pkg/R/print.xtable.R

   1 ### xtable package\r
   2 ###\r
   3 ### Produce LaTeX and HTML tables from R objects.\r
   4 ###\r
   5 ### Copyright 2000-2012 David B. Dahl <dahl@stat.tamu.edu>\r
   6 ###\r
   7 ### Maintained by Charles Roosen <croosen@mango-solutions.com>\r
   8 ###\r
   9 ### This file is part of the `xtable' library for R and related languages.\r
  10 ### It is made available under the terms of the GNU General Public\r
  11 ### License, version 2, or at your option, any later version,\r
  12 ### incorporated herein by reference.\r
  13 ###\r
  14 ### This program is distributed in the hope that it will be\r
  15 ### useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied\r
  16 ### warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR\r
  17 ### PURPOSE.  See the GNU General Public License for more\r
  18 ### details.\r
  19 ###\r
  20 ### You should have received a copy of the GNU General Public\r
  21 ### License along with this program; if not, write to the Free\r
  22 ### Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston,\r
  23 ### MA 02111-1307, USA\r
  24 print.xtable <- function(\r
  25   x,\r
  26   type=getOption("xtable.type", "latex"),\r
  27   file=getOption("xtable.file", ""),\r
  28   append=getOption("xtable.append", FALSE),\r
  29   floating=getOption("xtable.floating", TRUE),\r
  30   floating.environment=getOption("xtable.floating.environment", "table"),\r
  31   table.placement=getOption("xtable.table.placement", "ht"),\r
  32   caption.placement=getOption("xtable.caption.placement", "bottom"),\r
  33   latex.environments=getOption("xtable.latex.environments", c("center")),\r
  34   tabular.environment=getOption("xtable.tabular.environment", "tabular"),\r
  35   size=getOption("xtable.size", NULL),\r
  36   hline.after=getOption("xtable.hline.after", c(-1,0,nrow(x))),\r
  37   NA.string=getOption("xtable.NA.string", ""),\r
  38   include.rownames=getOption("xtable.include.rownames", TRUE),\r
  39   include.colnames=getOption("xtable.include.colnames", TRUE),\r
  40   only.contents=getOption("xtable.only.contents", FALSE),\r
  41   add.to.row=getOption("xtable.add.to.row", NULL),\r
  42   sanitize.text.function=getOption("xtable.sanitize.text.function", NULL),\r
  43   sanitize.rownames.function=getOption("xtable.sanitize.rownames.function", \r
  44     sanitize.text.function),\r
  45   sanitize.colnames.function=getOption("xtable.sanitize.colnames.function", \r
  46     sanitize.text.function),\r
  47   math.style.negative=getOption("xtable.math.style.negative", FALSE),\r
  48   html.table.attributes=getOption("xtable.html.table.attributes", "border=1"),\r
  49   print.results=getOption("xtable.print.results", TRUE),\r
  50   format.args=getOption("xtable.format.args", NULL),\r
  51   rotate.rownames=getOption("xtable.rotate.rownames", FALSE),\r
  52   rotate.colnames=getOption("xtable.rotate.colnames", FALSE),\r
  53   booktabs = getOption("xtable.booktabs", FALSE),\r
  54   ...) {\r
  55   # If caption is length 2, treat the second value as the "short caption"\r
  56   caption <- attr(x,"caption",exact=TRUE)\r
  57   short.caption <- NULL\r
  58   if (!is.null(caption) && length(caption) > 1){\r
  59     short.caption <- caption[2]\r
  60         caption <- caption[1]\r
  61   }\r
  62   \r
  63   # Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28 hline.after\r
  64   # By default it print an \hline before and after the columns names independently they are printed or not and at the end of the table\r
  65   # Old code that set hline.after should include c(-1, 0, nrow(x)) in the hline.after vector\r
  66   # If you do not want any \hline inside the data, set hline.after to NULL \r
  67   # PHEADER instead the string '\\hline\n' is used in the code\r
  68   # Now hline.after counts how many time a position appear  \r
  69   # I left an automatic PHEADER in the longtable is this correct?\r
  70 \r
  71   # Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28 include.rownames, include.colnames  \r
  72   pos <- 0\r
  73   if (include.rownames) pos <- 1\r
  74   \r
  75   # Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28 hline.after checks\r
  76   if (any(hline.after < -1) | any(hline.after > nrow(x))) stop("'hline.after' must be inside [-1, nrow(x)]")\r
  77   \r
  78   # Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28 add.to.row checks\r
  79   if (!is.null(add.to.row)) {\r
  80     if (is.list(add.to.row) && length(add.to.row)==2) {\r
  81       if (is.null(names(add.to.row))) {\r
  82         names(add.to.row) <- c('pos', 'command')\r
  83       } else if (any(sort(names(add.to.row))!=c('command', 'pos'))) {\r
  84         stop("the names of the elements of 'add.to.row' must be 'pos' and 'command'")\r
  85       }\r
  86       if (is.list(add.to.row$pos) && is.vector(add.to.row$command, mode='character')) {\r
  87         if ((npos <- length(add.to.row$pos)) != length(add.to.row$command)) {\r
  88           stop("the length of 'add.to.row$pos' must be equal to the length of 'add.to.row$command'")\r
  89         }\r
  90         if (any(unlist(add.to.row$pos) < -1) | any(unlist(add.to.row$pos) > nrow(x))) {\r
  91           stop("the values in add.to.row$pos must be inside the interval [-1, nrow(x)]")\r
  92         }\r
  93       } else {\r
  94         stop("the first argument ('pos') of 'add.to.row' must be a list, the second argument ('command') must be a vector of mode character")\r
  95       }\r
  96     } else {\r
  97       stop("'add.to.row' argument must be a list of length 2")\r
  98     }\r
  99   } else {\r
 100      add.to.row <- list(pos=list(), command=vector(length=0, mode="character"))\r
 101      npos <- 0\r
 102   }\r
 103 \r
 104   # Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28 add.to.row\r
 105   # Add further commands at the end of rows\r
 106   if (type=="latex") {\r
 107     ## Original code before changes in version 1.6-1\r
 108     # PHEADER <- "\\hline\n"\r
 109 \r
 110         # booktabs code from Matthieu Stigler <matthieu.stigler@gmail.com>, 1 Feb 2012\r
 111     if(!booktabs){\r
 112       PHEADER <- "\\hline\n"\r
 113         } else {\r
 114       PHEADER <- ifelse(-1%in%hline.after, "\\toprule\n", "") \r
 115       if(0%in%hline.after) {\r
 116         PHEADER <- c(PHEADER, "\\midrule\n")\r
 117           }\r
 118       if(nrow(x)%in%hline.after) {\r
 119         PHEADER <- c(PHEADER, "\\bottomrule\n")\r
 120           }\r
 121     }\r
 122   } else {\r
 123      PHEADER <- ""\r
 124   }\r
 125    \r
 126   lastcol <- rep(" ", nrow(x)+2)\r
 127   if (!is.null(hline.after)) {\r
 128     # booktabs change - Matthieu Stigler: fill the hline arguments separately, 1 Feb 2012\r
 129         #\r
 130     # Code before booktabs change was:\r
 131         #    add.to.row$pos[[npos+1]] <- hline.after\r
 132 \r
 133     if (!booktabs){\r
 134        add.to.row$pos[[npos+1]] <- hline.after\r
 135         } else {\r
 136        for(i in 1:length(hline.after)) {            \r
 137               add.to.row$pos[[npos+i]] <- hline.after[i] \r
 138            }\r
 139     }      \r
 140     add.to.row$command <- c(add.to.row$command, PHEADER)\r
 141   }\r
 142 \r
 143   if ( length(add.to.row$command) > 0 ) {\r
 144     for (i in 1:length(add.to.row$command)) {\r
 145       addpos <- add.to.row$pos[[i]]\r
 146       freq <- table(addpos)\r
 147       addpos <- unique(addpos)\r
 148       for (j in 1:length(addpos)) {\r
 149         lastcol[addpos[j]+2] <- paste(lastcol[addpos[j]+2], paste(rep(add.to.row$command[i], freq[j]), sep="", collapse=""), sep=" ")\r
 150       }\r
 151     }\r
 152   }\r
 153   \r
 154   if (length(type)>1) stop("\"type\" must have length 1")\r
 155   type <- tolower(type)\r
 156   if (!all(!is.na(match(type,c("latex","html"))))) stop("\"type\" must be in {\"latex\", \"html\"}")\r
 157   if (!all(!is.na(match(floating.environment,c("table","table*","sidewaystable"))))) stop("\"type\" must be in {\"table\", \"table*\", \"sidewaystable\"}")\r
 158   if (!is.null(table.placement) && !all(!is.na(match(unlist(strsplit(table.placement, split="")),c("H","h","t","b","p","!"))))) {\r
 159     stop("\"table.placement\" must contain only elements of {\"h\",\"t\",\"b\",\"p\",\"!\"}")\r
 160   }\r
 161   if (!all(!is.na(match(caption.placement,c("bottom","top"))))) stop("\"caption.placement\" must be either {\"bottom\",\"top\"}")\r
 162 \r
 163   if (type=="latex") {\r
 164     BCOMMENT <- "% "\r
 165     ECOMMENT <- "\n"\r
 166     # See e-mail from "John S. Walker <jsw9c@uic.edu>" dated 5-19-2003 regarding "texfloat"\r
 167     # See e-mail form "Fernando Henrique Ferraz P. da Rosa" <academic@feferraz.net>" dated 10-28-2005 regarding "longtable"\r
 168     if ( tabular.environment == "longtable" & floating == TRUE ) {\r
 169       warning("Attempt to use \"longtable\" with floating=TRUE. Changing to FALSE.")\r
 170       floating <- FALSE\r
 171     }\r
 172     if ( floating == TRUE ) {\r
 173       # See e-mail from "Pfaff, Bernhard <Bernhard.Pfaff@drkw.com>" dated 7-09-2003 regarding "suggestion for an amendment of the source"\r
 174       # See e-mail from "Mitchell, David" <David.Mitchell@dotars.gov.au>" dated 2003-07-09 regarding "Additions to R xtable package"\r
 175       # See e-mail from "Garbade, Sven" <Sven.Garbade@med.uni-heidelberg.de> dated 2006-05-22 regarding the floating environment.\r
 176       BTABLE <- paste("\\begin{", floating.environment, "}",ifelse(!is.null(table.placement),\r
 177         paste("[",table.placement,"]",sep=""),""),"\n",sep="")\r
 178       if ( is.null(latex.environments) || (length(latex.environments)==0) ) {\r
 179         BENVIRONMENT <- ""\r
 180         EENVIRONMENT <- ""\r
 181       }\r
 182       else {\r
 183         BENVIRONMENT <- ""\r
 184         EENVIRONMENT <- ""\r
 185         for ( i in 1:length(latex.environments) ) {\r
 186           if ( latex.environments[i] == "" ) next\r
 187           BENVIRONMENT <- paste(BENVIRONMENT, "\\begin{",latex.environments[i],"}\n",sep="")\r
 188           EENVIRONMENT <- paste("\\end{",latex.environments[i],"}\n",EENVIRONMENT,sep="")\r
 189         }\r
 190       }\r
 191       ETABLE <- paste("\\end{", floating.environment, "}\n", sep="")\r
 192     }\r
 193     else {\r
 194       BTABLE <- ""\r
 195       ETABLE <- ""\r
 196       BENVIRONMENT <- ""\r
 197       EENVIRONMENT <- ""\r
 198     }\r
 199 \r
 200     tmp.index.start <- 1\r
 201     if ( ! include.rownames ) {\r
 202       while ( attr(x,"align",exact=TRUE)[tmp.index.start] == '|' ) tmp.index.start <- tmp.index.start + 1\r
 203       tmp.index.start <- tmp.index.start + 1\r
 204     }\r
 205     BTABULAR <- paste("\\begin{",tabular.environment,"}{",\r
 206                       paste(c(attr(x, "align",exact=TRUE)[tmp.index.start:length(attr(x,"align",exact=TRUE))], "}\n"),\r
 207                             sep="", collapse=""),\r
 208                       sep="")\r
 209     \r
 210     ## fix 10-26-09 (robert.castelo@upf.edu) the following 'if' condition is added here to support\r
 211     ## a caption on the top of a longtable\r
 212     if (tabular.environment == "longtable" && caption.placement=="top") {\r
 213                 if (is.null(short.caption)){\r
 214                         BCAPTION <- "\\caption{"\r
 215                 } else {\r
 216                         BCAPTION <- paste("\\caption[", short.caption, "]{", sep="")\r
 217                 }       \r
 218         ECAPTION <- "} \\\\ \n"\r
 219         if ((!is.null(caption)) && (type=="latex")) BTABULAR <- paste(BTABULAR,  BCAPTION, caption, ECAPTION, sep="")\r
 220     }\r
 221     # Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28 add.to.row position -1\r
 222     BTABULAR <- paste(BTABULAR,lastcol[1], sep="")\r
 223     # the \hline at the end, if present, is set in full matrix    \r
 224     ETABULAR <- paste("\\end{",tabular.environment,"}\n",sep="")\r
 225     \r
 226     # BSIZE contributed by Benno <puetz@mpipsykl.mpg.de> in e-mail dated Wednesday, December 01, 2004\r
 227     if (is.null(size) || !is.character(size)) {\r
 228       BSIZE <- ""\r
 229       ESIZE <- ""\r
 230     } else {\r
 231       if(length(grep("^\\\\",size))==0){\r
 232         size <- paste("\\",size,sep="")\r
 233       }\r
 234       BSIZE <- paste("{",size,"\n",sep="")\r
 235       ESIZE <- "}\n"\r
 236     }\r
 237     BLABEL <- "\\label{"\r
 238     ELABEL <- "}\n"\r
 239         if (is.null(short.caption)){\r
 240                 BCAPTION <- "\\caption{"\r
 241         } else {\r
 242                 BCAPTION <- paste("\\caption[", short.caption, "]{", sep="")\r
 243         }       \r
 244     ECAPTION <- "}\n"\r
 245     BROW <- ""\r
 246     EROW <- " \\\\ \n"\r
 247     BTH <- ""\r
 248     ETH <- ""\r
 249     STH <- " & "\r
 250     BTD1 <- " & "\r
 251     BTD2 <- ""\r
 252     BTD3 <- ""\r
 253     ETD  <- ""\r
 254     # Based on contribution from Jonathan Swinton <jonathan@swintons.net> in e-mail dated Wednesday, January 17, 2007\r
 255     sanitize <- function(str) {\r
 256       result <- str\r
 257       result <- gsub("\\\\","SANITIZE.BACKSLASH",result)\r
 258       result <- gsub("$","\\$",result,fixed=TRUE)\r
 259       result <- gsub(">","$>$",result,fixed=TRUE)\r
 260       result <- gsub("<","$<$",result,fixed=TRUE)\r
 261       result <- gsub("|","$|$",result,fixed=TRUE)\r
 262       result <- gsub("{","\\{",result,fixed=TRUE)\r
 263       result <- gsub("}","\\}",result,fixed=TRUE)\r
 264       result <- gsub("%","\\%",result,fixed=TRUE)\r
 265       result <- gsub("&","\\&",result,fixed=TRUE)\r
 266       result <- gsub("_","\\_",result,fixed=TRUE)\r
 267       result <- gsub("#","\\#",result,fixed=TRUE)\r
 268       result <- gsub("^","\\verb|^|",result,fixed=TRUE)\r
 269       result <- gsub("~","\\~{}",result,fixed=TRUE)\r
 270       result <- gsub("SANITIZE.BACKSLASH","$\\backslash$",result,fixed=TRUE)\r
 271       return(result)\r
 272     }\r
 273     sanitize.numbers <- function(x) {\r
 274       result <- x\r
 275       if ( math.style.negative ) {\r
 276         # Jake Bowers <jwbowers@illinois.edu> in e-mail from 2008-08-20 suggested\r
 277         # disabling this feature to avoid problems with LaTeX's dcolumn package.\r
 278         # by Florian Wickelmaier <florian.wickelmaier@uni-tuebingen.de> in e-mail\r
 279         # from 2008-10-03 requested the ability to use the old behavior.\r
 280         for(i in 1:length(x)) {\r
 281           result[i] <- gsub("-","$-$",result[i],fixed=TRUE)\r
 282         }\r
 283       }\r
 284       return(result)\r
 285     }\r
 286     sanitize.final <- function(result) {\r
 287       return(result)\r
 288     }\r
 289   } else {\r
 290     BCOMMENT <- "<!-- "\r
 291     ECOMMENT <- " -->\n"\r
 292     BTABLE <- paste("<TABLE ",html.table.attributes,">\n",sep="")\r
 293     ETABLE <- "</TABLE>\n"\r
 294     BENVIRONMENT <- ""\r
 295     EENVIRONMENT <- ""\r
 296     BTABULAR <- ""\r
 297     ETABULAR <- ""\r
 298     BSIZE <- ""\r
 299     ESIZE <- ""\r
 300     BLABEL <- "<A NAME="\r
 301     ELABEL <- "></A>\n"\r
 302     BCAPTION <- paste("<CAPTION ALIGN=\"",caption.placement,"\"> ",sep="")\r
 303     ECAPTION <- " </CAPTION>\n"\r
 304     BROW <- "<TR>"\r
 305     EROW <- " </TR>\n"\r
 306     BTH <- " <TH> "\r
 307     ETH <- " </TH> "\r
 308     STH <- " </TH> <TH> "\r
 309     BTD1 <- " <TD align=\""\r
 310     align.tmp <- attr(x,"align",exact=TRUE)\r
 311     align.tmp <- align.tmp[align.tmp!="|"]\r
 312     BTD2 <- matrix(align.tmp[(2-pos):(ncol(x)+1)],nrow=nrow(x),ncol=ncol(x)+pos,byrow=TRUE)\r
 313     # Based on contribution from Jonathan Swinton <jonathan@swintons.net> in e-mail dated Wednesday, January 17, 2007\r
 314     BTD2[regexpr("^p",BTD2)>0] <- "left"\r
 315     BTD2[BTD2=="r"] <- "right"\r
 316     BTD2[BTD2=="l"] <- "left"\r
 317     BTD2[BTD2=="c"] <- "center"\r
 318     BTD3 <- "\"> "\r
 319     ETD  <- " </TD>"\r
 320     sanitize <- function(str) {\r
 321       result <- str\r
 322       result <- gsub("&","&amp ",result,fixed=TRUE)\r
 323       result <- gsub(">","&gt ",result,fixed=TRUE)\r
 324       result <- gsub("<","&lt ",result,fixed=TRUE)\r
 325       # Kurt Hornik <Kurt.Hornik@wu-wien.ac.at> on 2006/10/05 recommended not escaping underscores.\r
 326       # result <- gsub("_", "\\_", result, fixed=TRUE)\r
 327       return(result)\r
 328     }\r
 329     sanitize.numbers <- function(x) {\r
 330       return(x)\r
 331     }\r
 332     sanitize.final <- function(result) {\r
 333       # Suggested by Uwe Ligges <ligges@statistik.uni-dortmund.de> in e-mail dated 2005-07-30.\r
 334       result$text <- gsub("  *"," ", result$text,fixed=TRUE)\r
 335       result$text <- gsub(' align="left"', "", result$text,fixed=TRUE)\r
 336       return(result)\r
 337     }\r
 338   }\r
 339 \r
 340   result <- string("",file=file,append=append)\r
 341   info <- R.Version()\r
 342   # modified Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28 to set automatically the package version\r
 343   result <- result + BCOMMENT + type + " table generated in " +\r
 344             info$language + " " + info$major + "." + info$minor + " by xtable " + packageDescription('xtable')$Version + " package" + ECOMMENT\r
 345   result <- result + BCOMMENT + date() + ECOMMENT\r
 346   # Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28 only.contents\r
 347   if (!only.contents) {\r
 348     result <- result + BTABLE\r
 349     result <- result + BENVIRONMENT\r
 350     if ( floating == TRUE ) {\r
 351       if ((!is.null(caption)) && (type=="html" || caption.placement=="top")) result <- result + BCAPTION + caption + ECAPTION\r
 352       if (!is.null(attr(x,"label",exact=TRUE)) && (type=="latex" && caption.placement=="top")) result <- result + BLABEL + attr(x,"label",exact=TRUE) + ELABEL  \r
 353     }\r
 354     result <- result + BSIZE\r
 355     result <- result + BTABULAR\r
 356   }\r
 357   # Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28 include.colnames, include.rownames \r
 358   if (include.colnames) {\r
 359     result <- result + BROW + BTH\r
 360     if (include.rownames) {\r
 361           result <- result + STH\r
 362         }  \r
 363     # David G. Whiting in e-mail 2007-10-09\r
 364     if (is.null(sanitize.colnames.function)) {                                     \r
 365           CNAMES <- sanitize(names(x))\r
 366         } else {\r
 367       CNAMES <- sanitize.colnames.function(names(x))\r
 368         }\r
 369     if (rotate.colnames) {\r
 370           #added by Markus Loecher, 2009-11-16\r
 371       CNAMES <- paste("\\begin{sideways}", CNAMES, "\\end{sideways}")\r
 372         }       \r
 373     result <- result + paste(CNAMES, collapse=STH)\r
 374 \r
 375     result <- result + ETH + EROW\r
 376   }\r
 377 \r
 378   cols <- matrix("",nrow=nrow(x),ncol=ncol(x)+pos)\r
 379   if (include.rownames) {\r
 380     # David G. Whiting in e-mail 2007-10-09\r
 381     if (is.null(sanitize.rownames.function)) {                                     \r
 382       RNAMES <- sanitize(row.names(x))\r
 383     } else {\r
 384       RNAMES <- sanitize.rownames.function(row.names(x))                         \r
 385     }\r
 386     if (rotate.rownames) {\r
 387           #added by Markus Loecher, 2009-11-16\r
 388       RNAMES <- paste("\\begin{sideways}", RNAMES, "\\end{sideways}")\r
 389         }       \r
 390         cols[,1] <- RNAMES\r
 391   }\r
 392 \r
 393 ## Begin vectorizing the formatting code by Ian Fellows [ian@fellstat.com]\r
 394 ## 06 Dec 2011\r
 395 ##\r
 396 #  disp <- function(y) {\r
 397 #    if (is.factor(y)) {\r
 398 #      y <- levels(y)[y]\r
 399 #    }\r
 400 #    if (is.list(y)) {\r
 401 #      y <- unlist(y)\r
 402 #    }\r
 403 #    return(y)\r
 404 #  }\r
 405   varying.digits <- is.matrix( attr( x, "digits",exact=TRUE ) )\r
 406   # Code for letting "digits" be a matrix was provided by Arne Henningsen <ahenningsen@agric-econ.uni-kiel.de> in e-mail dated 2005-06-04.\r
 407   #if( !varying.digits ) {\r
 408     # modified Claudio Agostinelli <claudio@unive.it> dated 2006-07-28\r
 409   #  attr(x,"digits") <- matrix( attr( x, "digits",exact=TRUE ), nrow = nrow(x), ncol = ncol(x)+1, byrow = TRUE )\r
 410   #}\r
 411   for(i in 1:ncol(x)) {\r
 412         xcol <- x[,i]\r
 413         if(is.factor(xcol))\r
 414                 xcol <- as.character(xcol)\r
 415         if(is.list(xcol))\r
 416                 xcol <- sapply(xcol,unlist)\r
 417     ina <- is.na(xcol)\r
 418     is.numeric.column <- is.numeric(xcol)\r
 419 \r
 420         if(is.character(xcol)) {\r
 421                 cols[,i+pos] <- xcol\r
 422         } else {\r
 423           if (is.null(format.args)){\r
 424             format.args <- list()\r
 425           }\r
 426           if (is.null(format.args$decimal.mark)){\r
 427             format.args$decimal.mark <- options()$OutDec\r
 428           }\r
 429           if(!varying.digits){\r
 430                 curFormatArgs <- c(list( \r
 431                     x = xcol,\r
 432                         format = ifelse( attr( x, "digits",exact=TRUE )[i+1] < 0, "E", \r
 433                           attr( x, "display",exact=TRUE )[i+1] ), \r
 434                         digits = abs( attr( x, "digits",exact=TRUE )[i+1] )),\r
 435                         format.args)\r
 436             cols[,i+pos] <- do.call("formatC", curFormatArgs)\r
 437       }else{\r
 438                 for( j in 1:nrow( cols ) ) {\r
 439                   curFormatArgs <- c(list( \r
 440             x = xcol[j],\r
 441                         format = ifelse( attr( x, "digits",exact=TRUE )[j,i+1] < 0, "E", \r
 442               attr( x, "display",exact=TRUE )[i+1] ), \r
 443             digits = abs( attr( x, "digits",exact=TRUE )[j,i+1] )),\r
 444                         format.args)\r
 445                   cols[j,i+pos] <- do.call("formatC", curFormatArgs)                    \r
 446                 }\r
 447       } \r
 448         }\r
 449         ## End Ian Fellows changes\r
 450         \r
 451     if ( any(ina) ) cols[ina,i+pos] <- NA.string\r
 452     # Based on contribution from Jonathan Swinton <jonathan@swintons.net> in e-mail dated Wednesday, January 17, 2007\r
 453     if ( is.numeric.column ) {\r
 454       cols[,i+pos] <- sanitize.numbers(cols[,i+pos])\r
 455     } else {\r
 456       if (is.null(sanitize.text.function)) {\r
 457         cols[,i+pos] <- sanitize(cols[,i+pos])\r
 458       } else {\r
 459         cols[,i+pos] <- sanitize.text.function(cols[,i+pos])\r
 460       }\r
 461     }\r
 462   }\r
 463 \r
 464   multiplier <- 5\r
 465   full <- matrix("",nrow=nrow(x),ncol=multiplier*(ncol(x)+pos)+2)\r
 466   full[,1] <- BROW\r
 467   full[,multiplier*(0:(ncol(x)+pos-1))+2] <- BTD1\r
 468   full[,multiplier*(0:(ncol(x)+pos-1))+3] <- BTD2\r
 469   full[,multiplier*(0:(ncol(x)+pos-1))+4] <- BTD3\r
 470   full[,multiplier*(0:(ncol(x)+pos-1))+5] <- cols\r
 471   full[,multiplier*(0:(ncol(x)+pos-1))+6] <- ETD\r
 472 \r
 473   full[,multiplier*(ncol(x)+pos)+2] <- paste(EROW, lastcol[-(1:2)], sep=" ")\r
 474  \r
 475   if (type=="latex") full[,2] <- ""\r
 476   result <- result + lastcol[2] + paste(t(full),collapse="")\r
 477   if (!only.contents) {\r
 478     if (tabular.environment == "longtable") {\r
 479           # booktabs change added the if() - 1 Feb 2012\r
 480           if(!booktabs) {\r
 481             result <- result + PHEADER\r
 482       }\r
 483           \r
 484       ## fix 10-27-09 Liviu Andronic (landronimirc@gmail.com) the following 'if' condition is inserted in order to avoid\r
 485       ## that bottom caption interferes with a top caption of a longtable\r
 486       if(caption.placement=="bottom"){\r
 487         if ((!is.null(caption)) && (type=="latex")) result <- result + BCAPTION + caption + ECAPTION\r
 488       }\r
 489       if (!is.null(attr(x,"label",exact=TRUE))) result <- result + BLABEL + attr(x,"label",exact=TRUE) + ELABEL\r
 490       ETABULAR <- "\\end{longtable}\n"\r
 491     }\r
 492     result <- result + ETABULAR\r
 493     result <- result + ESIZE\r
 494     if ( floating == TRUE ) {\r
 495       if ((!is.null(caption)) && (type=="latex" && caption.placement=="bottom")) result <- result + BCAPTION + caption + ECAPTION\r
 496       if (!is.null(attr(x,"label",exact=TRUE)) && caption.placement=="bottom") result <- result + BLABEL + attr(x,"label",exact=TRUE) + ELABEL  \r
 497     }\r
 498     result <- result + EENVIRONMENT\r
 499     result <- result + ETABLE\r
 500   }   \r
 501   result <- sanitize.final(result)\r
 502   \r
 503   if (print.results){\r
 504         print(result)\r
 505   }\r
 506   \r
 507   return(invisible(result$text))\r
 508 }\r
 509 \r
 510 "+.string" <- function(x,y) {\r
 511   x$text <- paste(x$text,as.string(y)$text,sep="")\r
 512   return(x)\r
 513 }\r
 514 \r
 515 print.string <- function(x,...) {\r
 516   cat(x$text,file=x$file,append=x$append)\r
 517   return(invisible())\r
 518 }\r
 519 \r
 520 string <- function(text,file="",append=FALSE) {\r
 521   x <- list(text=text,file=file,append=append)\r
 522   class(x) <- "string"\r
 523   return(x)\r
 524 }\r
 525 \r
 526 as.string <- function(x,file="",append=FALSE) {\r
 527   if (is.null(attr(x,"class",exact=TRUE)))\r
 528   switch(data.class(x),\r
 529       character=return(string(x,file,append)),\r
 530       numeric=return(string(as.character(x),file,append)),\r
 531       stop("Cannot coerse argument to a string"))\r
 532   if (class(x)=="string")\r
 533     return(x)\r
 534   stop("Cannot coerse argument to a string")\r
 535 }\r
 536 \r
 537 is.string <- function(x) {\r
 538   return(class(x)=="string")\r
 539 }\r
 540 \r