ChangeLog

   1                 CHANGES IN APE VERSION 2.3-1
   2
   3
   4 BUG FIXES
   5
   6     o dist.gene() failed on most occasions with the default
   7       pairwise.deletion = FALSE.
   8
   9
  10
  11                 CHANGES IN APE VERSION 2.3
  12
  13
  14 NEW FEATURES
  15
  16     o The new functions CADM.global and CADM.post, contributed by
  17       Pierre Legendre, test the congruence among several distance
  18       matrices.
  19
  20     o The new function yule.time fits a user-defined time-dependent
  21       Yule model by maximum likelihood.
  22
  23     o The new function makeNodeLabel creates and/or modifies node
  24       labels in a flexible way.
  25
  26     o read.tree() and write.tree() have been modified so that they can
  27       handle individual tree names.
  28
  29     o plot.phylo() has a new argument 'edge.lty' that specifies the
  30       types of lines used for the edges (plain, dotted, dashed, ...)
  31
  32     o phymltest() has been updated to work with PhyML 3.0.1.
  33
  34
  35 BUG FIXES
  36
  37     o drop.tip() shuffled tip labels in some cases.
  38
  39     o drop.tip() did not handle node.label correctly.
  40
  41     o is.ultrametric() now checks the ordering of the edge matrix.
  42
  43     o ace() sometimes returned negative values of likelihoods of
  44       ancestral states (thanks to Dan Rabosky for solving this long
  45       lasting bug).
  46
  47
  48 OTHER CHANGES
  49
  50     o The data set xenarthra has been removed.
  51
  52
  53
  54                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-4
  55
  56 BUG FIXES
  57
  58     o The bug fix in read.nexus() in version 2.2-3 was wrong: this is
  59       now fixed. (Thanks to Peter Wragg for the fix!)
  60
  61     o A warning message occurred for no reason with ace(method="GLS").
  62
  63
  64 OTHER CHANGES
  65
  66     o There is now a general help page displayed with '?ape'
  67
  68
  69
  70                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-3
  71
  72
  73 NEW FEATURES
  74
  75     o The new function extract.clade extracts a clade from a tree by
  76       specifying a node number or label.
  77
  78     o fastme.bal() has two new options 'spr' and 'tbr' to perform tree
  79       operations of the same names.
  80
  81     o dist.dna() can now return the number of site differences by
  82       specifying model="N".
  83
  84
  85 BUG FIXES
  86
  87     o chronopl() did not work with CV = TRUE.
  88
  89     o read.nexus() did not work correctly in some situations (trees on
  90       multiple lines with different numbers of lines and/or with
  91       comments inserted within the trees).
  92
  93     o ltt.plot(), ltt.lines(), and mltt.plot() did not count correctly
  94       the number of lineages with non-binary trees.
  95
  96
  97 OTHER CHANGES
  98
  99     o ape has now a namespace.
 100
 101     o drip.tip() has been improved: it should be much faster and work
 102       better in some cases (e.g., see the example in ?zoom).
 103
 104
 105
 106                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-2
 107
 108
 109 NEW FEATURES
 110
 111     o dist.gene() has been substantially improved and gains an option
 112       'pairwise.deletion'.
 113
 114     o cbind.DNAbin() has a new option 'fill.with.gaps' and is now
 115       more flexible.
 116
 117
 118 BUG FIXES
 119
 120     o prop.part() failed with a single tree with the default option
 121      'check.labels = TRUE'.
 122
 123    o summary.DNAbin() failed to display correctly the summary of
 124      sequence lengths with lists of sequences of 10,000 bases or more
 125      (because summary.default uses 4 significant digits by default).
 126
 127    o read.nexus() failed to read a file with a single tree with line
 128      breaks in the Newick string.
 129
 130    o del.gaps() returned a list of empty sequences when there were no
 131      gaps.
 132
 133
 134 OTHER CHANGES
 135
 136     o phymltest() has been updated for PhyML 3.0 and gains an option
 137       'append', whereas the option 'path2exec' has been removed.
 138
 139     o rbind.DNAbin() and cbind.DNAbin() now accept a single matrix
 140       which is returned unchanged (instead of an error).
 141
 142     o The data sets bird.orders and bird.families are now stored as
 143       Newick strings; i.e., the command data(bird.orders) calls
 144       read.tree().
 145
 146
 147
 148                 CHANGES IN APE VERSION 2.2-1
 149
 150
 151 NEW FEATURES
 152
 153     o The new function makeLabel() helps to modify labels of trees,
 154       lists of trees, or DNA sequences, with several utilities to
 155       truncate and/or make them unique, substituting some
 156       characters, and so on.
 157
 158     o The new function del.gaps() removes insertion gaps ("-") in a
 159       set of DNA sequences.
 160
 161     o read.dna() can now read Clustal files (*.aln).
 162
 163
 164 BUG FIXES
 165
 166     o root() failed with 'resolve.root = TRUE' when the root was
 167       already the specified root.
 168
 169     o Several bugs were fixed in mlphylo().
 170
 171     o collapsed.singles() did not propagate the 'Nnode' and
 172       'node.labels' elements (thanks to Elizabeth Purdom for the fix).
 173
 174     o read.nexus() failed to remove correctly the comments within
 175       trees.
 176
 177     o read.nexus() failed to read a file with a single tree and no
 178       translation of tip labels.
 179
 180     o read.nexus() failed to place correctly tip labels when reading
 181       a single tree with no edge lengths.
 182
 183     o A bug was fixed in sh.test().
 184
 185
 186 OTHER CHANGES
 187
 188     o unique.multiPhylo() is faster thanks to a suggestion by Vladimir
 189       Minin.
 190
 191     o The option 'check.labels' of consensus() and prop.part() is now
 192       TRUE by default.
 193
 194     o write.dna() now does not truncate names to 10 characters with
 195       the Phylip formats.
 196
 197
 198
 199                 CHANGES IN APE VERSION 2.2
 200
 201
 202 NEW FEATURES
 203
 204     o Four new functions have been written by Damien de Vienne for the
 205       graphical exploration of large trees (cophyloplot, subtrees,
 206       subtreeplot), and to return the graphical coordinates of tree
 207       (without plotting).
 208
 209     o The new functions corPagel and corBlomberg implement the Pagel's
 210       "lambda" and Blomberg et al.'s "ACDC" correlation structures.
 211
 212     o chronopl() has been improved and gains several options: see its
 213       help page for details.
 214
 215     o boot.phylo() has now an option 'trees' to possibly return the
 216       bootstraped trees (the default is FALSE).
 217
 218     o prop.part() has been improved and should now be faster in all
 219       situations.
 220
 221
 222 BUG FIXES
 223
 224     o read.dna() failed if "?" occurred in the first 10 sites of the
 225       first sequence.
 226
 227     o The x/y aspect of the plot is now respected when plotting a
 228       circular tree (type = "r" or "f").
 229
 230     o Drawing the tip labels sometimes failed when plotting circular
 231       trees.
 232
 233     o zoom() failed when tip labels were used instead of their numbers
 234       (thanks to Yan Wong for the fix).
 235
 236     o drop.tip() failed with some trees (fixed by Yan Wong).
 237
 238     o seg.sites() failed with a list.
 239
 240     o consensus() failed in some cases. The function has been improved
 241       as well and is faster.
 242
 243
 244
 245                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-3
 246
 247
 248 BUG FIXES
 249
 250     o A bug in read.nexus() made the Windows R-GUI crash.
 251
 252     o An error was fixed in the computation of ancestral character
 253       states by generalized least squares in ace().
 254
 255     o di2multi() did not modify node labels correctly.
 256
 257     o multi2di() failed if the tree had its attribute "order" set to
 258       "cladewise".
 259
 260
 261
 262                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-2
 263
 264
 265 NEW FEATURES
 266
 267     o There three new methods for the "multiPhylo" class: str, $,
 268       and [[.
 269
 270     o root() gains the options 'node' and 'resolve.root'
 271       (FALSE by default) as well as its code being improved.
 272
 273     o mltt.plot() has now an option 'log' used in the same way
 274       than in plot.default().
 275
 276
 277 BUG FIXES
 278
 279     o mltt.plot() failed to display the legend with an unnamed
 280       list of trees.
 281
 282     o nodelabels() with pies now correcly uses the argument
 283       'cex' to draw symbols of different sizes (which has
 284       worked already for thermometers).
 285
 286     o read.nexus() generally failed to read very big files.
 287
 288
 289 OTHER CHANGES
 290
 291     o The argument 'family' of compar.gee() can now be a function
 292       as well as a character string.
 293
 294     o read.tree() and read.nexus() now return an unnamed list if
 295       'tree.names = NULL'.
 296
 297     o read.nexus() now returns a modified object of class "multiPhylo"
 298       when there is a TRANSLATE block in the NEXUS file: the individual
 299       trees have no 'tip.label' vector, but the list has a 'TipLabel'
 300       attribute. The new methods '$' and '[[' set these elements
 301       correctly when extracting trees.
 302
 303
 304
 305                 CHANGES IN APE VERSION 2.1-1
 306
 307
 308 NEW FEATURES
 309
 310     o The new function rmtree generates lists of random trees.
 311
 312     o rcoal() now generates a genuine coalescent tree by default
 313       (thanks to Vladimir Minin for the code).
 314
 315
 316 BUG FIXES
 317
 318     o nuc.div() returned an incorrect value with the default
 319       pairwise.deletion = FALSE.
 320
 321
 322 OTHER CHANGES
 323
 324     o The internal codes of bionj(), fastme.bal(), and fastme.ols()
 325       have been improved so that they are stabler and faster.
 326
 327     o R packages used by ape are now loaded silently; lattice and gee
 328       are loaded only when needed.
 329
 330
 331
 332                 CHANGES IN APE VERSION 2.1
 333
 334
 335 NEW FEATURES
 336
 337     o The new function identify.phylo identifies clades on a plotted
 338       tree using the mouse.
 339
 340     o It is now possible to subset a list of trees (object of class
 341       "multiPhylo") with "[" while keeping its class correct.
 342
 343     o The new function as.DNAbin.alignment converts DNA sequences
 344       stored in the "alignment" format of the package seqinr into
 345       an object of class "DNAbin".
 346
 347     o The new function weight.taxo2 helps to build similarity matrices
 348       given two taxonomic levels (usually called by other functions).
 349
 350     o write.tree() can now take a list of trees (class "multiPhylo")
 351       as its main argument.
 352
 353     o plot.correlogram() and plot.correlogramList() have been
 354       improved, and gain several options (see the help page for
 355       details). A legend is now plotted by default.
 356
 357
 358 BUG FIXES
 359
 360     o dist.dna() returned some incorrect values with `model = "JC69"'
 361       and `pairwise.deletion = TRUE'. This affected only the
 362       distances involving sequences with missing values. (Thanks
 363       to Bruno Toupance for digging this bug out.)
 364
 365     o write.tree() failed with some trees: this is fixed by removing
 366       the `multi.line' option (trees are now always printed on a
 367       single line).
 368
 369     o read.nexus() did not correctly detect trees with multiple root
 370       edges (see OTHER CHANGES).
 371
 372
 373 OTHER CHANGES
 374
 375     o The code of mlphylo() has been almost entirely rewritten, and
 376       should be much stabler. The options have been also greatly
 377       simplified (see ?mlphylo and ?DNAmodel for details).
 378
 379     o The internal function nTips has been renamed klastorin_nTips.
 380
 381     o The code of is.ultrametric() contained redundancies and has
 382       been cleaned-up.
 383
 384     o The code of Moran.I() and of correlogram.formula() have been
 385       improved.
 386
 387     o read.tree() and read.nexus() now return an error when trying to
 388       read a tree with multiple root edges (see BUG FIXES). The
 389       correction applied in previous version did not work in all
 390       situations.
 391
 392     o The class c("multi.tree", "phylo") has been renamed
 393       "multiPhylo".
 394
 395
 396 DOCUMENTATION
 397
 398     o There is now a vignette in ape: see vignette("MoranI", "ape").
 399
 400
 401 DEPRECATED & DEFUNCT
 402
 403     o as.matching() and as.phylo.matching() do not support branch
 404       lengths.
 405
 406     o correlogram.phylo() and discrete.dist() have been removed.
 407
 408
 409
 410                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-2
 411
 412
 413 NEW FEATURES
 414
 415     o The new function matexpo computes the exponential of a square
 416       matrix.
 417
 418     o The new function unique.multi.tree removes duplicate trees from
 419       a list.
 420
 421     o yule() has a new option `use.root.edge = FALSE' that specifies
 422       to ignore, by default, the root edge of the tree if it exists.
 423
 424
 425 BUG FIXES
 426
 427     o which.edge() failed when the index of a single terminal edge was
 428       looked for.
 429
 430     o In diversi.time(), the values returned for model C were
 431       incorrect.
 432
 433     o A bug was fixed in yule() that affected the calculation of the
 434       likelihood in the presence of ties in the branching times.
 435
 436     o There was a bug in the C function mat_expo4x4 affecting the
 437       calculations of the transition probabilities for models HKY and
 438       GTR in mlphylo().
 439
 440     o A small bug was fixed in as.matrix.DNAbin (thanks to James
 441       Bullard).
 442
 443     o rtree() did not `shuffle' the tip labels by default, so only a
 444       limited number of labelled topologies could be generated.
 445
 446
 447
 448                 CHANGES IN APE VERSION 2.0-1
 449
 450
 451 NEW FEATURES
 452
 453     o The three new functions bionj, fastme.ols, and fastme.bal
 454       perform phylogeny estimation by the BIONJ and fastME methods in
 455       OLS and balanced versions. This is a port to R of previous
 456       previous programs done by Vincent Lefort.
 457
 458     o The new function chronoMPL performs molecular dating with the
 459       mean path lengths method of Britton et al. (2002, Mol. Phyl.
 460       Evol. 24: 58).
 461
 462     o The new function rotate, contributed by Christoph Heibl, swaps
 463       two clades connected to the same node. It works also with
 464       multichotomous nodes.
 465
 466     o The new `method' as.matrix.DNAbin() may be used to convert
 467       easily DNA sequences stored in a list into a matrix while
 468       keeping the names and the class.
 469
 470
 471 BUG FIXES
 472
 473     o chronopl() failed when some branch lengths were equal to zero:
 474       an error message is now returned.
 475
 476     o di2multi() failed when there was a series of consecutive edges
 477       to remove.
 478
 479
 480
 481                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-2
 482
 483
 484 NEW FEATURES
 485
 486     o plot.phylo() can now plot circular trees: the option is type =
 487       "fan" or type = "f" (to avoid the ambiguity with type = "c").
 488
 489     o prop.part() has a new option `check.labels = FALSE' which allows
 490       to considerably speed-up the calculations of bipartitions. As a
 491       consequence, calculations of bootstrap values with boot.phylo()
 492       should be much faster.
 493
 494
 495 BUG FIXES
 496
 497     o read.GenBank() did not return correctly the list of species as
 498       from ape 1.10: this is fixed in this version
 499
 500     o Applying as.phylo() on a tree of class "phylo" failed: the
 501       object is now returned unchanged.
 502
 503
 504
 505                 CHANGES IN APE VERSION 1.10-1
 506
 507
 508 NEW FEATURES
 509
 510     o The three new functions Ntip, Nnode, and Nedge return, for a
 511       given tree, the number of tips, nodes, or edges, respectively.
 512
 513
 514 BUG FIXES
 515
 516     o read.nexus() did not set correctly the class of the returned
 517       object when reading multiple trees.
 518
 519     o mllt.plot() failed with objects of class c("multi.tree",
 520       "phylo").
 521
 522     o unroot() did not work correctly in most cases.
 523
 524     o reorder.phylo() made R freeze in some occasions.
 525
 526     o Plotting a tree in pruningwise order failed.
 527
 528     o When plotting an unrooted tree, the tip labels where not all
 529       correctly positioned if the option `cex' was used.
 530
 531
 532
 533                 CHANGES IN APE VERSION 1.10
 534
 535
 536 NEW FEATURES
 537
 538     o Five new `method' functions have been introduced to manipulate
 539       DNA sequences in binary format (see below).
 540
 541     o Three new functions have been introduced to convert between the
 542       new binary and the character formats.
 543
 544     o The new function as.alignment converts DNA sequences stored as
 545       single characters into the class "alignment" used by the package
 546       seqinr.
 547
 548     o read.dna() and read.GenBank() have a new argument `as.character'
 549       controlling whether the sequences are returned in binary format
 550       or as character.
 551
 552
 553 BUG FIXES
 554
 555     o root() failed when the tree had node labels: this is fixed.
 556
 557     o plot.phylo() did not correctly set the limits on the y-axis with
 558       the default setting: this is fixed.
 559
 560     o dist.dna() returned a wrong result for the LogDet, paralinear,
 561       and BH87 models with `pairwise.deletion = TRUE'.
 562
 563
 564 OTHER CHANGES
 565
 566     o DNA sequences are now internally stored in a binary format. See
 567       the document "A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides" for the
 568       details. Most functions analyzing DNA functions have been
 569       modified accordingly and are now much faster (dist.dna is now
 570       ca. 60 times faster).
 571
 572
 573
 574                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-4
 575
 576
 577 BUG FIXES
 578
 579     o A bug was fixed in edgelabels().
 580
 581     o as.phylo.hclust() did not work correctly when the object of
 582       class "hclust" has its labels set to NULL: the returned tree has
 583       now its tip labels set to "1", "2", ...
 584
 585     o consensus could fail if some tip labels are a subset of others
 586       (e.g., "a" and "a_1"): this is now fixed.
 587
 588     o mlphylo() failed in most cases if some branch lengths of the
 589       initial tree were greater than one: an error message is now
 590       issued.
 591
 592     o mlphylo() failed in most cases when estimating the proportion of
 593       invariants: this is fixed.
 594
 595
 596
 597                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-3
 598
 599
 600 NEW FEATURES
 601
 602     o The new function edgelabels adds labels on the edge of the tree
 603       in the same way than nodelabels or tiplabels.
 604
 605
 606 BUG FIXES
 607
 608     o multi2di() did not handle correctly branch lengths with the
 609       default option `random = TRUE': this is now fixed.
 610
 611     o A bug was fixed in nuc.div() when using pairwise deletions.
 612
 613     o A bug occurred in the analysis of bipartitions with large
 614       numbers of large trees, with consequences on prop.part,
 615       prop.clades, and boot.phylo.
 616
 617     o The calculation of the Billera-Holmes-Vogtmann distance in
 618       dist.topo was wrong: this has been fixed.
 619
 620
 621
 622                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-2
 623
 624
 625 NEW FEATURES
 626
 627     o The new function ladderize reorganizes the internal structure of
 628       a tree to plot them left- or right-ladderized.
 629
 630     o The new function dist.nodes computes the patristic distances
 631       between all nodes, internal and terminal, of a tree. It replaces
 632       the option `full = TRUE' of cophenetic.phylo (see below).
 633
 634
 635 BUG FIXES
 636
 637     o A bug was fixed in old2new.phylo().
 638
 639     o Some bugs were fixed in chronopl().
 640
 641     o The edge colours were not correctly displayed by plot.phylo
 642       (thank you to Li-San Wang for the fix).
 643
 644     o cophenetic.phylo() failed with multichotomous trees: this is
 645       fixed.
 646
 647
 648 OTHER CHANGES
 649
 650     o read.dna() now returns the sequences in a matrix if they are
 651       aligned (interleaved or sequential format). Sequences in FASTA
 652       format are still returned in a list.
 653
 654     o The option `full' of cophenetic.phylo() has been removed because
 655       it could not be used from the generic.
 656
 657
 658 DEPRECATED & DEFUNCT
 659
 660     o rotate() has been removed; this function did not work correctly
 661       since ape 1.9.
 662
 663
 664
 665                 CHANGES IN APE VERSION 1.9-1
 666
 667
 668 BUG FIXES
 669
 670     o Trees with a single tip were not read correctly in R as the
 671       element `Nnode' was not set: this is fixed.
 672
 673     o unroot() did not set correctly the number of nodes of the
 674       unrooted tree in most cases.
 675
 676     o read.GenBank() failed when fetching very long sequences,
 677       particularly of the BX-series.
 678
 679     o A bug was introduced in read.tree() with ape 1.9: it has been
 680       fixed
 681
 682
 683
 684                 CHANGES IN APE VERSION 1.9
 685
 686
 687 NEW FEATURES
 688
 689     o There are two new print `methods' for trees of class "phylo" and
 690       lists of trees of class "multi.tree", so that they are now
 691       displayed in a compact and informative way.
 692
 693     o There are two new functions, old2new.phylo and new2old.phylo,
 694       for converting between the old and new coding of the class
 695       "phylo".
 696
 697     o dist.dna() has three new models: Barry and Hartigan ("BH87"),
 698       LogDet ("logdet"), and paralinear ("paralin").
 699
 700     o compute.brlen() has been extended: several methods are now
 701       available to compute branch lengths.
 702
 703     o write.dna() can now handle matrices as well as lists.
 704
 705
 706 BUG FIXES
 707
 708     o cophenetic.phylo() sometimes returned a wrong result with
 709       multichotomous trees: this is fixed.
 710
 711     o rotate() failed when a single tip was specified: the tree is now
 712       returned unchanged.
 713
 714     o ace() did not return the correct index matrix with custom
 715       models: this is fixed.
 716
 717     o multi2di() did not work correctly when resolving multichotomies
 718       randomly: the topology was always the same, only the arrangement
 719       of clades was randomized: this is fixed. This function now
 720       accepts trees with no branch lengths.
 721
 722     o The output of diversi.gof() was blurred by useless prints when a
 723       user distribution was specified. This has been corrected, and
 724       the help page of this function has been expanded.
 725
 726
 727 OTHER CHANGES
 728
 729     o The internal structure of the class "phylo" has been changed:
 730       see the document "Definition of Formats for Coding Phylogenetic
 731       Trees in R" for the details. In addition, the code of most
 732       functions has been improved.
 733
 734     o Several functions have been improved by replacing some R codes
 735       by C codes: pic, plot.phylo, and reorder.phylo.
 736
 737     o There is now a citation information: see citation("ape") in R.
 738
 739     o write.tree() now does not add extra 0's to branch lengths so
 740       that 1.23 is printed "1.23" by default, not "1.2300000000".
 741
 742     o The syntax of bind.tree() has been simplified. This function now
 743       accepts trees with no branch lengths, and handles correctly node
 744       labels.
 745
 746     o The option `as.numeric' of mrca() has been removed.
 747
 748     o The unused options `format' and `rooted' of read.tree() have
 749       been removed.
 750
 751     o The unused option `format' of write.tree() has been removed.
 752
 753     o The use of node.depth() has been simplified.
 754
 755
 756
 757                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-5
 758
 759
 760 NEW FEATURES
 761
 762     o Two new functions read.nexus.data() and write.nexus.data(),
 763       contributed by Johan Nylander, allow to read and write molecular
 764       sequences in NEXUS files.
 765
 766     o The new function reorder.phylo() reorders the internal structure
 767       of a tree of class "phylo". It is used as the generic, e.g.,
 768       reorder(tr).
 769
 770     o read.tree() and read.nexus() can now read trees with a single
 771       edge.
 772
 773     o The new data set `cynipids' supplies a set of protein sequences
 774       in NEXUS format.
 775
 776
 777 BUG FIXES
 778
 779     o The code of all.equal.phylo() has been completely rewritten
 780       (thanks to Benoît Durand) which fixes several bugs.
 781
 782     o read.tree() and read.nexus() now checks the labels of the tree
 783       to remove or substitute any characters that are illegal in the
 784       Newick format (parentheses, etc.)
 785
 786     o A negative P-value could be returned by mantel.test(): this is
 787       now fixed.
 788
 789
 790
 791                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-4
 792
 793
 794 NEW FEATURES
 795
 796     o The new function sh.test() computes the Shimodaira-
 797       Hasegawa test.
 798
 799     o The new function collapse.singles() removes the nodes with a
 800       single descendant from a tree.
 801
 802     o plot.phylo() has a new argument `tip.color' to specify the
 803       colours of the tips.
 804
 805     o mlphylo() has now an option `quiet' to control the display of
 806       the progress of the analysis (the default is FALSE).
 807
 808
 809 BUG FIXES
 810
 811     o read.dna() did not read correctly sequences in sequential format
 812       with leading alignment gaps "-": this is fixed.
 813
 814     o ace() returned a list with no class so that the generic
 815       functions (anova, logLik, ...) could not be used directly. This
 816       is fixed as ace() now returns an object of class "ace".
 817
 818     o anova.ace() had a small bug when computing the number of degrees
 819       of freedom: this is fixed.
 820
 821     o mlphylo() did not work when the sequences were in a matrix or
 822       a data frame: this is fixed.
 823
 824     o rtree() did not work correctly when trying to simulate an
 825       unrooted tree with two tips: an error message is now issued.
 826
 827
 828 OTHER CHANGES
 829
 830     o The algorithm of rtree() has been changed: it is now about 40,
 831       100, and 130 times faster for 10, 100, and 1000 tips,
 832       respectively.
 833
 834
 835
 836                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-3
 837
 838
 839 NEW FEATURES
 840
 841     o There are four new `method' functions to be used with the
 842       results of ace(): logLik(), deviance(), AIC(), and anova().
 843
 844     o The plot method of phymltest has two new arguments: `main' to
 845       change the title, and `col' to control the colour of the
 846       segments showing the AIC values.
 847
 848     o ace() has a new argument `ip' that gives the initial values used
 849       in the ML estimation with discrete characters (see the examples
 850       in ?ace). This function now returns a matrix giving the indices
 851       of the estimated rates when analysing discrete characters.
 852
 853     o nodelabels() and tiplabels() have a new argument `pie' to
 854       represent proportions, with any number of categories, as
 855       piecharts. The use of the option `thermo' has been improved:
 856       there is now no limitation on the number of categories.
 857
 858
 859 BUG FIXES
 860
 861     o mlphylo() did not work with more than two partitions: this is
 862       fixed.
 863
 864     o root() failed if the proposed outgroup was already an outgroup
 865       in the tree: this is fixed.
 866
 867     o The `col' argument in nodelabels() and tiplabels() was not
 868       correctly passed when `text' was used: this is fixed.
 869
 870     o Two bugs were fixed in mlphylo(): parameters were not always
 871       correctly output, and the estimation failed in some cases.
 872
 873     o plot.phylo() was stuck when given a tree with a single tip: this
 874       is fixed and a message error is now returned.
 875
 876     o An error was corrected in the help page of gammaStat regarding
 877       the calculation of P-values.
 878
 879     o Using gls() could crash R when the number of species in the tree
 880       and in the variables were different: this is fixed.
 881
 882
 883
 884                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-2
 885
 886
 887 NEW FEATURES
 888
 889     o The new function mlphylo() fits a phylogenetic tree by maximum
 890       likelihood from DNA sequences. Its companion function DNAmodel()
 891       is used to define the substitution model which may include
 892       partitioning. There are methods for logLik(), deviance(), and
 893       AIC(), and the summary() method has been extended to display in
 894       a friendly way the results of this model fitting. Currently, the
 895       functionality is limited to estimating the substitution and
 896       associated parameters and computing the likelihood.
 897
 898     o The new function drop1.compar.gee (used as, e.g., drop1(m))
 899       tests for single effects in GEE-based comparative method. A
 900       warning message is printed if there is not enough degrees of
 901       freedom.
 902
 903
 904 BUG FIXES
 905
 906     o An error message was sometimes issued by plot.multi.tree(),
 907       though with no consequence.
 908
 909
 910
 911                 CHANGES IN APE VERSION 1.8-1
 912
 913
 914 NEW FEATURES
 915
 916     o There is a new plot method for lists of trees (objects of class
 917       "multi.tree"): it calls plot.phylo() internally and is
 918       documented on the same help page.
 919
 920
 921 BUG FIXES
 922
 923     o A bug was fixed in the C code that analyzes bipartitions: this
 924       has impact on several functions like prop.part, prop.clades,
 925       boot.phylo, or consensus.
 926
 927     o root() did not work correctly when the specified outgroup had
 928       more than one element: this is fixed.
 929
 930     o dist.dna() sometimes returned a warning inappropriately: this
 931       has been corrected.
 932
 933     o If the distance object given to nj() had no rownames, nj()
 934       returned a tree with no tip labels: it now returns tips labelled
 935       "1", "2", ..., corresponding to the row numbers.
 936
 937
 938 OTHER CHANGES
 939
 940     o nj() has been slightly changed so that tips with a zero distance
 941       are first aggregated with zero-lengthed branches; the usual NJ
 942       procedure is then performed on a distance matrix without 0's.
 943
 944
 945
 946                 CHANGES IN APE VERSION 1.8
 947
 948
 949 NEW FEATURES
 950
 951     o The new function chronopl() estimates dates using the penalized
 952       likelihood method by Sanderson (2002; Mol. Biol. Evol., 19:101).
 953
 954     o The new function consensus() calculates the consensus tree of a
 955       list of trees.
 956
 957     o The new function evolve.phylo() simulates the evolution of
 958       continuous characters along a phylogeny under a Brownian model.
 959
 960     o The new plot method for objects of class "ancestral" displays a
 961       tree together with ancestral values, as returned by the above
 962       function.
 963
 964     o The new function as.phylo.formula() returns a phylogeny from a
 965       set of nested taxonomic variables given as a formula.
 966
 967     o The new function read.caic() reads trees in CAIC format.
 968
 969     o The new function tiplabels() allows to add labels to the tips
 970       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
 971
 972     o The new function unroot() unroots a phylogeny.
 973
 974     o multi2di() has a new option, `random', which specifies whether
 975       to resolve the multichotomies randomly (the default) or not.
 976
 977     o prop.part() now returns an object of class "prop.part" for which
 978       there are print (to display a partition in a more friendly way)
 979       and summary (to extract the numbers) methods.
 980
 981     o plot.phylo() has a new option, `show.tip.label', specifying
 982       whether to print the labels of the tips. The default is TRUE.
 983
 984     o The code of nj() has been replaced by a faster C code: it is now
 985       about 10, 25, and 40 times faster for 50, 100, and 200 taxa,
 986       respectively.
 987
 988     o write.nexus() now writes whether a tree is rooted or not.
 989
 990
 991 BUG FIXES
 992
 993     o Two bugs have been fixed in root(): unrooted trees are now
 994       handled corretly, and node labels are now output normally.
 995
 996     o A bug was fixed in phymltest(): the executable couldn't be found
 997       in some cases.
 998
 999     o Three bug have been fixed in ace(): computing the likelihood of
1000       ancestral states of discrete characters failed, custom models
1001       did not work, and the function failed with a null gradient (a
1002       warning message is now returned; this latter bug was also
1003       present in yule.cov() as well and is now fixed).
1004
1005     o pic() hanged out when missing data were present: a message error
1006       is now returned.
1007
1008     o A small bug was fixed in dist.dna() where the gamma correction
1009       was not always correctly dispatched.
1010
1011     o plot.phylo() plotted correctly the root edge only when the tree
1012       was plotted rightwards: this works now for all directions.
1013
1014
1015 OTHER CHANGES
1016
1017     o dist.taxo() has been renamed as weight.taxo().
1018
1019     o Various error and warning messages have been improved.
1020
1021
1022
1023                 CHANGES IN APE VERSION 1.7
1024 NEW FEATURES
1025
1026     o The new function ace() estimates ancestral character states for
1027       continuous characters (with ML, GLS, and contrasts methods), and
1028       discrete characters (with ML only) for any number of states.
1029
1030     o The new function compar.ou() fits the Ornstein-Uhlenbeck model
1031       of directional evolution for continuous characters. The user
1032       specifies the node(s) of the tree where the character optimum
1033       changes.
1034
1035     o The new function is.rooted() tests whether a tree (of class
1036       "phylo") is rooted.
1037
1038     o The new function rcoal() generates random ultrametric trees with
1039       the possibility to specify the function that generates the
1040       inter-nodes distances.
1041
1042     o The new function mrca() gives for all pairs of tips in a tree
1043       (and optionally nodes too) the most recent common ancestor.
1044
1045     o nodelabels() has a new option `thermo' to plot proportions (up
1046       to three classes) on the nodes of a tree.
1047
1048     o rtree() has been improved: it can now generate rooted or
1049       unrooted trees, and the mathematical function that generates the
1050       branch lengths may be specified by the user. The tip labels may
1051       be given directly in the call to rtree. The limit cases (n = 2,
1052       3) are now handled correctly.
1053
1054     o dist.topo() has a new argument `method' with two choices: "PH85"
1055       for Penny and Henny's method (already available before and now
1056       the default), and "BHV01" for the geometric distance by Billera
1057       et al. (2001, Adv. Appl. Math. 27:733).
1058
1059     o write.tree() has a new option, `digits', which specifies the
1060       number of digits to be printed in the Newick tree. By default
1061       digits = 10. The numbers are now always printed in decimal form
1062       (i.e., 1.0e-1 is now avoided).
1063
1064     o dist.dna() can now compute the raw distances between pairs of
1065       DNA sequences by specifying model = "raw".
1066
1067     o dist.phylo() has a new option `full' to possibly compute the
1068       distances among all tips and nodes of the tree. The default if
1069       `full = FALSE'.
1070
1071
1072 BUG FIXES
1073
1074     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo().
1075
1076     o dist.dna() did not handle correctly gaps ("-") in alignments:
1077       they are now considered as missing data.
1078
1079     o rotate() did not work if the tips were not ordered: this is
1080       fixed.
1081
1082     o mantel.test() returned NA in some special cases: this is fixed
1083       and the function has been improved and is now faster.
1084
1085     o A bug was fixed in diversi.gof() where the calculation of A² was
1086       incorrect.
1087
1088     o cherry() did not work correctly under some OSs (mainly Linux):
1089       this is fixed.
1090
1091     o is.binary.tree() has been modified so that it works with both
1092       rooted and unrooted trees.
1093
1094     o The documentation of theta.s() was not correct: this has been
1095       fixed.
1096
1097     o plot.mst() did not work correctly: this is fixed.
1098
1099
1100
1101                 CHANGES IN APE VERSION 1.6
1102
1103
1104 NEW FEATURES
1105
1106     o The new function dist.topo() computes the topological distances
1107       between two trees.
1108
1109     o The new function boot.phylo() performs a bootstrap analysis on
1110       phylogeny estimation.
1111
1112     o The new functions prop.part() and prop.clades() analyse
1113       bipartitions from a series of trees.
1114
1115
1116 OTHER CHANGES
1117
1118     o read.GenBank() now uses the EFetch utility of NCBI instead of
1119       the usual Web interface: it is now much faster (e.g., 12 times
1120       faster to retrieve 8 sequences, 37 times for 60 sequences).
1121
1122
1123 BUG FIXES
1124
1125     o Several bugs were fixed in read.dna().
1126
1127     o Several bugs were fixed in diversi.time().
1128
1129     o is.binary.tree() did not work correctly if the tree has no edge
1130       lengths: this is fixed.
1131
1132     o drop.tip() did not correctly propagated the `node.label' of a
1133       tree: this is fixed.
1134
1135
1136
1137                 CHANGES IN APE VERSION 1.5
1138
1139
1140 NEW FEATURES
1141
1142     o Two new functions, as.matching.phylo() and as.phylo.matching(),
1143       convert objects between the classes "phylo" and "matching". The
1144       latter implements the representation of binary trees introduced by
1145       Diaconis and Holmes (1998; PNAS 95:14600). The generic function
1146       as.matching() has been introduced as well.
1147
1148     o Two new functions, multi2di() and di2multi(), allow to resolve
1149       and collapse multichotomies with branches of length zero.
1150
1151     o The new function nuc.div() computes the nucleotide diversity
1152       from a sample a DNA sequences.
1153
1154     o dist.dna() has been completely rewritten with a much faster
1155       (particularly for large data sets) C code. Eight models are
1156       available: JC69, K80, F81, K81, F84, T92, TN93, and GG95 (the
1157       option `method' has been renamed `model'). Computation of variance
1158       is available for all models. A gamma-correction is possible for
1159       JC69, K80, F81, and TN93. There is a new option, pairwise.deletion,
1160       to remove sites with missing data on a pairwise basis. The option
1161       `GCcontent' has been removed.
1162
1163     o read.GenBank() has a new option (species.names) which specifies
1164       whether to return the species names of the organisms in addition
1165       to the accession numbers of the sequences (this is the default
1166       behaviour).
1167
1168     o write.nexus() can now write several trees in the same NEXUS file.
1169
1170     o drop.tip() has a new option `root.edge' that allows to specify the
1171       new root edge if internal branches are trimmed.
1172
1173
1174 BUG FIXES
1175
1176     o as.phylo.hclust() failed if some labels had parentheses: this
1177       is fixed.
1178
1179     o Several bugs were fixed in all.equal.phylo(). This function now
1180       returns the logical TRUE if the trees are identical but with
1181       different representations (a report was printed previously).
1182
1183     o read.GenBank() did not correctly handle ambiguous base codes:
1184       this is fixed.
1185
1186
1187 OTHER CHANGES
1188
1189     o birthdeath() now returns an object of class "birthdeath" for
1190       which there is a print method.
1191
1192
1193
1194                 CHANGES IN APE VERSION 1.4
1195
1196
1197 NEW FEATURES
1198
1199     o The new function nj() performs phylogeny estimation with the
1200       neighbor-joining method of Saitou and Nei (1987; Mol. Biol.
1201       Evol., 4:406).
1202
1203     o The new function which.edge() identifies the edges of a tree
1204       that belong to a group specified as a set of tips.
1205
1206     o The new function as.phylo.phylog() converts an object of class
1207       "phylog" (from the package ade4) into an object of class
1208       "phylo".
1209
1210     o The new function axisPhylo() draws axes on the side of a
1211       phylogeny plot.
1212
1213     o The new function howmanytrees() calculates the number of trees
1214       in different cases and giving a number of tips.
1215
1216     o write.tree() has a new option `multi.line' (TRUE by default) to
1217       write a Newick tree on several lines rather than on a single
1218       line.
1219
1220     o The functionalities of zoom() have been extended. Several
1221       subtrees can be visualized at the same time, and they are marked
1222       on the main tree with colors. The context of the subtrees can be
1223       marked with the option `subtree' (see below).
1224
1225     o drop.tip() has a new option `subtree' (FALSE by default) which
1226       specifies whether to output in the tree how many tips have been
1227       deleted and where.
1228
1229     o The arguments of add.scale.bar() have been redefined and have
1230       now default values (see ?add.scale.bar for details). This
1231       function now works even if the plotted tree has no edge length.
1232
1233     o plot.phylo() can now plot radial trees, but this does not take
1234       edge lengths into account.
1235
1236     o In plot.phylo() with `type = "phylogram"', if the values of
1237       `edge.color' and `edge.width' are identical for sister-branches,
1238       they are propagated to the vertical line that link them.
1239
1240
1241 BUG FIXES
1242
1243     o Repeated calls to as.phylo.hclust() or as.hclust.phylo() made R
1244       crashing. This is fixed.
1245
1246     o In plot.phylo(), the options `edge.color' and `edge.width' are
1247       now properly recycled; their default values are now "black" and
1248       1, respectively.
1249
1250     o A bug has been fixed in write.nexus().
1251
1252
1253 OTHER CHANGES
1254
1255     o The function node.depth.edgelength() has been removed and
1256       replaced by a C code.
1257
1258
1259
1260                 CHANGES IN APE VERSION 1.3-1
1261
1262
1263 NEW FEATURES
1264
1265     o The new function nodelabels() allows to add labels to the nodes
1266       of a tree using text or plotting symbols in a flexible way.
1267
1268     o In plot.phylo() the arguments `x.lim' and `y.lim' can now be two
1269       numeric values specifying the lower and upper limits on the x-
1270       and y-axes. This allows to leave some space on any side of the
1271       tree. If a single value is given, this is taken as the upper
1272       limit (as before).
1273
1274
1275
1276                 CHANGES IN APE VERSION 1.3
1277
1278
1279 NEW FEATURES
1280
1281     o The new function phymltest() calls the software PHYML and fits
1282       28 models of DNA sequence evolution. There are a print method to
1283       display likelihood and AIC values, a summary method to compute
1284       the hierarchical likelihood ratio tests, and a plot method to
1285       display graphically the AIC values of each model.
1286
1287     o The new function yule.cov() fits the Yule model with covariates,
1288       a model where the speciation rate is affected by several species
1289       traits through a generalized linear model. The parameters are
1290       estimated by maximum likelihood.
1291
1292     o Three new functions, corBrownian(), corGrafen(), and
1293       corMartins(), compute the expected correlation structures among
1294       species given a phylogeny under different models of evolution.
1295       These can be used for GLS comparative phylogenetic methods (see
1296       the examples). There are coef() and corMatrix() methods and an
1297       Initialize.corPhyl() function associated.
1298
1299     o The new function compar.cheverud() implements Cheverud et al.'s
1300       (1985; Evolution 39:1335) phylogenetic comparative method.
1301
1302     o The new function varcomp() estimates variance components; it has
1303       a plot method.
1304
1305     o Two new functions, panel.superpose.correlogram() and
1306       plot.correlogramList(), allow to plot several phylogenetic
1307       correlograms.
1308
1309     o The new function node.leafnumber() computes the number of leaves
1310       of a subtree defined by a particular node.
1311
1312     o The new function node.sons() gets all tags of son nodes from a
1313       given parent node.
1314
1315     o The new function compute.brlen() computes the branch lengths of
1316       a tree according to a specified method.
1317
1318     o plot.phylo() has three new options: "cex" controls the size of
1319       the (tip and node) labels (thus it is no more needed to change
1320       the global graphical parameter), "direction" which allows to
1321       plot the tree rightwards, leftwards, upwards, or downwards, and
1322       "y.lim" which sets the upper limit on the y-axis.
1323
1324
1325 BUG FIXES
1326
1327     o Some functions which try to match tip labels and names of
1328       additional data (e.g. vector) are likely to fail if there are
1329       typing or syntax errors. If both series of names do not perfectly
1330       match, they are ignored and a warning message is now issued.
1331       These functions are bd.ext, compar.gee, pic. Their help pages
1332       have been clarified on this point.
1333
1334
1335
1336                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-7
1337
1338
1339 NEW FEATURES
1340
1341     o The new function root() reroots a phylogenetic tree with respect
1342       to a specified outgroup.
1343
1344     o The new function rotate() rotates an internal branch of a tree.
1345
1346     o In plot.phylo(), the new argument "lab4ut" (labels for unrooted
1347       trees) controls the display of the tip labels in unrooted trees.
1348       This display has been greatly improved: the tip labels are now not
1349       expected to overlap with the tree (particularly if lab4ut =
1350       "axial"). In all cases, combining appropriate values of "lab4ut"
1351       and the font size (via "par(cex = )") should result in readable
1352       unrooted trees. See ?plot.phylo for some examples.
1353
1354     o In drop.tip(), the argument `tip' can now be numeric or character.
1355
1356
1357 BUG FIXES
1358
1359     o drop.tip() did not work correctly with trees with no branch
1360       lengths: this is fixed.
1361
1362     o A bug in plot.phylo(..., type = "unrooted") made some trees being
1363       plotted with some line crossings: this is now fixed.
1364
1365
1366
1367                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-6
1368
1369
1370 NEW FEATURES
1371
1372     o Six new functions (Moran.I, correlogram.formula, discrete.dist,
1373       correlogram.phylo, dist.taxo, plot.correlogram) have been added
1374       to implement comparative methods with an autocorrelation approach.
1375
1376     o A new data set describing some life history traits of Carnivores
1377       has been included.
1378
1379
1380 BUG FIXES
1381
1382     o A fix was made on mcmc.popsize() to conform to R 2.0.0.
1383
1384
1385 OTHER CHANGES
1386
1387     o When plotting a tree with plot.phylo(), the new default of the
1388       option `label.offset' is now 0, so the labels are always visible.
1389
1390
1391
1392                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-5
1393
1394
1395 NEW FEATURES
1396
1397     o The new function bd.ext() fits a birth-death model with combined
1398       phylogenetic and taxonomic data, and estimates the corresponding
1399       speciation and extinction rates.
1400
1401
1402 OTHER CHANGES
1403
1404     o The package gee is no more required by ape but only suggested
1405       since only the function compar.gee() calls gee.
1406
1407
1408
1409                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-4
1410
1411
1412 NEW FEATURES
1413
1414     o Four new functions (mcmc.popsize, extract.popsize, plot.popsize,
1415       and lines.popsize) implementing a new approach for inferring the
1416       demographic history from genealogies using a reversible jump
1417       MCMC have been introduced.
1418
1419     o The unit of time in the skyline plot and in the new plots can
1420       now be chosen to be actual years, rather than substitutions.
1421
1422
1423
1424                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-3
1425
1426
1427 NEW FEATURES
1428
1429     o The new function rtree() generates a random binary tree with or
1430       without branch lengths.
1431
1432     o Two new functions for drawing lineages-through-time (LTT) plots
1433       are provided: ltt.lines() adds a LTT curve to an existing plot,
1434       and mltt.plot() does a multiple LTT plot giving several trees as
1435       arguments (see `?ltt.plot' for details).
1436
1437
1438 BUG FIXES
1439
1440     o Some taxon names made R crashing when calling as.phylo.hclust():
1441       this is fixed.
1442
1443     o dist.dna() returned an error with two identical DNA sequences
1444       (only using the Jukes-Cantor method returned 0): this is fixed.
1445
1446
1447 OTHER CHANGES
1448
1449     o The function dist.phylo() has been re-written using a different
1450       algorithm: it is now about four times faster.
1451
1452     o The code of branching.times() has been improved: it is now about
1453       twice faster.
1454
1455
1456
1457                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-2
1458
1459
1460 NEW FEATURES
1461
1462     o The new function seg.sites() finds the segregating sites in a
1463       sample of DNA sequences.
1464
1465
1466 BUG FIXES
1467
1468     o A bug introduced in read.tree() and in read.nexus() with version
1469       1.2-1 was fixed.
1470
1471     o A few errors were corrected and a few examples were added in the
1472       help pages.
1473
1474
1475
1476                 CHANGES IN APE VERSION 1.2-1
1477
1478
1479 NEW FEATURES
1480
1481     o plot.phylo() can now draw the edge of the root of a tree if it
1482       has one (see the new option `root.edge', its default is FALSE).
1483
1484
1485 BUG FIXES
1486
1487     o A bug was fixed in read.nexus(): files with semicolons inside
1488       comment blocks were not read correctly.
1489
1490     o The behaviour of read.tree() and read.nexus() was corrected so
1491       that tree files with badly represented root edges (e.g., with
1492       an extra pair of parentheses, see the help pages for details)
1493       are now correctly represented in the object of class "phylo";
1494       a warning message is now issued.
1495
1496
1497
1498                 CHANGES IN APE VERSION 1.2
1499
1500
1501 NEW FEATURES
1502
1503     o plot.phylo() has been completely re-written and offers several
1504       new functionalities. Three types of trees can now be drawn:
1505       phylogram (as previously), cladogram, and unrooted tree; in
1506       all three types the branch lengths can be drawn using the edge
1507       lengths of the phylogeny or not (e.g., if the latter is absent).
1508       The vertical position of the nodes can be adjusted with two
1509       choices (see option `node.pos'). The code has been re-structured,
1510       and two new functions (potentially useful for developpers) are
1511       documented separately: node.depth.edgelength() and node.depth();
1512       see the respective help pages for details.
1513
1514     o The new function zoom() allows to explore very large trees by
1515       focusing on a small portion of it.
1516
1517     o The new function yule() fits by maximum likelihood the Yule model
1518       (birth-only process) to a phylogenetic tree.
1519
1520     o Support for writing DNA sequences in FASTA format has been
1521       introduced in write.dna() (support for reading sequences in
1522       this format was introduced in read.dna() in version 1.1-2).
1523       The function has been completely re-written, fixing some bugs
1524       (see below); the default behaviour is no more to display the
1525       sequences on the standard output. Several options have been
1526       introduced to control the sequence printing in a flexible
1527       way. The help page has been extended.
1528
1529     o A new data set is included: a supertree of bats in NEXUS format.
1530
1531
1532 BUG FIXES
1533
1534     o In theta.s(), the default of the option `variance' has
1535       been changed to `FALSE' (as was indicated in the help page).
1536
1537     o Several bugs were fixed in the code of all.equal.phylo().
1538
1539     o Several bugs were fixed in write.dna(), particularly this
1540       function did not work with `format = "interleaved"'.
1541
1542     o Various errors were corrected in the help pages.
1543
1544
1545 OTHER CHANGES
1546
1547     o The argument names of as.hclust.phylo() have been changed
1548       from "(phy)" to "(x, ...)" to conform to the definition of
1549       the corresponding generic function.
1550
1551     o gamma.stat() has been renamed gammaStat() to avoid confusion
1552       since gamma() is a generic function.
1553
1554
1555
1556                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-3
1557
1558
1559 BUG FIXES
1560
1561     o base.freq() previously did not return a value of 0 for
1562       bases absent in the data (e.g., a vector of length 3 was
1563       returned if one base was absent). This is now fixed (a
1564       vector of length 4 is always returned).
1565
1566     o Several bugs were fixed in read.nexus(), including that this
1567       function did not work in this absence of a "TRANSLATE"
1568       command in the NEXUS file, and that the commands were
1569       case-sensitive.
1570
1571
1572
1573                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-2
1574
1575
1576 NEW FEATURES
1577
1578     o The Tamura and Nei (1993) model of DNA distance is now implemented
1579       in dist.dna(): five models are now available in this function.
1580
1581     o A new data set is included: a set of 15 sequences of the
1582       cytochrome b mitochondrial gene of the woodmouse (Apodemus
1583       sylvaticus).
1584
1585
1586 BUG FIXES
1587
1588     o A bug in read.nexus() was fixed.
1589
1590     o read.dna() previously did not work correctly in most cases.
1591       The function has been completely re-written and its help page
1592       has been considerably extended (see ?read.dna for details).
1593       Underscores (_) in taxon names are no more replaced with
1594       spaces (this behaviour was undocumented).
1595
1596     o A bug was fixed in write.dna().
1597
1598
1599
1600                 CHANGES IN APE VERSION 1.1-1
1601
1602
1603 BUG FIXES
1604
1605     o A bug in read.tree() introduced in APE 1.1 was fixed.
1606
1607     o A bug in compar.gee() resulted in an error when trying to fit
1608       a model with `family = "binomial"'. This is now fixed.
1609
1610
1611
1612                 CHANGES IN APE VERSION 1.1
1613
1614
1615 NEW FEATURES
1616
1617     o The Klastorin (1982) method as suggested by Misawa and Tajima
1618       (2000, Mol. Biol. Evol. 17:1879-1884) for classifying genes
1619       on the basis of phylogenetic trees has been implemented (see
1620       the function klastorin()).
1621
1622     o Functions have been added to convert APE's "phylo" objects in
1623       "hclust" cluster objects and vice versa (see the help page of
1624       as.phylo for details).
1625
1626     o Three new functions, ratogram(), chronogram() and NPRS.criterion(),
1627       are introduced for the estimation of absolute evolutionary rates
1628       (ratogram) and dated clock-like trees (chronogram) from
1629       phylogenetic trees using the non-parametric rate smoothing approach
1630       by MJ Sanderson (1997, Mol. Biol. Evol. 14:1218-1231).
1631
1632     o A summary method is now provided printing a summary information on a
1633       phylogenetic tree with, for instance, `summary(tree)'.
1634
1635     o The behaviour of read.tree() was changed so that all spaces and
1636       tabulations in tree files are now ignored. Consequently, spaces in tip
1637       labels are no more allowed. Another side effect is that read.nexus()
1638       now does not replace the underscores (_) in tip labels with spaces
1639       (this behaviour was undocumented).
1640
1641     o The function plot.phylo() has a new option (`underscore') which
1642       specifies whether the underscores in tip labels should be written on
1643       the plot as such or replaced with spaces (the default).
1644
1645     o The function birthdeath() now computes 95% confidence intervals of
1646       the estimated parameters using profile likelihood.
1647
1648     o Three new data sets are included: a gene tree estimated from 36
1649       landplant rbcL sequences, a gene tree estimated from 32 opsin
1650       sequences, and a gene tree for 50 BRCA1 mammalian sequences.
1651
1652
1653 BUG FIXES
1654
1655     o A bug was fixed in dist.gene() where nothing was returned.
1656
1657     o A bug in plot.mst() was fixed.
1658
1659     o A bug in vcv.phylo() resulted in false correlations when the
1660       option `cor = TRUE' was used (now fixed).
1661
1662
1663
1664                 CHANGES IN APE VERSION 1.0
1665
1666
1667 NEW FEATURES
1668
1669     o Two new functions, read.dna() and write.dna(), read/write in a file
1670       DNA sequences in interleaved or in sequential format.
1671
1672     o Two new functions, read.nexus() and write.nexus(), read/write trees
1673       in a NEXUS file.
1674
1675     o The new function bind.tree() allows to bind two trees together,
1676       possibly handling root edges to give internal branches.
1677
1678     o The new function drop.tip() removes the tips in a phylogenetic tree,
1679       and trims (or not) the corresponding internal branches.
1680
1681     o The new function is.ultrametric() tests if a tree is ultrametric.
1682
1683     o The function plot.phylo() has more functionalities such as drawing the
1684       branches with different colours and/or different widths, showing the
1685       node labels, controling the position and font of the labels, rotating
1686       the labels, and controling the space around the plot.
1687
1688     o The function read.tree() can now read trees with no branch length,
1689       such as "(a,b),c);". Consequently, the element `edge.length' in
1690       objects of class "phylo" is now optional.
1691
1692     o The function write.tree() has a new default behaviour: if the default
1693       for the option `file' is used (i.e. file = ""), then a variable of
1694       mode character containing the tree in Newick format is returned which
1695       can thus be assigned (e.g., tree <- write.tree(phy)).
1696
1697     o The function read.tree() has a new argument `text' which allows
1698       to read the tree in a variable of mode character.
1699
1700     o A new data set is included: the phylogenetic relationships among
1701       the orders of birds from Sibley and Ahlquist (1990).
1702
1703
1704
1705                 CHANGES IN APE VERSION 0.2-1
1706
1707
1708 BUG FIXES
1709
1710     o Several bugs were fixed in the help pages.
1711
1712
1713
1714                 CHANGES IN APE VERSION 0.2
1715
1716
1717 NEW FEATURES
1718
1719     o The function write.tree() writes phylogenetic trees (objects of class
1720       "phylo") in an ASCII file using the Newick parenthetic format.
1721
1722     o The function birthdeath() fits a birth-death model to branching times
1723       by maximum likelihood, and estimates the corresponding speciation and
1724       extinction rates.
1725
1726     o The function scale.bar() adds a scale bar to a plot of a phylogenetic
1727       tree.
1728
1729     o The function is.binary.tree() tests whether a phylogeny is binary.
1730
1731     o Two generic functions, coalescent.intervals() and collapsed.intervals(),
1732       as well as some methods are introduced.
1733
1734     o Several functions, including some generics and methods, for computing
1735       skyline plot estimates (classic and generalized) of effective
1736       population size through time are introduced and replace the function
1737       skyline.plot() in version 0.1.
1738
1739     o Two data sets are now included: the phylogenetic relationships among
1740       the families of birds from Sibley and Ahlquist (1990), and an
1741       estimated clock-like phylogeny of HIV sequences sampled in the
1742       Democratic Republic of Congo.
1743
1744
1745 DEPRECATED & DEFUNCT
1746
1747     o The function skyline.plot() in ape 0.1 has been deprecated and
1748       replaced by more elaborate functions (see above).
1749
1750
1751 BUG FIXES
1752
1753     o Two important bugs were fixed in plot.phylo(): phylogenies with
1754       multichotomies not at the root or not with only terminal branches,
1755       and phylogenies with a single node (i.e. only terminal branches)
1756       did not plot. These trees should be plotted correctly now.
1757
1758     o Several bugs were fixed in diversi.time() in the computation of
1759       AICs and LRTs.
1760
1761     o Various errors were corrected in the help pages.