bp_bin/analyze_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24
  25 # Analyze BED entries in the stream.
  26
  27 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  28
  29
  30 use warnings;
  31 use strict;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::Seq;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $analysis );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  42
  43 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  44 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  45
  46 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  47 {
  48     if ( $record->{ "SEQ" } )
  49     {
  50         $analysis = Maasha::Seq::seq_analyze( $record->{ "SEQ" } );
  51
  52         map { $record->{ $_ } = $analysis->{ $_ } } keys %{ $analysis };
  53     }
  54
  55     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  56 }
  57
  58 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  59 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  60
  61
  62 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  63
  64
  65 BEGIN
  66 {
  67     Maasha::Biopieces::status_set();
  68 }
  69
  70
  71 END
  72 {
  73     Maasha::Biopieces::status_log();
  74 }
  75
  76
  77 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  78
  79
  80 __END__