]> git.donarmstrong.com Git - lib.git/blobdiff - emacs_el/configuration/don-configuration.org
use primary selection on unix machines
[lib.git] / emacs_el / configuration / don-configuration.org
index 478cff1c298aa4f559105a79147b46e8032b23e5..5778d4ef367ee2d4f127e2849ec0f660fd147a3f 100644 (file)
@@ -82,7 +82,13 @@ load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
     )
 #+END_SRC
-* Add library paths
+* Paths
+** Update PATH
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp
+  (add-to-list 'exec-path '"/usr/local/bin")
+  (add-to-list 'exec-path '"~/bin/")
+#+END_SRC
+** Add library paths
 
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
@@ -353,22 +359,22 @@ value, scrolling continues until there is no more output.
 ** Snippets
 *** Yasnippet
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
-  (use-package yasnippet
-    :ensure t
-    :diminish yas-minor-mode
-    :config (progn
-              (yas-global-mode)
-              (setq yas-verbosity 1)
-              (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
-              (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
-              (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
-              (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
-                                       "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
-              (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
-                               'yas-hippie-try-expand)
-              (yas-reload-all)
-              )
-    )
+(use-package yasnippet
+  :ensure t
+  :diminish yas-minor-mode
+  :config (progn
+            (yas-global-mode)
+            (setq yas-verbosity 1)
+            (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
+            (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
+            (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") nil)
+            (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
+                                     "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
+            (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
+                             'yas-hippie-try-expand)
+            (yas-reload-all)
+            )
+  )
 #+END_SRC
 *** Auto-YASnippet
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
@@ -542,58 +548,58 @@ value, scrolling continues until there is no more output.
  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
-  (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
-    (interactive "P")
+(defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
+  (interactive "P")
+  (cond
+   ;; if a region is active, indent
+   ((use-region-p)
+    (indent-region (region-beginning)
+                   (region-end)))
+   ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
+   ((and (not (active-minibuffer-window))
+         (or (looking-at " ")
+             (looking-at "$"))
+         (looking-back "[^[:space:]]")
+         (not (looking-back "^")))
+
+    (cond (company-mode (company-complete-common))
+          (auto-complete-mode (auto-complete))))
+
+   ;; no whitespace anywhere
+   ((and (not (active-minibuffer-window))
+         (looking-at "[^[:space:]]")
+         (looking-back "[^[:space:]]")
+         (not (looking-back "^")))
     (cond
-     ;; if a region is active, indent
-     ((use-region-p)
-      (indent-region (region-beginning)
-                     (region-end)))
-     ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
-     ((and (not (active-minibuffer-window))
-           (or (looking-at " ")
-               (looking-at "$"))
-           (looking-back "[^[:space:]]")
-           (not (looking-back "^")))
-
-      (cond (company-mode (company-complete-common))
-            (auto-complete-mode (auto-complete))))
-
-     ;; no whitespace anywhere
-     ((and (not (active-minibuffer-window))
-           (looking-at "[^[:space:]]")
-           (looking-back "[^[:space:]]")
-           (not (looking-back "^")))
-      (cond
-       ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
-        (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
-       ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
-        (save-excursion (outline-cycle)))))
-
-     ;; by default just call whatever was bound
-     (t
-      (let ((fn (or (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB"))
-                    'indent-for-tab-command)))
-        (if (not (called-interactively-p 'any))
-            (fn arg)
-          (setq this-command fn)
-          (call-interactively fn))))))
-
-  (defun malb/toggle-fold ()
-    (interactive)
-    (cond ((eq major-mode 'org-mode)
-           (org-force-cycle-archived))
-          ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
-           (save-excursion
-             (end-of-line)
-             (hs-toggle-hiding)))
+     ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
+      (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
+     ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
+      (save-excursion (outline-cycle)))))
+
+   ;; by default just call whatever was bound
+   (t
+    (let ((fn (or (if (current-local-map) (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB")))
+                  'indent-for-tab-command)))
+      (if (not (called-interactively-p 'any))
+          (fn arg)
+        (setq this-command fn)
+        (call-interactively fn))))))
+
+(defun malb/toggle-fold ()
+  (interactive)
+  (cond ((eq major-mode 'org-mode)
+         (org-force-cycle-archived))
+        ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
+         (save-excursion
+           (end-of-line)
+           (hs-toggle-hiding)))
 
-          ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
-           (save-excursion
-             (outline-cycle)))))
+        ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
+         (save-excursion
+           (outline-cycle)))))
 
-  (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
-  (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
+(bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
+(bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 #+END_SRC
 ** Tinyprocmail
 
@@ -620,8 +626,7 @@ value, scrolling continues until there is no more output.
     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
     )
   (use-package magit-vcsh
-    :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
-    :load-path "~/lib/emacs_el/magit-vcsh/"
+    :ensure t
     )
 #+END_SRC
 
@@ -981,7 +986,7 @@ This can be used to link things pretty quickly if necessary
     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
-    ("r" (find-file "~/projects/org-notes/refile.org"))
+    ("r" (find-file my/org-refile-file))
     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
@@ -1204,8 +1209,8 @@ This can be used to link things pretty quickly if necessary
     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
       "Evaluate region in a remote ESS instance"
       (interactive "r")
-      (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***"))
-      kill-buffer "***essregionremoteeval***")
+      (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***") nil nil nil)
+      (kill-buffer "***essregionremoteeval***"))
     ;; Don't restore history or save workspace image
     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
     )
@@ -1222,6 +1227,14 @@ From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colori
   )
 #+END_SRC
 
+** YAML Mode
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp
+  (use-package yaml-mode
+    ;; add ess to the x major mode
+    :mode ("\\.\\(yaml|yml\\)\\'" . yaml-mode)
+  )
+#+END_SRC
+
 ** Polymode
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 (use-package poly-noweb
@@ -1289,6 +1302,26 @@ From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colori
     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
     )
 #+END_SRC
+** Edit Server
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp
+  (use-package edit-server
+    :ensure t
+    :commands edit-server-start
+    :init (if after-init-time
+              (edit-server-start)
+            (add-hook 'after-init-hook
+                      #'(lambda() (edit-server-start))))
+    :config (setq edit-server-new-frame-alist
+                  '((name . "Edit with Emacs FRAME")
+                    (top . 200)
+                    (left . 200)
+                    (width . 80)
+                    (height . 25)
+                    (minibuffer . t)
+                    (menu-bar-lines . t)
+                    (window-system . x)))
+    )
+#+END_SRC
 ** Multiple Cursors
    :PROPERTIES:
    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
@@ -1357,6 +1390,15 @@ From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colori
     (setq default-abbrev-mode t))
 #+END_SRC
 
+** Python Programming
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp
+  (use-package elpy
+    :ensure t
+    :init
+    (elpy-enable)
+    )
+#+END_SRC
+
 ** Go language
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 (use-package go-mode
@@ -1379,6 +1421,15 @@ From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colori
   )
 #+END_SRC
 
+** Beancount
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp
+(use-package beancount
+  :load-path "~/lib/emacs_el/beancount-mode/"
+  :ensure f
+  :mode "\\.beancount\\'"
+  
+  )
+#+END_SRC
 * Email
 ** Mutt
 *** Message-mode
@@ -1564,24 +1615,19 @@ From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colori
 
   ; org mode agenda files
   (setq org-agenda-files
-        (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
-            "~/projects/org-notes/notes.org"
-            "~/projects/org-notes/holidays.org"
-            "~/projects/org-notes/refile.org"
-            "~/projects/org-notes/diary.org"
-            "~/projects/org-notes/ool.org"
-            "~/projects/org-notes/sndservers.org"
-            "~/projects/org-notes/chaim.org"
-            "~/projects/org-notes/wildman.org"
-            "~/projects/org-notes/uddin.org"
-            "~/projects/org-notes/reviews.org"
-            "~/projects/org-notes/laurel.org"
-            "~/projects/org-notes/from-calendar.org"
-            "~/org-mode/from-mobile.org"
-            "~/projects/org-notes/fh.org")))
+        (append
+        (file-expand-wildcards "~/projects/org-notes/*.org")
+        (file-expand-wildcards "~/org-mode/from-mobile.org")
+        (file-expand-wildcards "~/org-notes-*/*.org")
+        )
+  )
+  (setq my/org-refile-file
+        (car (seq-filter
+              (lambda (file) (string-match-p (regexp-quote "/refile.org") file))
+              org-agenda-files)))
 
   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
-  (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
+  (set-register ?r (cons 'file my/org-refile-file))
   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
@@ -1613,33 +1659,33 @@ From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colori
 ** Capture Templates
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
-        `(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
+        `(("m" "Mail" entry (file my/org-refile-file)
            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
-          ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
+          ("t" "todo" entry (file my/org-refile-file)
            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
-          ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
+          ("r" "respond" entry (file my/org-refile-file)
            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
-          ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
+          ("n" "note" entry (file my/org-refile-file)
            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
-          ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
+          ("s" "schedule" entry (file my/org-refile-file)
            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
-          ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
+          ("w" "org-protocol" entry (file my/org-refile-file)
            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
-          ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
+          ("M" "Meeting" entry (file my/org-refile-file)
            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
-          ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
+          ("S" "Seminar" entry (file my/org-refile-file)
            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
-          ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
+          ("p" "Phone call" entry (file my/org-refile-file)
            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
                                        "Jobs"
                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
-          ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
+          ("h" "Habit" entry (file my/org-refile-file)
            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
           )
         )
@@ -1709,7 +1755,7 @@ From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colori
     (interactive)
     (save-excursion
       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
-      (hide-other)
+      (outline-hide-other)
       (org-cycle)
       (org-cycle)
       (org-cycle)))
@@ -1759,191 +1805,191 @@ From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colori
 #+END_SRC
 ** Keywords (TODO)
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
-  (setq org-todo-keywords
-        (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
-                (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
-
-  (setq org-todo-keyword-faces
-        (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
-                ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
-                ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
-                ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
-                ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
-                ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
-                ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
-                ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
-
-  (setq org-todo-state-tags-triggers
-        (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
-                ("WAITING" ("WAITING" . t))
-                ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
-                (done ("WAITING") ("HOLD"))
-                ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
-                ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
-                ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
-
-
-
-  ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
-  ; add ids on creation of nodes
-  (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
-
-
-  ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
-  ; (setq org-clock-idle-time 10)
-  ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
-
-  ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
-  ; use C-M-r for org mode capture
-  (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
-
-  ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
-  (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
-                                   (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
-
-  ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
-  (setq org-refile-use-outline-path t)
-
-  ; Targets complete directly with IDO
-  (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
-
-  ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
-  (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
-
-  ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
-  ; (setq org-completion-use-ido t)
-  ; (setq ido-everywhere t)
-  ; (setq ido-max-directory-size 100000)
-  ; (ido-mode (quote both))
-  ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
-  ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
-  ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
-  ; ; Use the current window for indirect buffer display
-  ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
-
-
-  ;;;; Refile settings
-  ; Exclude DONE state tasks from refile targets
-  (defun bh/verify-refile-target ()
-    "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
-    (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
-
-  (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
-
-  ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
-  ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
-  ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
-  (require 'org-protocol)
-  ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
-  (setq my-org-protocol-flag nil)
-  (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
-    "Delete frame at remember finalization"
-    (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
-           (setq my-org-protocol-flag nil)))
-  (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
-    "Delete frame at remember refile"
-    (if my-org-protocol-flag
-        (progn
-          (setq my-org-protocol-flag nil)
-          ad-do-it
-          (delete-frame))
-      ad-do-it)
-    )
-  (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
-    "Delete frame at remember abort"
-    (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
-           (setq my-org-protocol-flag nil)))
-  (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
-    (setq my-org-protocol-flag t))
-
-  (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
-    (unless (org-in-item-p)
-      (org-id-get-create)
-      )
+(setq org-todo-keywords
+      (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
+              (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
+
+(setq org-todo-keyword-faces
+      (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
+              ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
+              ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
+              ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
+              ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
+              ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
+              ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
+              ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
+
+(setq org-todo-state-tags-triggers
+      (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
+              ("WAITING" ("WAITING" . t))
+              ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
+              (done ("WAITING") ("HOLD"))
+              ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
+              ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
+              ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
+
+
+
+; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
+; add ids on creation of nodes
+(add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
+
+
+; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
+; (setq org-clock-idle-time 10)
+; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
+
+; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
+; use C-M-r for org mode capture
+(global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
+
+; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
+(setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
+                                 (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
+
+; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
+(setq org-refile-use-outline-path t)
+
+; Targets complete directly with IDO
+(setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
+
+; Allow refile to create parent tasks with confirmation
+(setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
+
+; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
+; (setq org-completion-use-ido t)
+; (setq ido-everywhere t)
+; (setq ido-max-directory-size 100000)
+; (ido-mode (quote both))
+; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
+; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
+; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
+; ; Use the current window for indirect buffer display
+; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
+
+
+;;;; Refile settings
+; Exclude DONE state tasks from refile targets
+(defun bh/verify-refile-target ()
+  "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
+  (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
+
+(setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
+
+;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
+;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
+;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
+(require 'org-protocol)
+; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
+(setq my-org-protocol-flag nil)
+(defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
+  "Delete frame at remember finalization"
+  (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
+         (setq my-org-protocol-flag nil)))
+(defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
+  "Delete frame at remember refile"
+  (if my-org-protocol-flag
+      (progn
+        (setq my-org-protocol-flag nil)
+        ad-do-it
+        (delete-frame))
+    ad-do-it)
+  )
+(defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
+  "Delete frame at remember abort"
+  (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
+         (setq my-org-protocol-flag nil)))
+(defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
+  (setq my-org-protocol-flag t))
+
+(defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
+  (unless (org-in-item-p)
+    (org-id-get-create)
     )
+  )
 
-  ;; org modules
-  (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
-
-  ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
-  (defun open-mail-in-mutt (message)
-    "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
-
-  Message can be specified either by a path pointing inside a
-  Maildir, or by Message-ID."
-    (interactive "MPath or Message-ID: ")
-    (shell-command
-     (format "faf xterm -e \"%s %s\""
-         (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
-
-  ;; add support for "mutt:ID" links
-  (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
-
-  (defun my-org-mode-setup ()
-    ; (load-library "reftex")
-    (and (buffer-file-name)
-         (file-exists-p (buffer-file-name))
-         (progn
-           ; (reftex-parse-all)
-           (reftex-set-cite-format
-            '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
-              (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
-              (?c . "\\cite{%l}")
-              (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
-           ))
-    (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
-    (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
-    (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
-    (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
-    )
-  (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
+;; org modules
+(add-to-list 'org-modules 'org-habit)
+
+; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
+(defun open-mail-in-mutt (message)
+  "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
+
+Message can be specified either by a path pointing inside a
+Maildir, or by Message-ID."
+  (interactive "MPath or Message-ID: ")
+  (shell-command
+   (format "faf xterm -e \"%s %s\""
+       (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
+
+;; add support for "mutt:ID" links
+(org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
+
+(defun my-org-mode-setup ()
+  ; (load-library "reftex")
+  (and (buffer-file-name)
+       (file-exists-p (buffer-file-name))
+       (progn
+         ; (reftex-parse-all)
+         (reftex-set-cite-format
+          '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
+            (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
+            (?c . "\\cite{%l}")
+            (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
+         ))
+  (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
+  (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
+  (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
+  (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
+  )
+(add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
 
-  (defun org-mode-reftex-search ()
-    (interactive)
-    (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
-
-  (defun open-research-paper (bibtexkey)
-    "Open a paper by bibtex key"
-    (interactive "bibtex key: ")
-    (shell-command
-     (format "%s %s"
-         (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
-  (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
-  (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
-    "Open a paper pdf by bibtex key"
-    (interactive "bibtex key: ")
-    (shell-command
-     (format "%s -p evince_annot %s"
-         (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
-  (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
-
-  (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
-               '("notes" .
-                 "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
-
-  ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
-  (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
-
-  ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
-  (add-to-list 'org-structure-template-alist
-               '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
-
  ;; stolen from
-  ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
-  (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
-    (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
-    (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
-                     (match-string 1 path)))
-           (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
-      (cond ((eq format 'latex)
-             (if (or (not desc) 
-                     (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
-                 (format "\\cite{%s}" search)
-               (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
-
-  (org-add-link-type "rtcite" 
-                     'org-bibtex-open
-                     'my-rtcite-export-handler)
+(defun org-mode-reftex-search ()
+  (interactive)
+  (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
+
+(defun open-research-paper (bibtexkey)
+  "Open a paper by bibtex key"
+  (interactive "bibtex key: ")
+  (shell-command
+   (format "%s %s"
+       (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
+(org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
+(defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
+  "Open a paper pdf by bibtex key"
+  (interactive "bibtex key: ")
+  (shell-command
+   (format "%s -p evince_annot %s"
+       (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
+(org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
+
+(add-to-list 'org-link-abbrev-alist
+             '("notes" .
+               "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
+
+; I pretty much always want hiearchical checkboxes
+(setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
+
+;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
+(add-to-list 'org-structure-template-alist
+             '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
+
+ ;; stolen from
+;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
+(defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
+  (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
+  (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
+                   (match-string 1 path)))
+         (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
+    (cond ((eq format 'latex)
+           (if (or (not desc) 
+                   (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
+               (format "\\cite{%s}" search)
+             (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
+
+(org-add-link-type "rtcite" 
+                   'org-bibtex-open
+                   'my-rtcite-export-handler)
 
 
 #+END_SRC
@@ -2445,12 +2491,24 @@ same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
     )
 
 
+#+END_SRC
+** outshine (outlining) integration
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp
+(use-package outshine
+  :ensure t
+  :hook (outline-minor-mode . outshine-hook-function)
+)
 #+END_SRC
 ** End use-package
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   )
 #+END_SRC
 * Keybindings
+** Home/End Begining/End of line
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp
+  (global-set-key [home] 'move-beginning-of-line)
+  (global-set-key [end] 'move-end-of-line)
+#+END_SRC
 ** Goto line
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   (global-unset-key "\M-g")
@@ -2472,13 +2530,20 @@ same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
   (setq case-fold-search t)
   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
   (setq cperl-lazy-help-time nil)
+#+END_SRC
+** Turn on fontlock and icomplete
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp
   (global-font-lock-mode 1)
   (icomplete-mode 1)
   (setq log-edit-keep-buffer t)
+#+END_SRC
+** Set mail User agent
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp
   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
-  (setq markdown-enable-math t)
-  (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
+#+END_SRC
+** PS Printing
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp
   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
@@ -2486,23 +2551,39 @@ same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
   (setq ps-print-footer t)
   (setq ps-print-footer-frame nil)
   (setq ps-print-only-one-header t)
+#+END_SRC
+** Only single spacing on sentences
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp
   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[    
   ]*")
   (setq sentence-end-double-space nil)
   ; enable matching parenthesis
+#+END_SRC
+** Display paren mode
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp
   (show-paren-mode 1)
-  (tool-bar-mode -1)
-  (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
-  (setq vc-delete-logbuf-window nil)
-  (setq vc-follow-symlinks t)
+  (setq show-paren-delay 0.2)
 
-  ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
-  ;; repositories inside of git directories
-  (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
+#+END_SRC
+** My Username
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp
+  (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
 
+#+END_SRC
+** Use primary selection on unix machines
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp
   ;; switch back to the old primary selection method
-  (setq x-select-enable-clipboard nil)
-  (setq x-select-enable-primary t)
+  (if (or (string-equal system-type "darwin")
+          (string-equal system-type "windows")
+          )
+      (progn
+        (setq x-select-enable-clipboard t)
+        (setq x-select-enable-primary nil)
+        )
+    (progn
+      (setq x-select-enable-clipboard nil)
+      (setq x-select-enable-primary t)
+      ))
   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
 
   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)