bp_bin/find_genes

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Find genes in sequences in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34 use Maasha::Filesys;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $record, $tmp_dir, $tmp_file, $fh_out, $fh_in, $entry, $chunk, @lines, $line, $s_id, $type, $s_beg, $s_end, $strand, @fields );
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  43
  44 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  45 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  46
  47 $tmp_dir  = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  48 $tmp_file = "$tmp_dir/tmp.seq";
  49 $fh_out   = Maasha::Filesys::file_write_open( $tmp_file );
  50
  51 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  52 {
  53     if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) ) {
  54         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_out );
  55     }
  56
  57     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  58 }
  59
  60 Maasha::Common::run( "draft_prodigal.pl", "< $tmp_file > $tmp_file.out 2> /dev/null" );
  61
  62 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( "$tmp_file.out" );
  63
  64 $/ = "//\n";
  65
  66 while ( $chunk = <$fh_in> )
  67 {
  68     chomp $chunk;
  69
  70     @lines = split /\n/, $chunk;
  71
  72     $line = shift @lines;
  73
  74     if ( $line =~ /.*>(.+)/ )
  75     {
  76         $s_id = $1;
  77
  78         foreach $line ( @lines )
  79         {
  80             @fields = split " ", $line;
  81
  82             $type   = $fields[ 0 ];
  83
  84             if ( $fields[ 1 ] =~ /complement/ ) {
  85                 $strand = "-";
  86             } else {
  87                 $strand = "+";
  88             }
  89
  90             if ( $fields[ 1 ] =~ /(\d+)\.\.>?(\d+)/ )
  91             {
  92                 $s_beg = $1;
  93                 $s_end = $2;
  94             }
  95             else
  96             {
  97                 Maasha::Common::error( qq(BAD locator: $line) );
  98             }
  99
 100             $record = {
 101                 S_ID   => $s_id,
 102                 S_BEG  => $s_beg - 1,
 103                 S_END  => $s_end - 1,
 104                 Q_ID   => $type,
 105                 STRAND => $strand,
 106             };
 107
 108             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 109         }
 110     }
 111     else
 112     {
 113         Maasha::Commom::error( qq(BAD definition: $line) );
 114     }
 115 }
 116
 117 close $fh_in;
 118
 119 $/ = "\n";
 120
 121 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 122 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 123
 124
 125 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 126
 127
 128 BEGIN
 129 {
 130     Maasha::Biopieces::status_set();
 131 }
 132
 133
 134 END
 135 {
 136     Maasha::Biopieces::status_log();
 137 }
 138
 139
 140 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 141
 142
 143 __END__