examples/TipDate.HIV2/mcmctree.ExactlnL.ctl

   1           seed = -1357\r
   2 \r
   3         seqfile = HIV2ge.txt\r
   4        treefile = HIV2ge.tre\r
   5        outfile = out\r
   6 \r
   7        seqtype = 0  * 0: nucleotides; 1:codons; 2:AAs\r
   8 \r
   9        usedata = 1  * 0: no data; 1:seq like; 2:use in.BV; 3: out.BV\r
  10 \r
  11          noisy = 3\r
  12          ndata = 1   * 3 for mt2G3P and 6 for 4G6P\r
  13          clock = 1    * 1: global clock; 2: independent rates; 3: correlated rates\r
  14        TipDate = 1 100  * TipDate (1) & time unit\r
  15 \r
  16 *   fossilerror = 0    * fossil error, with 0 for no errors\r
  17 *   fossilerror = 1 10  * fossil error beta(p,q), with p=0 for no errors\r
  18 \r
  19        RootAge = B(0.5, 2.0, 0.01, 0.01)  * used if no fossil for root\r
  20 *       RootAge = B(0.2, 1.5, 0.01, 0.01)  * used if no fossil for root\r
  21 *       RootAge = B(0.8, 2.5, 0.01, 0.01)  * used if no fossil for root\r
  22 \r
  23          model = 4    * 0:JC69, 1:K80, 2:F81, 3:F84, 4:HKY85\r
  24     aaRatefile = wag.dat\r
  25          alpha = 0.5    * alpha for gamma rates at sites\r
  26          ncatG = 5    * No. categories in discrete gamma\r
  27 \r
  28      cleandata = 0    * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?\r
  29 \r
  30        BDparas = 2 1 0 1.8  * lambda, mu, rho, psi for birth-death-sampling model\r
  31    kappa_gamma = 6 2      * gamma prior for kappa\r
  32    alpha_gamma = 1 1      * gamma prior for alpha\r
  33 \r
  34    rgene_gamma = 2 10   * gamma prior for rate for genes\r
  35   sigma2_gamma = 1 1   * gamma prior for sigma^2  (for clock=2)\r
  36 \r
  37       finetune = 1: 0.5 1.2 .08 .05 .05 .05  * auto (0 or 1) : times, rates, mixing, paras, RateParas, FossilErr\r
  38 \r
  39          print = 1\r
  40         burnin = 10000\r
  41       sampfreq = 2\r
  42        nsample = 50000\r