bp_bin/analyze_vals

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Determine type, count, min, max, sum and mean for values in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Calc;
  33 use Data::Dumper;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $analysis, $key, $len, %skip_hash,
  40      %key_hash, $skip, $keys, $types, $counts, $mins, $maxs, $sums, $means );
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  43     [
  44         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'keys',      short => 'k', type => 'list', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'no_keys',   short => 'K', type => 'list', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47     ]
  48 );
  49
  50 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  51 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  52
  53 map { $skip_hash{ $_ } = 1 } @{ $options->{ "no_keys" } };
  54 map { $key_hash{ $_ } = 1; $skip = 1 } @{ $options->{ "keys" } };
  55
  56 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  57 {
  58     foreach $key ( keys %{ $record } )
  59     {
  60         next if $skip and not exists $key_hash{ $key };
  61         next if $skip_hash{ $key };
  62
  63         if ( Maasha::Calc::is_a_number( $record->{ $key } ) )
  64         {
  65             if ( not exists $analysis->{ $key } )
  66             {
  67                 $analysis->{ $key }->{ "MIN" } = $record->{ $key };
  68                 $analysis->{ $key }->{ "MAX" } = $record->{ $key };
  69             }
  70
  71             $analysis->{ $key }->{ "MAX" } = Maasha::Calc::max( $analysis->{ $key }->{ "MAX" }, $record->{ $key } );
  72             $analysis->{ $key }->{ "MIN" } = Maasha::Calc::min( $analysis->{ $key }->{ "MIN" }, $record->{ $key } );
  73
  74             $analysis->{ $key }->{ "TYPE" } = "num";
  75             $analysis->{ $key }->{ "SUM" } += $record->{ $key };
  76         }
  77         else
  78         {
  79             $len = length $record->{ $key };
  80
  81             if ( not exists $analysis->{ $key } )
  82             {
  83                 $analysis->{ $key }->{ "MIN" } = $len;
  84                 $analysis->{ $key }->{ "MAX" } = $len;
  85             }
  86
  87             $analysis->{ $key }->{ "MAX" } = Maasha::Calc::max( $analysis->{ $key }->{ "MAX" }, $len );
  88             $analysis->{ $key }->{ "MIN" } = Maasha::Calc::min( $analysis->{ $key }->{ "MIN" }, $len );
  89
  90             $analysis->{ $key }->{ "TYPE" } = "alph";
  91             $analysis->{ $key }->{ "SUM" } += $len;
  92         }
  93
  94         $analysis->{ $key }->{ "COUNT" }++;
  95     }
  96
  97     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  98 }
  99
 100 foreach $key ( keys %{ $analysis } )
 101 {
 102     $analysis->{ $key }->{ "MEAN" } = sprintf "%.2f", $analysis->{ $key }->{ "SUM" } / $analysis->{ $key }->{ "COUNT" };
 103     $analysis->{ $key }->{ "SUM" }  = sprintf "%.2f", $analysis->{ $key }->{ "SUM" };
 104 }
 105
 106 $keys   = "KEY  ";
 107 $types  = "TYPE ";
 108 $counts = "COUNT";
 109 $mins   = "MIN  ";
 110 $maxs   = "MAX  ";
 111 $sums   = "SUM  ";
 112 $means  = "MEAN ";
 113
 114 foreach $key ( sort keys %{ $analysis } )
 115 {
 116     $keys   .= sprintf "% 15s", $key;
 117     $types  .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "TYPE" };
 118     $counts .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "COUNT" };
 119     $mins   .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "MIN" };
 120     $maxs   .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "MAX" };
 121     $sums   .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "SUM" };
 122     $means  .= sprintf "% 15s", $analysis->{ $key }->{ "MEAN" };
 123 }
 124
 125 print "$keys\n";
 126 print "$types\n";
 127 print "$counts\n";
 128 print "$mins\n";
 129 print "$maxs\n";
 130 print "$sums\n";
 131 print "$means\n";
 132
 133 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 134 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 135
 136
 137 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 138
 139
 140 BEGIN
 141 {
 142     Maasha::Biopieces::status_set();
 143 }
 144
 145
 146 END
 147 {
 148     Maasha::Biopieces::status_log();
 149 }
 150
 151
 152 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 153
 154
 155 __END__