 (r293)
 918  * open tview in the dot-view mode by default
 919
 920 ------------------------------------------------------------------------
 921 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 21:01:23 +0100 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
 922 Changed paths:
 923    M /trunk/samtools/samtools.1
 924
 925 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
 926 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
 927 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
 928 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
 929
 930
 931 ------------------------------------------------------------------------
 932 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 15:23:13 +0100 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
 933 Changed paths:
 934    M /trunk/samtools/bam.h
 935    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 936    M /trunk/samtools/bamtk.c
 937
 938  * samtools-0.1.3-21 (286)
 939  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
 940
 941 ------------------------------------------------------------------------
 942 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 10:07:55 +0100 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
 943 Changed paths:
 944    M /trunk/samtools/bam.h
 945    M /trunk/samtools/bam_index.c
 946    M /trunk/samtools/bamtk.c
 947
 948  * samtools-0.1.3-20 (r276)
 949  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
 950    make it work with the latest SVN.
 951  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
 952
 953 ------------------------------------------------------------------------
 954 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 21:14:10 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
 955 Changed paths:
 956    M /trunk/samtools/ChangeLog
 957    M /trunk/samtools/bam.h
 958    M /trunk/samtools/bamtk.c
 959
 960  * samtools-0.1.3-19 (r275)
 961  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
 962    backward compatibility with Bio::DB::Sam
 963
 964 ------------------------------------------------------------------------
 965 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:28:39 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
 966 Changed paths:
 967    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 968    M /trunk/samtools/bamtk.c
 969
 970  * samtools-0.1.3-18 (r273)
 971  * rmdupse: do not remove unmapped reads
 972
 973 ------------------------------------------------------------------------
 974 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:20:00 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
 975 Changed paths:
 976    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 977
 978 change a parameter. It does nothing
 979
 980 ------------------------------------------------------------------------
 981 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:17:58 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
 982 Changed paths:
 983    M /trunk/samtools/Makefile.am
 984    M /trunk/samtools/Makefile.generic
 985    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 986    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 987    M /trunk/samtools/bamtk.c
 988    M /trunk/samtools/configure.ac
 989
 990  * samtools-0.1.3-17 (r271)
 991  * added 'rmdupse' command
 992
 993 ------------------------------------------------------------------------
 994 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:31:41 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 995 Changed paths:
 996    M /trunk/samtools/bamtk.c
 997    M /trunk/samtools/sam_view.c
 998
 999  * samtools-0.1.3-16 (r267)
1000  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
1001
1002 ------------------------------------------------------------------------
1003 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:23:27 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1004 Changed paths:
1005    M /trunk/samtools/bam_import.c
1006    M /trunk/samtools/bamtk.c
1007
1008  * samtools-0.1.3-15 (r266)
1009  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
1010
1011 ------------------------------------------------------------------------
1012 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:09:00 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1013 Changed paths:
1014    M /trunk/samtools/bam.h
1015    M /trunk/samtools/bam_import.c
1016    M /trunk/samtools/bamtk.c
1017    M /trunk/samtools/sam.c
1018    M /trunk/samtools/sam_view.c
1019
1020  * samtools-0.1.3-14 (r262)
1021  * make samopen() recognize @SQ header lines
1022
1023 ------------------------------------------------------------------------
1024 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:10:30 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1025 Changed paths:
1026    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1027    M /trunk/samtools/bamtk.c
1028    M /trunk/samtools/bgzf.c
1029    M /trunk/samtools/sam.c
1030    M /trunk/samtools/sam_view.c
1031
1032  * samtools-0.1.3-13 (r260)
1033  * report error for file I/O error
1034
1035 ------------------------------------------------------------------------
1036 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:01:16 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
1037 Changed paths:
1038    M /trunk/samtools/Makefile.am
1039
1040 update Makefile.am
1041
1042 ------------------------------------------------------------------------
1043 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:52:25 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1044 Changed paths:
1045    M /trunk/samtools/bam.h
1046    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1047    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1048    M /trunk/samtools/bamtk.c
1049    M /trunk/samtools/sam.c
1050    M /trunk/samtools/sam.h
1051
1052  * samtools-0.1.3-12 (r259)
1053  * use the new I/O interface in pileup
1054
1055 ------------------------------------------------------------------------
1056 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:33:22 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1057 Changed paths:
1058    M /trunk/samtools/Makefile.generic
1059    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1060    M /trunk/samtools/bam.c
1061    M /trunk/samtools/bam.h
1062    M /trunk/samtools/bam_import.c
1063    M /trunk/samtools/bamtk.c
1064    A /trunk/samtools/sam.c
1065    A /trunk/samtools/sam.h
1066    A /trunk/samtools/sam_view.c
1067
1068  * samtools-0.1.3-11 (r258)
1069  * unify the interface to BAM and SAM I/O
1070
1071 ------------------------------------------------------------------------
1072 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:53:35 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1073 Changed paths:
1074    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1075    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1076    M /trunk/samtools/bamtk.c
1077
1078  * samtools-0.1.3-10 (r257)
1079  * allow hex with "pileup -m"
1080
1081 ------------------------------------------------------------------------
1082 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 19:16:50 +0100 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
1083 Changed paths:
1084    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1085    M /trunk/samtools/bamtk.c
1086
1087  * samtools-0.1.3-9 (r256)
1088  * fixed a bug in bam_lpileup.c
1089  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
1090
1091 ------------------------------------------------------------------------
1092 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:53:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
1093 Changed paths:
1094    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1095    M /trunk/samtools/bamtk.c
1096
1097  * samtools-0.1.3-8 (r251)
1098  * fixed a bug when there are reads without coordinates
1099
1100 ------------------------------------------------------------------------
1101 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:43:33 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1102 Changed paths:
1103    A /trunk/samtools/AUTHORS
1104    A /trunk/samtools/README
1105    M /trunk/samtools/cleanup.sh
1106
1107 added missing files
1108
1109 ------------------------------------------------------------------------
1110 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:37:16 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1111 Changed paths:
1112    M /trunk/samtools/Makefile.generic
1113    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1114    M /trunk/samtools/configure.ac
1115    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
1116
1117 improve large file support in compilation
1118
1119 ------------------------------------------------------------------------
1120 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:33:24 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1121 Changed paths:
1122    M /trunk/samtools/INSTALL
1123
1124 update INSTALL
1125
1126 ------------------------------------------------------------------------
1127 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:28:50 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1128 Changed paths:
1129    M /trunk/samtools/Makefile.am
1130    M /trunk/samtools/autogen.sh
1131    M /trunk/samtools/cleanup.sh
1132    M /trunk/samtools/configure.ac
1133    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
1134
1135 fixed various issues about the GNU building scripts
1136
1137 ------------------------------------------------------------------------
1138 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:10:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
1139 Changed paths:
1140    M /trunk/samtools/ChangeLog
1141    D /trunk/samtools/Makefile
1142    A /trunk/samtools/Makefile.am
1143    A /trunk/samtools/Makefile.generic
1144    A /trunk/samtools/autogen.sh
1145    M /trunk/samtools/bam.h
1146    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1147    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1148    M /trunk/samtools/bamtk.c
1149    A /trunk/samtools/cleanup.sh
1150    A /trunk/samtools/configure.ac
1151    D /trunk/samtools/misc/Makefile
1152    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
1153
1154  * samtools-0.1.3-7 (r246)
1155  * incorporated revisions from Nils Homer
1156  * enhanced support of displaying color-space reads
1157
1158 ------------------------------------------------------------------------
1159 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 11:49:40 +0100 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
1160 Changed paths:
1161    M /trunk/samtools/bam_md.c
1162    M /trunk/samtools/bamtk.c
1163
1164  * samtools-0.1.3-6 (r244)
1165  * fixed segfault for unmapped reads
1166
1167 ------------------------------------------------------------------------
1168 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 21:27:26 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
1169 Changed paths:
1170    M /trunk/samtools/bam.h
1171    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1172    M /trunk/samtools/bam_md.c
1173    M /trunk/samtools/bamtk.c
1174
1175  * samtools-0.1.3-5 (r243)
1176  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
1177  * check MD
1178  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
1179
1180 ------------------------------------------------------------------------
1181 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 20:44:46 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
1182 Changed paths:
1183    M /trunk/samtools/bam_md.c
1184    M /trunk/samtools/bamtk.c
1185
1186  * samtools-0.1.3-4 (r242)
1187  * fixed a memory leak
1188
1189 ------------------------------------------------------------------------
1190 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:40:18 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
1191 Changed paths:
1192    M /trunk/samtools/Makefile
1193    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1194    M /trunk/samtools/bam.h
1195    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1196    A /trunk/samtools/bam_md.c
1197    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1198    M /trunk/samtools/bamtk.c
1199
1200  * samtools-0.1.3-3 (r240)
1201  * generate MD tag
1202  * generate "=" bases
1203  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
1204
1205 ------------------------------------------------------------------------
1206 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 12:08:20 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
1207 Changed paths:
1208    M /trunk/samtools/bam.h
1209    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1210    M /trunk/samtools/bamtk.c
1211
1212  * samtools-0.1.3-2 (r239)
1213  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
1214  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
1215  * added tagview for testing bam_aux
1216
1217 ------------------------------------------------------------------------
1218 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 23:17:39 +0100 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
1219 Changed paths:
1220    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1221    M /trunk/samtools/bamtk.c
1222
1223  * samtools-0.1.3-1
1224  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
1225
1226 ------------------------------------------------------------------------
1227 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 15:25:43 +0100 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
1228 Changed paths:
1229    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1230
1231 a missing file in Makefile.lite
1232
1233 ------------------------------------------------------------------------
1234 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 22:02:53 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
1235 Changed paths:
1236    M /trunk/samtools/NEWS
1237    M /trunk/samtools/bamtk.c
1238
1239 Release samtools-0.1.3
1240
1241 ------------------------------------------------------------------------
1242 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:31:32 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
1243 Changed paths:
1244    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1245    M /trunk/samtools/bamtk.c
1246
1247  * samtools-0.1.2-28
1248  * make samtools more robust to weird input such as empty file
1249
1250 ------------------------------------------------------------------------
1251 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:05:33 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
1252 Changed paths:
1253    M /trunk/samtools/ChangeLog
1254    M /trunk/samtools/NEWS
1255    M /trunk/samtools/samtools.1
1256
1257 prepare for release 0.1.3
1258
1259 ------------------------------------------------------------------------
1260 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:32:14 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
1261 Changed paths:
1262    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
1263
1264 convert NCBI-BLASTN to SAM
1265
1266 ------------------------------------------------------------------------
1267 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:18:19 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
1268 Changed paths:
1269    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1270    M /trunk/samtools/bamtk.c
1271
1272  * samtools-0.1.2-27
1273  * fixed a small memory leak in tview
1274
1275 ------------------------------------------------------------------------
1276 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:00:08 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
1277 Changed paths:
1278    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1279    M /trunk/samtools/bamtk.c
1280
1281  * samtools-0.1.2-26
1282  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
1283
1284 ------------------------------------------------------------------------
1285 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:28:58 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
1286 Changed paths:
1287    M /trunk/samtools/ChangeLog
1288    M /trunk/samtools/NEWS
1289
1290 proposed NEWS for the new release (have not yet)
1291
1292 ------------------------------------------------------------------------
1293 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:10:46 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
1294 Changed paths:
1295    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1296
1297  * samtools.pl-0.1.1
1298  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
1299    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
1300
1301 ------------------------------------------------------------------------
1302 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:04:19 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
1303 Changed paths:
1304    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1305    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1306    M /trunk/samtools/bamtk.c
1307    M /trunk/samtools/samtools.1
1308
1309  * samtools-0.1.2-25
1310  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
1311    containing indels
1312
1313 ------------------------------------------------------------------------
1314 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 12:07:13 +0100 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
1315 Changed paths:
1316    M /trunk/samtools/ChangeLog
1317
1318 update ChangeLog from "svn log"
1319
1320 ------------------------------------------------------------------------
1321 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:57:05 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
1322 Changed paths:
1323    M /trunk/samtools/bam.c
1324    M /trunk/samtools/bam_import.c
1325    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1326    M /trunk/samtools/bamtk.c
1327    M /trunk/samtools/kseq.h
1328
1329  * samtools-0.1.2-24
1330  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
1331  * allow empty header
1332
1333 ------------------------------------------------------------------------
1334 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:32:44 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
1335 Changed paths:
1336    M /trunk/samtools/bam.c
1337    M /trunk/samtools/bam_import.c
1338    M /trunk/samtools/bamtk.c
1339
1340  * samtools-0.1.2-23
1341  * recognize '*' at the QUAL field
1342
1343 ------------------------------------------------------------------------
1344 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:08:02 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
1345 Changed paths:
1346    M /trunk/samtools/bam_import.c
1347    M /trunk/samtools/bamtk.c
1348    M /trunk/samtools/kseq.h
1349
1350  * samtools-0.1.2-22
1351  * the field separater is TAB only, now
1352
1353 ------------------------------------------------------------------------
1354 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:18:03 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
1355 Changed paths:
1356    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
1357
1358  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
1359
1360 ------------------------------------------------------------------------
1361 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:15:05 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
1362 Changed paths:
1363    M /trunk/samtools/bam_mate.c
1364    M /trunk/samtools/bamtk.c
1365    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1366
1367  * samtools-0.1.2-21
1368  * fixed a nasty bug in `fixmate'
1369
1370 ------------------------------------------------------------------------
1371 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:57:08 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
1372 Changed paths:
1373    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
1374    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1375    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1376
1377 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
1378
1379 ------------------------------------------------------------------------
1380 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:14:56 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
1381 Changed paths:
1382    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1383    M /trunk/samtools/bamtk.c
1384
1385  * samtools-0.1.2-20
1386  * check if file is truncated in flagstat
1387
1388 ------------------------------------------------------------------------
1389 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:09:10 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
1390 Changed paths:
1391    M /trunk/samtools/bamtk.c
1392
1393  * samtools-0.1.2-19
1394  * print the header if requested
1395
1396 ------------------------------------------------------------------------
1397 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 15:09:50 +0000 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
1398 Changed paths:
1399    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1400    M /trunk/samtools/bamtk.c
1401
1402  * samtools-0.1.2-18
1403  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
1404
1405 ------------------------------------------------------------------------
1406 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 11:50:32 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
1407 Changed paths:
1408    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
1409    D /trunk/samtools/Makefile.std
1410    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
1411    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
1412
1413 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
1414
1415 ------------------------------------------------------------------------
1416 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:36:38 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
1417 Changed paths:
1418    D /trunk/samtools/Makefile
1419    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
1420    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1421    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1422    M /trunk/samtools/bamtk.c
1423    D /trunk/samtools/misc/Makefile
1424    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
1425    M /trunk/samtools/samtools.1
1426
1427  * samtools-0.1.2-17
1428  * incorporating Nils' changes
1429  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
1430
1431 ------------------------------------------------------------------------
1432 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:30:23 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
1433 Changed paths:
1434    M /trunk/samtools/Makefile
1435    M /trunk/samtools/bam_import.c
1436    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1437    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1438    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1439    M /trunk/samtools/bamtk.c
1440    M /trunk/samtools/kseq.h
1441    A /trunk/samtools/kstring.c
1442    A /trunk/samtools/kstring.h
1443
1444  * samtools-0.1.2-16
1445  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
1446  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
1447
1448 ------------------------------------------------------------------------
1449 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 13:40:14 +0000 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
1450 Changed paths:
1451    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1452
1453  * soap2sam.pl-0.1.2
1454  * more robust to truncated soap output
1455
1456 ------------------------------------------------------------------------
1457 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 10:49:00 +0000 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
1458 Changed paths:
1459    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1460
1461 added bam_stat.o to Makefile.lite
1462
1463 ------------------------------------------------------------------------
1464 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:11:31 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
1465 Changed paths:
1466    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1467    M /trunk/samtools/bamtk.c
1468
1469  * samtools-0.1.2-15
1470  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
1471
1472 ------------------------------------------------------------------------
1473 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:06:45 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
1474 Changed paths:
1475    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1476    M /trunk/samtools/bamtk.c
1477    M /trunk/samtools/glf.c
1478    M /trunk/samtools/glf.h
1479    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1480
1481  * samtools-0.1.2-14
1482  * implemented GLFv3
1483
1484 ------------------------------------------------------------------------
1485 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:26:08 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
1486 Changed paths:
1487    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1488    M /trunk/samtools/bamtk.c
1489
1490  * samtools-0.1.2-13
1491  * fixed a minor bug in displaying pileup
1492
1493 ------------------------------------------------------------------------
1494 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:24:16 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
1495 Changed paths:
1496    M /trunk/samtools/ChangeLog
1497    M /trunk/samtools/bamtk.c
1498
1499  * samtools-0.1.2-12
1500  * optionally print SAM header
1501
1502 ------------------------------------------------------------------------
1503 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:45:28 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
1504 Changed paths:
1505    M /trunk/samtools/bamtk.c
1506    M /trunk/samtools/glf.c
1507
1508  * samtools-0.1.2-11
1509  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
1510
1511 ------------------------------------------------------------------------
1512 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:39:09 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
1513 Changed paths:
1514    M /trunk/samtools/Makefile
1515    M /trunk/samtools/bam_import.c
1516    M /trunk/samtools/bam_index.c
1517    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1518    M /trunk/samtools/bamtk.c
1519    M /trunk/samtools/glf.c
1520    M /trunk/samtools/glf.h
1521
1522  * samtools-0.1.2-10
1523  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
1524  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
1525  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
1526
1527 ------------------------------------------------------------------------
1528 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 15:18:43 +0000 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
1529 Changed paths:
1530    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1531
1532  * wgsim-0.2.3
1533  * fixed a bug in simulating indels
1534
1535 ------------------------------------------------------------------------
1536 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 19:43:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
1537 Changed paths:
1538    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1539
1540  * wgsim-0.2.2
1541  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
1542    not like long read names.
1543
1544 ------------------------------------------------------------------------
1545 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:53:03 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
1546 Changed paths:
1547    M /trunk/samtools/ChangeLog
1548    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1549    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1550
1551  * wgsim-0.2.1
1552  * fixed a bug about color read coordinates
1553  * fixed a bug in read names
1554  * wgsim_eval.pl-0.1.3
1555  * make the script work with color reads
1556
1557 ------------------------------------------------------------------------
1558 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:02:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
1559 Changed paths:
1560    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1561    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1562
1563  * wgsim: added a note
1564
1565 ------------------------------------------------------------------------
1566 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 11:39:08 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
1567 Changed paths:
1568    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1569    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1570
1571  * wgsim-0.2.0
1572  * considerable code clean up
1573  * print number of substitutions/indels/errors on each read
1574  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
1575  * wgsim_eval.pl-0.1.2
1576  * change in accordant with wgsim
1577
1578 ------------------------------------------------------------------------
1579 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 22:23:27 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
1580 Changed paths:
1581    M /trunk/samtools/bam_index.c
1582    M /trunk/samtools/bamtk.c
1583
1584  * samtools-0.1.2-9
1585  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
1586
1587 ------------------------------------------------------------------------
1588 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 19:06:57 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
1589 Changed paths:
1590    M /trunk/samtools/bamtk.c
1591
1592 Fix annoying segv when invalid region specified.
1593
1594 ------------------------------------------------------------------------
1595 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 10:49:55 +0000 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
1596 Changed paths:
1597    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1598    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1599
1600  * move indel_filter.pl to samtools.pl
1601
1602 ------------------------------------------------------------------------
1603 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 21:22:30 +0000 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
1604 Changed paths:
1605    M /trunk/samtools/bam_mate.c
1606    M /trunk/samtools/bamtk.c
1607
1608  * samtools-0.1.2-7
1609  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
1610
1611 ------------------------------------------------------------------------
1612 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 09:54:45 +0000 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
1613 Changed paths:
1614    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1615    M /trunk/samtools/bamtk.c
1616
1617  * samtools-0.1.2-7
1618  * fixed a minor bug in flagstat
1619
1620 ------------------------------------------------------------------------
1621 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 11:15:32 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
1622 Changed paths:
1623    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1624    M /trunk/samtools/bamtk.c
1625    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1626
1627  * samtools-0.1.2-6
1628  * improve indel caller by setting maximum window size
1629
1630 ------------------------------------------------------------------------
1631 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 10:30:29 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
1632 Changed paths:
1633    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1634    M /trunk/samtools/bamtk.c
1635
1636  * output max mapping quality in indel line
1637
1638 ------------------------------------------------------------------------
1639 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 10:59:10 +0000 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
1640 Changed paths:
1641    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1642
1643 fixed a bug in generating tag AM
1644
1645 ------------------------------------------------------------------------
1646 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 10:43:11 +0000 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
1647 Changed paths:
1648    M /trunk/samtools/bam_index.c
1649    M /trunk/samtools/bamtk.c
1650
1651 fixed a potential memory problem in indexing
1652
1653 ------------------------------------------------------------------------
1654 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 15:52:52 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
1655 Changed paths:
1656    M /trunk/samtools/Makefile
1657
1658 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
1659
1660 ------------------------------------------------------------------------
1661 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 10:12:15 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
1662 Changed paths:
1663    M /trunk/samtools/ChangeLog
1664    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1665    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1666    M /trunk/samtools/bamtk.c
1667
1668  * samtools-0.1.2-3
1669  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
1670  * improve flagstat report a little bit
1671
1672 ------------------------------------------------------------------------
1673 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
1674 Changed paths:
1675    M /trunk/samtools/Makefile
1676    A /trunk/samtools/bam_stat.c
1677    M /trunk/samtools/bamtk.c
1678
1679  * samtools-0.1.2-1
1680  * added flagstat command
1681
1682 ------------------------------------------------------------------------
1683 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
1684 Changed paths:
1685    M /trunk/samtools/ChangeLog
1686    M /trunk/samtools/NEWS
1687    M /trunk/samtools/bamtk.c
1688    M /trunk/samtools/samtools.1
1689
1690 Release SAMtools-0.1.2
1691
1692 ------------------------------------------------------------------------
1693 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
1694 Changed paths:
1695    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1696
1697 Script for filtering indel results
1698
1699 ------------------------------------------------------------------------
1700 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
1701 Changed paths:
1702    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
1703
1704 convert ZOOM to SAM
1705
1706 ------------------------------------------------------------------------
1707 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
1708 Changed paths:
1709    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
1710
1711 add a script to convert novo alignment to SAM
1712
1713 ------------------------------------------------------------------------
1714 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
1715 Changed paths:
1716    M /trunk/samtools/ChangeLog
1717    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
1718    M /trunk/samtools/samtools.1
1719
1720 update documentation and ChangeLog
1721
1722 ------------------------------------------------------------------------
1723 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
1724 Changed paths:
1725    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1726    M /trunk/samtools/bamtk.c
1727
1728  * samtools-0.1.1-19
1729  * fixed a bug in "merge" command line
1730
1731 ------------------------------------------------------------------------
1732 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
1733 Changed paths:
1734    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1735    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
1736    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1737    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
1738    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
1739    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
1740
1741  * merge from branches/dev/
1742  * all future development will happen here
1743
1744 ------------------------------------------------------------------------
1745 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
1746 Changed paths:
1747    M /trunk/samtools/COPYING
1748    M /trunk/samtools/ChangeLog
1749    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
1750    M /trunk/samtools/Makefile
1751    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
1752    M /trunk/samtools/bam.c
1753    M /trunk/samtools/bam.h
1754    M /trunk/samtools/bam_import.c
1755    M /trunk/samtools/bam_index.c
1756    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1757    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1758    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1759    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
1760    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1761    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1762    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
1763    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1764    M /trunk/samtools/bamtk.c
1765    M /trunk/samtools/bgzf.h
1766    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
1767    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
1768    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
1769    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
1770    M /trunk/samtools/faidx.c
1771    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
1772    M /trunk/samtools/glf.h
1773    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1774    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1775    M /trunk/samtools/razf.c
1776    M /trunk/samtools/source.dot
1777
1778  * Merge from branches/dev/
1779  * all future development will happen here at trunk/
1780
1781 ------------------------------------------------------------------------
1782 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
1783 Changed paths:
1784    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1785    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1786
1787 Fix problem with compiling without curses.
1788
1789 ------------------------------------------------------------------------
1790 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1791 Changed paths:
1792    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
1793
1794 Create trunk copy
1795
1796 ------------------------------------------------------------------------
1797 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1798 Changed paths:
1799    A /branches/dev/samtools/NEWS
1800    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1801    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1802
1803 Release samtools-0.1.1
1804
1805 ------------------------------------------------------------------------
1806 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
1807 Changed paths:
1808    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1809    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1810    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1811    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1812    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1813    M /branches/dev/samtools/razf.c
1814    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1815
1816  * samtools-0.1.0-66
1817  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
1818  * fixed a memory leak in parsing a region
1819  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
1820  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
1821  * fixed a bug in indexing for small alignment
1822  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
1823  * updated documentation
1824  * prepare to release 0.1.1
1825
1826 ------------------------------------------------------------------------
1827 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1828 Changed paths:
1829    A /branches/dev/samtools/examples
1830    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
1831    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
1832    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
1833    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
1834
1835 example
1836
1837 ------------------------------------------------------------------------
1838 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1839 Changed paths:
1840    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1841
1842 update ChangeLog
1843
1844 ------------------------------------------------------------------------
1845 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
1846 Changed paths:
1847    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
1848
1849  * added comments
1850  * fixed several bugs
1851
1852 ------------------------------------------------------------------------
1853 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
1854 Changed paths:
1855    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
1856
1857 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
1858
1859 ------------------------------------------------------------------------
1860 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
1861 Changed paths:
1862    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1863    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1864    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1865    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1866    A /branches/dev/samtools/source.dot
1867
1868  * samtools-0.1.0-65
1869  * pileup: generate maq-like simple output
1870  * pileup: allow to output pileup at required sites
1871  * source.dot: source file relationship graph
1872  * tview: fixed a minor bug
1873
1874 ------------------------------------------------------------------------
1875 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
1876 Changed paths:
1877    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1878
1879 remove all2sam.pl
1880
1881 ------------------------------------------------------------------------
1882 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
1883 Changed paths:
1884    A /branches/dev/samtools/COPYING
1885    M /branches/dev/samtools/bam.h
1886    M /branches/dev/samtools/faidx.h
1887    M /branches/dev/samtools/khash.h
1888    M /branches/dev/samtools/kseq.h
1889    M /branches/dev/samtools/ksort.h
1890    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1891
1892 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
1893
1894 ------------------------------------------------------------------------
1895 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
1896 Changed paths:
1897    M /branches/dev/samtools/bam.c
1898    M /branches/dev/samtools/bam.h
1899    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1900    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1901    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1902
1903  * samtools-0.1.0-64
1904  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
1905
1906 ------------------------------------------------------------------------
1907 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
1908 Changed paths:
1909    M /branches/dev/samtools/bam.c
1910    M /branches/dev/samtools/bam.h
1911    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1912    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1913    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1914
1915  * samtools-0.1.0-63
1916  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
1917
1918 ------------------------------------------------------------------------
1919 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
1920 Changed paths:
1921    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1922    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1923    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1924
1925  * samtools-0.1.0-62
1926  * fixed a memory leak
1927
1928 ------------------------------------------------------------------------
1929 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
1930 Changed paths:
1931    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1932    M /branches/dev/samtools/bam.h
1933    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1934
1935 update documentation, ChangeLog and a comment
1936
1937 ------------------------------------------------------------------------
1938 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
1939 Changed paths:
1940    M /branches/dev/samtools/Makefile
1941    M /branches/dev/samtools/bam.h
1942    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1943    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
1944    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1945    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1946    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1947    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1948
1949  * samtools-0.1.0-61
1950  * moved pileup command to a separate source file
1951  * added indel caller
1952  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
1953  * updated documentation
1954
1955 ------------------------------------------------------------------------
1956 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
1957 Changed paths:
1958    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1959    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1960
1961  * samtools-0.1.0-60
1962  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
1963
1964 ------------------------------------------------------------------------
1965 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
1966 Changed paths:
1967    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1968    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1969    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1970
1971  * samtools-0.1.0-59
1972  * pileup: outputing consensus is now optional
1973  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
1974    I am not quite sure why the previous version may have problem.
1975
1976 ------------------------------------------------------------------------
1977 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
1978 Changed paths:
1979    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1980    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1981
1982  * samtools-0.1.0-58
1983  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
1984    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
1985    and imposing it would make it harder to generate for other language
1986    bindings.
1987
1988 ------------------------------------------------------------------------
1989 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
1990 Changed paths:
1991    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1992
1993 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
1994
1995 ------------------------------------------------------------------------
1996 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
1997 Changed paths:
1998    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1999
2000 update manual
2001
2002 ------------------------------------------------------------------------
2003 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
2004 Changed paths:
2005    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2006    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2007
2008  * samtools-0.1.0-57
2009  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
2010  * made the parser a bit more robust
2011
2012 ------------------------------------------------------------------------
2013 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
2014 Changed paths:
2015    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2016    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2017    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2018
2019  * samtools-0.1.0-56
2020  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
2021  * fixed a typo in bam_index.c
2022  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
2023
2024 ------------------------------------------------------------------------
2025 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
2026 Changed paths:
2027    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2028
2029 update manual
2030
2031 ------------------------------------------------------------------------
2032 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
2033 Changed paths:
2034    M /branches/dev/samtools/bam.h
2035    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2036    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2037
2038  * samtools-0.1.0-55
2039  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
2040  * removed -v from pileup
2041  * made pileup take the reference sequence
2042
2043 ------------------------------------------------------------------------
2044 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
2045 Changed paths:
2046    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2047    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2048    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2049
2050  * samtools-0.1.0-54
2051  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
2052  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
2053
2054 ------------------------------------------------------------------------
2055 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2056 Changed paths:
2057    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2058
2059 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
2060
2061 ------------------------------------------------------------------------
2062 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2063 Changed paths:
2064    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2065
2066 also calculate unordered md5sum check
2067
2068 ------------------------------------------------------------------------
2069 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2070 Changed paths:
2071    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2072
2073 fixed a minor bug when there are space in the sequence
2074
2075 ------------------------------------------------------------------------
2076 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2077 Changed paths:
2078    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2079
2080 fixed a potential memory leak
2081
2082 ------------------------------------------------------------------------
2083 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
2084 Changed paths:
2085    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2086    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2087    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2088
2089  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
2090
2091 ------------------------------------------------------------------------
2092 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
2093 Changed paths:
2094    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2095
2096 nothing, really
2097
2098 ------------------------------------------------------------------------
2099 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2100 Changed paths:
2101    M /branches/dev/samtools/Makefile
2102    M /branches/dev/samtools/kseq.h
2103    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
2104    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
2105    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
2106    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2107
2108  * fixed two warnings in kseq.h
2109  * added md5sum utilities
2110
2111 ------------------------------------------------------------------------
2112 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
2113 Changed paths:
2114    M /branches/dev/samtools/Makefile
2115    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2116    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2117    A /branches/dev/samtools/kseq.h
2118    D /branches/dev/samtools/kstream.h
2119
2120  * samtools-0.1.0-52
2121  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
2122    extra functions in kseq.h.
2123  * also compile stand-alone faidx
2124
2125 ------------------------------------------------------------------------
2126 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2127 Changed paths:
2128    M /branches/dev/samtools/bam.h
2129    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2130    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2131
2132  * samtools-0.1.0-51
2133  * sorting by read names is available
2134
2135 ------------------------------------------------------------------------
2136 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2137 Changed paths:
2138    M /branches/dev/samtools/bam.c
2139    M /branches/dev/samtools/bam.h
2140    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2141    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2142    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2143    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2144    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2145    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2146    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2147
2148  * samtools-0.1.0-50
2149  * format change to meet the latest specification
2150
2151 ------------------------------------------------------------------------
2152 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
2153 Changed paths:
2154    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2155    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2156
2157  * minor change in maqcns: special care when n==0
2158  * change maq2sam to meet the latest specification
2159
2160 ------------------------------------------------------------------------
2161 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
2162 Changed paths:
2163    M /branches/dev/samtools/razf.c
2164    M /branches/dev/samtools/razf.h
2165
2166 considerable code clean up in razf
2167
2168 ------------------------------------------------------------------------
2169 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
2170 Changed paths:
2171    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2172    M /branches/dev/samtools/Makefile
2173    M /branches/dev/samtools/faidx.c
2174
2175 make RAZF optional in faidx.c
2176
2177 ------------------------------------------------------------------------
2178 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
2179 Changed paths:
2180    M /branches/dev/samtools/Makefile
2181    M /branches/dev/samtools/bam.h
2182    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2183    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2184    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2185
2186  * samtools-0.1.0-49
2187  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
2188
2189 ------------------------------------------------------------------------
2190 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
2191 Changed paths:
2192    M /branches/dev/samtools/bam.c
2193    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2194    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2195    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2196    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2197    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2198
2199  * samtools-0.1.0-48
2200  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
2201  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
2202  * supporting hex strings
2203
2204 ------------------------------------------------------------------------
2205 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
2206 Changed paths:
2207    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2208    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2209
2210  * samtools-0.1.0-47
2211  * fixed the bug in maqcns
2212
2213 ------------------------------------------------------------------------
2214 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
2215 Changed paths:
2216    M /branches/dev/samtools/Makefile
2217    M /branches/dev/samtools/bam.h
2218    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2219    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
2220    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2221    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2222    A /branches/dev/samtools/glf.h
2223
2224  * samtools-0.1.0-46
2225  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
2226
2227 ------------------------------------------------------------------------
2228 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
2229 Changed paths:
2230    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2231    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2232    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2233
2234  * samtools-0.1.0-45
2235  * tview: display padded alignment (but not P operation)
2236  * better coordinates and reference sequence
2237
2238 ------------------------------------------------------------------------
2239 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
2240 Changed paths:
2241    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
2242
2243 new ChangeLog
2244
2245 ------------------------------------------------------------------------
2246 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
2247 Changed paths:
2248    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
2249    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
2250
2251 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
2252 the log of my personal SVN repository.
2253
2254 ------------------------------------------------------------------------
2255 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
2256 Changed paths:
2257    M /branches/dev/samtools/Makefile
2258    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2259    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2260
2261  * samtools-0.1.0-44
2262  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
2263    missing these declarations will make bgzf buggy
2264  * get rid of some harmless warings
2265  * use BGZF by default, now
2266
2267 ------------------------------------------------------------------------
2268 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
2269 Changed paths:
2270    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2271    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2272    M /branches/dev/samtools/razf.c
2273
2274  * samtools-0.1.0-43
2275  * fixed a bug in razf_read()
2276  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
2277
2278 ------------------------------------------------------------------------
2279 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2280 Changed paths:
2281    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2282
2283 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
2284
2285 ------------------------------------------------------------------------
2286 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
2287 Changed paths:
2288    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2289
2290  * samtools-0.1.0-42
2291  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
2292    also update the version number anyway to avoid confusion
2293
2294 ------------------------------------------------------------------------
2295 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2296 Changed paths:
2297    M /branches/dev/samtools/razf.c
2298
2299 a change from Jue, but I think it should not matter
2300
2301 ------------------------------------------------------------------------
2302 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
2303 Changed paths:
2304    M /branches/dev/samtools/razf.c
2305
2306 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
2307 rarely happens, very rarely.
2308
2309 ------------------------------------------------------------------------
2310 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2311 Changed paths:
2312    M /branches/dev/samtools/razf.c
2313
2314 fixed a bug in razf, with the help of Jue
2315
2316 ------------------------------------------------------------------------
2317 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2318 Changed paths:
2319    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2320
2321 remove a comment
2322
2323 ------------------------------------------------------------------------
2324 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2325 Changed paths:
2326    M /branches/dev/samtools/Makefile
2327    M /branches/dev/samtools/bam.h
2328    M /branches/dev/samtools/razf.c
2329    M /branches/dev/samtools/razf.h
2330
2331  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
2332
2333 ------------------------------------------------------------------------
2334 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
2335 Changed paths:
2336    A /branches/dev/samtools/samtools.1
2337
2338 the manual page
2339
2340 ------------------------------------------------------------------------
2341 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
2342 Changed paths:
2343    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
2344    A /branches/dev/samtools/Makefile
2345    A /branches/dev/samtools/bam.c
2346    A /branches/dev/samtools/bam.h
2347    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2348    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
2349    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
2350    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
2351    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
2352    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2353    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2354    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2355    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
2356    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
2357    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
2358    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
2359    A /branches/dev/samtools/faidx.c
2360    A /branches/dev/samtools/faidx.h
2361    A /branches/dev/samtools/khash.h
2362    A /branches/dev/samtools/ksort.h
2363    A /branches/dev/samtools/kstream.h
2364    A /branches/dev/samtools/misc
2365    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
2366    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2367    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2368    A /branches/dev/samtools/razf.c
2369    A /branches/dev/samtools/razf.h
2370    A /branches/dev/samtools/razip.c
2371    A /branches/dev/samtools/zutil.h
2372
2373 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
2374 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
2375
2376 ------------------------------------------------------------------------
2377 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
2378 Changed paths:
2379    A /branches/dev/samtools
2380
2381 samtools (C version)
2382
2383 ------------------------------------------------------------------------