4 DFLAGS= -D_CURSES_LIB=2 -D_USE_KNETFILE
5 LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
6 bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o bam_sort.o \
8 AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
9 bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
19 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
26 $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
29 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
32 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
35 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
38 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
40 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
41 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
42 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
43 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
44 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
45 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
46 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
47 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
48 bam_md.o:bam.h faidx.h
51 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
52 faidx_main.o:faidx.h razf.h
55 rm -fr gmon.out *.o *.exe *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a