utils/load_snp_data.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 DATA_DIR=/srv/ncbi/db_snp/
   4 SCHEMA_DIR=/srv/ncbi/db_snp_utils/schema
   5 UTIL_DIR=${SCHEMA_DIR}/../utils/
   6 DB=snp
   7
   8 psql -c "DROP DATABASE $DB";
   9 psql -c "CREATE DATABASE $DB";
  10
  11
  12
  13 (cd ${SCHEMA_DIR}/shared_schema;
  14     cat dbSNP_main_table_postgresql.sql |psql "$DB";
  15 )
  16 (cd ${SCHEMA_DIR}/human_9606_schema;
  17     cat *_table_postgresql.sql|psql "$DB";
  18     ${UTIL_DIR}/human_gty1_indexes_creation.pl create trigger |psql "$DB";
  19 )
  20 (cd ${DATA_DIR}/shared_data;
  21     for a in $(find -type f -iname '*.bcp.gz' -printf '%f\n'|sort); do
  22         echo $a;
  23         zcat $a | perl -pe 's/\r/\\r/g' |psql "$DB" -c "COPY ${a%%.bcp.gz} FROM STDIN WITH NULL ''";
  24     done;
  25 )
  26 (cd ${DATA_DIR}/organism_data;
  27     for a in $(find -type f -iname '*.bcp.gz' -printf '%f\n'|sort); do
  28         echo $a;
  29         zcat $a | perl -pe 's/\r/\\r/g' |psql "$DB" -c "COPY ${a%%.bcp.gz} FROM STDIN WITH NULL ''";
  30     done;
  31 )
  32 (cd ${SCHEMA_DIR}/shared_schema;
  33     cat dbSNP_main_index_postgresql.sql dbSNP_main_constraint_postgresql.sql|psql "$DB";
  34 )
  35 (cd ${SCHEMA_DIR}/human_9606_schema;
  36     cat *_{index,constraint}_postgresql.sql|psql "$DB";
  37     ${UTIL_DIR}/human_gty1_indexes_creation.pl index |psql "$DB";
  38 )