kruskalwalliscommand.h

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   2  * File:   kruskalwalliscommand.h
   3  * Author: kiverson
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   5  * Created on June 26, 2012, 11:07 AM
   6  */
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   8 #ifndef KRUSKALWALLISCOMMAND_H
   9 #define KRUSKALWALLISCOMMAND_H
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  11 #include "command.hpp"
  12 #include "inputdata.h"
  13 #include "designmap.h"
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  15 class KruskalWallisCommand : public Command {
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  17 public:
  18
  19         KruskalWallisCommand(string);
  20         KruskalWallisCommand();
  21         ~KruskalWallisCommand(){}
  22
  23         vector<string> setParameters();
  24         string getCommandName()                 { return "kruskal.wallis";                      }
  25         string getCommandCategory()             { return "Hypothesis Testing";  }
  26     string getOutputPattern(string);
  27         string getHelpString();
  28         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Kruskal.wallis"; }
  29         string getDescription()         { return "Non-parametric method for testing whether samples originate from the same distribution."; }
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  31     struct groupRank {
  32         string group;
  33         double value;
  34         double rank;
  35     };
  36
  37     int execute();
  38         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  39     void assignRank(vector<groupRank>&);
  40     void assignValue(vector<groupRank>&);
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  43 private:
  44     bool abort, allLines;
  45     string outputDir, sharedfile, designfile, mclass, classes;
  46     vector<string> outputNames;
  47     set<string> labels;
  48
  49     int process(vector<SharedRAbundVector*>&, DesignMap&);
  50 };
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  52 #endif  /* KRUSKALWALLISCOMMAND_H */
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