* samtools-0.1.7-6
 * fixed a bug in faidx

Put the right filename in the error message.

 * samtools-0.1.7-5 (r528)
 * further add new consensus generation strategy

Fixed a bug in knet_seek

Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field

Allow tabs in the CO header field

Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.

Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
facilitate non-knet builds.

 * samtools-0.1.7-4 (r522)
 * fixed a bug in "view -r"
 * added a new option "view -R" to read required read groups from a file

 * samtools-0.1.7-3 (r521)
 * calmd: optionally mask matching bases as N

 * samtools-0.1.7-2 (r520)
 * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
 * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)

Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
as well, even with old-fashioned linkers.

Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.

Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).

Index files should be opened in binary mode, not text mode.

another example program

 * samtools-0.1.7-1 (r515)
 * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault

Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.

Update Makefile.mingw for the same reason

Fixed a bug in compiling razip

Release samtools-0.1.7 (r510)

 * samtools-0.1.6-22 (r509)
 * forget to fix a similar problem in glfgen

 * samtools-0.1.6-21 (r508)
 * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome

 * samtools-0.1.6-19 (r494)
 * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality

 * samtools-0.1.6-18 (r493)
 * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
 * a little code clean up in sam_header.c

Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2

 * BUGGY VERSION
 * fixed a minor bug

 * BUGGY VERSION
 * improved the interface a bit
 * bug unfixed

 * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
 * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.

 * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
 * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek

Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries

 * samtools-0.1.6-17 (r484)
 * fixed a memory leak in rmdupse
 * fixed a bug in parsing @RG header lines
 * test rmdup in examples/

 * samtools-0.1.6-16 (r483)
 * unify the interface of rmdup and rmdupse
 * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.

 * samtools-0.1.6-15 (r482)
 * rewrite rmdupse
 * rmdupse is now library aware

 * samtools-0.1.6-14 (r480)
 * rmdup is now RG aware

added a small unitity to parse SRA XML files

 * samtools-0.1.6-13 (r479)
 * merge: optionally use file names as RG tags

 * samtools-0.1.6-12 (r478)
 * fixed a bug in the indel caller

 * samtools-0.1.6-11 (r477)
 * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)

Added the sam2vcf.pl script.

Unfinished modification. Please do not use this revision...

Removed the offending knet_seek message.

Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.

Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".

Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)

 * samtools-0.1.6-9 (r470)
 * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)

 * samtools-0.1.6-9 (r469)
 * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.

 * samtools-0.1.6-7 (r468)
 * make merge stable

Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).

 * samtools-0.1.6-6 (r466)
 * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.

Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
no way to seek on a pipe and the messages always appear.

A bug fix, "samtools view" is now working again.

 * samtools-0.1.6-5 (r462)
 * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)

fixed a formatting issue

 * samtools-0.1.6-4 (r459)
 * make sort output the result to stdout when -o is in use

 * samtools-0.1.6-2 (r458)
 * added more interface to faidx (by Nils)
 * updated documentation

 * samtools-0.1.6-2 (r457)
 * get rid of three assert() in bam_sort.c

Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
when opening the file fails.

Release samtools-0.1.6

 * samtools-0.1.5-34 (r451)
 * applied the patch by John
 * improved the help message a little bit

 * samtools-0.1.5-33 (r450)
 * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)

 * samtools-0.1.5-32 (r449)
 * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
 * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.

 * samtools-0.1.5-31 (r448)
 * fixed an issue when the last CIGAR is I or D

 * samtools-0.1.5-30 (r447)
 * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked

 *

 * samtools-0.1.5-28 (r444)
 * bug in "merge -n"

 * samtools-0.1.5-27 (r443)
 * SEQ and QUAL can be "*"
 * parse CIGAR "=" and "X" as "M"

 * samtools-0.1.5-26 (r442)
 * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
 * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup

Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.

 * samtools-0.1.5-25 (r436)
 * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped

fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag

fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)

 * samtools-0.1.5-24 (r435)
 * fixed a typo

 * samtools-0.1.5-23 (r434)
 * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences

 * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
 * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".

 * samtools-0.1.5-22 (r432)
 * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
 * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
 * PDCurses support in Windows

replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.

add comments

 * samtools-0.1.5-21 (r428)
 * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock

simplify MinGW Makefile

 * samtools-0.1.5-20 (r427)
 * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
   functionality are not tested at the moment.
 * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/

 * samtools-0.1.5-19 (r426)
 * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.

compatible with Windows binary files

 * samtools-0.1.5-18 (r423)
 * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
   of debugging at the moment
 * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion

convert BLAT psl to SAM.

 * samtools-0.1.5-17 (r422)
 * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
 * write an empty BGZF block to every BGZF file
 * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
 * update ChangeLog

 * samtools-0.1.5-16 (r421)
 * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.

do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq

 * samtools-0.1.5-15 (r419)
 * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
 * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
 * add "unique" command to samtools.pl

skip @header lines in SAM

 * samtools-0.1.5-14 (r417)
 * more help in "samtools view" due to the recent changes.

 * samtools-0.1.5-17 (r416)
 * support import/export SAM with string tags

 * samtools-0.1.5-12 (r415)
 * FLAG now can be in HEX

fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)

Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.

do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined

 * samtools-0.1.5-11 (r408)
 * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
   from fillmd.
 * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers

 * samtools-0.1.5-10 (r407)
 * implemented bam_aux_del() to remove a tag
 * fillmd: generate the NM tag
 * fillmd: cmd interface improvement

Sorry. The old Makefile is for PDCurses...