projects.mdwn

   1 [[!meta title="Projects"]]
   2
   3 Here are some of the many projects I'm working on or have previously
   4 worked on.
   5
   6 [[!toc levels=2]]
   7
   8 Debian
   9 ======
  10
  11 I use [Debian](http://www.debian.org) on all of my computers and
  12 regularly contribute to it. You can see some of the work I'm doing in
  13 Debian below.
  14
  15 * [My Debian packages](http://qa.debian.org/developer.php?login=don)
  16 * [Debbugs](http://wiki.debian.org/Teams/Debbugs) -- the bug tracking
  17   system for Debian
  18 * [Listmaster](http://wiki.debian.org/Teams/Listmaster) -- mailing
  19   list maintainers for [lists.debian.org](http://lists.debian.org)
  20 * [Technical Committee](http://www.debian.org/devel/ctte) -- Debian's
  21   technical decision making board; responsible for resolving technical
  22   disputes between developers
  23
  24
  25 Debbugs
  26 -------
  27
  28 Debbugs is Debian's Bug Tracking System. I am currently the primary
  29 maintainer of debbugs. You can see what I'm working on in
  30 [my git repositories](http://git.donarmstrong.com/debbugs.git), what I
  31 need to work on in
  32 [Debbug's bug list](https://bugs.debian.org/debbugs),
  33 [read more information](http://wiki.debian.org/Teams/Debbugs) about
  34 contributing to Debbugs yourself, and see all of
  35 [my posts](/tags/debbugs/) about Debbugs.
  36
  37
  38 Debian R Packages
  39 -----------------
  40
  41 I maintain
  42 [builds of the vast majority of R packages for Debian](/r/debian_r).
  43 You can also see [my posts](/tags/debian-r) about the Debian-r archive.
  44
  45 Bioinformatics
  46 ==============
  47
  48 Below are some of the bioinformatics and biologically relevant tools I
  49 have built.
  50
  51 Postgresql Mirror of dbSNP
  52 --------------------------
  53
  54 Being able to query [dbSNP](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/) locally
  55 is very useful for adding annotations to deep sequencing results and
  56 other DNA polymorphism based analyses. See how to set up a
  57 [postgresql mirror of dbsnp](/genetics/dbsnp_mirror/) yourself using
  58 my scripts.
  59
  60 Helical Wheel Plots
  61 -------------------
  62 Plots alpha helical wheels with hydrophobic moment according to the
  63 wif scale (not woct).
  64
  65  * [Program](<http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit)
  66  * [Source](http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.html)
  67  * [Download](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/wheel/wheel.tar.gz?tarball=1&root=RZ+Lab+CVS)
  68  * [CVS](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/wheel/?root=RZ+Lab+CVS)
  69
  70 Ikiwiki Plugins
  71 ===============
  72
  73 My entire website is now built using [ikiwiki](http://ikiwiki.info).
  74 Here are some ikiwiki plugins I have written:
  75
  76 * [Sweavealike](http://git.donarmstrong.com/?p=ikiwiki_plugins.git;a=blob;f=sweavealike.pm;hb=HEAD)
  77   is a plugin for [IkiWiki](http://ikiwiki.info) that tries to do some
  78   of the useful things for IkiWiki that Sweave/Knitr does for R and
  79   LaTeX. See [my blog post](/posts/introducingsweavealike) for more
  80   information.
  81
  82
  83 Perl Modules
  84 ============
  85
  86 * Class::Modular is a superclass that allows one to generate a single
  87    class from modules spread throughout multiple files and overload
  88    methods within that class at will. Da::DB inherits from
  89    Class::Modular.
  90    [svn repository](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/?root=Class+Modular)
  91
  92
  93 LaTeX Math to PNG
  94 -----------------
  95 Converts LaTeX math formula to PNG files. ($$x^2_0+y^2_0=r^2_0$$)
  96 becomes ![rendered equation](http://rzlab.ucr.edu/scripts/latexmath2png/latexmath2png.pl)
  97
  98  * [CVS](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/latexmath2png/?root=RZ+Lab+CVS)
  99  * [Source](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/latexmath2png/latexmath2png.pl?rev=HEAD&root=RZ+Lab+CVS&content-type=text/vnd.viewcvs-markup)
 100  * [Download](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/latexmath2png/latexmath2png.tar.gz?tarball=1&root=RZ+Lab+CVS)
 101