ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 22:23:27 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam_index.c
   5    M /trunk/samtools/bamtk.c
   6
   7  * samtools-0.1.2-9
   8  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
   9
  10 ------------------------------------------------------------------------
  11 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 19:06:57 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
  12 Changed paths:
  13    M /trunk/samtools/bamtk.c
  14
  15 Fix annoying segv when invalid region specified.
  16
  17 ------------------------------------------------------------------------
  18 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 10:49:55 +0000 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
  19 Changed paths:
  20    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
  21    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
  22
  23  * move indel_filter.pl to samtools.pl
  24
  25 ------------------------------------------------------------------------
  26 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 21:22:30 +0000 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
  27 Changed paths:
  28    M /trunk/samtools/bam_mate.c
  29    M /trunk/samtools/bamtk.c
  30
  31  * samtools-0.1.2-7
  32  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
  33
  34 ------------------------------------------------------------------------
  35 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 09:54:45 +0000 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
  36 Changed paths:
  37    M /trunk/samtools/bam_stat.c
  38    M /trunk/samtools/bamtk.c
  39
  40  * samtools-0.1.2-7
  41  * fixed a minor bug in flagstat
  42
  43 ------------------------------------------------------------------------
  44 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 11:15:32 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
  45 Changed paths:
  46    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
  47    M /trunk/samtools/bamtk.c
  48    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
  49
  50  * samtools-0.1.2-6
  51  * improve indel caller by setting maximum window size
  52
  53 ------------------------------------------------------------------------
  54 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 10:30:29 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
  55 Changed paths:
  56    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  57    M /trunk/samtools/bamtk.c
  58
  59  * output max mapping quality in indel line
  60
  61 ------------------------------------------------------------------------
  62 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 10:59:10 +0000 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
  63 Changed paths:
  64    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
  65
  66 fixed a bug in generating tag AM
  67
  68 ------------------------------------------------------------------------
  69 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 10:43:11 +0000 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
  70 Changed paths:
  71    M /trunk/samtools/bam_index.c
  72    M /trunk/samtools/bamtk.c
  73
  74 fixed a potential memory problem in indexing
  75
  76 ------------------------------------------------------------------------
  77 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 15:52:52 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
  78 Changed paths:
  79    M /trunk/samtools/Makefile
  80
  81 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
  82
  83 ------------------------------------------------------------------------
  84 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 10:12:15 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
  85 Changed paths:
  86    M /trunk/samtools/ChangeLog
  87    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  88    M /trunk/samtools/bam_stat.c
  89    M /trunk/samtools/bamtk.c
  90
  91  * samtools-0.1.2-3
  92  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
  93  * improve flagstat report a little bit
  94
  95 ------------------------------------------------------------------------
  96 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
  97 Changed paths:
  98    M /trunk/samtools/Makefile
  99    A /trunk/samtools/bam_stat.c
 100    M /trunk/samtools/bamtk.c
 101
 102  * samtools-0.1.2-1
 103  * added flagstat command
 104
 105 ------------------------------------------------------------------------
 106 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 107 Changed paths:
 108    M /trunk/samtools/ChangeLog
 109    M /trunk/samtools/NEWS
 110    M /trunk/samtools/bamtk.c
 111    M /trunk/samtools/samtools.1
 112
 113 Release SAMtools-0.1.2
 114
 115 ------------------------------------------------------------------------
 116 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
 117 Changed paths:
 118    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
 119
 120 Script for filtering indel results
 121
 122 ------------------------------------------------------------------------
 123 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
 124 Changed paths:
 125    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
 126
 127 convert ZOOM to SAM
 128
 129 ------------------------------------------------------------------------
 130 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
 131 Changed paths:
 132    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 133
 134 add a script to convert novo alignment to SAM
 135
 136 ------------------------------------------------------------------------
 137 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
 138 Changed paths:
 139    M /trunk/samtools/ChangeLog
 140    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
 141    M /trunk/samtools/samtools.1
 142
 143 update documentation and ChangeLog
 144
 145 ------------------------------------------------------------------------
 146 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
 147 Changed paths:
 148    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 149    M /trunk/samtools/bamtk.c
 150
 151  * samtools-0.1.1-19
 152  * fixed a bug in "merge" command line
 153
 154 ------------------------------------------------------------------------
 155 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 156 Changed paths:
 157    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 158    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
 159    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 160    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
 161    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
 162    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
 163
 164  * merge from branches/dev/
 165  * all future development will happen here
 166
 167 ------------------------------------------------------------------------
 168 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
 169 Changed paths:
 170    M /trunk/samtools/COPYING
 171    M /trunk/samtools/ChangeLog
 172    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
 173    M /trunk/samtools/Makefile
 174    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
 175    M /trunk/samtools/bam.c
 176    M /trunk/samtools/bam.h
 177    M /trunk/samtools/bam_import.c
 178    M /trunk/samtools/bam_index.c
 179    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 180    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 181    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 182    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
 183    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 184    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 185    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
 186    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 187    M /trunk/samtools/bamtk.c
 188    M /trunk/samtools/bgzf.h
 189    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
 190    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
 191    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
 192    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
 193    M /trunk/samtools/faidx.c
 194    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
 195    M /trunk/samtools/glf.h
 196    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 197    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 198    M /trunk/samtools/razf.c
 199    M /trunk/samtools/source.dot
 200
 201  * Merge from branches/dev/
 202  * all future development will happen here at trunk/
 203
 204 ------------------------------------------------------------------------
 205 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
 206 Changed paths:
 207    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 208    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 209
 210 Fix problem with compiling without curses.
 211
 212 ------------------------------------------------------------------------
 213 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 214 Changed paths:
 215    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
 216
 217 Create trunk copy
 218
 219 ------------------------------------------------------------------------
 220 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 221 Changed paths:
 222    A /branches/dev/samtools/NEWS
 223    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 224    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 225
 226 Release samtools-0.1.1
 227
 228 ------------------------------------------------------------------------
 229 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
 230 Changed paths:
 231    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 232    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 233    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 234    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 235    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 236    M /branches/dev/samtools/razf.c
 237    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 238
 239  * samtools-0.1.0-66
 240  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
 241  * fixed a memory leak in parsing a region
 242  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
 243  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
 244  * fixed a bug in indexing for small alignment
 245  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
 246  * updated documentation
 247  * prepare to release 0.1.1
 248
 249 ------------------------------------------------------------------------
 250 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 251 Changed paths:
 252    A /branches/dev/samtools/examples
 253    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
 254    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
 255    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
 256    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
 257
 258 example
 259
 260 ------------------------------------------------------------------------
 261 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
 262 Changed paths:
 263    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 264
 265 update ChangeLog
 266
 267 ------------------------------------------------------------------------
 268 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
 269 Changed paths:
 270    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 271
 272  * added comments
 273  * fixed several bugs
 274
 275 ------------------------------------------------------------------------
 276 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
 277 Changed paths:
 278    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
 279
 280 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
 281
 282 ------------------------------------------------------------------------
 283 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
 284 Changed paths:
 285    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 286    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 287    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 288    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 289    A /branches/dev/samtools/source.dot
 290
 291  * samtools-0.1.0-65
 292  * pileup: generate maq-like simple output
 293  * pileup: allow to output pileup at required sites
 294  * source.dot: source file relationship graph
 295  * tview: fixed a minor bug
 296
 297 ------------------------------------------------------------------------
 298 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
 299 Changed paths:
 300    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 301
 302 remove all2sam.pl
 303
 304 ------------------------------------------------------------------------
 305 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
 306 Changed paths:
 307    A /branches/dev/samtools/COPYING
 308    M /branches/dev/samtools/bam.h
 309    M /branches/dev/samtools/faidx.h
 310    M /branches/dev/samtools/khash.h
 311    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 312    M /branches/dev/samtools/ksort.h
 313    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 314
 315 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
 316
 317 ------------------------------------------------------------------------
 318 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 319 Changed paths:
 320    M /branches/dev/samtools/bam.c
 321    M /branches/dev/samtools/bam.h
 322    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 323    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 324    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 325
 326  * samtools-0.1.0-64
 327  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
 328
 329 ------------------------------------------------------------------------
 330 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
 331 Changed paths:
 332    M /branches/dev/samtools/bam.c
 333    M /branches/dev/samtools/bam.h
 334    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 335    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 336    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 337
 338  * samtools-0.1.0-63
 339  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
 340
 341 ------------------------------------------------------------------------
 342 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
 343 Changed paths:
 344    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 345    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 346    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 347
 348  * samtools-0.1.0-62
 349  * fixed a memory leak
 350
 351 ------------------------------------------------------------------------
 352 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
 353 Changed paths:
 354    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 355    M /branches/dev/samtools/bam.h
 356    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 357
 358 update documentation, ChangeLog and a comment
 359
 360 ------------------------------------------------------------------------
 361 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
 362 Changed paths:
 363    M /branches/dev/samtools/Makefile
 364    M /branches/dev/samtools/bam.h
 365    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 366    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 367    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 368    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
 369    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 370    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 371
 372  * samtools-0.1.0-61
 373  * moved pileup command to a separate source file
 374  * added indel caller
 375  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
 376  * updated documentation
 377
 378 ------------------------------------------------------------------------
 379 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
 380 Changed paths:
 381    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 382    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 383
 384  * samtools-0.1.0-60
 385  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
 386
 387 ------------------------------------------------------------------------
 388 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
 389 Changed paths:
 390    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 391    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 392    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 393
 394  * samtools-0.1.0-59
 395  * pileup: outputing consensus is now optional
 396  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
 397    I am not quite sure why the previous version may have problem.
 398
 399 ------------------------------------------------------------------------
 400 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
 401 Changed paths:
 402    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 403    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 404
 405  * samtools-0.1.0-58
 406  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
 407    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
 408    and imposing it would make it harder to generate for other language
 409    bindings.
 410
 411 ------------------------------------------------------------------------
 412 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 413 Changed paths:
 414    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 415
 416 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
 417
 418 ------------------------------------------------------------------------
 419 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
 420 Changed paths:
 421    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 422
 423 update manual
 424
 425 ------------------------------------------------------------------------
 426 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
 427 Changed paths:
 428    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 429    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 430
 431  * samtools-0.1.0-57
 432  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
 433  * made the parser a bit more robust
 434
 435 ------------------------------------------------------------------------
 436 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 437 Changed paths:
 438    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 439    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 440    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 441
 442  * samtools-0.1.0-56
 443  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
 444  * fixed a typo in bam_index.c
 445  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
 446
 447 ------------------------------------------------------------------------
 448 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
 449 Changed paths:
 450    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 451
 452 update manual
 453
 454 ------------------------------------------------------------------------
 455 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
 456 Changed paths:
 457    M /branches/dev/samtools/bam.h
 458    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 459    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 460
 461  * samtools-0.1.0-55
 462  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
 463  * removed -v from pileup
 464  * made pileup take the reference sequence
 465
 466 ------------------------------------------------------------------------
 467 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
 468 Changed paths:
 469    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 470    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 471    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 472
 473  * samtools-0.1.0-54
 474  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
 475  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
 476
 477 ------------------------------------------------------------------------
 478 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 479 Changed paths:
 480    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 481
 482 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
 483
 484 ------------------------------------------------------------------------
 485 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 486 Changed paths:
 487    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 488
 489 also calculate unordered md5sum check
 490
 491 ------------------------------------------------------------------------
 492 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 493 Changed paths:
 494    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 495
 496 fixed a minor bug when there are space in the sequence
 497
 498 ------------------------------------------------------------------------
 499 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
 500 Changed paths:
 501    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 502
 503 fixed a potential memory leak
 504
 505 ------------------------------------------------------------------------
 506 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 507 Changed paths:
 508    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 509    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 510    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 511
 512  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
 513
 514 ------------------------------------------------------------------------
 515 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
 516 Changed paths:
 517    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 518
 519 nothing, really
 520
 521 ------------------------------------------------------------------------
 522 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 523 Changed paths:
 524    M /branches/dev/samtools/Makefile
 525    M /branches/dev/samtools/kseq.h
 526    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 527    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
 528    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
 529    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
 530
 531  * fixed two warnings in kseq.h
 532  * added md5sum utilities
 533
 534 ------------------------------------------------------------------------
 535 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
 536 Changed paths:
 537    M /branches/dev/samtools/Makefile
 538    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 539    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 540    A /branches/dev/samtools/kseq.h
 541    D /branches/dev/samtools/kstream.h
 542
 543  * samtools-0.1.0-52
 544  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
 545    extra functions in kseq.h.
 546  * also compile stand-alone faidx
 547
 548 ------------------------------------------------------------------------
 549 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 550 Changed paths:
 551    M /branches/dev/samtools/bam.h
 552    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 553    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 554
 555  * samtools-0.1.0-51
 556  * sorting by read names is available
 557
 558 ------------------------------------------------------------------------
 559 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
 560 Changed paths:
 561    M /branches/dev/samtools/bam.c
 562    M /branches/dev/samtools/bam.h
 563    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 564    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 565    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 566    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 567    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 568    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 569    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 570
 571  * samtools-0.1.0-50
 572  * format change to meet the latest specification
 573
 574 ------------------------------------------------------------------------
 575 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
 576 Changed paths:
 577    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 578    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 579
 580  * minor change in maqcns: special care when n==0
 581  * change maq2sam to meet the latest specification
 582
 583 ------------------------------------------------------------------------
 584 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 585 Changed paths:
 586    M /branches/dev/samtools/razf.c
 587    M /branches/dev/samtools/razf.h
 588
 589 considerable code clean up in razf
 590
 591 ------------------------------------------------------------------------
 592 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
 593 Changed paths:
 594    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
 595    M /branches/dev/samtools/Makefile
 596    M /branches/dev/samtools/faidx.c
 597
 598 make RAZF optional in faidx.c
 599
 600 ------------------------------------------------------------------------
 601 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
 602 Changed paths:
 603    M /branches/dev/samtools/Makefile
 604    M /branches/dev/samtools/bam.h
 605    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 606    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 607    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 608
 609  * samtools-0.1.0-49
 610  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
 611
 612 ------------------------------------------------------------------------
 613 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
 614 Changed paths:
 615    M /branches/dev/samtools/bam.c
 616    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
 617    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 618    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 619    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 620    M /branches/dev/samtools/samtools.1
 621
 622  * samtools-0.1.0-48
 623  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
 624  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
 625  * supporting hex strings
 626
 627 ------------------------------------------------------------------------
 628 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 629 Changed paths:
 630    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 631    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 632
 633  * samtools-0.1.0-47
 634  * fixed the bug in maqcns
 635
 636 ------------------------------------------------------------------------
 637 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 638 Changed paths:
 639    M /branches/dev/samtools/Makefile
 640    M /branches/dev/samtools/bam.h
 641    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
 642    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
 643    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 644    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 645    A /branches/dev/samtools/glf.h
 646
 647  * samtools-0.1.0-46
 648  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
 649
 650 ------------------------------------------------------------------------
 651 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
 652 Changed paths:
 653    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 654    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 655    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 656
 657  * samtools-0.1.0-45
 658  * tview: display padded alignment (but not P operation)
 659  * better coordinates and reference sequence
 660
 661 ------------------------------------------------------------------------
 662 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
 663 Changed paths:
 664    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 665
 666 new ChangeLog
 667
 668 ------------------------------------------------------------------------
 669 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
 670 Changed paths:
 671    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
 672    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
 673
 674 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
 675 the log of my personal SVN repository.
 676
 677 ------------------------------------------------------------------------
 678 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
 679 Changed paths:
 680    M /branches/dev/samtools/Makefile
 681    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 682    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 683
 684  * samtools-0.1.0-44
 685  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
 686    missing these declarations will make bgzf buggy
 687  * get rid of some harmless warings
 688  * use BGZF by default, now
 689
 690 ------------------------------------------------------------------------
 691 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 692 Changed paths:
 693    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 694    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 695    M /branches/dev/samtools/razf.c
 696
 697  * samtools-0.1.0-43
 698  * fixed a bug in razf_read()
 699  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
 700
 701 ------------------------------------------------------------------------
 702 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 703 Changed paths:
 704    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
 705
 706 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
 707
 708 ------------------------------------------------------------------------
 709 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
 710 Changed paths:
 711    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
 712
 713  * samtools-0.1.0-42
 714  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
 715    also update the version number anyway to avoid confusion
 716
 717 ------------------------------------------------------------------------
 718 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 719 Changed paths:
 720    M /branches/dev/samtools/razf.c
 721
 722 a change from Jue, but I think it should not matter
 723
 724 ------------------------------------------------------------------------
 725 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
 726 Changed paths:
 727    M /branches/dev/samtools/razf.c
 728
 729 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
 730 rarely happens, very rarely.
 731
 732 ------------------------------------------------------------------------
 733 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 734 Changed paths:
 735    M /branches/dev/samtools/razf.c
 736
 737 fixed a bug in razf, with the help of Jue
 738
 739 ------------------------------------------------------------------------
 740 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 741 Changed paths:
 742    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
 743
 744 remove a comment
 745
 746 ------------------------------------------------------------------------
 747 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
 748 Changed paths:
 749    M /branches/dev/samtools/Makefile
 750    M /branches/dev/samtools/bam.h
 751    M /branches/dev/samtools/razf.c
 752    M /branches/dev/samtools/razf.h
 753
 754  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
 755
 756 ------------------------------------------------------------------------
 757 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 758 Changed paths:
 759    A /branches/dev/samtools/samtools.1
 760
 761 the manual page
 762
 763 ------------------------------------------------------------------------
 764 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
 765 Changed paths:
 766    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
 767    A /branches/dev/samtools/Makefile
 768    A /branches/dev/samtools/bam.c
 769    A /branches/dev/samtools/bam.h
 770    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
 771    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
 772    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
 773    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
 774    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
 775    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
 776    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
 777    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
 778    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
 779    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
 780    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
 781    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
 782    A /branches/dev/samtools/faidx.c
 783    A /branches/dev/samtools/faidx.h
 784    A /branches/dev/samtools/khash.h
 785    A /branches/dev/samtools/ksort.h
 786    A /branches/dev/samtools/kstream.h
 787    A /branches/dev/samtools/misc
 788    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
 789    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
 790    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
 791    A /branches/dev/samtools/razf.c
 792    A /branches/dev/samtools/razf.h
 793    A /branches/dev/samtools/razip.c
 794    A /branches/dev/samtools/zutil.h
 795
 796 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
 797 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
 798
 799 ------------------------------------------------------------------------
 800 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
 801 Changed paths:
 802    A /branches/dev/samtools
 803
 804 samtools (C version)
 805
 806 ------------------------------------------------------------------------