]> git.donarmstrong.com Git - samtools.git/blob - bam_mcns.h
calculate posterior allele frequency
[samtools.git] / bam_mcns.h
1 #ifndef BAM_MCNS_H
2 #define BAM_MCNS_H
3
4 #include "bam.h"
5
6 struct __mc_aux_t;
7 typedef struct __mc_aux_t mc_aux_t;
8
9 #ifdef __cplusplus
10 extern "C" {
11 #endif
12
13         mc_aux_t *mc_init(int n);
14         void mc_destroy(mc_aux_t *ma);
15         double mc_freq0(int ref, int *n, const bam_pileup1_t **plp, mc_aux_t *ma, int *_ref, int *alt);
16         double mc_freq_iter(double f0, mc_aux_t *ma);
17         double mc_freq_post(mc_aux_t *ma);
18         double mc_ref_prob(mc_aux_t *ma);
19         int mc_call_gt(const mc_aux_t *ma, double f0, int k);
20
21 #ifdef __cplusplus
22 }
23 #endif
24
25 #endif