SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
SEQ_LEN: 27
---
-SEQ_NAME: test_pos_begin
-SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGacgta
-SEQ_LEN: 59
----
-SEQ_NAME: test_edit_dist_5
-SEQ: actgactgaTCGGATGCGGTCTCATGTTGactacgt
-SEQ_LEN: 36
----
SEQ_NAME: test_end_trim
SEQ: gtgacactatcgatacgatcgacactgaTCGTA
SEQ_LEN: 33
---
-SEQ_NAME: test_end_trim_edit_dist_1
-SEQ: gatgatcgtagcgatcgatcgacgctgaTCGTG
-SEQ_LEN: 33
+SEQ_NAME: test_mismatches
+SEQ: actgactgaTCGTATtCCGTCTTaTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
+---
+SEQ_NAME: test_insertions
+SEQ: actgactgaTCGTATCCGTCTTTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
+---
+SEQ_NAME: test_deletions
+SEQ: actgactgaTCGTATgGCCGTCTTgCTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
---
SEQ_LEN: 21
ADAPTOR_POS: 0
ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
---
SEQ_NAME: test_begin_match
SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
SEQ_LEN: 28
ADAPTOR_POS: 0
ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
---
SEQ_NAME: test_middle_match
SEQ: actgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
SEQ_LEN: 37
ADAPTOR_POS: 9
ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
---
SEQ_NAME: test_end_match
SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
SEQ_LEN: 27
ADAPTOR_POS: 6
ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
----
-SEQ_NAME: test_pos_begin
-SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGacgta
-SEQ_LEN: 59
-ADAPTOR_POS: 6
-ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
----
-SEQ_NAME: test_edit_dist_5
-SEQ: actgactgaTCGGATGCGGTCTCATGTTGactacgt
-SEQ_LEN: 36
-ADAPTOR_POS: 32
-ADAPTOR_LEN: 4
-ADAPTOR_MATCH: acgt
---
SEQ_NAME: test_end_trim
SEQ: gtgacactatcgatacgatcgacactgaTCGTA
SEQ_LEN: 33
-ADAPTOR_POS: 28
-ADAPTOR_LEN: 5
-ADAPTOR_MATCH: TCGTA
---
-SEQ_NAME: test_end_trim_edit_dist_1
-SEQ: gatgatcgtagcgatcgatcgacgctgaTCGTG
-SEQ_LEN: 33
-ADAPTOR_POS: 28
-ADAPTOR_LEN: 4
-ADAPTOR_MATCH: TCGT
+SEQ_NAME: test_mismatches
+SEQ: actgactgaTCGTATtCCGTCTTaTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
+---
+SEQ_NAME: test_insertions
+SEQ: actgactgaTCGTATCCGTCTTTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
+---
+SEQ_NAME: test_deletions
+SEQ: actgactgaTCGTATgGCCGTCTTgCTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
---
SEQ_NAME: test_full_length_adaptor
SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
SEQ_LEN: 21
+ADAPTOR_POS: 0
+ADAPTOR_LEN: 21
---
SEQ_NAME: test_begin_match
SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
SEQ_LEN: 28
-ADAPTOR_POS: 24
-ADAPTOR_LEN: 4
-ADAPTOR_MATCH: acgt
+ADAPTOR_POS: 0
+ADAPTOR_LEN: 21
---
SEQ_NAME: test_middle_match
SEQ: actgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
SEQ_LEN: 37
-ADAPTOR_POS: 33
-ADAPTOR_LEN: 4
-ADAPTOR_MATCH: acgt
+ADAPTOR_POS: 9
+ADAPTOR_LEN: 21
---
SEQ_NAME: test_end_match
SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
SEQ_LEN: 27
-ADAPTOR_POS: 24
-ADAPTOR_LEN: 3
-ADAPTOR_MATCH: TTG
----
-SEQ_NAME: test_pos_begin
-SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGacgta
-SEQ_LEN: 59
-ADAPTOR_POS: 33
+ADAPTOR_POS: 6
ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
----
-SEQ_NAME: test_edit_dist_5
-SEQ: actgactgaTCGGATGCGGTCTCATGTTGactacgt
-SEQ_LEN: 36
-ADAPTOR_POS: 32
-ADAPTOR_LEN: 4
-ADAPTOR_MATCH: acgt
---
SEQ_NAME: test_end_trim
SEQ: gtgacactatcgatacgatcgacactgaTCGTA
SEQ_LEN: 33
ADAPTOR_POS: 28
ADAPTOR_LEN: 5
-ADAPTOR_MATCH: TCGTA
---
-SEQ_NAME: test_end_trim_edit_dist_1
-SEQ: gatgatcgtagcgatcgatcgacgctgaTCGTG
-SEQ_LEN: 33
-ADAPTOR_POS: 28
-ADAPTOR_LEN: 4
-ADAPTOR_MATCH: TCGT
+SEQ_NAME: test_mismatches
+SEQ: actgactgaTCGTATtCCGTCTTaTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
+---
+SEQ_NAME: test_insertions
+SEQ: actgactgaTCGTATCCGTCTTTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
+---
+SEQ_NAME: test_deletions
+SEQ: actgactgaTCGTATgGCCGTCTTgCTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
---
SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
SEQ_LEN: 21
ADAPTOR_POS: 0
-ADAPTOR_LEN: 17
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTG
+ADAPTOR_LEN: 21
---
SEQ_NAME: test_begin_match
SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
SEQ_LEN: 28
ADAPTOR_POS: 0
-ADAPTOR_LEN: 17
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTG
+ADAPTOR_LEN: 21
---
SEQ_NAME: test_middle_match
SEQ: actgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
SEQ_LEN: 37
ADAPTOR_POS: 9
ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
---
SEQ_NAME: test_end_match
SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
SEQ_LEN: 27
ADAPTOR_POS: 6
-ADAPTOR_LEN: 17
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTG
----
-SEQ_NAME: test_pos_begin
-SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGacgta
-SEQ_LEN: 59
-ADAPTOR_POS: 33
ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
----
-SEQ_NAME: test_edit_dist_5
-SEQ: actgactgaTCGGATGCGGTCTCATGTTGactacgt
-SEQ_LEN: 36
-ADAPTOR_POS: 32
-ADAPTOR_LEN: 4
-ADAPTOR_MATCH: acgt
---
SEQ_NAME: test_end_trim
SEQ: gtgacactatcgatacgatcgacactgaTCGTA
SEQ_LEN: 33
-ADAPTOR_POS: 28
-ADAPTOR_LEN: 5
-ADAPTOR_MATCH: TCGTA
---
-SEQ_NAME: test_end_trim_edit_dist_1
-SEQ: gatgatcgtagcgatcgatcgacgctgaTCGTG
-SEQ_LEN: 33
-ADAPTOR_POS: 28
-ADAPTOR_LEN: 4
-ADAPTOR_MATCH: TCGT
+SEQ_NAME: test_mismatches
+SEQ: actgactgaTCGTATtCCGTCTTaTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
+ADAPTOR_POS: 9
+ADAPTOR_LEN: 21
+---
+SEQ_NAME: test_insertions
+SEQ: actgactgaTCGTATCCGTCTTTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
+---
+SEQ_NAME: test_deletions
+SEQ: actgactgaTCGTATgGCCGTCTTgCTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
---
SEQ_LEN: 21
ADAPTOR_POS: 0
ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
---
SEQ_NAME: test_begin_match
SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
SEQ_LEN: 28
ADAPTOR_POS: 0
ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
---
SEQ_NAME: test_middle_match
SEQ: actgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
SEQ_LEN: 37
ADAPTOR_POS: 9
ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
---
SEQ_NAME: test_end_match
SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
SEQ_LEN: 27
ADAPTOR_POS: 6
ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
----
-SEQ_NAME: test_pos_begin
-SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGacgta
-SEQ_LEN: 59
-ADAPTOR_POS: 6
-ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
----
-SEQ_NAME: test_edit_dist_5
-SEQ: actgactgaTCGGATGCGGTCTCATGTTGactacgt
-SEQ_LEN: 36
-ADAPTOR_POS: 35
-ADAPTOR_LEN: 1
-ADAPTOR_MATCH: T
---
SEQ_NAME: test_end_trim
SEQ: gtgacactatcgatacgatcgacactgaTCGTA
SEQ_LEN: 33
-ADAPTOR_POS: 28
-ADAPTOR_LEN: 5
-ADAPTOR_MATCH: TCGTA
---
-SEQ_NAME: test_end_trim_edit_dist_1
-SEQ: gatgatcgtagcgatcgatcgacgctgaTCGTG
-SEQ_LEN: 33
+SEQ_NAME: test_mismatches
+SEQ: actgactgaTCGTATtCCGTCTTaTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
+---
+SEQ_NAME: test_insertions
+SEQ: actgactgaTCGTATCCGTCTTTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
+ADAPTOR_POS: 9
+ADAPTOR_LEN: 19
+---
+SEQ_NAME: test_deletions
+SEQ: actgactgaTCGTATgGCCGTCTTgCTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
---
SEQ_LEN: 21
ADAPTOR_POS: 0
ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
---
SEQ_NAME: test_begin_match
SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
SEQ_LEN: 28
ADAPTOR_POS: 0
ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
---
SEQ_NAME: test_middle_match
SEQ: actgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
SEQ_LEN: 37
-ADAPTOR_POS: 9
-ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
+ADAPTOR_POS: 7
+ADAPTOR_LEN: 23
---
SEQ_NAME: test_end_match
SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
SEQ_LEN: 27
-ADAPTOR_POS: 6
-ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
----
-SEQ_NAME: test_pos_begin
-SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGacgta
-SEQ_LEN: 59
-ADAPTOR_POS: 6
-ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
----
-SEQ_NAME: test_edit_dist_5
-SEQ: actgactgaTCGGATGCGGTCTCATGTTGactacgt
-SEQ_LEN: 36
-ADAPTOR_POS: 9
-ADAPTOR_LEN: 19
-ADAPTOR_MATCH: TCGGATGCGGTCTCATGTT
+ADAPTOR_POS: 4
+ADAPTOR_LEN: 23
---
SEQ_NAME: test_end_trim
SEQ: gtgacactatcgatacgatcgacactgaTCGTA
SEQ_LEN: 33
-ADAPTOR_POS: 28
-ADAPTOR_LEN: 5
-ADAPTOR_MATCH: TCGTA
---
-SEQ_NAME: test_end_trim_edit_dist_1
-SEQ: gatgatcgtagcgatcgatcgacgctgaTCGTG
-SEQ_LEN: 33
-ADAPTOR_POS: 28
-ADAPTOR_LEN: 5
-ADAPTOR_MATCH: TCGTG
+SEQ_NAME: test_mismatches
+SEQ: actgactgaTCGTATtCCGTCTTaTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
+---
+SEQ_NAME: test_insertions
+SEQ: actgactgaTCGTATCCGTCTTTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
+---
+SEQ_NAME: test_deletions
+SEQ: actgactgaTCGTATgGCCGTCTTgCTGCTTGactacgt
+SEQ_LEN: 37
+ADAPTOR_POS: 9
+ADAPTOR_LEN: 23
---
+++ /dev/null
-SEQ_NAME: test_full_length_adaptor
-SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
-SEQ_LEN: 21
-ADAPTOR_POS: 0
-ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
----
-SEQ_NAME: test_begin_match
-SEQ: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
-SEQ_LEN: 28
-ADAPTOR_POS: 0
-ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
----
-SEQ_NAME: test_middle_match
-SEQ: actgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGactacgt
-SEQ_LEN: 37
-ADAPTOR_POS: 9
-ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
----
-SEQ_NAME: test_end_match
-SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
-SEQ_LEN: 27
-ADAPTOR_POS: 6
-ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
----
-SEQ_NAME: test_pos_begin
-SEQ: gactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGgactgaTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGacgta
-SEQ_LEN: 59
-ADAPTOR_POS: 6
-ADAPTOR_LEN: 21
-ADAPTOR_MATCH: TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
----
-SEQ_NAME: test_edit_dist_5
-SEQ: actgactgaTCGGATGCGGTCTCATGTTGactacgt
-SEQ_LEN: 36
----
-SEQ_NAME: test_end_trim
-SEQ: gtgacactatcgatacgatcgacactgaTCGTA
-SEQ_LEN: 33
-ADAPTOR_POS: 28
-ADAPTOR_LEN: 5
-ADAPTOR_MATCH: TCGTA
----
-SEQ_NAME: test_end_trim_edit_dist_1
-SEQ: gatgatcgtagcgatcgatcgacgctgaTCGTG
-SEQ_LEN: 33
----
source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"
-run "$bp -a TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG -I $in -O $tmp"
+run "$bp -a TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG -m 0 -i 0 -d 0 -I $in -O $tmp"
assert_no_diff $tmp $out.1
clean
-run "$bp -a TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG -p 25 -I $in -O $tmp"
+run "$bp -a TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG -m 0 -i 0 -d 0 -p -l 5 -I $in -O $tmp"
assert_no_diff $tmp $out.2
clean
-run "$bp -a TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG -p -35 -I $in -O $tmp"
+run "$bp -a TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG -m 10 -i 0 -d 0 -I $in -O $tmp"
assert_no_diff $tmp $out.3
clean
-run "$bp -a TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG -e 5 -I $in -O $tmp"
+run "$bp -a TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG -m 0 -i 10 -d 0 -I $in -O $tmp"
assert_no_diff $tmp $out.4
clean
-run "$bp -a TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG -e 30 -I $in -O $tmp"
+run "$bp -a TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG -m 0 -i 0 -d 10 -I $in -O $tmp"
assert_no_diff $tmp $out.5
clean
-
-run "$bp -a TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG -e 0 -d 5 -I $in -O $tmp"
-assert_no_diff $tmp $out.6
-clean