4 DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_CURSES_LIB=0 #-D_USE_KNETFILE
5 LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
6 bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o bam_sort.o
7 AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
8 bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
18 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
25 $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
28 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz
31 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
34 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
37 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
39 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
40 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
41 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
42 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
43 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
44 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
45 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
46 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
47 bam_md.o:bam.h faidx.h
50 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
51 faidx_main.o:faidx.h razf.h
54 rm -fr gmon.out *.o *.exe *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a