examples/ex1.fa

   1 >seq1
   2 CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGCT
   3 GTGGACCCTGCAGCCTGGCTGTGGGGGCCGCAGTGGCTGAGGGGTGCAGAGCCGAGTCAC
   4 GGGGTTGCCAGCACAGGGGCTTAACCTCTGGTGACTGCCAGAGCTGCTGGCAAGCTAGAG
   5 TCCCATTTGGAGCCCCTCTAAGCCGTTCTATTTGTAATGAAAACTATATTTATGCTATTC
   6 AGTTCTAAATATAGAAATTGAAACAGCTGTGTTTAGTGCCTTTGTTCAACCCCCTTGCAA
   7 CAACCTTGAGAACCCCAGGGAATTTGTCAATGTCAGGGAAGGAGCATTTTGTCAGTTACC
   8 AAATGTGTTTATTACCAGAGGGATGGAGGGAAGAGGGACGCTGAAGAACTTTGATGCCCT
   9 CTTCTTCCAAAGATGAAACGCGTAACTGCGCTCTCATTCACTCCAGCTCCCTGTCACCCA
  10 ATGGACCTGTGATATCTGGATTCTGGGAAATTCTTCATCCTGGACCCTGAGAGATTCTGC
  11 AGCCCAGCTCCAGATTGCTTGTGGTCTGACAGGCTGCAACTGTGAGCCATCACAATGAAC
  12 AACAGGAAGAAAAGGTCTTTCAAAAGGTGATGTGTGTTCTCATCAACCTCATACACACAC
  13 ATGGTTTAGGGGTATAATACCTCTACATGGCTGATTATGAAAACAATGTTCCCCAGATAC
  14 CATCCCTGTCTTACTTCCAGCTCCCCAGAGGGAAAGCTTTCAACGCTTCTAGCCATTTCT
  15 TTTGGCATTTGCCTTCAGACCCTACACGAATGCGTCTCTACCACAGGGGGCTGCGCGGTT
  16 TCCCATCATGAAGCACTGAACTTCCACGTCTCATCTAGGGGAACAGGGAGGTGCACTAAT
  17 GCGCTCCACGCCCAAGCCCTTCTCACAGTTTCTGCCCCCAGCATGGTTGTACTGGGCAAT
  18 ACATGAGATTATTAGGAAATGCTTTACTGTCATAACTATGAAGAGACTATTGCCAGATGA
  19 ACCACACATTAATACTATGTTTCTTATCTGCACATTACTACCCTGCAATTAATATAATTG
  20 TGTCCATGTACACACGCTGTCCTATGTACTTATCATGACTCTATCCCAAATTCCCAATTA
  21 CGTCCTATCTTCTTCTTAGGGAAGAACAGCTTAGGTATCAATTTGGTGTTCTGTGTAAAG
  22 TCTCAGGGAGCCGTCCGTGTCCTCCCATCTGGCCTCGTCCACACTGGTTCTCTTGAAAGC
  23 TTGGGCTGTAATGATGCCCCTTGGCCATCACCCAGTCCCTGCCCCATCTCTTGTAATCTC
  24 TCTCCTTTTTGCTGCATCCCTGTCTTCCTCTGTCTTGATTTACTTGTTGTTGGTTTTCTG
  25 TTTCTTTGTTTGATTTGGTGGAAGACATAATCCCACGCTTCCTATGGAAAGGTTGTTGGG
  26 AGATTTTTAATGATTCCTCAATGTTAAAATGTCTATTTTTGTCTTGACACCCAACTAATA
  27 TTTGTCTGAGCAAAACAGTCTAGATGAGAGAGAACTTCCCTGGAGGTCTGATGGCGTTTC
  28 TCCCTCGTCTTCTTA
  29 >seq2
  30 TTCAAATGAACTTCTGTAATTGAAAAATTCATTTAAGAAATTACAAAATATAGTTGAAAG
  31 CTCTAACAATAGACTAAACCAAGCAGAAGAAAGAGGTTCAGAACTTGAAGACAAGTCTCT
  32 TATGAATTAACCCAGTCAGACAAAAATAAAGAAAAAAATTTTAAAAATGAACAGAGCTTT
  33 CAAGAAGTATGAGATTATGTAAAGTAACTGAACCTATGAGTCACAGGTATTCCTGAGGAA
  34 AAAGAAAAAGTGAGAAGTTTGGAAAAACTATTTGAGGAAGTAATTGGGGAAAACCTCTTT
  35 AGTCTTGCTAGAGATTTAGACATCTAAATGAAAGAGGCTCAAAGAATGCCAGGAAGATAC
  36 ATTGCAAGACAGACTTCATCAAGATATGTAGTCATCAGACTATCTAAAGTCAACATGAAG
  37 GAAAAAAATTCTAAAATCAGCAAGAGAAAAGCATACAGTCATCTATAAAGGAAATCCCAT
  38 CAGAATAACAATGGGCTTCTCAGCAGAAACCTTACAAGCCAGAAGAGATTGGATCTAATT
  39 TTTGGACTTCTTAAAGAAAAAAAAACCTGTCAAACACGAATGTTATGCCCTGCTAAACTA
  40 AGCATCATAAATGAAGGGGAAATAAAGTCAAGTCTTTCCTGACAAGCAAATGCTAAGATA
  41 ATTCATCATCACTAAACCAGTCCTATAAGAAATGCTCAAAAGAATTGTAAAAGTCAAAAT
  42 TAAAGTTCAATACTCACCATCATAAATACACACAAAAGTACAAAACTCACAGGTTTTATA
  43 AAACAATTGAGACTACAGAGCAACTAGGTAAAAAATTAACATTACAACAGGAACAAAACC
  44 TCATATATCAATATTAACTTTGAATAAAAAGGGATTAAATTCCCCCACTTAAGAGATATA
  45 GATTGGCAGAACAGATTTAAAAACATGAACTAACTATATGCTGTTTACAAGAAACTCATT
  46 AATAAAGACATGAGTTCAGGTAAAGGGGTGGAAAAAGATGTTCTACGCAAACAGAAACCA
  47 AATGAGAGAAGGAGTAGCTATACTTATATCAGATAAAGCACACTTTAAATCAACAACAGT
  48 AAAATAAAACAAAGGAGGTCATCATACAATGATAAAAAGATCAATTCAGCAAGAAGATAT
  49 AACCATCCTACTAAATACATATGCACCTAACACAAGACTACCCAGATTCATAAAACAAAT
  50 ACTACTAGACCTAAGAGGGATGAGAAATTACCTAATTGGTACAATGTACAATATTCTGAT
  51 GATGGTTACACTAAAAGCCCATACTTTACTGCTACTCAATATATCCATGTAACAAATCTG
  52 CGCTTGTACTTCTAAATCTATAAAAAAATTAAAATTTAACAAAAGTAAATAAAACACATA
  53 GCTAAAACTAAAAAAGCAAAAACAAAAACTATGCTAAGTATTGGTAAAGATGTGGGGAAA
  54 AAAGTAAACTCTCAAATATTGCTAGTGGGAGTATAAATTGTTTTCCACTTTGGAAAACAA
  55 TTTGGTAATTTCGTTTTTTTTTTTTTCTTTTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCATGC
  56 CAGAAAAAAATATTTACAGTAACT