bp_bin/read_454

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read 454 entries from fasta and quality file.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Fasta;
  35 use Maasha::Fastq;
  36
  37
  38 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  39
  40
  41 my ( $options, $in, $out, $record, $data_in, $qual_in, $num, $fasta, $qual, @seqs, @scores, $i );
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'file!',  mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'qual_in', short => 'q', type => 'file!',  mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => '0' },
  48     ]
  49 );
  50
  51 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  52 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  53
  54 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  55     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  56 }
  57
  58 if ( $options->{ 'data_in' } )
  59 {
  60     $data_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  61     $qual_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $options->{ 'qual_in' } );
  62
  63     $num = 1;
  64
  65     while ( $fasta = Maasha::Fasta::get_entry( $data_in ) )
  66     {
  67         $qual = get_qual( $qual_in );
  68
  69         check_names( $fasta, $qual );
  70
  71         $record = {
  72             SEQ_NAME    => $fasta->[ 0 ],
  73             SEQ         => $fasta->[ 1 ],
  74             SEQ_LEN     => length $fasta->[ 1 ],
  75             SCORES      => $qual->[ 1 ],
  76         };
  77
  78         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  79
  80         last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  81
  82         $num++;
  83     }
  84
  85     close $data_in;
  86     close $qual_in;
  87 }
  88
  89 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  90 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  91
  92
  93 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  94
  95
  96 sub get_qual
  97 {
  98     # Martin A. Hansen, May 2010.
  99
 100     # Get the next 454 quality entry from an open file.
 101
 102     my ( $fh,   # file handle
 103        ) = @_;
 104
 105     # Returns list.
 106
 107     my ( $block, $name, $qual, $scores, $entry );
 108
 109     local $/ = "\n>";
 110
 111     while ( $block = <$fh> )
 112     {
 113         chomp $block;
 114
 115         last if $block !~ /^\s+$/;
 116     }
 117
 118     return if not defined $block;
 119
 120     $block =~ /^>?(.+)\n/m;
 121     $name = $1;
 122     $qual = $';
 123
 124     local $/ = "\n";
 125
 126     chomp $qual;
 127
 128     $name =~ tr/\r//d;
 129     $qual =~ tr/ \n\r/;;;/;
 130     $qual =~ s/;;/;/g;
 131
 132     $scores = Maasha::Fastq::dec_str2solexa_str( $qual );
 133
 134     $entry = [ $name, $scores ];
 135
 136     return wantarray ? @{ $entry } : $entry;
 137 }
 138
 139
 140 sub check_names
 141 {
 142     # Martin A. Hansen, May 2010.
 143
 144     # Check if the names of the fasta and qual entries match
 145     # and raise an error if they don't.
 146
 147     my ( $fasta,    # fasta entry
 148          $qual,     # qual entry
 149        ) = @_;
 150
 151     # Returns nothing.
 152
 153     my ( $f_name, $q_name );
 154
 155     if ( $fasta->[ 0 ] =~ /^([^ ]+)/ ) {
 156         $f_name = $1;
 157     }
 158
 159     if ( $qual->[ 0 ] =~ /^([^ ]+)/ ) {
 160         $q_name = $1;
 161     }
 162
 163     Maasha::Common::error( qq(names don't match "$fasta->[ 0 ]" ne "$qual->[ 0 ]") ) if $f_name ne $q_name;
 164 }
 165
 166
 167 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 168
 169
 170 BEGIN
 171 {
 172     Maasha::Biopieces::status_set();
 173 }
 174
 175
 176 END
 177 {
 178     Maasha::Biopieces::status_log();
 179 }
 180
 181
 182 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 183
 184
 185 __END__