bp_bin/find_genes

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Find genes in sequences in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34 use Maasha::Filesys;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $record, $tmp_dir, $tmp_file, $fh_out, $fh_in, $entry, $chunk, @lines, $line, $s_id, $type, $s_beg, $s_end, $strand, @fields, $def );
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  43
  44 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  45 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  46
  47 $tmp_dir  = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  48 $tmp_file = "$tmp_dir/tmp.seq";
  49 $fh_out   = Maasha::Filesys::file_write_open( $tmp_file );
  50
  51 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  52 {
  53     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) ) {
  54         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_out );
  55     }
  56
  57     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  58 }
  59
  60 if ( $options->{ 'verbise' } ) {
  61     Maasha::Common::run( "prodigal", "< $tmp_file > $tmp_file.out" );
  62 } else {
  63     Maasha::Common::run( "prodigal", "< $tmp_file > $tmp_file.out 2> /dev/null" );
  64 }
  65
  66 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( "$tmp_file.out" );
  67
  68 $/ = "//\n";
  69
  70 while ( $chunk = <$fh_in> )
  71 {
  72     chomp $chunk;
  73
  74     @lines = split /\n/, $chunk;
  75
  76     $line = shift @lines;
  77
  78     if ( $line =~ /^DEFINITION\s+(.+)/ )
  79     {
  80         $def  = $1;
  81
  82         if ( $def =~ /seqhdr="([^"]+)"/ ) {
  83             $s_id = $1;
  84         } else {
  85             Maasha::Common::error( qq(BAD sequence header: $def) );
  86         }
  87
  88         $line = shift @lines;
  89
  90         if ( $line =~ /^FEATURES/ )
  91         {
  92             foreach $line ( @lines )
  93             {
  94                 next if $line =~ /.+\//;
  95
  96                 @fields = split " ", $line;
  97
  98                 $type   = $fields[ 0 ];
  99
 100                 if ( $fields[ 1 ] =~ /complement/ ) {
 101                     $strand = "-";
 102                 } else {
 103                     $strand = "+";
 104                 }
 105
 106                 if ( $fields[ 1 ] =~ /(\d+)\.\.>?(\d+)/ )
 107                 {
 108                     $s_beg = $1;
 109                     $s_end = $2;
 110                 }
 111                 else
 112                 {
 113                     Maasha::Common::error( qq(BAD locator: $line) );
 114                 }
 115
 116                 $record = {
 117                     S_ID   => $s_id,
 118                     S_BEG  => $s_beg - 1,
 119                     S_END  => $s_end - 1,
 120                     Q_ID   => $type,
 121                     STRAND => $strand,
 122                 };
 123
 124                 Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 125             }
 126         }
 127         else
 128         {
 129             Maasha::Common::error( qq(BAD feature: $line) );
 130         }
 131     }
 132     else
 133     {
 134         Maasha::Common::error( qq(BAD definition: $line) );
 135     }
 136 }
 137
 138 close $fh_in;
 139
 140 $/ = "\n";
 141
 142 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 143 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 144
 145
 146 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 147
 148
 149 BEGIN
 150 {
 151     Maasha::Biopieces::status_set();
 152 }
 153
 154
 155 END
 156 {
 157     Maasha::Biopieces::status_log();
 158 }
 159
 160
 161 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 162
 163
 164 __END__