ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:45:28 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bamtk.c
   5    M /trunk/samtools/glf.c
   6
   7  * samtools-0.1.2-11
   8  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
   9
  10 ------------------------------------------------------------------------
  11 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:39:09 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
  12 Changed paths:
  13    M /trunk/samtools/Makefile
  14    M /trunk/samtools/bam_import.c
  15    M /trunk/samtools/bam_index.c
  16    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  17    M /trunk/samtools/bamtk.c
  18    M /trunk/samtools/glf.c
  19    M /trunk/samtools/glf.h
  20
  21  * samtools-0.1.2-10
  22  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
  23  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
  24  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
  25
  26 ------------------------------------------------------------------------
  27 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 15:18:43 +0000 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
  28 Changed paths:
  29    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
  30
  31  * wgsim-0.2.3
  32  * fixed a bug in simulating indels
  33
  34 ------------------------------------------------------------------------
  35 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 19:43:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
  36 Changed paths:
  37    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
  38
  39  * wgsim-0.2.2
  40  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
  41    not like long read names.
  42
  43 ------------------------------------------------------------------------
  44 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:53:03 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
  45 Changed paths:
  46    M /trunk/samtools/ChangeLog
  47    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
  48    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
  49
  50  * wgsim-0.2.1
  51  * fixed a bug about color read coordinates
  52  * fixed a bug in read names
  53  * wgsim_eval.pl-0.1.3
  54  * make the script work with color reads
  55
  56 ------------------------------------------------------------------------
  57 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:02:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
  58 Changed paths:
  59    M /trunk/samtools/misc/Makefile
  60    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
  61
  62  * wgsim: added a note
  63
  64 ------------------------------------------------------------------------
  65 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 11:39:08 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
  66 Changed paths:
  67    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
  68    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
  69
  70  * wgsim-0.2.0
  71  * considerable code clean up
  72  * print number of substitutions/indels/errors on each read
  73  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
  74  * wgsim_eval.pl-0.1.2
  75  * change in accordant with wgsim
  76
  77 ------------------------------------------------------------------------
  78 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 22:23:27 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
  79 Changed paths:
  80    M /trunk/samtools/bam_index.c
  81    M /trunk/samtools/bamtk.c
  82
  83  * samtools-0.1.2-9
  84  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
  85
  86 ------------------------------------------------------------------------
  87 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 19:06:57 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
  88 Changed paths:
  89    M /trunk/samtools/bamtk.c
  90
  91 Fix annoying segv when invalid region specified.
  92
  93 ------------------------------------------------------------------------
  94 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 10:49:55 +0000 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
  95 Changed paths:
  96    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
  97    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
  98
  99  * move indel_filter.pl to samtools.pl
 100
 101 ------------------------------------------------------------------------
 102 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 21:22:30 +0000 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
 103 Changed paths:
 104    M /trunk/samtools/bam_mate.c
 105    M /trunk/samtools/bamtk.c
 106
 107  * samtools-0.1.2-7
 108  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
 109
 110 ------------------------------------------------------------------------
 111 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 09:54:45 +0000 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
 112 Changed paths:
 113    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 114    M /trunk/samtools/bamtk.c
 115
 116  * samtools-0.1.2-7
 117  * fixed a minor bug in flagstat
 118
 119 ------------------------------------------------------------------------
 120 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 11:15:32 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
 121 Changed paths:
 122    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 123    M /trunk/samtools/bamtk.c
 124    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 125
 126  * samtools-0.1.2-6
 127  * improve indel caller by setting maximum window size
 128
 129 ------------------------------------------------------------------------
 130 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 10:30:29 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
 131 Changed paths:
 132    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 133    M /trunk/samtools/bamtk.c
 134
 135  * output max mapping quality in indel line
 136
 137 ------------------------------------------------------------------------
 138 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 10:59:10 +0000 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
 139 Changed paths:
 140    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 141
 142 fixed a bug in generating tag AM
 143
 144 ------------------------------------------------------------------------
 145 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 10:43:11 +0000 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
 146 Changed paths:
 147    M /trunk/samtools/bam_index.c
 148    M /trunk/samtools/bamtk.c
 149
 150 fixed a potential memory problem in indexing
 151
 152 ------------------------------------------------------------------------
 153 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 15:52:52 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
 154 Changed paths:
 155    M /trunk/samtools/Makefile
 156
 157 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
 158
 159 ------------------------------------------------------------------------
 160 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 10:12:15 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
 161 Changed paths:
 162    M /trunk/samtools/ChangeLog
 163    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 164    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 165    M /trunk/samtools/bamtk.c
 166
 167  * samtools-0.1.2-3
 168  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
 169  * improve flagstat report a little bit
 170
 171 ------------------------------------------------------------------------
 172 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
 173 Changed paths:
 174    M /trunk/samtools/Makefile
 175    A /trunk/samtools/bam_stat.c
 176    M /trunk/samtools/bamtk.c
 177
 178  * samtools-0.1.2-1
 179  * added flagstat command
 180
 181 ------------------------------------------------------------------------
 182 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 183 Changed paths:
 184    M /trunk/samtools/ChangeLog
 185    M /trunk/samtools/NEWS
 186    M /trunk/samtools/bamtk.c
 187    M /trunk/samtools/samtools.1
 188
 189 Release SAMtools-0.1.2
 190
 191 ------------------------------------------------------------------------
 192 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 193 Changed paths:
 194    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 195
 196 Script for filtering indel results
 197
 198 ------------------------------------------------------------------------
 199 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
 200 Changed paths:
 201    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
 202
 203 convert ZOOM to SAM
 204
 205 ------------------------------------------------------------------------
 206 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
 207 Changed paths:
 208    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 209
 210 add a script to convert novo alignment to SAM
 211
 212 ------------------------------------------------------------------------
 213 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
 214 Changed paths:
 215    M /trunk/samtools/ChangeLog
 216    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
 217    M /trunk/samtools/samtools.1
 218
 219 update documentation and ChangeLog
 220
 221 ------------------------------------------------------------------------
 222 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
 223 Changed paths:
 224    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 225    M /trunk/samtools/bamtk.c
 226
 227  * samtools-0.1.1-19
 228  * fixed a bug in "merge" command line
 229
 230 ------------------------------------------------------------------------
 231 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 232 Changed paths:
 233    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 234    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
 235    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 236    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
 237    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
 238    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
 239
 240  * merge from branches/dev/
 241  * all future development will happen here
 242
 243 ------------------------------------------------------------------------
 244 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 245 Changed paths:
 246    M /trunk/samtools/COPYING
 247    M /trunk/samtools/ChangeLog
 248    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
 249    M /trunk/samtools/Makefile
 250    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
 251    M /trunk/samtools/bam.c
 252    M /trunk/samtools/bam.h
 253    M /trunk/samtools/bam_import.c
 254    M /trunk/samtools/bam_index.c
 255    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 256    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 257    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 258    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
 259    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 260    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 261    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
 262    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 263    M /trunk/samtools/bamtk.c
 264    M /trunk/samtools/bgzf.h
 265    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
 266    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
 267    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
 268    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
 269    M /trunk/samtools/faidx.c
 270    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
 271    M /trunk/samtools/glf.h
 272    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 273    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 274    M /trunk/samtools/razf.c
 275    M /trunk/samtools/source.dot
 276
 277  * Merge from branches/dev/
 278  * all future development will happen here at trunk/
 279
 280 ------------------------------------------------------------------------
 281 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
 282 Changed paths:
 283    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 284    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 285
 286 Fix problem with compiling without curses.
 287
 288 ------------------------------------------------------------------------
 289 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 290 Changed paths:
 291    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
 292
 293 Create trunk copy
 294
 295 ------------------------------------------------------------------------
 296 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 297 Changed paths:
 298    A /branches/dev/samtools/NEWS
 299    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 300    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 301
 302 Release samtools-0.1.1
 303
 304 ------------------------------------------------------------------------
 305 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
 306 Changed paths:
 307    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 308    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 309    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 310    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 311    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 312    M /branches/dev/samtools/razf.c
 313    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 314
 315  * samtools-0.1.0-66
 316  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
 317  * fixed a memory leak in parsing a region
 318  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
 319  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
 320  * fixed a bug in indexing for small alignment
 321  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
 322  * updated documentation
 323  * prepare to release 0.1.1
 324
 325 ------------------------------------------------------------------------
 326 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 327 Changed paths:
 328    A /branches/dev/samtools/examples
 329    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 330    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
 331    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 332    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 333
 334 example
 335
 336 ------------------------------------------------------------------------
 337 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 338 Changed paths:
 339    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 340
 341 update ChangeLog
 342
 343 ------------------------------------------------------------------------
 344 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
 345 Changed paths:
 346    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 347
 348  * added comments
 349  * fixed several bugs
 350
 351 ------------------------------------------------------------------------
 352 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
 353 Changed paths:
 354    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 355
 356 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
 357
 358 ------------------------------------------------------------------------
 359 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
 360 Changed paths:
 361    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 362    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 363    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 364    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 365    A /branches/dev/samtools/source.dot
 366
 367  * samtools-0.1.0-65
 368  * pileup: generate maq-like simple output
 369  * pileup: allow to output pileup at required sites
 370  * source.dot: source file relationship graph
 371  * tview: fixed a minor bug
 372
 373 ------------------------------------------------------------------------
 374 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
 375 Changed paths:
 376    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 377
 378 remove all2sam.pl
 379
 380 ------------------------------------------------------------------------
 381 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
 382 Changed paths:
 383    A /branches/dev/samtools/COPYING
 384    M /branches/dev/samtools/bam.h
 385    M /branches/dev/samtools/faidx.h
 386    M /branches/dev/samtools/khash.h
 387    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 388    M /branches/dev/samtools/ksort.h
 389    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 390
 391 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
 392
 393 ------------------------------------------------------------------------
 394 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 395 Changed paths:
 396    M /branches/dev/samtools/bam.c
 397    M /branches/dev/samtools/bam.h
 398    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 399    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 400    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 401
 402  * samtools-0.1.0-64
 403  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
 404
 405 ------------------------------------------------------------------------
 406 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 407 Changed paths:
 408    M /branches/dev/samtools/bam.c
 409    M /branches/dev/samtools/bam.h
 410    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 411    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 412    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 413
 414  * samtools-0.1.0-63
 415  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
 416
 417 ------------------------------------------------------------------------
 418 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
 419 Changed paths:
 420    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 421    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 422    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 423
 424  * samtools-0.1.0-62
 425  * fixed a memory leak
 426
 427 ------------------------------------------------------------------------
 428 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
 429 Changed paths:
 430    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 431    M /branches/dev/samtools/bam.h
 432    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 433
 434 update documentation, ChangeLog and a comment
 435
 436 ------------------------------------------------------------------------
 437 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
 438 Changed paths:
 439    M /branches/dev/samtools/Makefile
 440    M /branches/dev/samtools/bam.h
 441    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 442    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 443    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 444    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 445    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 446    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 447
 448  * samtools-0.1.0-61
 449  * moved pileup command to a separate source file
 450  * added indel caller
 451  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
 452  * updated documentation
 453
 454 ------------------------------------------------------------------------
 455 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
 456 Changed paths:
 457    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 458    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 459
 460  * samtools-0.1.0-60
 461  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
 462
 463 ------------------------------------------------------------------------
 464 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
 465 Changed paths:
 466    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 467    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 468    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 469
 470  * samtools-0.1.0-59
 471  * pileup: outputing consensus is now optional
 472  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
 473    I am not quite sure why the previous version may have problem.
 474
 475 ------------------------------------------------------------------------
 476 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
 477 Changed paths:
 478    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 479    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 480
 481  * samtools-0.1.0-58
 482  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
 483    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
 484    and imposing it would make it harder to generate for other language
 485    bindings.
 486
 487 ------------------------------------------------------------------------
 488 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 489 Changed paths:
 490    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 491
 492 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
 493
 494 ------------------------------------------------------------------------
 495 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 496 Changed paths:
 497    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 498
 499 update manual
 500
 501 ------------------------------------------------------------------------
 502 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
 503 Changed paths:
 504    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 505    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 506
 507  * samtools-0.1.0-57
 508  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
 509  * made the parser a bit more robust
 510
 511 ------------------------------------------------------------------------
 512 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 513 Changed paths:
 514    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 515    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 516    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 517
 518  * samtools-0.1.0-56
 519  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
 520  * fixed a typo in bam_index.c
 521  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
 522
 523 ------------------------------------------------------------------------
 524 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
 525 Changed paths:
 526    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 527
 528 update manual
 529
 530 ------------------------------------------------------------------------
 531 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 532 Changed paths:
 533    M /branches/dev/samtools/bam.h
 534    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 535    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 536
 537  * samtools-0.1.0-55
 538  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
 539  * removed -v from pileup
 540  * made pileup take the reference sequence
 541
 542 ------------------------------------------------------------------------
 543 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
 544 Changed paths:
 545    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 546    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 547    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 548
 549  * samtools-0.1.0-54
 550  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
 551  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
 552
 553 ------------------------------------------------------------------------
 554 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 555 Changed paths:
 556    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 557
 558 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
 559
 560 ------------------------------------------------------------------------
 561 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 562 Changed paths:
 563    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 564
 565 also calculate unordered md5sum check
 566
 567 ------------------------------------------------------------------------
 568 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 569 Changed paths:
 570    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 571
 572 fixed a minor bug when there are space in the sequence
 573
 574 ------------------------------------------------------------------------
 575 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 576 Changed paths:
 577    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 578
 579 fixed a potential memory leak
 580
 581 ------------------------------------------------------------------------
 582 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 583 Changed paths:
 584    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 585    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 586    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 587
 588  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
 589
 590 ------------------------------------------------------------------------
 591 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 592 Changed paths:
 593    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 594
 595 nothing, really
 596
 597 ------------------------------------------------------------------------
 598 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 599 Changed paths:
 600    M /branches/dev/samtools/Makefile
 601    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 602    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 603    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
 604    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
 605    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 606
 607  * fixed two warnings in kseq.h
 608  * added md5sum utilities
 609
 610 ------------------------------------------------------------------------
 611 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
 612 Changed paths:
 613    M /branches/dev/samtools/Makefile
 614    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 615    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 616    A /branches/dev/samtools/kseq.h
 617    D /branches/dev/samtools/kstream.h
 618
 619  * samtools-0.1.0-52
 620  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
 621    extra functions in kseq.h.
 622  * also compile stand-alone faidx
 623
 624 ------------------------------------------------------------------------
 625 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 626 Changed paths:
 627    M /branches/dev/samtools/bam.h
 628    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 629    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 630
 631  * samtools-0.1.0-51
 632  * sorting by read names is available
 633
 634 ------------------------------------------------------------------------
 635 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 636 Changed paths:
 637    M /branches/dev/samtools/bam.c
 638    M /branches/dev/samtools/bam.h
 639    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 640    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 641    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 642    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 643    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 644    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 645    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 646
 647  * samtools-0.1.0-50
 648  * format change to meet the latest specification
 649
 650 ------------------------------------------------------------------------
 651 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
 652 Changed paths:
 653    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 654    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 655
 656  * minor change in maqcns: special care when n==0
 657  * change maq2sam to meet the latest specification
 658
 659 ------------------------------------------------------------------------
 660 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 661 Changed paths:
 662    M /branches/dev/samtools/razf.c
 663    M /branches/dev/samtools/razf.h
 664
 665 considerable code clean up in razf
 666
 667 ------------------------------------------------------------------------
 668 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 669 Changed paths:
 670    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 671    M /branches/dev/samtools/Makefile
 672    M /branches/dev/samtools/faidx.c
 673
 674 make RAZF optional in faidx.c
 675
 676 ------------------------------------------------------------------------
 677 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
 678 Changed paths:
 679    M /branches/dev/samtools/Makefile
 680    M /branches/dev/samtools/bam.h
 681    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 682    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 683    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 684
 685  * samtools-0.1.0-49
 686  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
 687
 688 ------------------------------------------------------------------------
 689 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
 690 Changed paths:
 691    M /branches/dev/samtools/bam.c
 692    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 693    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 694    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 695    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 696    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 697
 698  * samtools-0.1.0-48
 699  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
 700  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
 701  * supporting hex strings
 702
 703 ------------------------------------------------------------------------
 704 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 705 Changed paths:
 706    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 707    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 708
 709  * samtools-0.1.0-47
 710  * fixed the bug in maqcns
 711
 712 ------------------------------------------------------------------------
 713 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 714 Changed paths:
 715    M /branches/dev/samtools/Makefile
 716    M /branches/dev/samtools/bam.h
 717    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 718    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 719    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 720    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 721    A /branches/dev/samtools/glf.h
 722
 723  * samtools-0.1.0-46
 724  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
 725
 726 ------------------------------------------------------------------------
 727 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
 728 Changed paths:
 729    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 730    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 731    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 732
 733  * samtools-0.1.0-45
 734  * tview: display padded alignment (but not P operation)
 735  * better coordinates and reference sequence
 736
 737 ------------------------------------------------------------------------
 738 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
 739 Changed paths:
 740    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 741
 742 new ChangeLog
 743
 744 ------------------------------------------------------------------------
 745 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 746 Changed paths:
 747    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
 748    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
 749
 750 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
 751 the log of my personal SVN repository.
 752
 753 ------------------------------------------------------------------------
 754 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
 755 Changed paths:
 756    M /branches/dev/samtools/Makefile
 757    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 758    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 759
 760  * samtools-0.1.0-44
 761  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
 762    missing these declarations will make bgzf buggy
 763  * get rid of some harmless warings
 764  * use BGZF by default, now
 765
 766 ------------------------------------------------------------------------
 767 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 768 Changed paths:
 769    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 770    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 771    M /branches/dev/samtools/razf.c
 772
 773  * samtools-0.1.0-43
 774  * fixed a bug in razf_read()
 775  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
 776
 777 ------------------------------------------------------------------------
 778 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 779 Changed paths:
 780    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 781
 782 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
 783
 784 ------------------------------------------------------------------------
 785 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 786 Changed paths:
 787    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 788
 789  * samtools-0.1.0-42
 790  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
 791    also update the version number anyway to avoid confusion
 792
 793 ------------------------------------------------------------------------
 794 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 795 Changed paths:
 796    M /branches/dev/samtools/razf.c
 797
 798 a change from Jue, but I think it should not matter
 799
 800 ------------------------------------------------------------------------
 801 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
 802 Changed paths:
 803    M /branches/dev/samtools/razf.c
 804
 805 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
 806 rarely happens, very rarely.
 807
 808 ------------------------------------------------------------------------
 809 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 810 Changed paths:
 811    M /branches/dev/samtools/razf.c
 812
 813 fixed a bug in razf, with the help of Jue
 814
 815 ------------------------------------------------------------------------
 816 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 817 Changed paths:
 818    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 819
 820 remove a comment
 821
 822 ------------------------------------------------------------------------
 823 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 824 Changed paths:
 825    M /branches/dev/samtools/Makefile
 826    M /branches/dev/samtools/bam.h
 827    M /branches/dev/samtools/razf.c
 828    M /branches/dev/samtools/razf.h
 829
 830  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
 831
 832 ------------------------------------------------------------------------
 833 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 834 Changed paths:
 835    A /branches/dev/samtools/samtools.1
 836
 837 the manual page
 838
 839 ------------------------------------------------------------------------
 840 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
 841 Changed paths:
 842    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 843    A /branches/dev/samtools/Makefile
 844    A /branches/dev/samtools/bam.c
 845    A /branches/dev/samtools/bam.h
 846    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 847    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
 848    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
 849    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
 850    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
 851    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 852    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 853    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 854    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
 855    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
 856    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
 857    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
 858    A /branches/dev/samtools/faidx.c
 859    A /branches/dev/samtools/faidx.h
 860    A /branches/dev/samtools/khash.h
 861    A /branches/dev/samtools/ksort.h
 862    A /branches/dev/samtools/kstream.h
 863    A /branches/dev/samtools/misc
 864    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 865    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 866    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 867    A /branches/dev/samtools/razf.c
 868    A /branches/dev/samtools/razf.h
 869    A /branches/dev/samtools/razip.c
 870    A /branches/dev/samtools/zutil.h
 871
 872 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
 873 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
 874
 875 ------------------------------------------------------------------------
 876 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 877 Changed paths:
 878    A /branches/dev/samtools
 879
 880 samtools (C version)
 881
 882 ------------------------------------------------------------------------