BamConversionMain.cpp

   1 #include <iostream>
   2 #include "BamReader.h"
   3 #include "BamWriter.h"
   4
   5 using namespace std;
   6
   7 int main(int argc, char* argv[]) {
   8
   9         if(argc != 3) {
  10                 cout << "USAGE: " << argv[0] << " <input BAM file> <output BAM file>" << endl;
  11                 exit(1);
  12         }
  13
  14         // localize our arguments
  15         const char* inputFilename  = argv[1];
  16         const char* outputFilename = argv[2];
  17
  18         // open our BAM reader
  19         BamReader reader;
  20         reader.Open(inputFilename);
  21
  22         // retrieve the SAM header text
  23         string samHeader = reader.GetHeaderText();
  24
  25         // retrieve the reference sequence vector
  26         RefVector referenceSequences = reader.GetReferenceData();
  27
  28         // open the BAM writer
  29         BamWriter writer;
  30         writer.Open(outputFilename, samHeader, referenceSequences);
  31
  32         // copy all of the reads from the input file to the output file
  33         BamAlignment al;
  34         while(reader.GetNextAlignment(al)) writer.SaveAlignment(al);
  35
  36         // close our files
  37         reader.Close();
  38         writer.Close();
  39
  40         return 0;
  41 }