* samtools-0.1.3-11 (r258)

[samtools.git] / Makefile.generic

diff --git a/Makefile.generic b/Makefile.generic
index 80bd9e76c0286de9427c96b3fb84e44b22e42184..1d8e7a57e51893a0335b6b6fe42e835b31d9d79d 100644 (file)
--- a/Makefile.generic
+++ b/Makefile.generic
@@ -5,7 +5,7 @@ CXXFLAGS=       $(CFLAGS)
 DFLAGS=                -D_IOLIB=2 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 #-D_NO_RAZF #-D_NO_CURSES
 OBJS=          bam.o bam_import.o bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_sort.o bam_index.o \
                        razf.o bgzf.o faidx.o bam_tview.o bam_maqcns.o bam_aux.o bam_plcmd.o \
-                       bam_mate.o bam_rmdup.o glf.o bam_stat.o kstring.o bam_md.o
+                       bam_mate.o bam_rmdup.o glf.o bam_stat.o kstring.o bam_md.o sam.o sam_view.o
 PROG=          razip bgzip samtools
 INCLUDES=      
 LIBS=          -lm -lz
@@ -43,7 +43,8 @@ bgzip:bgzip.o bgzf.o
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(LIBS)
 
 razip.o:razf.h
-bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h
+bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
+sam.o:sam.h bam.h
 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h