seq_to_grep

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 # code  description
   4 # A     Adenine
   5 # C     Cytosine
   6 # G     Guanine
   7 # T     Thymine
   8 # U     Uracil
   9 # R     Purine (A or G)
  10 # Y     Pyrimidine (C, T, or U)
  11 # M     C or A
  12 # K     T, U, or G
  13 # W     T, U, or A
  14 # S     C or G
  15 # B     C, T, U, or G (not A)
  16 # D     A, T, U, or G (not C)
  17 # H     A, T, U, or C (not G)
  18 # V     A, C, or G (not T, not U)
  19 # N     Any base (A, C, G, T, or U)
  20
  21 my %code_table =
  22     (A => 'A',
  23      C => 'C',
  24      G => 'G',
  25      T => 'TU',
  26      U => 'TU',
  27      R => 'AGR',
  28      Y => 'CTUY',
  29      M => 'CAM',
  30      K => 'TUGK',
  31      W => 'TUAW',
  32      S => 'CGS',
  33      B => 'CTUGBYWK',
  34      D => 'ATUGDRWK',
  35      H => 'ATUCHYWM',
  36      V => 'ACGVRMS',
  37      N => 'ACGTUYMKWSBDHVN',
  38     );
  39 for my $code (keys %code_table) {
  40     $code_table{$code} =
  41         '['.$code_table{$code} . lc($code_table{$code}) .']';
  42 }
  43
  44 for my $sequence (@ARGV) {
  45     print map {exists $code_table{$_}?$code_table{$_}:$_} split //,$sequence;
  46     print "\n";
  47 }