1 dist_bin_SCRIPTS = bowtie2sam.pl export2sam.pl novo2sam.pl samtools.pl soap2sam.pl wgsim_eval.pl zoom2sam.pl
2 bin_PROGRAMS = faidx maq2sam-short maq2sam-long md5fa md5sum-lite wgsim
4 faidx_SOURCES = ../faidx.c ../faidx.c
5 #faidx_LDFLAGS = -D_NO_RAZF -DFAIDX_MAIN
7 md5fa_SOURCES = md5.c md5.h md5fa.c ../kseq.h
10 md5sum_lite_SOURCES = md5.c md5.h
11 #md5sum_lite_LDFLAGS = -DMD5SUM_MAIN
13 maq2sam_short_SOURCES = maq2sam.c
14 #maq2sam_short_LDADD = -lz
16 maq2sam_long_SOURCES = maq2sam.c
17 #maq2sam_long_LDADD = -lz
19 wgsim_SOURCES = wgsim.c
22 faidx:../faidx.c ../faidx.h
23 $(CC) $(CFLAGS) -D_NO_RAZF -DFAIDX_MAIN -o $@ ../faidx.c
24 md5fa:md5.o md5fa.o md5.h ../kseq.h
25 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ md5.o md5fa.o -lz
27 $(CC) $(CFLAGS) -c -I.. -o $@ md5fa.c
28 md5sum-lite:md5sum-lite.o
29 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ md5sum-lite.o
30 md5sum-lite.o:md5.c md5.h
31 $(CC) -c $(CFLAGS) -DMD5SUM_MAIN -o $@ md5.c
32 maq2sam-short:maq2sam-short.o
33 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ maq2sam-short.o -lz
34 maq2sam-short.o:maq2sam.c
35 $(CC) -c $(CFLAGS) -o $@ maq2sam.c
36 maq2sam-long:maq2sam-long.o
37 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ maq2sam-long.o -lz
38 maq2sam-long.o:maq2sam.c
39 $(CC) -c $(CFLAGS) -DMAQ_LONGREADS -D_MAQ_LONGREADS -o $@ maq2sam.c