examples/TipDate.HIV2/mcmctree.ctl

   1           seed = -1357\r
   2 \r
   3         seqfile = HIV2ge.txt\r
   4        treefile = HIV2ge.tre\r
   5         outfile = out\r
   6 \r
   7        seqtype = 0  * 0: nucleotides; 1:codons; 2:AAs\r
   8        usedata = 0 in.BV.HKYG5  * 0: no data; 1:seq like; 2:use in.BV; 3: out.BV\r
   9 \r
  10          ndata = 1   * 3 for mt2G3P and 6 for 4G6P\r
  11          clock = 1    * 1: global clock; 2: independent rates; 3: correlated rates\r
  12        TipDate = 1 100  * TipDate (1) & time unit\r
  13 \r
  14        RootAge = B(0.5, 2.0, 0.01, 0.01)  * used if no fossil for root\r
  15 *       RootAge = B(2.9, 3.1, 0.01, 0.01)  * used if no fossil for root\r
  16 *       RootAge = B(0.2, 1.5, 0.01, 0.01)  * used if no fossil for root\r
  17 *       RootAge = B(0.8, 2.5, 0.01, 0.01)  * used if no fossil for root\r
  18 \r
  19          model = 4    * 0:JC69, 1:K80, 2:F81, 3:F84, 4:HKY85\r
  20     aaRatefile = wag.dat\r
  21          alpha = 0.5    * alpha for gamma rates at sites\r
  22          ncatG = 5    * No. categories in discrete gamma\r
  23 \r
  24      cleandata = 0    * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  25 \r
  26        BDparas = 2 1 0 1.8  * lambda, mu, rho, psi for birth-death-sampling model\r
  27    kappa_gamma = 6 2      * gamma prior for kappa\r
  28    alpha_gamma = 1 1      * gamma prior for alpha\r
  29 \r
  30    rgene_gamma = 2 10 2   * gammaDir prior for rate for genes\r
  31   sigma2_gamma = 2 2 1   * gammaDir prior for sigma^2     (for clock=2 or 3)\r
  32       finetune = 1: 0.5 0.2 .1 .05 .05 .05 * auto (0 or 1): times, musigma2, rates, mixing, paras, FossilErr\r
  33 \r
  34          print = 1\r
  35         burnin = 20000\r
  36       sampfreq = 2\r
  37        nsample = 100000\r