]> git.donarmstrong.com Git - samtools.git/blob - bam_mcns.h
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[samtools.git] / bam_mcns.h
1 #ifndef BAM_MCNS_H
2 #define BAM_MCNS_H
3
4 #include "bam.h"
5
6 struct __mc_aux_t;
7 typedef struct __mc_aux_t mc_aux_t;
8
9 #define MC_PTYPE_FULL  1
10 #define MC_PTYPE_COND2 2
11
12 #ifdef __cplusplus
13 extern "C" {
14 #endif
15
16         mc_aux_t *mc_init(int n);
17         void mc_init_prior(mc_aux_t *ma, int type, double theta);
18         void mc_destroy(mc_aux_t *ma);
19         double mc_freq0(int ref, int *n, const bam_pileup1_t **plp, mc_aux_t *ma, int *_ref, int *alt);
20         double mc_freq_iter(double f0, mc_aux_t *ma);
21         double mc_freq_post(mc_aux_t *ma);
22         double mc_ref_prob(mc_aux_t *ma);
23         int mc_call_gt(const mc_aux_t *ma, double f0, int k);
24
25 #ifdef __cplusplus
26 }
27 #endif
28
29 #endif