AOBJS= bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
- cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o
+ cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o bedcov.o bamshuf.o
PROG= samtools
INCLUDES= -I.
SUBDIRS= . bcftools misc
bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz -lpthread
-bgzf.o:bgzf.h
+bgzf.o:bgzf.c bgzf.h
$(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) -DBGZF_CACHE $(INCLUDES) bgzf.c -o $@
razip.o:razf.h